羊口疮病毒新疆流行株的分离鉴定及其遗传进化分析

【目的】研究羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)新疆流行株的遗传变异情况。【方法】采集新疆石河子地区疑似感染ORFV的羔羊唇部结痂病料,通过PCR扩增、Vero传代细胞分离培养、电镜观察、动物回归试验等方法,检测、分离和鉴定ORFV毒株,对分离鉴定的3株ORFV毒株保护性抗原基因B2L和F1L及毒力基因VIR、GIF和VEGF分别进行克隆、测序及遗传进化分析。【结果】从病料中分离鉴定出3株ORFV新疆流行株(ORFV-SHZ1、ORFV-SHZ2和ORFV-SHZ3)。分析结果显示,ORFV分离株保护性抗原基因B2L、F1L相对保守,B2L和F1L基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为88.6%~97.9%和86.7%~97.4%;3个毒力基因的变异相对较大,尤其是VEGF基因。VIR、GIF和VEGF基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为91.8%~97.3%,85.2%~97.0%和71.5%~98.5%。基于B2L和VIR基因的遗传进化树分析表明,ORFV-SHZ1和ORFV-SHZ2分离株均与台湾分离株的亲缘关系最近。【结论】试验分离的ORFV新疆流行株可能是由台湾株与其他毒株重组后产生的,且其毒力基因发生了较大的变异。     

羊传染性脓疱病毒福州株的分离和初步鉴定

从福建省福州地区养羊场发病羊组织中分离到1株羊传染性脓疱病毒ORFV-FZ株。对ORFV-FZ株B2L基因片段进行扩增和序列分析,结果显示,ORFV-FZ株与国内福建、新疆、广西等毒株的核苷酸同源性在99%以上,其中与FJ-YX株的同源性为99.8%,表明ORFV-FZ株可能与FJ-YX株有着共同的来源。     

4份临床样品中羊口疮病毒F1L、B2L和GIF基因的进化分析

【目的】研究2021年福建省部分羊场羊口疮病毒（Orf virus, ORFV）分子流行病学情况。【方法】对2021年采集的4份病料经PCR鉴定ORFV阳性的临床样品分别克隆其F1L、B2L和GIF基因,将获得的克隆质粒送往测序公司进行测序,将测序拼接后的序列上传至GenBank数据库中,利用生物信息学软件进行对比分析。【结果】4份临床样品中ORFV的F1L、B2L和GIF基因核苷酸序列相似性分别为98.0%～98.8%、98.4%～99.5%和97.2%～99.6%;与国内流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.4%～99.4%、97.4%～99.9%和95.7%～99.0%;与国外流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.5%～98.6%、97.9%～98.9%和95.6%～98.0%;与德国D1701弱毒株核苷酸序列相似性分别为96.5%～96.8%、98.0%～98.7%和96.0%～96.4%,与NZ2参考株核苷酸序列相似性分别为97.7%～98.1%、97.5%～98.1%和95.9%～96.1%。遗传进化树结果显示4份临床样品中ORFV与吉林（NA17、SY17和CL18株）、福建...     

羊口疮病毒内脏和口唇感染株B2L和F1L基因的比较分析

【目的】分析内脏和口唇感染羊传染性脓疱病病毒主要致病因子F1L和B2L基因和蛋白的差异,为进一步研究该病毒的致病机制提供参考。【方法】对内脏和口唇感染株F1L和B2L基因进行PCR扩增后克隆测序,运用生物信息学软件对其序列及编码蛋白的二级结构、磷酸化位点和跨膜结构域进行预测和分析。【结果】内脏株和口唇株的F1L基因长度均为1 564 bp,分别编码342和343个氨基酸;B2L基因长度均为1 370 bp,均编码378个氨基酸。内脏和口唇感染株B2L基因核苷酸序列同源性为97.80%,氨基酸序列同源性为98.15%;两者的F1L基因核苷酸序列同源性为95.49%,氨基酸序列同源性为87.20%。氨基酸组成显示：内脏和口唇感染株B2L蛋白缬氨酸含量最高;口唇株F1L蛋白亮氨酸含量最高,内脏株F1L蛋白精氨酸含量最高。【结论】羊口疮病毒内脏和口唇感染株的B2L基因保守性良好,而F1L基因差异明显,本结果可为进一步研究羊口疮病毒致病机制提供参考。     

