平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选与体系建立

【目的】构建中国榛属植物主要栽培种平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系,并筛选稳定的内参基因,为榛属植物的基因表达分析提供内参基因,进而为其植物资源利用和创新育种研究提供理论基础。【方法】利用课题组前期对平欧杂种榛不同亲和性授粉、授粉后不同时间的雌蕊转录组测序数据,结合相关文献搜索,共选取12个候选内参基因;以平欧杂种榛主栽品种‘达维’的盛花期雌蕊、未伸长期雄花序、幼嫩叶片、花粉、一年生枝形成层、嫩茎、根尖、根蘖等8个不同组织器官为研究材料;通过反转录PCR初筛,实时荧光定量PCR检测表达量,并利用ge Norm、Norm Finder、Best Keeper、Delta Ct程序和Ref Finder在线网站评价内参基因的稳定性。【结果】反转录PCR初筛表明,12个候选内参基因引物的特异性良好,Cha STP5和Cha TF在不同组织器官材料中表达存在明显差异,其余候选内参基因在8个组织中均有表达。实时荧光定量PCR的表达谱分析表明,Ch18S r RNA的表达量最高,Cha STP5表达量最低,其余10个候选内参基因均为中等表达量;Cha STP5和Cha TF的稳定性最差,其余10个候选内参基因的稳定性处于中等水平。ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct的结果表明,Cha Actin均排名第一,为最稳定的内参基因,Ch18S r RNA的排名均在前五,而其他候选内参基因在不同程序分析结果中的排名存在差异。稳定性综合分析表明,Cha Actin和Ch18S r RNA的稳定性良好,即在8个不同组织器官中表达量均一且在4个稳定性分析程序中均排名靠前,适合作为内参基因;ge Norm程序的变异系数分析则表明,选取6个内参基因便可对RT-q PCR的数据进行精准的标准化处理;相关性分析表明,4个程序均在0.01水平上呈现显著的相关性,Norm Finder和Delta Ct程序的相关性最高,Delta Ct与Best Keeper的相关性最低。【结论】建立了平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系:以反转录PCR初筛引物,荧光定量PCR分析引物特性及基因表达,4个程序单独评价引物稳定性,Ref Finder综合分析选出最适稳定内参基因,并选出榛属植物8个不同组织器官中最为稳定的2个内参基因Cha Actin和Ch18S r RNA。     

连翘花器官生长阶段内参基因筛选与评估

为筛选连翘花器官生长阶段稳定表达的内参基因,选取12个(18S、60S、ACT7、EF1α、EF1αH、GAPDH、HIS、LIPL、RP、RPL17、TUB、UBQ)常用内参基因和7个(FS-1、FS-2、FS-3、FS-4、FS-5、FS-6、FS-7)新型基因,采用RT-qPCR技术及Ge Norm、Norm Finder软件分析这19个候选内参基因在长花柱和短花柱连翘花现蕾期、露冠期、初花期、盛花期、末花期的表达稳定性,并利用Excel进行综合评估。结果表明,单从Ct值推测60S变化范围小,且表达量较高,适合作为内参基因;Ge Norm分析得出,ACT7+HIS组合为最适内参基因;Norm Finder分析表明,FS-4基因表达最稳定。综合评价结果显示,可选用FS-4与HIS作为连翘花器官生长阶段的内参基因。     

不同发育时期鸡下丘脑和卵巢组织中内参基因表达稳定性分析

本文对常作为内参基因的3种常用持家基因在鸡不同发育时期下丘脑和卵巢中的表达稳定性进行分析,为鸡性腺轴上相关功能基因定量检测时内参基因的选择提供科学依据。以性发育不同阶段的济宁百日鸡为实验材料,利用实时荧光定量PCR技术检测常用持家基因beta-肌动蛋白基因(β-actin)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)和18S核糖体RNA基因(18S r RNA)在下丘脑和卵巢组织中的表达,并利用ge Norm、Norm Finder和Bestkeeper软件比较其表达稳定性。结果表明:在性发育不同阶段的济宁百日鸡下丘脑中,表达最为稳定的是GAPDH基因,而在卵巢中表现最为稳定的是β-actin基因。此结果为利用实时荧光定量PCR准确分析鸡性腺轴上基因相对表达的研究提供参考。     

