蒙古羊的群体结构和遗传多态

用随机遗传漂变理论和扩散方程方法分析了蒙古羊的形成发展过程和不同地域群体的遗传多态现象，包括群体有效大小、世代间隔、世代重叠程度、角型、毛色、尾型的遗传变异及其成因。分析结果表明蒙古羊种群总体上属于大群体，群体有效大小约为１００万只，但由于分成许多小群体，因而使群体有效大小明显缩小，基因的随机遗传漂变作用导致各群体中广泛存在遗传多态并且特长期存在。     

畜禽保种群体遗传多样性的模拟

 【目的】基于微卫星标记特点,采用计算机模拟技术,探讨畜禽保种群遗传多样性的变化过程。【方法】选择30个均匀分布于基因组、具有4—10个等位基因的标记位点,位点间无相互作用;模拟产生的畜禽保种群公母比例为1﹕5、随机交配、各家系随机等量留种、群体规模保持世代恒定,世代间无重叠,群体有效大小分别为Ne=10、20、50、100和200,保种繁殖50个世代,1 000次重复。采用多态性位点数（num-p）、平均等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ae）、观测基因杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、稀有等位基因数（RA）、缺乏丰富位点数（NRP）作为遗传多样性度量指标。【结果】保种群体的遗传多样性总体趋势随保种世代而逐渐降低,不同群体规模遗传多样性的降低速度差异显著,相比基础群,Ne值越大,num-p、Na、Ae、Ho、He和 RA的下降速率越慢,且当Ne=100和200时,num-p基本维持50个世代不变,RA则分别增加0.86%和2.49倍;而Ne值越大,NRP的增加速率越慢。【结论】遗传漂变导致了群体内遗传多样性的丢失。小群体中遗传漂变导致的遗传多样性丢失速度比大群体更高,发生在闭锁群体水平上的有效群体规模的减少将加快基因漂变速度,从而降低保种群体内的遗传多样性。     

汶上芦花鸡保种群体一对等位基因遗传漂变的计算机模拟

小群保种是我国家禽遗传资源保护的一种重要方式。在假定汶上芦花鸡保种群体不发生基因突变的情况下,群体内实行家系等量随机留种,采用计算机模拟方法研究一对等位基因(PRL基因)在群体内的实际频率和假设不同基因频率、不同群体规模保种群体内一对等位基因座位的遗传漂变。模拟试验共进行了800个世代。结果表明:汶上芦花鸡保种群体(群体实际有效含量为102)20世代后等位基因的丢失或固定率达5.34%。在假设群体中,群体规模越大,基因由于随机遗传漂变而发生丢失或固定的概率也越低。群体规模太小以及基因的初始频率过低或过高,均会增加基因丢失或固定的风险。     

不同初始基因频率下闭锁群体遗传漂变的模拟

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同.采用计算机模拟方法研究了不同初始基因频率、群体规模和公母比例下闭锁群体内单个双等位基因座位的遗传漂变.模拟试验共进行了50个世代,100次重复.结果表明:群体规模较大,公畜数较多以及初始基因频率处于中等水平时,基因频率在世代问发生随机波动的幅度较小,基因由于随机遗传漂变而发生丢失或固定的概率也较低.群体规模太小、公畜比例过低以及基因的初始频率过低或过高,均会增加基因丢失或固定的风险.     

中国美利奴羊品种结构体系构建的研究

中国美利奴羊是当代中国细毛羊中最优秀的品种资源，培养成功后已建立了毛密品系。本研究根据群体遗传学原理，通过市场分析，采用系统地介体选择，集群建系方法又建立了体大品系和综合优品系。丰富了品种结构，有效地防止了小群体随机交配可能产生的遗传漂变和优良基因丢失，保持了群体基因的良好结构，为推动吉林型中国美利奴羊品种发展打下了较稳固的基础。     

蒙古羊的群体遗传研究

本研究用Markov随机过程模型解释、模拟和预测了蒙古羊的起源、演变 ，主要品种特征的形成，若干突变在世代交替过程中的随机波动规律，遗传漂变特征，自然选择压力与人工选择压力的随机变化对若干目标基因频率的影响。结合Wright提出的移动平衡理论与随机微分方程的数值解，提出了蒙古羊Homeobox基因在定向与非定向选择条件下，最终可能消失或固定的概率，及其在任意世代时的频率求值问题和解法。本研究的主要数学工具是Markov随机过程理论与方法，其中包括Feller提出的扩散方程，Kolmogorov的前向方程与后向方程，Wright的移动平衡理论，Kimula的扩散近似方程。此外地也吸收了Haldane,Malecot,Fisher等的有关论点与方法。在实验方面，利用了蒙古羊历史久，分布广，群体大，亚群多，变异广泛，特点突出等优点，为理论分析和模拟研究提供了最好的实验材料和佐证。     

