利用ISSR标记分析海南岛五节芒的遗传多样性

对7份来自海南不同地区的五节芒用ISSR标记分析,采用NTSYS-pc2.10y软件得到相似性系数后,用UPGMA法进行聚类分析。实验结果显示,从42条ISSR引物中筛选出了6条合适的ISSR引物,利用这6条引物对7份五节芒材料进行扩增,一共扩增出107条带,不同引物扩增条带数15~22条不等,平均每条引物产生17.8条带,其中104条为多态性条带,占总条带数的97.2%。样品之间的相似系数（GS）在0.4673~0.8318之间,平均值为0.6816;遗传距离（GD）在0.1682~0.5327之间,平均值为0.3184。研究结果表明海南岛的五节芒具有较高的遗传多样性水平,ISSR标记方法适用于五节芒的遗传多样性分析。     

辣椒遗传多样性的SSR分析

采用109对SSR特异引物对89份辣椒材料进行分析,其中87对引物扩增出条带,52对引物具有多样性,扩增带分子量在150～2 000 bp之间,231条谱带中175条谱带具有多态性,多态率占75.76%,平均每个引物可扩增出2.66条带,说明辣椒材料的遗传多样性相对较小.89份材料经过NTSYS2.1.0软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记聚类图.结果显示,89份材料在遗传相似系数0.60处分为两类,可以将栽培种和野生种区分开来,在遗传相似系数0.80处可以分为四类,总体上看,将果实类型相似的种质基本都聚在一起,说明用SSR标记进行辣椒遗传多样性的分析是可行的.     

国内外甘蓝型油菜种质SSR标记遗传多样性分析

用SSR分子标记对国内外48份甘蓝型油菜品种进行遗传多样性分析,结果表明：筛选出的45对引物共扩增出326个位点,多态位点281个,多态性比率为86.2%;平均每对引物扩增的条带数和多态性条带数分别为7.2和6.2。多态性信息含量（PIC）在0.374~0.856,平均为0.699。遗传相似系数在0.48~0.79之间,参试材料差异较大;以0.51为阈值将48份参试材料划分为冬性、半冬性和春性三大类群,三大类群间相对独立又有一定程度的渗透,说明材料之间存在不同程度的亲缘关系。主成分分析与聚类分析结果一致。说明SSR标记能够较全面地反应种质材料的遗传多样性,能够为种质的保存提供帮助,同时可以用来分析育种材料的遗传多样性,对育种工作有重要的参考意义。     

克新系列马铃薯遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记技术对19份克新系列马铃薯品种进行了遗传多样性分析,分别提取19份马铃薯品种的DNA,进行随机引物多态性扩增,从1000条随机引物中初步筛选出7条有多态性的引物进行详细研究,每条RAPD引物扩增出4~9条带,共获得52条带,其中多态性条带为43条;19份马铃薯品种的遗传距离介于0.17~0.72之间,平均值为0.39,平均遗传距离介于0.31~0.51之间;聚类分析结果在GS=0.53处可将克新系列马铃薯品种划分为三类,聚类结果与系谱分析基本相符,同时也说明克新系列马铃薯的遗传基础有所拓宽。研究表明：RAPD标记简便、快速、成本低,适用于分析马铃薯遗传多样性,指导马铃薯育种实践中的亲本组配。     

应用ISSR分子标记分析裸大麦的遗传多样性

为研究裸大麦的遗传多样性,利用筛选得到的16条ISSR引物对收集的国内外102份裸大麦材料和1份皮大麦材料进行了遗传多样性分析,并分析了裸大麦地理分布与遗传多样性的关系。结果表明,16条ISSR引物共扩增出133条条带,大小在100~2000bp。不同引物扩增的条带数在3?15条,平均每条引物扩增出8.31条,多态性条带为113条,多态性的平均百分率为85.1%,103份材料的遗传相似系数(GS)在0.2817~6,提示裸大麦的遗传多样性较高。利用NTsys 2.1软件进行聚类分析,103份材料分为四大类,第一大类只分布在中国青海,第二大类分布在亚洲、欧洲、北美洲和非洲,第三大类分布在亚洲、北美洲和南美洲,第四大类仅分布在亚洲和北美洲,表明亚洲,尤其中国地区具有较高的遗传多样性。裸大麦的遗传多样性与其地理来源的相关性,为进一步研究裸大麦尤其是青稞起源提供了参考。     