番茄qRT-PCR内参基因的筛选

以高温、低温、盐胁迫、TYLCV接种处理和对照的番茄幼苗为植物材料,通过实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)方法分析了常用的8个内参基因肌动蛋白基因(ACT)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、泛素基因(UBI)、18S核糖体RNA基因(18S)、转录延伸因子基因(EF-1a)、β-微管蛋白基因(TUB)、表达蛋白基因(EXP)和接合素蛋白复合物基因(CAC)在不同样本中的表达情况。利用ge Norm和Norm Finder软件分析筛选表达稳定性较高的内参基因。结果表明,在不同胁迫处理条件下,UBI和ACT的稳定性较高;在同样的胁迫处理中,8个内参基因的表达稳定性不同。综合而言,虽然UBI和ACT的稳定性同样较高,但在TYLCV接种处理试验中ACT的稳定性相对较差,而TUB和GAPDH表达较稳定,故TUB和GAPDH可在TYLCV接种处理试验中作为番茄qRT-PCR的内参基因。     

抗药性灰飞虱稳定内参基因的筛选

[目的]本文旨在筛选抗药性灰飞虱稳定的内参基因,使目标基因的定量更加准确。[方法]在利用抗性灰飞虱雌成虫转录组数据挖掘新候选内参基因[26S蛋白酶体非ATP酶的调节亚基3(PMSD3)、泛素结合酶E2D2类基因(UBE2D2)、蛋白磷酸酶1B类基因(PP1B-like)和真核翻译起始因子3亚基(e IF-3)]的基础上,结合传统持家基因[3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、延伸因子(EF-1)、肌动蛋白1(β-ACT1)、核糖基化因子(ARF)、60S核糖体蛋白L9基因(RPL9)、40S核糖体蛋白S15e(RPS15e)和精氨酸激酶(AK)],采用以ΔC_T值法、Best Keeper、Norm Finder、ge Norm软件法和在线工具Ref Finder分析上述候选内参基因在不同抗性灰飞虱雌成虫和若虫中表达量的稳定性。[结果]在3种不同抗性的灰飞虱雌成虫中EF-1和e IF-3基因表达最为稳定;在抗吡虫啉的灰飞虱若虫中EF-1和ARF基因表达稳定;在抗溴氰菊酯的灰飞虱若虫中EF-1和β-ACT1基因表达稳定;在抗毒死蜱的灰飞虱若虫中RPL9和EF-1基因表达稳定。[结论]研究明确了3种不同抗药性灰飞虱雌成虫和若虫中稳定表达的内参基因,为实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术提供了有力的技术支撑,对后续灰飞虱抗药性研究中关键目标基因的准确定量具有重要的意义。     

猕猴桃实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选在猕猴桃中稳定表达的内参基因,以确保其基因表达分析结果的可靠性。应用实时荧光定量PCR技术分析了ACTB,TUB,18S rRNA和GAPDH四个常用植物内参基因在华特猕猴桃不同组织及果实不同发育时期的mRNA表达情况。经Ge Norm软件分析发现,4种内参基因的表达稳定性各异,TUB和ACTB在6种不同组织中表达均稳定,TUB和ACTB组合适合作华特猕猴桃不同组织基因表达的内参基因;18S rRNA在果实不同发育时期的表达最稳定,18S rRNA和TUB组合最适合作为分析华特猕猴桃果实不同发育时期基因表达的内参基因。     

赤霞珠葡萄发育后期RT-PCR内参基因的筛选和验证

葡萄果实发育后期基因表达水平的变化对果实品质的形成具有重要影响,选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以赤霞珠葡萄发育后期不同取样时间的果皮为材料,通过qRT-PCR分析了常用候选内参基因β-actin、EF-1α、GAPDH和SAND的表达变化,借助ge Norm、Norm Finder和BestKeeper程序筛选出在葡萄发育后期qRT-PCR分析的理想内参基因。结果表明,β-actin的稳定性最好,其次是SAND,而GAPDH和EF-1α的稳定性相对较低;同时,用筛选的内参基因β-actin和SAND分析葡萄白藜芦醇合成途径中二苯乙烯合酶基因的表达水平,其表达规律一致。说明,β-actin和SAND是研究赤霞珠葡萄发育后期基因表达的理想内参基因。     

