应用30个微卫星标记分析枫泾猪和小梅山猪的遗传多样性

为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0.008 7;枫泾猪与小梅山猪的遗传多样性较丰富,遗传分化程度小,均出现杂合子过剩现象,建议加强纯种繁育。     

玫瑰冠鸡微卫星DNA标记与生长性状相关性分析

选用5对微卫星标记对玫瑰冠鸡进行多态性扩增,计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度;通过标记多态性与生长性状的最小二乘法分析和多重比较,进行了微卫星位点与各生长性状间的相关分析。结果表明,5对微卫星标记平均等位基因为5.6个,最高为7个,最低为4个。微卫星位点ADL176的基因型188-196、200-200分别对12周龄的巨型玫瑰冠鸡的体斜长和胸宽有显著影响(P<0.05)。     

鸡微卫星DNA标记与其生长性状的相关分析

测定了固始鸡与安卡鸡杂交后自交F2代500多个个体的0,2,4,6,8,10,12周龄体重,检测10个微卫星DNA标记,对标记基因型生长性状值进行方差分析和多重比较。结果表明:对于2,8,12周龄体重,MCW166各基因型间有显著差异(P<0.05);6周龄体重,MCW166各基因型间有极显著差异(P<0.01);对于2周龄体重,ADL169各基因型间有极显著差异(P<0.01),4,6,8周龄体重,ADL169各基因型间有显著差异(P<0.05)。     

小梅山猪生长发育性状的观察

本研究于2003～2006年在江苏农林职业技术学院小梅山猪育种中心进行,对小梅山猪的生长发育性状进行观察分析。试验分析了120头公猪和280头母猪的生长发育记录,结果表明:小梅山猪体重体尺变化,公母猪间比较和生长各时期间比较,与其他地方猪种的发育规律基本一致。公母猪体尺和体重指标在180～360日龄期间的增长幅度均显著高于360日龄以后(P<0.05);180日龄时除体高外其他体尺母猪超过了公猪(P<0.05),360日龄时体重和体尺公母猪之间比较除管围外,其他指标无显著差异(P>0.05);360日龄后体增重母猪为40.07kg,显著低于公猪的49.79kg(P<0.05),360日龄后体尺增长公猪显著快于母猪(P<0.05或P<0.01)。     

微卫星DNA标记与边鸡生长性状关系的研究

利用 5种鸡基因组的微卫星DNA标记 ,对边鸡共 97只个体进行标记基因型与生长性状的最小二乘分析。结果表明 :有 2个标记位点ADL0 14 6和ADL0 176分别显著影响边鸡的部分生长性状。在ADL0 14 6位点 ,基因型为 14 9 -14 9个体的体重、龙骨长最小二乘均值显著大于基因型为 14 5 - 14 9、14 5 - 160和 14 9 -160个体所对应的性状 (P <0 .0 5 ) ;基因型为 14 9 -14 9个体的胫长最小二乘均值显著小于基因型为 14 5 - 14 9、14 5 - 160和 14 9 -160个体所对应的性状 (P <0 .0 5 )。在ADL0 176位点 ,基因型为 186- 186、186- 192个体的胸宽、骨盆宽最小二乘均值均显著大于基因型为 188- 2 0 2、192 - 2 0 8和 2 0 8 -2 2 2个体所对应的性状 (P <0 .0 5 )。     

微卫星标记与镜鲤部分生长性状的相关分析

利用41个SSRs标记对德国镜鲤抗寒品系F1代的68个个体基因组DNA进行检测,共检测到100个等位基因,各座位等位基因2～4个,片段长度91～376bp,有效等位基因1.4287～3.9454个,观察杂合度0.3676～1.0000,期望杂合度0.3023～0.7521,平均位点多态信息含量0.4059.利用统计软件SPSS的GLM程序,对41个微卫星标记与镜鲤体重、体高、头长和吻长的相关性进行分析.结果表明,标记hlj354与体重、体高、头长显著相关;标记hlj855与体重、体高和吻长显著相关;标记hlj919、hlj585与头长显著相关,标记hlj895、hlj704与吻长显著相关.     

哲罗鲑微卫星标记与重要生长性状的相关性分析

采用10对微卫星荧光标记分析哲罗鲑Hucho taimen同池养殖群体的遗传多样性,通过SPSS13.0的GLM模型筛选出与生长性状(体质量、体长、体高和体宽)相关的微卫星标记。结果显示,10个微卫星位点的平均有效等位基因个数为2.301 4;多态信息含量0.366 6~0.557 6;观测杂合度范围0.652 2~0.989 1,均大于期望杂合度;Fis值为负数,存在杂合子过剩现象。基因座BJT4、BJT6、BJT8、BJT12、BJT18、BJT19、BJTH4和BJTH19均与体质量和体长性状极显著相关(P0.01),BJT6、BJTH6和BJTH17均与体高和体宽性状极显著相关(P0.01),发现存在"一因多效"和"多因一效"现象。不同基因型的多重比较表明,BJT12、BJT18和BJTH4基因座的AA基因型、BJT4基因座的BB基因型、BJT6基因座的AB基因型与体质量、体长呈正相关,BJTH6和BJTH17基因座的AB基因型与体高、体宽呈正相关。研究结果为哲罗鲑的分子标记辅助育种提供依据,同时也为下一步构建哲罗鲑的遗传连锁图谱提供基础数据。     

