猪Mighty基因的克隆与组织表达分析

Mighty基因是在骨骼肌中发现的一个新颖的肌形成前期因子。基于电子延伸序列,本试验成功克隆出了Mighty基因,其全长874 bp,开放阅读框为579 bp,编码有193个氨基酸,提交GenBank(EU559709)。同时,试验采取半定量RT-PCR法,以18S rRNA为内标,研究了Mighty基因在仔猪18个组织中的分布和mRNA的表达水平。     

香猪Noggin基因克隆与序列分析

以贵州榕江香猪为实验材料,设计2对特异性的寡核苷酸引物,RT-PCR扩增了Noggin基因的上下两段序列,将其克隆到T载体上测序,拼接两段序列后得到香猪Noggin基因的完整序列。此序列由896个碱基组成,编码232个氨基酸,前19个氨基酸为信号肽,后213个氨基酸为成熟肽。Genbank blast对香猪Noggin基因编码氨基酸与其他物种进行检索分析:与人、鼠、鸡、爪蟾和东方鲀等氨基酸同源性为54.1%~98.7%。SWISS-MODEL服务器预测了香猪Noggin成熟肽的三维结构,与人和鼠对比:主要由于第99和112位的氨基酸改变而引起三维结构不同。     

Cst B基因在360日龄野家杂交猪不同组织中的表达

采用RT-PCR技术,对Cst B基因在360日龄野家杂交猪心肌、肝脏、胃、肾脏、肺、大肠、小肠、背肌和腿肌等组织中的表达情况进行了分析研究.结果表明,Cst B基因在360日龄野家杂交猪小肠中有较高的表达,在其他组织中的表达量相对较低.     

猪ESR mRNA在不同组织表达的定量研究

以看家基因GAPDH为内标,采用半定量RT-PCR法检查了ESRmRNA在卵巢等12种组织中表达情况。结果表明ESR基因有2种表达产物,其中在肠、卵巢、脾、心、肺、肝等组织的表达产物为一种形式,而子宫、肌肉等组织为另一种形式,在肾中2种形式的表达产物共存。通过计算机凝胶成像分析系统,对胶进行扫描,显示出在12种组织中,ESRmRNA表达量在肺中最高,其次是卵巢、肠、心、子宫、脾、肝、肌肉等。在输卵管、肾、脂肪和乳腺组织中,ESRmRNA表达量很少。     

从江香猪SP1基因组织表达特征及其超表达对间质细胞自噬和凋亡的影响

【目的】分析SP1基因在从江香猪不同组织及不同发育阶段睾丸中的表达情况及其对睾丸间质细胞自噬、凋亡的转录调控作用,为探究SP1基因调控间质细胞自噬的分子机制及提高从江香猪雄性繁殖性能提供理论基础。【方法】选取性早熟的从江香猪作为研究对象,PCR扩增得到其SP1基因编码区（CDS）序列,应用相关在线软件对CDS序列进行生物信息学分析,荧光定量PCR检测性成熟期从江香猪不同组织中SP1表达量,利用实时荧光定量PCR和Western blotting检测不同日龄从江香猪睾丸中的SP1基因表达量。【结果】生物信息学分析结果显示,SP1基因CDS序列全长为2361 bp,编码786个氨基酸残基,蛋白二级及三级结构以无规则卷曲和延伸链为主,无跨膜结构域和信号肽剪切位点,且为不稳定蛋白。SP1氨基酸序列有174个磷酸化位点,通过氨基酸同源性分析发现猪SP1与绵羊和牛的亲缘关系最近。对SP1在各组织的表达量进行检测,结果表明SP1基因相对表达量在脾脏中最高;此外,SP1的蛋白水平在180 d的香猪睾丸中有最高表达量,基因水平在30和180 d的香猪睾丸中有较高表达量。进一步构建SP1基因超表达载体,转...     

