宁夏沙坡头地区根瘤菌特性分析：Ⅰ.数值分类研究

本实验分析了分离自宁夏沙坡头地区的２０株根瘤菌和２６株参比菌的１２５项生理生化性状，经数值分类表明，全部供试菌株在８４％，相似性水平上分为１２个亚群，未知菌与各已知菌群差异明显，其中１３个菌株分别组成３个亚群，其分类地位有待于进一步分析确定。     

关中部分地区苜蓿根瘤菌的数值分类研究

选用48株分离自关中部分地区苜蓿的根瘤菌和34株已知参比菌株,进行了营养利用、抗生素敏感性和耐逆性等113项生理生化表型性状研究。结果表明:有7株菌对白霉素、青霉素和洁霉素耐受性较强;全部供试菌对去氧胆酸钠、刚果红、孟加拉红、甲基橙和百里香酚兰的耐受性较强;有2株菌能在40g/LNaCl的YMA培养基上生长;大部分菌株能在初始pH值11条件下生长。同时通过MINTS软件分析,得到数值分类树状图。在89%的相似水平上,所有的供试菌株聚在一个不含已知参比菌株的新表观群中,该表观群与已知参比菌株USDA1002和USDA1037在鉴别特征上存在着较为明显的差异。     

三叶草、猪屎豆和含羞草植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP分析和数值分类研究

采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归属到慢生根瘤菌属 (Bradyrhizobium)、中慢生根瘤菌属 (Mesorhizobium)、土壤杆菌属 (Agrobac terium)和根瘤菌属 (Rhizobium)与中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 4个系统发育分支。进一步对其中 5 6株待测菌株和14株参比菌株进行表型性状数值分类研究 ,在 84 %的相似性水平上 ,得到 6个独立的类群 :群Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ为新群 ,没有与参比菌株聚在一起 ;群Ⅱ包含慢生大豆根瘤菌 (Bradyrhizobiumjaponicum) ;群Ⅲ含根瘤菌属 (Rhizobium) 2个已知的代表菌株 ;群Ⅴ含土壤杆菌属 (Agrobacterium) 2个已知种的代表菌株。以上结果表明 ,分离自这 3属植物的根瘤菌菌株具有表型和遗传型多样性 ,同时新发现分离自三叶草的根瘤菌的慢生和中慢生菌株 ;分离自含羞草的根瘤菌的慢生菌株和分离自猪屎豆的根瘤菌的快生菌株 ,此项研究也进一步证实这两种研究方法在菌株归群上的一致性     

文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的16SrDNA序列分析

为研究和利用云南省文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的种质资源多样性,对从文山地区豆科植物根瘤分离获得的13株根瘤菌株进行16S r DNA全序列分析,并与相关参比菌株的16S r DNA序列进行比较及聚类分析,建立13株文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的发育树状图,初步确定13株豆科植物根瘤菌的分类地位,为以后石漠化生态修复中种植豆科植物接种适宜的根瘤菌提供种质资源。     

云南德宏地区含羞草根瘤菌表型数值分类研究

对分离自云南德宏瑞丽、潞西等地的86株含羞草植物根瘤菌株,和归属于Agrobacterium、Escherichia、Sinorhizobium、Burkholderia、Cupriavidus等属的6株已知参比菌株,进行了抗生素抗性、温度生长范围、碳氮源利用等88个表型性状研究。结果表明,该地区含羞草植物根瘤菌菌株中有15%的菌株能耐受5%的NaCl;菌株SWF67010、SWF67017的抗性较强,能耐受300μg/ml的四环素和卡那霉素以及5%的NaCl,并在4℃的条件下生长。试验数据通过MVSP4.1软件分析,得到数值分类树状图,供试菌株在78%相似水平上分为3个表观群,其中,第Ⅰ群5株未知菌株未与参比菌株聚群,第Ⅱ群3株未知菌株与中华根瘤菌属聚群,第Ⅲ群72株未知菌株与伯克霍尔德菌属聚群。     