利用SSR分析四倍体棉种多态性

利用SSR标记对60份四倍体棉种材料进行遗传多样性分析,其中包括42份陆地棉野生种系。结果显示, 从1 050对SSR引物筛选出的95对SSR引物均能在60份材料间扩增出稳定明显的多态性条带,共检测出660个片段,其中多态性片段584个,占88.5%。每个位点的等位基因为2~12个,平均每对引物6.1个。UPGMA聚类分析显示, 42份材料的相似性系数(GS)在0.306~1.000之间,平均成对相似系数为0.493。95对引物的多态信息含量(PIC)的变幅为0.278~0.905,基因多样性(H¢)的变幅为0.451~2.451, 有效等位基因数(Ne)在1.385~10.490之间变动。SSR标记在陆地棉野生种系及四倍体棉种间均可反映丰富的遗传多样性信息,其中陆地棉与陆地棉野生种系中阔叶棉的亲缘关系最近,海岛棉和达尔文棉的亲缘关系非常相近,黄褐棉和毛棉相对较近,陆地棉与其他4个棉种的亲缘关系最远。     

猕猴桃SC-SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用SC-SSR标记对32份猕猴桃种质材料进行了遗传多样性分析。从48对SC-SSR引物中筛选了11对引物进行PCR扩增,共扩增出200个条带,其中多态性条带194个,多态性比率为97.00%。各引物Nei's基因多样性指数(H)平均为0.272 6,Shannon's信息指数(I)平均为0.420 7。供试材料两两间的遗传相似系数(GS)在0.460 0~0.980 0之间,平均值为0.677 0,变幅为0.520 0,说明供试材料间存在较大的遗传差异。在遗传相似系数为0.70处可将32份猕猴桃材料分为3组:第一组中华猕猴桃+美味猕猴桃、第二组毛花猕猴桃、第三组软枣猕猴桃,聚类所得与猕猴桃传统分类基本一致。利用6对引物扩增的13个多态性位点构建了32份猕猴桃种质的DNA指纹图谱,可以将它们区分并准确鉴定。     

葡萄种质资源亲缘关系的SSR分析

对供试材料进行亲缘关系分析,为葡萄分类、种质鉴定和育种提供重要依据。利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄品种（系）材料进行了遗传多样性分析。从52对SSR引物中筛选出8对用于葡萄的SSR扩增,共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.6868~0.9640,平均为0.9084。根据SSR扩增结果,Jaccard相似性系数分析表明44份葡萄材料的遗传相似系数的变异范围为0.63~0.92,平均遗传相似系数为0.775。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群：第1类包括‘奥迪亚无核’、‘赫什无核’等22份葡萄;第2类包括‘无核白鸡心’、‘葡萄园皇后’等7份葡萄;第3类包括‘美丽无核’、‘艾麦纳’等5份葡萄;第4类包括‘黎明无核’、‘红脸无核’等6份葡萄;第5类包括‘白香蕉’、‘波尔莱特’等4份葡萄。SSR标记能比较准确地检测基因型之间的遗传背景与遗传关系,其中亲缘关系较远的不同类群间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。     

华南型黄瓜种质遗传多样性的SSR分析

为探究华南型黄瓜种质的遗传多样性及亲缘关系,以48份黄瓜自交系为试材,利用37对SSR引物对其进行遗传聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:11对多态性SSR引物共在40个位点扩增出条带,平均每个引物扩增位点3.64个;多态性位点36个,引物多态性达90%。48份黄瓜材料的遗传相似系数(GS)介于0.375~1.000之间,平均值为0.720。采用UPGMA法进行聚类分析,在GS 0.726处,可将48份黄瓜材料聚为4类,各类群分别包含14、25、3和6份种质,其农艺性状差异主要表现在第1分枝节位、下胚轴长、子叶色、第1雌花节位、瓜长、单瓜重及瓜皮色、斑纹和棱刺等外观特征上。通过指纹图谱构建,可以对38份黄瓜材料进行鉴别。研究表明华南型黄瓜种质具有丰富的遗传多样性,可用于黄瓜遗传改良和品种选育。     

红花品种遗传多样性的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)技术对8份国内不同来源以及8份国外不同国家的,共计16份红花栽培种进行遗传多样性分析。选用20对多态性较高的引物组合对材料进行PCR扩增,而后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,获得多态性条带。共获得354条清晰的条带,其中,135条为多态性条带,多态性比率为38.14%。遗传相似系数在0.3~0.9之间,平均相似系数为0.65,表明红花种内不同栽培种之间具有较高的遗传多样性和相似性。     