犬细小病毒CPV-2c型亚洲株分离鉴定及VP2基因序列分析

为探明北京某犬场犬的死亡原因,从患有肠道出血的犬肛拭子中分离出1株犬细小病毒,试验通过PCR、血凝和间接免疫荧光试验方法对毒株进行鉴定,并对VP2基因进行克隆测序和序列分析,确定其遗传分支。结果表明,该分离株属于犬细小病毒CPV-2c型,命名为CPV-BJ21株。应用犬细小病毒单克隆抗体进行间接免疫荧光检测,结果为阳性;基因序列分析表明,分离株与犬细小病毒为同一进化分支,VP2基因核苷酸序列与中国四川的CPV-2c(MH476581.1)同源性达99%,与亚洲分离的犬细小病毒之间亲缘关系较近。VP2氨基酸序列在第A5G、S297A、D426E位出现了氨基酸突变;在F81细胞上传3代后,病毒液的血凝效价稳定于210。本研究可为犬细小病毒的流行情况及新疫苗的研究提供参考依据。     

羊口疮病毒B2L基因的原核表达、纯化及反应原性分析

【目的】克隆和表达羊口疮病毒(ORFV)的B2L基因,进而纯化并分析其反应原性.【方法】根据GenBank已发表的ORFV(GQ328006)的B2L基因序列设计一对特异引物,以提取阳性临床样品的总DNA为模板,通过PCR方法获得ORFV的B2L基因,将该基因片段连接至原核表达载体pET-30a(+)上,获得重组质粒pET-30a(+)-B2L.将此重组质粒转化BL21(DE3)感受态细胞,挑取单克隆进行扩大培养,经IPTG诱导获得重组融合蛋白.用SDS-PAGE和Western-blotting对表达的目的蛋白进行分析.【结果】成功获得重组质粒pET-30a(+)-B2L,读码框正确.获得了43ku的表达产物,与预期目的蛋白大小相符;纯化后的目的蛋白能与ORFV阳性血清发生特异反应.【结论】成功对ORFV-B2L蛋白进行了原核表达,且纯化后蛋白具有良好的反应原性.     

貉细小病毒RDPV-JL3株的分离鉴定及VP2基因序列分析

本试验从吉林省某养殖场疑似患貉细小病毒的貉肠道组织中成功分离出1株貉细小病毒(Raccoon dog parvovirus,RDPV),将其命名为RDPV-JL3株.对其VP2基因进行克隆测序和序列分析,结果表明,VP2核苷酸基因序列与RDPV HeB10-3 (KJ194463)株相似性为100％,属于CPV-2亚型...     

鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/HN/1205株的分离鉴定及S1基因的分子特征

2012年3月从河南省某疑似患鸡传染性支气管炎鸡场中分离到1株鸡传染性支气管炎病毒,通过鸡胚矮小化试验、鸡红细胞凝集试验、干扰新城疫病毒增殖试验、动物回归试验和RT-PCR试验对该毒株进行了鉴定,并对分离株的S1基因进行序列分析.结果显示:该毒株能使鸡胚形成典型的“侏儒胚”;病毒尿囊液经胰酶处理后可凝集鸡红细胞,效价达28;病毒能够显著干扰鸡新城疫病毒LaSota株在鸡胚中的增殖;病毒可致使15日龄SPF雏鸡出现典型的鸡传染性支气管炎病变.其S1基因全长为1 620 bp,与GenBank中已经发表的部分国内外毒株S1基因的核苷酸同源性在75.6％ ～ 99.1％之间;系统进化分析显示,分离株属于QX-like基因型,与疫苗株H120、W93的核苷酸序列同源性仅为78.5％和78.3％,亲缘关系较远.     