猪TAF7基因的克隆、染色体定位和组织表达谱分析

 【目的】通过对猪TAF7基因初步的研究,为猪分子遗传育种提供基础分子生物学信息,为猪的遗传育种提供分子标记。【方法】以五指山猪为研究对象,克隆TAF7基因,分析该基因结构特点,然后利用IMpRH（the INRA-University of Minnesota porcine radiation hybrid,法国农业科学院-明尼苏达大学的辐射杂种克隆板）分析该基因在猪染色体上定位信息,利用半定量RT-PCR方法,分析该基因在成年五指山猪16个不同组织（心脏、背肌、淋巴、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、子宫、睾丸、胃、小肠、大肠、卵巢、胸腺、脑、脂肪）的表达谱信息。【结果】克隆得到长1 701 bp的五指山猪TAF7基因序列,其中包括1 050 bp完整CDS（Coding Sequence,编码序列）区域,分析表明其编码含349个氨基酸的蛋白质。利用IMpRH分析结果表明,猪TAF7基因与分子标记SW1879和IL4（interleukin-4,白细胞介素-4）紧密连锁,LOD（Limit of Detection,检测极限）值分别为6.69和6.15。组织表达谱分析结果显示该基因在大多数组织中均有表达,其中在睾丸表达量较高,而在心脏、背肌中表达很低。【结论】猪TAF7基因5’UTR中有一个短的内含子,而在该基因CDS区域没有内含子。猪TAF7蛋白序列与人TAF7蛋白序列的相似性较高,二者在生物系统发育树中的距离最接近。猪TAF7基因在大多数组织中均表达,在猪睾丸中表达量较高,证实它调节目的基因转录具有广泛性。     

内蒙古绒山羊毛囊不同发育时期BMP2、Noggin及SHH基因在皮肤中的表达

采用功能分类基因芯片方法.分析内蒙古绒山羊皮肤毛囊发育兴盛期和休止期BMP2、Noggin及SHH基因在皮肤中的表达,探讨其对毛囊发育的作用方式.结果表明:与兴盛期相比,休止期BMP2、Noggin及SHH基因表达分别上调24.61倍、下调0.16倍、下调0.22倍.BMP基因可抑制毛囊发育,且与维持毛囊处于休止期有关;在毛囊发育兴盛期,Noggin基因起强抑制BMP2基因表达的作用;在毛囊发育过程中,Noggin对BMP2基因的抑制作用至少是部分通过SHH实现的.     

贵州剑河白香猪和黑香猪组织器官的LDH同工酶比较

用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定6月龄贵州剑河白香猪和黑香猪的心、肝、肾、肺、胃、脾、小肠、眼肌和血清9种组织器官乳酸脱氢酶（LDH）同工酶。结果表明，贵州剑河白香猪和黑香猪各组织器官LDH同工酶的分布和含量差异不显著（P＞0．05），两个猪群的心、肝、肾、肺、胃、小肠和血清7种组织器官以LDH1＋LDH2为主，骨骼肌以LDH5为主，而脾脏LDH五种同工酶含量较均衡，A：B亚基之比接近1：1，发现控制LDH同工酶A亚基的基因出现变异。     

GH基因在不同香猪类群中的遗传变异分析

采用PCR-ApaI-RFLP技术对4个不同地理分布的香猪类群(各50头)GH基因-119 bp~ 486 bp区域间的多态性进行研究,共检测到A(449 101 55 bp)和B(316 133 101 55 bp)2个等位基因,AA、AB和BB 3种基因型。在各香猪类群中A均为优势等位基因,基因频率均大于0.6;AA为优势基因型,基因型频率均大于0.5。所有香猪类群的基因型分布经卡方检验符合哈代温伯格平衡,剑白香猪与久仰香猪经卡方独立性检验其基因型分布存在显著差异(P<0.05);聚类分析表明:从江香猪、久仰香猪和环江香猪聚为一类,剑白香猪另为一类,这一聚类结果与按香猪类群间的地理分布远近特征划分结果不太相一致。     