贵州省花生地方品种的遗传多样性

为进一步了解贵州花生地方品种的遗传多样性,合理、高效利用花生资源,用50对SSR引物评价了贵州不同地理来源的68份花生地方品种,结果多态性较好的41对引物共扩增出79个等位基因,平均每个引物1.93个;多态性信息量(PIC)变幅为0.045(PM43)~0.951(PM169);Shannon信息指数变幅为0.2518(PM79)~0.6926(PM188),平均0.5268;Nei遗传多样性指数变幅为0.1699(PM79)~0.4995(PM188),平均0.3556。采用类平均法对欧氏距离聚类分析表明,在遗传距离为0.94时将68个花生地方品种分成2个大类,同一地理来源、同一粒型的地方品种的亲缘关系并不是最近的,表明地方品种间亲缘关系与地理来源关系不大。说明贵州花生地方品种具有丰富遗传多样性。     

国外栽培豌豆遗传多样性分析及核心种质构建

从111对备选SSR引物中筛选出能扩增出清晰稳定单一带的多态性引物21对及其最佳退火温度, 并优化了豌豆SSR标记实验体系。利用上述引物, 对来自于67个国家的731份豌豆栽培种质(Pisum sativum L.)进行遗传多样性分析与核心种质构建。共扩增出109条多态性带, 每对引物平均扩增出5.19个等位变异。SSR等位变异在各大洲间分布不均匀, 有效等位变异数、Shannon’s信息指数(I)洲际间差异明显。各大洲资源群间遗传多样性差异显著, 其中亚洲最高(I = 1.1753), 欧洲其次(I = 1.1387), 俄罗斯联邦(I = 1.0285)、美洲(I = 1.0196)、非洲(I = 0.9254)、大洋洲(I = 0.8608)依次降低。利用Popgene 1.32软件, 依豌豆栽培资源洲际间Nei78遗传距离可聚类成2个组群和4个亚组群; 基于Structure 2.2软件分析, 国外栽培豌豆资源实际由3大类群组成, 并与Popgene 1.32聚类结果呼应得较好。上述两种分析方法均表明, 国外栽培豌豆类群的遗传多样性与其地理分布相关。设计并实践了一套基于Structure分析的科学可靠、逻辑性强的核心种质构建标准化方案, 并依此构建了一套以6.57%的资源(48份)涵盖总体84.4%等位变异的国外栽培豌豆核心种质。     

小扁豆种质资源SSR标记遗传多样性及群体结构分析

从145对SSR引物中筛选到14对多态性引物,对选取国家种质库的440份小扁豆种质资源进行SSR标记遗传多样性分析,共检测出87个等位变异,平均每个SSR位点6.2143个;平均Shannon-Weaver指数(I)为1.1869。16个不同地理来源群体间表现出显著的遗传多样性差异,国外群体的遗传多样性水平(0.9837)远高于国内群体(0.3485)。PCA、UPGMA法聚类分析和Structure群体结构分析结果相互间完全吻合。440份参试材料从遗传结构上可划分为8个组群,揭示国外群体遗传分化大,群体间的亲缘关系较远;国内群体与之相反。研究结果显示,山西、宁夏和甘肃省是我国小扁豆资源遗传多样性最丰富、遗传关系较复杂的地区,应对该区域小扁豆资源进一步搜集、保护和研究。同时,应继续加强小扁豆资源的国外引种与交流,做进一步系统研究和开发利用。     

基于SSR的四川花生遗传多样性分析

[目的]研究旨在了解四川花生资源的遗传多样性及表型性状与分子标记的关联分析,为花生分子育种及资源库构建提供理论依据。[方法]鉴定分析57份不同来源花生资源材料的4个农艺性状及4个品质性状,并利用SSR标记研究57份花生材料的遗传多样性,对SSR标记与表型性状进行聚类及关联分析。[结果]表型性状鉴定结果显示花生资源的8个性状中,6个变异较大、多样性较好。67对SSR引物中,有效引物39对,获得多态性条带53条,平均每个引物扩增1.36条,平均Nei"s 基因多样性0.2288、平均Shannon"s 指数0.3695,最远遗传距离为0.51。SSR分子标记聚类分析将57份资源聚为2大类群,GLM分析发现多个与蛋白质含量、株高、含糖量的关联标记。[结论]研究结果表明,四川不同区域间花生遗传多样性较丰富,品种类型单一,聚类及关联分析结果可为四川花生突破性新品种选育的亲本选择提供提供重要参考。     

豇豆种质资源SSR标记遗传多样性分析

从46对备选的豇豆SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的13对引物。用这13对引物,对来自中国、非洲和亚洲其他国家的共316份栽培豇豆[Vigna unguiculata (Linn) Walp.]资源的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多样性。结果共检测到47个等位位点,平均每对引物扩增出3.692个等位位点,有效等位基因平均2.003个;5对SSR引物VM16、VM26、VM20、VM25和VM23,对于检测豇豆遗传变异最为有效。UPGMA聚类图显示,13对SSR引物即能将其中的260份参试资源区分开,其中国内、外资源差异明显,被划为2大类群;国内资源类群又可分为与地理来源的气候生态区明显关联的2个北方组群、4个南方组群和2个混合组群,8个组群间相对独立又相互渗透;国内育种高代材料的遗传多样性狭窄。     