五个绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星标记对5个绵羊品种(藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特)进行了遗传多样性分析.结果表明:5个绵羊群体的8个微卫星位点共发现105个等位基因,平均每个位点有13个,其中,在OarFCB128位点检测到的等位基因数最多,在BM8125位点检测到的等位基因数最少.多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度数据表明,小尾寒羊遗传变异最大,其次是蒙古羊、兰州大尾羊、藏羊,无角道赛特变异最小.根据Nei氏遗传距离用NJ法和UPGMA法构建的聚类图表明,兰州大尾羊与蒙古羊聚为一类,遗传距离最近,与无角道赛特距离最远.     

年龄结构对群体近交遗传漂变的作用

将Leslie年龄结构矩阵加上控制项(人工淘汰)引入家畜保种群,创建了世代重叠群体的计算机模拟保种模型,并用该模型模拟了年龄结构对秦川牛群近交及基因丢失概率的影响。研究发现,各种家系后代供量方差及世代间隔因群体年龄结构的改变而变化;母牛年龄结构对群体近交及遗传漂变有极显著影响,延长母牛使用年限既可增大世代间隔,又可降低公牛女儿供量方差,从而增强了保种效果。相较而言,公牛年龄结构的影响不明显。     

罗非鱼"粤闽1号"母本选育群体世代间遗传差异的微卫星分析

为了揭示罗非鱼"粤闽1号"母本——尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus的遗传背景及其选育群体世代间的遗传变异,采用13对荧光标记微卫星引物分析了罗非鱼"粤闽1号"母本3个不同选育世代(F2、F4和F6世代)的遗传多样性和遗传结构,并进一步分析了它们与高要(GY)、惠州(HZ)、茂名(MM)和无锡(WX)4个尼罗罗非鱼地理群体之间的遗传关系.结果表明:F2、F4和F6 3个选育世代的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon指数和多态性信息含量等遗传多样性参数均呈现出随着选育世代增加而降低的趋势,但仍表现为高度多态性(PIC>0.5);4个尼罗罗非鱼地理群体的遗传多样性依次为GY群体>MM群体>HZ群体>WX群体,其中GY群体、MM群体和HZ群体的遗传多样性显著高于3个选育世代;随着罗非鱼"粤闽1号"母本的选育世代增加,世代间遗传距离(Da)逐渐增大(F2～F4的Da = 0.155 6,F4～F6的Da=0.375 7),遗传分化系数(FST)也逐渐升高(F2～F4的FST = 0.036 4,F4～F6的FST= 0.111 1);在UPGMA系统进化树中,3个选育世代群体与HZ群体、GY群体聚为一支,说明它们的遗传背景相近;罗非鱼"粤闽1号"3个选育世代母本的与4个地理群体中的GY、HZ和MM群体之间遗传分化中等,与WX群体之间遗传分化较大.研究表明:罗非鱼"粤闽1号"母本的选育群体在选育过程中遗传多样性出现下降趋势,遗传分化不断加剧,F6与F2、F4遗传分化中等,但仍保持着较高遗传多样性,具有进一步选育潜力;4个尼罗罗非鱼地理群体中GY群体的遗传多样性最高,与选育群体F6的遗传距离适中(Da<0.54),可作为潜在的引种群体与罗非鱼"粤闽1号"母本的选育群体进行杂交,从而提高其遗传多样性.     

鲁梅克斯k-1杂交酸模及几种野生酸模的遗传多态性分析

利用RAPD技术对鲁梅克斯k-1杂交酸模的3个连续繁育世代和几种野生酸模进行遗传多态性分析。鲁梅克斯k-1杂交酸模的3个连续世代之间不存在多态性位点差异，3个世代是稳定遗传的；不同种和采自不同地点的同一个野生种之间存在着多态性位点差异。实验表现在合格种的12个单株间具有明显的遗传多态性，采用混合取样可消除品种内的个体遗传差异性，较好地代表群体遗传特征。从OPA组选出7个能扩增出清晰且稳定带谱的引物，7个引物共检测出45个位点，DNA片段的大小在300-2500bp之间。     

蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊随机扩增多态DNA分析

从 2 4个随机引物中筛选出 5个引物 ,对蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊 3个绵羊品种共计 89个个体进行了随机扩增多态 DNA分析 ,根据扩增片段计算了蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊扩增 DNA指纹条带的平均带纹数分别为 5 .32 ,5 .2 8和 5 .78;平均带纹相似率分别为 0 .5 9,0 .6 0和 0 .6 2 ;平均杂合度分别为 0 .75 ,0 .78和 0 .77。用 Nei氏片段共享度公式计算了 3个群体的遗传距离 ,构建了其关系图 ,聚类分析结果表明 ,蒙古羊与兰州大尾羊的遗传距离最小 (0 .0 34) ,彼此亲缘关系较近。相对而言 ,兰州大尾羊与哈萨克羊的遗传距离最大(0 .10 4 ) ,彼此亲缘关系较远。     

洪山鸡提纯选育效果的微卫星分子标记分析

利用8个微卫星座位对洪山鸡的提纯选育效果进行分析,分别计算了群体有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似系数和近交系数等相关参数.结果表明:在零世代基础群和五世代洪山鸡群体中共检测到129个等位基因,片段长度在120～300 bp之间;2个世代的遗传多样性指标大多表现为高度多态,零世代基础群和五世代平均多态信息含量分别为0.861 4和0.649 9,平均观察杂合度分别为0.490 0和0.343 8,平均期望杂合度分别为0.8662和0.826 5;五世代的群体平均遗传相似系数为0.775 9,较零世代基础群体有显著提高(0.673 0);2个世代间的近交系数均值为0.047 7.     

基于SSR技术分析玉米PX群体遗传多样性

基于SSR标记方法分析西北农林科技大学农学院玉米课题组组建的PX群体在5个世代、5个地点的遗传变异规律。结果表明,PX群体不同世代多态性位点数和多态性位点比例为Ⅳ>Ⅱ>Ⅴ>Ⅲ>Ⅰ;多态性条带数、多态性条带百分率、有效等位基因数、基因多样性指数、Shannon信息指数表现为Ⅱ>Ⅳ>Ⅴ>Ⅲ>Ⅰ。PX群体5个世代聚类分析可分为2大类,第1类包括Ⅰ和Ⅲ世代,第2类包括Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ世代。5个地点选择的材料可划分为杨凌和宝鸡、安康和汉中、延安3类。说明选择材料生态条件的相似性决定了群体遗传特征一致性,多元化的生态环境选择是扩大群体遗传多样性的重要手段。     

野生与家养鹌鹑种群杂交后代遗传变异机制初探

不同种群间的杂交是丰富遗传变异最常见的手段,也是保护野生濒危物种常用的方法之一,研究杂交后群体遗传变异水平和机制对动物遗传资源保护、评价具有重要的意义。运用微卫星DNA标记对中国境内分布的野生日本鸣鹑与家鹌鹑群体及其杂交后代(F1、F2代)的遗传变异机制进行分析,结果表明:F1代鹌鹑群体每个座位平均检测出4.14个等位基因,群体多态信息含量和平均杂合度分别为0.5834和0.6265,具有比杂交亲本更高的遗传多样性水平。F2代遗传多样性有所降低,平均检测出3.57个等位基因,有4个等位基因在杂交过程中因遗传漂变而丢失;同时发现F1代、F2代与杂交亲本的遗传分化趋势不一致,F2代鹌鹑与野生日本鸣鹑遗传分化系数最大,为0.0712;而F1与之最小,仅为0.0275,表明鹌鹑杂交后代的遗传分化受分散过程的作用,主要受遗传漂变的影响。表明杂交可能是造成群体无定向分化及遗传多样性丧失的主要机制之一。     

棉花对红铃虫抗性的遗传分析

 采用品种群体内随机株行、F#-2代、不完全双列杂交和世代均值分析等试验，研究了棉花对红铃虫抗性的遗传。多个试验一致证实，以子害率反映棉花对红铃虫抗性的遗传力中等偏低，同时受加性、非加性基因效应所控制。而品种群体内株间抗性分化很小。     