沙冬青根瘤菌表型特征和16SrDNAPCR-RFLP分析

应用表型数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 分析方法,对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌进行表型和遗传多样性研究.通过分离纯化获得44株供试根瘤菌,选取37株未知菌和11株参比菌株进行唯一碳氮源利用、抗生素和染料抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围和脲酶共94项生理生化性状测定,以及16S rDNA 基因扩增和扩增产物的限制性酶切分析.结果表明,沙冬青根瘤菌在碳源利用、抗生素敏感性和染料抗性方面存在差异;对15项所选氨基酸氮源均能利用,无明显差异;具有较强的耐盐碱和耐高温能力.经过数值分类和16S rDNA PCR-RFLP比较分析,测试菌株具有丰富的表型和遗传多样性.测试菌株和参比菌株在80%的相似水平上产生2个表观群,表观群I和表观群II在鉴别特征上存在差异.数值分类中聚群的根瘤菌菌株在16S rDNA PCR-RFLP分析中也聚群,2种分析方法有基本的一致性.     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

新疆快生大豆根瘤菌的数值分类

选用分离自新疆昌吉市郊土壤的快生大豆根瘤菌５０株和参比菌３株,对它们进行唯一碳氮源、抗生素抗性和抗逆性等表型性状分析,聚类结果表明,所有菌株在７０．６％相似水平上聚在一起,４６株供试的新疆快生大豆根瘤菌与新疆中华根瘤菌聚为一群;６株供试菌聚的一小群,抗逆性强,所有供试快生菌株与费氏中华根瘤菌相似性低,所以新疆快生大豆根瘤菌可能是与费氏中华根瘤菌相独立的一个种。     

中国北方地区快生豇豆根瘤菌的多样性研究

从采自不同土壤中的豇豆(Vigna unguiculata)根瘤中分离、纯化并通过结瘤试验筛选出14株豇豆快生根瘤菌,将其和来自其他种属的6个参比菌株的耐盐性、耐酸碱性、天然抗药性、碳源与氮源利用和质粒图谱分析进行了系统比较,通过聚类分析得到供试菌株的数值分类树状图谱.结果表明,分离自不同土壤中的豇豆快生根瘤菌具有较大的多样性.在77%的相似水平上,快生豇豆根瘤菌与参比菌株分为4个亚群,亚群中部分菌株的相似性与分离的土壤有关,而6株参比菌株则分别独立形成两个亚群.     

野大豆等宿主根瘤菌表型及16S rDNA PCR-RFLP研究

采用数值分类和16S rDNAPCR-RFLP对分离自北京部分地区野大豆(Glycine soja sieb)、大豆(Glycine max)、菜豆(Phaselous vulgaris)和长萼鸡眼草(Kummerowiae stipulacea)等宿主的60株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明,在70.5%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅰ为未知菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌,群Ⅲ为慢生菌群。依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图,在69%的相似性水平上所有的供试菌株可以分为9个系统发育分支。分支Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ没有参比菌,数值分类中群Ⅰ的供试菌株基本上都处于这些分支。分支Ⅱ为Sinorhizobium-Mesorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Agrobacterium分支,分支Ⅳ为Bradyrhizobium分支。     

西北半干旱地区黄芪根瘤菌DNA同源性及16S rDNA全序列分析

 数值分类表明 ,分离自西北半干旱地区的 9株黄芪根瘤菌构成一个独立的表观群。在此基础上 ,进行了DNA同源性及 16 S r DNA全序列分析。 9株菌的 G +C mol%在 5 9.1～ 6 0 .3之间 ;群内 DNA同源性为 81.5 %～91.0 % ,大于 70 % ;中心菌株 SH2 90 B与各已知种模式菌株 DNA同源性在 10 .5 %～ 6 3.0 % ,小于 70 %。 SH2 90 B的16 S r DNA全序列与参比菌株的序列进行比较 ,得到系统发育树状图。其处在土壤杆菌 -山羊豆根瘤菌构成的分支中 ,与 R.galegae和 R.huatlense的 16 S r DNA全序列相似性分别为 96 .8%和 97.5 % ,大于 95 %以上 ,它们应归属于同一个属。因此 ,菌株 SH2 90 B代表一个新的根瘤菌种     