Genetic Diversity of Farmers’Preferred Sorghum Accessions and Improved Lines from ICRISAT Reveal a Disconnect Between Innovation and Technology Transfer

The genetic diversity of 65 accessions of sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] collected from various farmers and germplasm lines from ICRISAT-Kenya were analyzed. Simple sequence repeats (SSR) markers were used in order to determine the extent and distribution of its genetic diversity. Twenty-nine (29) SSRs markers were polymorphic and a total of 192 alleles were detected which showed diversity. The number of alleles per primer ranged from 2 to 17, with an average of 6.62. The range of polymorphism information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.86, with total average of 0.82. According to the results analyzed, estimates of the mean allelic pattern across the two populations was generated; expected heterozygosity (He; 0.45, 0.54), average observed alleles (Na; 3.40, 6.20), number of private allele (0.23, 3.03), and Shannon information index (I; 0.85, 1.13) for farmer and ICRISAT-Kenya germplasm, respectively. The expected heterozygosity (He) varied from 0 to 0.26 with an average of 0.05. The Neighbor-joining phenogram based on Nei’s genetic distance grouped the 65 accessions into three main groups. The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 99% of the total genetic variation was within accessions in a population whereas the genetic variation among populations in accessions accounted for 1% of the total genetic variation. Genetic diversity in ICRISAT sorghum material compared to the farmer’s collection suggested little infiltration of improved germplasm to the farmers.     

利用SSR标记分析橡胶草种质资源的遗传多样性

为了解橡胶草种质的遗传背景和遗传多样性,为今后橡胶草育种提供理论依据。利用23对SSR引物对96份橡胶草材料进行遗传多样性分析。结果显示,23对SSR引物通过扩增得到71个等位变异,等位变异范围2-6个,平均等位基因数为3.09个。通过聚类分析,俄罗斯材料和美国材料与新疆7个居群材料被分为2大类群,类群I包含所有俄罗斯和美国材料以及5份新疆野生材料,类群II包含其余新疆7个居群的材料;俄罗斯和美国材料同属于亚群A,平均遗传相似度为0.88,说明它们存在紧密的亲缘关系;新疆7个居群的材料被分为5个亚群,显示丰富的遗传多样性,而且相互之间存在复杂的遗传关系。本研究结果证明了SSR标记能够有效地用于橡胶草的遗传多样性研究,为以后的橡胶草种质收集和遗传育种提供重要依据。     

黑龙江省大豆遗传结构及遗传多样性分析

利用22个表型性状和60个微卫星(simple sequence repeat, SSR)位点对黑龙江省140份代表性种质(78份地方品种和62份育成品种)进行分析, 根据UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean)和Model-base对SSR数据进行遗传结构划分。结果表明, 参试品种可分为2大类群, 第II类群的各项多样性指标均高于第I类群, 2个类群遗传距离为0.2427;PCO结果显示这2个类群分布在不同区域, 这与地理来源和育成年代密切有关。依据品种类型分为育成品种和地方品种两组, 后者的各项多样性指标均高于前者, 两组间的遗传距离为0.1131。依据表型数据的PCO分析表明, 分布区域与品种类型有关, 与SSR结构分类的结果吻合度低, 两组品种主要在3个主成分的6个表型性状上有所不同。它们不是2个相对独立的遗传群体, 根据分子标记和表型分类各有特点;建议在种质遗传多样性研究中将分子数据和表型数据结合起来。     

应用SRAP标记分析黑芝麻核心种质遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对中国芝麻资源核心收集品中的黑芝麻种质进行遗传多样性分析。结果表明,13对引物组合对100份黑芝麻核心种质共扩增出稳定清晰的条带182条,其中多态性条带126条,占69.2%,每对引物组合的条带数和多态性带数分别为14.0个和9.7个;供试材料间成对遗传相似系数介于0.469~0.986,平均为0.726,通过UPGMA法,在遗传相似系数为0.68处可将供试材料聚为5个类群,表明黑芝麻核心种质具有较丰富的遗传多样性,聚类结果与地理分布没有明显的关系;遗传多样性指数是南方黑芝麻核心种质(0.3557)＞中部种质(0.3415)＞北方种质(0.2986)。本研究结果较全面反映了中国保存的黑芝麻种质资源遗传多样性特点,为我国黑芝麻资源进一步考察收集和引进,以及优异黑芝麻基因资源挖掘和育种利用提供了理论依据。     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。