不同世代樟子松育种资源遗传评价

当前樟子松遗传改良正处于升级换代的关键时期，但是不同地区育种资源调拨与交换频繁，导致了育种资源信息模糊、亲缘关系混乱，增加了樟子松遗传改良工作中近交衰退的风险，因此开展育种资源评价研究是樟子松优良单株利用的重要基础。本文以樟子松1、1.5、2代种子园224个无性系为研究对象，开展了基于SSR的遗传多样性和单株亲缘关系分析以及遗传差异分析。结果表明:按育种资源的来源分析，良种基地、头道桥、榆林1.5和泰来4个群体的遗传多样性水平较高，宝根园和榆林群体相对较低；按育种资源的世代分析，不同世代樟子松育种资源维持着较高的遗传多样性水平，高世代种子园的遗传多样性水平有所下降，2、1.5代种子园的期望杂合度He较1代种子园分别下降4.13%、1.31%。2代种子园群体的近交系数F值(0.173)较高，纯合子较多，显著偏离了哈迪-温伯格平衡。同种源、不同生境的樟子松育种资源没有发生明显的变异，主要的遗传变异存在于个体之间(96%)；随着种子园世代的提高，无性系之间的亲缘关系聚类现象逐渐明显，2代种子园内存在两组完全一致的无性系(CH3、CH10组和TL1417、TL1411组)。研究结果完善了樟子松育种资源评价体系，确定了不同世代育种资源的亲缘关系，为樟子松高级遗传改良工作提供了材料和信息基础。      

黄瓜种子含油量的遗传研究

选用黄瓜种子含油量有显著差异的3个品种,即华南型Ma7、华北型M6和华北型M12配制杂交组合(Ma7×M6、Ma7×M12),并构建2个杂交组合的5世代群体(P1、P2、F1、B1、B2和F2),用衍生法测定黄瓜种子含油量,探讨其遗传规律。结果显示,含油量次数分布显示2个组合的B1、B2和F2群体均呈现连续分布且出现多峰或单峰偏态,表现为主基因+多基因的数量遗传特征。多世代联合分析显示:2个组合的最佳遗传模型均为D-3模型,即1对完全显性主基因+加性-显性多基因模型;F2群体主基因遗传率为5.43%～36.79%,多基因遗传率为14.53%～44.45%,说明在黄瓜种子含油量的遗传体系中,微效多基因也具有重要作用,黄瓜种子高含油量育种应在高世代进行选择。     

云斑尖塘鳢遗传多样性的ISSR分析

利用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术,对广东广州和海南三亚2个地区云斑尖塘鳢群体的遗传多样性进行分析。采用加拿大哥伦比亚大学设计的ISSR引物,经过筛选后采用4条引物对云斑尖塘鳢的两个群体各12条进行ISSR分析,扩增出31个位点,两个群体的多态位点比例为83.87%,Shannon信息指数0.4591,群体间遗传距离为0.1350,遗传分化系数0.1493,基因流2.8499,说明云斑尖塘鳢群体间分化主要受到群体内部的变异的影响,而不是遗传漂变,广州地区的云斑尖塘鳢群体遗传多样性优于三亚群体。UPGMA聚类分析结果表明,云斑尖塘鳢没有群体间界限。     

墨白964群体5轮混合选择遗传变异的分子生物学研究

 【目的】研究控制双亲的混合选择法对墨白964群体在四川生态条件下经过5轮适应性改良的效果。【方法】采用性状表型分析和SSR分子标记技术。【结果】经过5轮混合选择后，开花期性状有显著的选择增益, 多数性状的表型变异系数随着选择世代的增加有所下降。40对SSR引物在各轮群体中扩增出418个等位位点，有88.5%的遗传多样性分布于群体内，有11.5%分布于群体间。群体内的遗传多样性大于群体间的遗传多样性，且群体内的遗传差异随着选择的增加呈下降趋势。基因杂合度、多态性位点数和多态性位点百分率都呈递减趋势。原始群体C0的基因型种类多，为418种，且频率分布较散，选择后的高代群体C4、C5的基因型种类少且频率分布较集中。【结论】选择群体的遗传变异逐渐减小，这可能是由于连续对开花期性状定向选择的结果，也可能还与群体的有效含量较小和选择强度大所引起的遗传漂变有关。     

5个绵羊群体微卫星标记的遗传多态性分析

为评估5个绵羊群体(160只个体)的遗传多态性,对5个微卫星座位(BM2113,ILSTS0004,GC101,Bulge5,471U)进行研究.结果表明,共发现了82个等位基因,其中在471 U座位的等位基因数最多(23个),ILSTS0004座位的等位基因数最少(13个).多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度分析表明,5个绵羊群体均存在遗传多态性,各座位等位基因均较丰富.德国美利奴羊和滩羊的遗传多样性比较丰富,蒙古羊的遗传多样性较低.以Nei氏遗传距离(DA)构建NJ系统发育树,蒙古羊和滩羊、德国美利奴羊和德美寒杂交一代分别先聚为一类,最后才与小尾寒羊聚为一类.