四川省猪流行性腹泻病毒SNJ-P株的分离鉴定与遗传进化分析

【目的】探究四川省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株流行变异情况,并分析疫苗免疫效果不佳的原因。【方法】从四川某猪场采集仔猪肠道样本进行PCR检测、病毒纯化、病毒滴度测定以及病毒感染等试验;测定分离株全基因组序列,将分离株S基因序列与其他地区毒株及疫苗株进行比对并构建进化树;比较分离株与经典疫苗株CV777 S蛋白氨基酸位点变异情况。【结果】成功分离获得1株PEDV毒株,并命名为PEDV SNJ-P,该毒株病毒滴度为1×107.5/100μL。动物感染试验表明：分离株能引起仔猪出现腹泻和脱水等症状并导致死亡。全基因组测序及遗传进化分析表明：PEDV SNJ-P株全基因共28 003 bp,基因型为S non-INDEL型;与同型的中国分离株PEDV-WS、CH/JLDH/2016和CH/HNLH/2015等毒株亲缘关系较近,与同型的疫苗株亲缘关系相对较远,与经典疫苗株亲缘关系较远。与经典疫苗株CV777相比,SNJ-P株的S蛋白存在多处氨基酸突变、缺失和插入现象。【结论】由于毒株出现变异,SNJ-P株与疫苗株亲缘关系较远,当前所用疫苗无法提供有效保护。本研究结果以期为国内PEDV毒株的研...     

安徽省5株新型鹅星状病毒的分离鉴定与遗传进化分析

为研究近年来引起雏鹅痛风病的新型鹅星状病毒流行毒株的病原学和遗传学特征,于2018—2021年从安徽省疑似感染新型鹅星状病毒的雏鹅中采集病料,使用健康鹅胚进行病毒分离,并对分离到的毒株进行全基因组测序和序列分析。结果表明,共分离鉴定到5例新型鹅星状病毒感染样品,利用鹅胚盲传3代成功分离到5株新型鹅星状病毒,均可在鹅胚上稳定传代,分别将其命名为AHAU2018、DY-19、ZY02、HR2105/2和HR2110/1株。全基因组测序结果表明,5株分离毒株的基因组全长均为7 175 nt。系统进化树分析结果表明,5株分离毒株均属于致雏鹅痛风的新型鹅星状病毒,但2019年前的毒株与2019年后的毒株处于不同的进化亚分支上。新型鹅星状病毒在我国已发生变异,出现了新的进化亚分支,但优势基因型是否发生变化还有待进一步研究。     

Identification and Phylogenetic Analysis of an Orf Virus Isolated from an Outbreak in Boer Goat in Shanxi Province

To identify and analyze the Orf virus in Shanxi Province, China, an Orr virus strain was successfully isolated from crust materials of boer goat with clinical sore mouth symptom from a goat farm of Shanxi Province by passaging in lamb testis (LT). The Orfvirus was identified by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) test, recurrent infection test, transmission electron microscopy, and PCR. The nucleotide and amino acid sequences of two genes of the Orf virus were analyzed. The results showed that under the electron microscopy the virus had a presence of typical parapoxvirus virions and there were many eosinophilic intracytoplasmic inclusions observed by hematoxylin-eosin (H&E) stain. In ELISA test, optical density (OD) readings of the sample showed a positive result, and the rabbits infected with the virus showed a typically Orf virus-infected appearance. All these findings proved that the sample was an Orf virus. The phylogenetic studies of Orf B2L and Orf F1L genes showed that the virus clustered in different branches and were closer to the Orf virus Nantou (DQ904351) and the OV-SA00 isolates (AY386264). Furthermore, the above results may provide some insight into the genotype of the etiological agent responsible for the Orf outbreak in Shanxi Province, and could also provide a comparative view of the B2L and F1L genes of parapoxvirus.     

猪流行性腹泻病毒湖北株的分离鉴定及其s1基因进化分析

猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是猪的肠道传染病病原,主要引起仔猪呕吐、腹泻和脱水,对一周龄内的哺乳仔猪危害最为严重,死亡率可达50%~100%。利用Vero86细胞从湖北某猪场腹泻仔猪小肠病料中分离到一株病毒,经RT-PCR检测、序列比对后确定其为PEDV,命名为HB201503株。设计PEDV s1基因的全长扩增引物,获得该株病毒的s1基因全长序列并进行了进化分析,结果表明该毒株与近年来在Gen Bank登陆的PEDV s1基因核苷酸序列相似性在91.4%~99.2%,与疫苗株CV777相似性较低,仅为91.8%。通过s1基因进化树分析表明HB201503以及近几年国内分离毒株主要集中在第I个亚群,且HB201503株与KM406183(2014,四川)和KM609206(2015,江苏)同源性较高。此外,s1蛋白氨基酸序列比对显示,HB201503与近几年分离毒株及疫苗株CV777均在55-74、157-163位氨基酸出现了连续4个以上氨基酸的缺失或替换,而且HB201503株与CV777及近几年分离毒株相比,还在270-283位氨基酸上出现了1个氨基酸的缺失和10个氨基酸的替换。     