民猪NUMB基因克隆与组织表达分析

研究采用RT-PCR技术结合克隆测序方法,克隆出全长2 004 bp NUMB基因序列,其中包括1 782 bp开放读码框,该基因编码592个氨基酸。利用生物信息学分析软件对该基因氨基酸序列预测与分析发现:NUMB蛋白二级结构中,转角占很大比例,且蛋白亲水性较强,结构功能域分析发现该蛋白多肽链存在一个N端磷酸酪氨酸结构域(PTB),位于第37~162氨基酸之间。基于不同物种NUMB蛋白序列所构建分子进化树表明,猪与牛、骆驼亲缘关系最近,而与斑马鱼最远。在m RNA水平上,NUMB基因肺中表达量最高,大肠中表达量最低。     

贵州香猪IGF 1基因的克隆及组织分布

应用RT-PCR技术从香猪肝脏克隆到胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor 1,IGF-1)基因,共612bp,包含完整的开放读码框,与已知猪种的核苷酸相似性为99%~100%,编码的153个氨基酸包括信号肽、前体肽、B、C、A、D、E区,成熟肽仅由B到D区组成(70aa).香猪IGF-1的氨基酸序列与长白猪完全一样,与淞辽黑猪相差一个氨基酸(E区);与人、犬、牛、马等的差异主要集中在信号肽、前体肽和E区,成熟肽完全相同;与小鼠的差异最大,成熟肽区有4个氨基酸不同,其他区域还有11个氨基酸不同.对香猪IGF-1成熟肽的三维结构分析结果显示,蛋白有3个α-螺旋,3对二硫键分别联系α-螺旋的N端和C端.对香猪IGF-1基因的组织分布研究结果显示,IGF-1基因在肝脏、脾、脂肪、软骨、肌肉、子宫组织中均有表达,其中肝脏的表达量最高;脊髓、肺中未检测到表达,提示IGF-1的旁分泌作用具有组织特异性.     

从江香猪、环江香猪内脏器官测定初报

香猪是我国著名的小型地方猪种，国家一级保护畜种。具有体型矮小、肉质优良、基因纯合、纯净无污染，抗逆性强等特点。香猪产于黔桂两省交界的九万大山之中，受地理条件限制，饲粮不足，猪自繁自养，长期高度近交繁殖形成了具有上述特点的小型猪。     

MYL1基因mRNA选择性剪切体的鉴定及其在不同发育时期的蓝塘与长白猪骨骼肌中的表达

肌球蛋白轻链1基因(MYL1)的2个剪切体MLC1f及MLC3f在骨骼肌不同发育时期中发挥着重要作用。为进一步了解MYL1基因在猪骨骼肌发育过程中的重要作用,通过电子克隆、RT-PCR扩增及实时定量PCR方法克隆和鉴定了猪MYL1基因mRNA 5个选择性剪切体(MLC1f、MLC3f、MLC5f-A、MLC5f-B和MLC5f-C)。其中MLC5f-A、MLC5f-B和MLC5f-C是在猪背最长肌中鉴定到的MYL1基因的3个新转录本,目前在人、鼠等其它物种尚无这三种转录本的报道。结果表明,剪切体MLC3f在180日龄长白猪中的表达量最高,而剪切体MLC1f则是在90日龄蓝塘猪的表达量最高;剪切体MLC5f-A在蓝塘与长白猪中各发育时期的表达量都很低;除了剪切体MLC1f外,其余转录本的表达量均为随个体体重的增加而逐步增加。通过对MYL1基因不同选择性剪切体的鉴定,为其在骨骼肌不同发育阶段或组织类型特异性表达调控研究奠定了基础,为该基因功能的研究提供重要线索。     

猪SOCS-2基因cDNA全长序列的克隆与组织表达

根据Genbank已登录的细胞因子信号转导抑制因子(SOCS-2)基因序列同源区设计1对引物,从8月龄健康雄性八眉猪肾脏组织中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增猪SOCS-2基因;用CLUSTAL W软件进行同源性分析,利用半定量(Semi-quantitative,SQ)RT-PCR技术检测八眉猪各组织中SOCS-2 mRNA的表达量。结果表明,猪SOCS-2基因cDNA全长克隆成功(Genbank登录号为EF121242);家猪SOCS-2基因与澳洲野猪、人、小鼠、大鼠SOCS-2核苷酸同源性分别为99%,94%,91%,89%,SOCS-2蛋白氨基酸序列同源性分别达到100%,95%,94%,93%;SOCS-2基因在心脏、肺、皮下脂肪组织、腹部脂肪组织、肝脏、脾、肾脏和肌肉组织中广泛表达,其中肾脏组织中最高,心脏次之,肌肉组织中表达量最低。表明猪SOCS-2序列保守性较高,在体内可能具有多种功能。     