金银花花器官实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选金银花花器官基因表达分析的适宜内参基因,试验以金银花花器官6个时期为材料,选取金银花的9个候选内参基因Lonja.ACT11,Lonja.ACT2/7,Lonja.G6PD,Lonja.GAPDH,Lonja.MTP,Lonja.TUA,Lonja.UBQ10,Lonja.EF1A,Lonja.UBC,利用q RT-PCR技术及Ge Norm,Norm Finder软件对它们的表达稳定性进行分析评价。结果表明,Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD在金银花花器官生长的不同时期表达水平较稳定,运用q RT-PCR研究金银花花器官基因表达时可选用Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD组合作为内参基因。     

菠菜非生物胁迫下实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

为筛选适宜菠菜不同胁迫下基因表达水平分析的内参基因,本研究选取ACT11、ACT2/7、G6PD、ELF1B、UBC2、TUB、TUA和CYP2共8个常用内参基因作为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,通过ge Norm、Norm Finder、Best Keeper软件分析和评价其在不同胁迫下菠菜幼苗中的表达稳定性。结果表明,8个候选内参基因在不同胁迫处理下菠菜幼苗中的表达丰度及稳定性存在差异,Na Cl和高温胁迫下G6PD表达稳定性最好,PEG胁迫下ELF1B表达稳定性最好。本研究结果可为菠菜非生物胁迫下相关基因的功能分析和基因差异表达研究提供有效的校正工具。     

用于荔枝qPCR分析的内参基因克隆及稳定性分析

利用基因克隆和测序,从‘妃子笑’荔枝果皮中获得了β-Actin、GAPDH和18S rRNA 3个qPCR分析常用的内参基因全长序列,其长度分别为1 273、1 368和1 712 bp;3个基因与其他物种高度同源,氨基酸序列相似性均超过了98%.在此基础上,结合已报道的UBQ、eEF和25S rRNA 3个常用的内参基因,对β-Actin、GAPDH、18S rRNA,UBQ、eEF和25S rRNA 6个常用内参基因在荔枝果实发育不同阶段和外源生长调节剂处理后表达稳定性进行了分析,同时比较了geNorm、Norm Finder和BestKeeper 3种不同算法的差异.结果表明:以上6个基因中,β-Actin基因在3种不同算法下均保持了较好的表达稳定性.     

植物乳杆菌中胆盐水解酶结构基因的克隆与序列分析

胆盐水解酶主要是微生物在生长和繁殖过程中所产生的代谢产物;具有降低胆固醇的功能.克隆植物乳杆菌中的胆盐水解酶基因并对其序列进行分析.从植物乳杆菌中提取基因组DNA作为模板.根据Genbank上胆盐水解酶全长基因序列(EU477374)设计一对特异性引物,采用PCR扩增技术得到植物乳杆菌中胆盐水解酶基因并对其进行测序.结...     

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测生理生化和16S rDNA基因序列鉴定可知8,0株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacillus casei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillus rhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillus paracasei)、肠道球菌(Entercoccus faecium)、耐久肠球菌(Entercoccus durans)、植物乳杆菌(lactobacillus plantarum)、海氏肠球菌(Entercoccus hirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群,该试验结果为饲料乳酸菌资源开发及饲料乳酸菌应用提供了一定的理论基础。     

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析(英文)

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测及16SrDNA序列分析,探讨其分类学地位。[结果]从苜蓿中得到乳酸菌20株、小麦中得到乳酸菌41株、玉米中得到乳酸菌19株。经生理生化和16SrDNA基因序列鉴定可知,80株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacilluscasei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillusrhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillusparacasei)、肠道球菌(Entercoccusfaecium)、耐久肠球菌(Entercoccusdurans)、植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)、海氏肠球菌(Entercoccushirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群。     

降解亚硝酸盐乳酸菌的分离与鉴定

从水体中分离能够降解亚硝酸盐的乳酸菌。参照《伯杰细菌鉴定手册》对分离出的wyq-1、wyq-2和wyq-3株菌进行生理生化特性鉴定,并利用分子生物学方法进行16SrRNA序列分析,参照国家标准方法GB/T 5009.33-2008中的格里斯比色法测定降解亚硝酸盐的能力。结果表明:3株菌均为乳杆菌属(Lactobacillus),wyq-1为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、wyq-2为嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、wyq-3为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。对3株菌在添加血红素的MRS液体培养基中和猪肉培养基中降解亚硝酸盐的能力进行了测试,菌株wyq-3降解能力最好,降解率分别为87.0%和69.4%。研究结果表明用乳酸菌降解肉制品中的亚硝酸盐可以取得较好的效果。     

Cloning of Porcine Lactoferrin Gene and Construction of Expression System in Recombinant Lactobacillus