我国中东部地区紫穗槐、紫荆、紫藤根瘤菌的数值分类及16SrDNA PCR-RFLP研究

 从分离自我国中东部地区紫穗槐、紫荆和紫藤 3种宿主根瘤菌中 ,选取 5 9个菌株和 2 9个参比菌株 ,对它们进行了 135个表型性状测定的数值分类分析和 16SrDNAPCR RFLP研究。试验结果表明 ,数值分类聚类在82 %相似性水平上、16SrDNAPCR RFLP聚类在 92 %相似性水平上均聚为 7个群 ,各宿主根瘤菌基本上按参比菌株各属归群。其中绝大多数紫穗槐根瘤菌归属于中慢生根瘤菌属 ,而且在种水平上表现出一定程度的地理环境多样性 ;紫荆根瘤菌基本上属于慢生根瘤菌属 ,在分群方面未表现出明显的地区差异 ;而紫藤根瘤菌则基本上归属于快生菌。其中来自江、浙地区的紫藤根瘤菌与来自其它地区的紫藤根瘤菌存在着明显的地理环境差异 ,并且紫藤根瘤菌较其它 2种宿主根瘤菌表现出较强的抗逆能力 ,如能够耐某些高浓度 (30 0 μg·ml-1)的抗生素 ,可在高盐环境 (3%NaCl)和强碱环境 (pH 11.0 )下生长。这将为我国进行荒山造林、扩种豆科树种提供有意义菌种。另外 ,数值分类结果亦表明 ,以紫穗槐根瘤菌为代表的群 2、以紫荆根瘤菌为代表的群 5和以紫藤根瘤菌为代表的群 7在种水平上均独立成群 ,预示着可能有新种的出现     

慢生花生根瘤菌的数值分类和DNA同源性研究

用数值分析法对５２株分离自四川，广东、江西的慢生花生根瘤菌和１２株参考菌株（５株为分类地位已知的慢生根瘤菌，７株为Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ。）进行了１３１项表型性状的测定，并随机选取了部分菌株同慢生型大豆根瘤菌两个种的标准菌株（ＡＴＣＣ１０３２４＾Ｔ和ＵＳＤＡ７６＾Ｔ）进行了ＤＮＡ同源性测定。数值分类除３个菌株外，其余菌株在８２％相似性水平处聚为６个亚群，表现出了明显的多样性。从６个亚群     

花生根瘤菌遗传多样性的RFLP分析

利用16S rRNA PCR-RFLP和16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究.16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生幔生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii聚在一起;16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,供试花生慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在65.8%的相似性水平上可分为3大类群.     

新疆豆科植物根瘤菌资源调查、分类与应用

 从1980-1985年对新疆全境进行根瘤菌资源调查、采集与分类研究。共采集根瘤标本220份，包括37属，120种豆科植物，其中50个种是新发现其结瘤情况的；分离出100多株抗逆性强的，与多种重要豆科植物共生固氮的根瘤菌，经数值分类，新疆的快生型根瘤菌分别属于已知属Rhizobium的各个种，不过其离散性较大；而新疆慢生型根瘤菌的很多特性完全不同于已知慢生根瘤菌属Bradyrhizobium，用多种方法聚类，确定为一新的分类单元，拟建议为Rhizobium中的一个新种。筛选出的大豆、苜蓿根瘤菌在新疆地区接种，大豆增产10%以上，苜蓿增产20%。     

河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

 【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。     

陕西等地区豆科植物根瘤内生细菌遗传多样性和系统发育研究

采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。     

广东截叶胡枝子根瘤菌株系的发现及其16S rDNA分析

从截叶胡枝子的根瘤中分离出30个分离物,经纯化、镜检后得到26株待测菌株.将其16S rDNA部分序列测序后用DNAMAN和MAGE 5.0软件进行分析,并与参比菌株相比较.结果表明,去除重复后共获得18株根瘤菌菌株,且可将其分为两大类,分别属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinorhizobium ).     

根瘤菌参比菌株23S rRNA基因数量和定位及其系统发育群

    为了明确23S rRNA基因数量和定位是否可更好地揭示根瘤菌参比菌株的系统发育关系,采用I-CeuI酶切和脉冲场凝胶电泳(PFGE)结合的方法,对根瘤菌株23S rRNA基因的数量和定位进行分析,并依据其相似性进行聚群.结果显示.根瘤菌参比菌株可聚为19个系统发育群.其中,在属的水平上,13个系统发育群与现行分类群(不包括依据16S rRNA基因序列分析结果)一致,6个不一致.在种的水平上,现行分类群中同种的根瘤菌可进一步细分为不同的系统发育群.这表明:I-CeuI酶切和PFGE结合的方法能从基因组特征角度对根瘤菌参比菌株进行更加细化的系统发育分类,并使其属种间的同质性更好.     

河地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

[目的]了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况.[方法]采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析.[结果]16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群.3种方法在系统发育上得到基本一致的结果.其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株,并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近,与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似.然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌,其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum.[结论]河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性.