蒙古栎木材MOR与MOE的近红外光谱预测模型分析

蒙古栎是重要的结构用材,对其抗弯强度(MOR)与抗弯弹性模量(MOE)进行快速准确的无损检测是具有工程应用价值的科学问题。为实现蒙古栎木材MOR与MOE的快速无损检测,以900~1 700 nm的便携式近红外光谱仪为检测手段,提出一阶导数与S-G卷积平滑处理相结合的数据预处理方法,采用木材径切面与弦切面2个切面近红外光谱的平均值作为建模数据,利用Isomap-PLS算法建立预测模型估计木材的MOR、MOE。试验采用135个300 mm20 mm20 mm的无疵小试样为样本,其中90个组成校正集,45个组成预测集。结果表明:一阶导数处理能够消除光谱背景平缓区域干扰,S-G卷积处理能滤除高频噪声;采用径切面与弦切面光谱的平均值,比采用单一切面建模效果好,校正相关系数大,校正标准误差小;Isomap-PLS模型优于PLS、iPLS、MWPLS、CSMWPLS、BiPLS、LLE-PLS模型,MOR预测相关系数为0.89,预测标准误差(SEP)为11.43,相对分析误差(RPD)为2.552.5;MOE预测相关系数为0.88,SEP为2.73,RPD为2.582.5。可见,所建近红外模型可以完成蒙古栎无疵木材快速有效的无损检测。      

基于近红外光谱技术的茶鲜叶海拔高度判别模型建立

以不同海拔高度的茶鲜叶为研究对象,扫描获取其近红外光谱(NIRS)并筛选特征光谱区间后,分别应用逐步多元线性回归法(SMLR)、主成分回归法(PCR)和联合区间偏最小二乘法(Si-PLS)建立茶鲜叶海拔高度预测模型。结果表明,在5 542.41~6 888.48cm-1区间内,对原始光谱进行一阶导数+3点Norris平滑预处理后,建立的SMLR模型预测集相关系数和预测均方差分别为0.800 5和0.486;在4 929.16~6 965.62cm-1区间内,当主成分数为3时,对原始光谱进行一阶导数+3点Norris平滑预处理后,建立的PCR模型预测集相关系数和预测均方差分别为0.803 6和0.472;当将光谱划分为18个子区间、因子数为13时,选用[5 8 11 17]4个子区间建立的Si-PLS模型预测集相关系数和预测均方差分别为0.944 3和0.295。经比较,Si-PLS模型预测结果最佳。     

烟草石油醚提取物近红外光谱检测模型的建立

应用傅立叶交换近红外漫射光谱仪,从贵州省各地初烤烟叶中挑选出具有代表性的149个烟草样品建立了近红外光谱与烟草中石油醚提取物成分含量间的数学模型,对10个烟样进行预测,结果表明:近红外预测值与实测值之间的平均绝对误差、平均相对误差绝对值分别为0.075%和1.449%,且预测值与实测值间不存在显著性差异.认为近红外光谱分析技术可初步用于烟草部分香气成分的快速定量分析,且具有简便、快速、低成本、无污染以及样品的非破坏性等优点.     

鸭瘟病毒的分离鉴定及其UL2、TK基因序列分析

2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。     

鸡传染性支气管炎病毒变异株DB4的分离鉴定

从东北养鸡场分离到DB4鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、电镜观察与S1基因的序列分析等研究。结果表明：DB4能够凝集鸡的红细胞,形态为典型的冠状病毒粒子,鸡胚半数感染量为10^-6.7 EID50,动物回归感染死亡鸡肾脏病变明显,表现肾脏肿大、花斑肾,DB4毒株S1基因由1620个核苷酸组成,推导的多肽由540个氨基酸残基组成,氨基酸切割识别位点序列为HRRRR,序列分析发现：DB4与国内疫苗株YM_W93和标准株M41氨基酸同源性分别为77．2％和77．3％,确定该分离毒株为致肾脏病变的变异型IBV。