猪miR-101表达特性分析

mi RNA是一类长20~25 nt内源性、单链、非编码小分子RNA,通过调控靶基因转录后表达参与机体各项生命活动。人类mi R-101是重要疾病相关mi RNA,参与维持机体健康、抵御疾病。目前有关猪mi R-101研究尚不多见,为确定其在猪抗病毒免疫反应中作用,研究利用stem-loop RT-PCR方法构建猪mi R-101组织表达谱和poly(I:C)诱导表达谱。结果表明,猪mi R-101在肝脏组织中表达量最高,高浓度poly(I:C)能有效抑制猪mi R-101转录表达。为深入阐明mi R-101在猪抗病毒免疫反应中作用奠定基础,为培育高抗病性猪品种(系)提供参考。     

榕江小香羊GnRH基因多态性及其与繁殖性状关联性分析

为了探讨Gn RH基因SNP与榕江小香羊繁殖性状关联性,试验以榕江小香羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测Gn RH基因单核苷酸多态性。结果表明,榕江小香羊Gn RH基因内含子3检测到1个SNP位点T-68G,该位点表现为3种基因型,分别命名为TT、TG和GG。基因型与繁殖性状关联分析显示,榕江小香羊GG基因型个体的产羔数显著高于TT和TG基因型个体(P0.05)。研究结果提示Gn RH基因可能是影响山羊产羔数的主效基因或与主效基因连锁,T-68G位点可望作为提高山羊个体繁殖性能的分子遗传标记。     

小麦蒜氨酸酶基因TaAly1的克隆及表达特征分析

【目的】克隆小麦蒜氨酸酶基因CDs区,并对其进行序列特征分析和实时定量表达检测。【方法】采用电子延伸结合RT-PCR方法,从小麦叶片分离出蒜氨酸酶基因,网络资源分析其序列特征,实时定量PCR技术检测其在不同条件下的表达情况。【结果】克隆到1个小麦蒜氨酸酶基因TaAly1,其开放阅读框全长1 023 bp,编码340个氨基酸,与水稻和玉米蒜氨酸酶基因的同源性为70%,其基因组DNA序列含有3个内含子;TaAly1在小麦幼苗根部几乎不表达,在叶部表达量最高,其次是茎部;植物激素GA、MeJA、SA处理及条锈菌接种和干旱、低温处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。【结论】成功克隆了小麦TaAly1基因的CDs区,该基因可能通过依赖GA、MeJA和SA的信号通路参与小麦与条锈病的互作。     

团头鲂HoxB3a基因全长cDNA克隆及表达

Hox基因是脊椎动物一类重要的生长和发育调节基因,其所编码具螺旋-转角-螺旋结构的转录因子能与靶基因特定区域DNA结合,从而调节动物胚胎发育过程中体轴的形成和器官组织的生长.本研究采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了团头鲂HoxB3a的全长cDNA,并对团头鲂不同时期的胚胎和成鱼的不同组织进行了RT-PCR分析,以探索HoxB3a基因的时空表达特征.序列比对分析结果显示,团头鲂HoxB3a编码的氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)、大西洋鲑(Salmo salar)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)、青鳉(Oryzias latipes)、条纹鲈(Morone saxatilis)、人(Homo sapiens)和小鼠(Mus musculus)的相似性分别为96%、85%、77%、76%、78%、66%和67%,同源性较高,这说明HoxB3a基因在长期的进化中具有较高保守性.RT-PCR结果表明,团头鲂HoxB3a基因从16 hpf(hours post fertilization)胚胎期到出苗期都有表达,在成鱼大部分器官或组织中具表达活性,预示该基因存在着重要的生物学功能.Hoxb3a基因全长cDNA的克隆、胚胎不同阶段表达及组织细胞表达特征研究,为进一步探索该基因的发育通路奠定了基础.