Lactobacillus was selected as a bacterial carrier for expression of N-lobe of porcine lactoferrin （PLFN）. A pair of primers was designed with Oligo6.0 and used to amplify PLFN gene. It was in accordance with the characters of translational fusions from gene and expression vector plasmid. A 1 077 bp fragment of the gene from PLF was cloned from mammary gland tissue of the lactating sow on the third day by RT-PCR; the gene was connected with the vector plasmid pPG612.1 and transformed into the host strain JM109. The recombinant expression vector plasmid pPG612-PLFN was created and identified by using plasmid extraction, PCR, restriction enzyme digestion and sequence analysis. The recombinant plasmid was transformed into Lactobacillus casei ATCC393, Lactobacillus plantarum KLDS 1.0344, Lactobacillus paracasei KLDS 1.0652 and Lactobacillus pentosus KLDS 1.0413 by electroporation, and produced the recombinant strains of pPG612-PLFN/L, casei, pPG612-PLFN/L, plantarum, pPG612-PLFN/ L. paracasei and pPG612-PLFN/L, pentosus, respectively. The results indicated that PLFN gene had inserted into the expression vectors and achieved multiple Laetobacillus expression systems. It electes the base for the expression and production of recombinant porcine lactoferrin in Lactobaeillus     

海南文昌鸡源抑菌乳酸菌的筛选鉴定

为获取具有抑菌活性的海南文昌鸡源乳酸菌，笔者以海南文昌鸡的肠道粘膜及内容物为样品分离乳酸菌。通过菌株形态观察，革兰氏染色镜检、过氧化氢试验和16S rRNA基因序列测序鉴定乳酸菌；而后利用乳酸菌对酸和胆盐的耐受性及其抑菌试验从中筛选出热带动物肠道源抑菌乳酸菌。本研究共获得17株乳酸菌，分别为13株植物乳杆菌和4株粪肠球菌，其中植物乳杆菌对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏菌均有较高抑制作用，有一定耐酸耐胆盐的能力；粪肠球菌抑菌效果均较差。研究结果表明，筛选获得的海南文昌鸡源植物乳杆菌S4-1综合抑菌效果较好，可用于畜禽肠道益生菌制剂开发的后续研究。     

犊牛瘤胃干酪乳杆菌分离鉴定及其耐酸相关基因ffh的克隆

利用乳酸杆菌分离培养基(SL)对犊牛瘤胃内的乳酸杆菌进行分离,对分离出的乳酸杆菌进行革兰氏染色、生化反应及16S rRNA同源性分析鉴定。对分离鉴定的干酪乳杆菌提取其基因组,根据Genbank发表的干酪乳杆菌耐酸相关基因(ffh基因)设计1对引物进行PCR,利用pMD18-T载体进行克隆,构建重组质粒,进行PCR及测序鉴定,获得耐酸基因ffh,为下一步研制瘤胃微生态制剂及构建瘤胃内耐酸的乳酸分解基因工程菌奠定了基础。     

串联IL-2的犬瘟热病毒F-H融合基因重组乳酸杆菌的构建与表达

为了研发犬瘟热乳酸杆菌载体疫苗,更好地预防犬瘟热,试验采用重叠延伸PCR(SOEPCR)技术扩增IL2-F-H融合基因,将IL2-F-H融合基因亚克隆至穿梭载体pSIP409上,构建pSIP-IL2-F-H重组表达载体,并电转化至植物乳杆菌NC8感受态细胞中,构建串联水貂白细胞介素-2(IL-2)的犬瘟热病毒(CDV)F-H融合基因重组乳酸杆菌;利用SDS-PAGE和Western-blot检测IL2-F-H融合蛋白的表达情况。检测表明,重组乳酸杆菌表达了分子量约为80.16kDa的IL2-F-H融合蛋白,且该融合蛋白能与CDV抗体发生反应,具有反应原性。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

传统酸面团中优势乳酸菌的分离及性能研究

以自然发酵的传统酸面团为研究对象,对其中的优势乳酸菌进行分离及鉴定,并评价其产酸性能。结果表明:共筛选到7株乳酸菌,经形态学及16S rDNA序列分析鉴定为面包乳杆菌1株、短乳杆菌1株、植物乳杆菌3株、白面粉乳杆菌2株;供试乳酸菌的产酸能力具有菌种及菌株特异性,其中植物乳杆菌L2-2产酸能力最强,37℃发酵24 h发酵液pH值可达3.81。