微卫星DNA标记与猪肉质性状的相关分析

测定了长蓝参考家系F2代个体的肉色、大理石纹、pH值和系水力4个肉质性状，同时测定了6号染色体的23个微卫星DNA标记，将不同基因型与4个肉质性状进行方差分析与多重比较．结果表明：肉色与大理石纹、pH值、系水力间的相关系数分别为—0．322、0．419、0．468，pH值和系水力间的相关系数最高，为0．737，差异极显著；MN006座位与影响pH值性状的QTL连锁，加性效应为0．108，MN004座位与影响大理石纹性状的QTL连锁，加性效应为0．125．     

中华鳖IGF2基因SNP标记与生长性状的关联分析

采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具有用作中华鳖生长性状分子标记辅助育种的潜力。     

微卫星标记预测半番鸭生长性状的杂种优势

为探究微卫星标记与肉鸭生长性状杂种优势的相关关系,利用8个微卫星标记对M18母本、大型母本、中型母本、小型母本和番鸭进行遗传多态性检测。结果表明,8个微卫星标记座位平均有效等位基因数为2.888 1个,平均多态信息含量为0.633 1,平均基因杂合度为0.518 1;番鸭与M18母本、大型母本、中型母本、小型母本的遗传距离为0.445 2、0.362 3、0.367 1和0.322 4。根据遗传距离,采用对数曲线模型对白羽半番鸭体重杂种优势进行预测,T检验结果显示,预测结果与实测结果无显著性差异,表明本研究建立的根据微卫星标记预测白羽半番鸭部分生长阶段体重杂种优势是可行的。     

西镇牛微卫星DNA与生长发育性状的关联性分析

【目的】分析12个微卫星DNA与西镇牛长发育性状的关联性,为西镇牛品种资源保护和开发利用提供理论依据。【方法】测定西镇牛的体高、体长、胸围、管围、腰角宽和体质量。利用12对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳技术,对48头西镇牛母牛进行了遗传多样性检测,并统计分析各位点各种基因型群体与体尺性状之间的效应关系。【结果】12个微卫星位点各基因型与西镇牛生长发育性状具有关联性。IDVGA2、BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、BM1824位点与体高,BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、ETH10、DAVG44位点与体长,IDVGA2、DVGA55、HEL9、ILST093、IDVGA27、BM1824位点与胸围,IDVGA2、ETH225、DAVG44位点与管围,BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、BM1905、ILSTS005、ILST093、ETH10位点与腰角宽,IDVGA2、BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILST093、BM1824位点与体质量具有显著或极显著的效应关系。【结论】筛选出了对西镇牛生长发育性状具有正效应的等位基因45个,具有负效应的等位基因40个,可用于指导西镇牛育种实践。     

IGF2基因多态性检测与生长性状相关性分析

采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA＞GA＞GG,长白猪3种基因型分布为:GA ＞AA＞GG.大白和长白猪的A等位基...     

鸡IGF1R基因多态性与生长和体组成性状的相关性研究

类胰岛素生长因子1型受体对细胞的生长、分化、增殖有重要调控作用,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为研究对象,采用PCR-RFLP方法,对鸡IGF1R基因外显子4的C→G(919C→G)和外显子13的T→C(2761T→C)两个突变进行多态性检测。结果表明,919C→G对股骨重有极显著影响(P<0.01),对5周龄体重有显著影响(P<0.05),对龙骨长、胫骨长和胫骨重有一定影响(P<0.1)。2761T→C突变位点对跖骨围、胫爪比率有极显著影响(P<0.01),对胫爪重、股骨重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定影响(P<0.1)。群体遗传学分析表明,919C→G、2761T→C两个位点的等位基因频率在两系间分布差异极显著(P<0.01)。因此初步推断IGF1R基因可能是控制鸡5周龄体重、骨骼生长发育的主(效)基因或与主(效)基因紧密连锁。     

无角陶赛特绵羊 18 号染色体微卫星标记与早期生长发育的关系

【目的】分析无角陶赛特绵羊群体的UMP、MNS19A、CSSM18、BDKRB、MULGE6、MULGE5等6个微卫星基因座的基因多态性,并研究这6个微卫星标记多态性对无角陶赛特绵羊早期生长发育的影响。【方法】采集新疆玛纳斯新澳畜牧有限责任公司种羊场163只无角陶赛特绵羊羔羊血液,利用微卫星分型方法分析6个微卫星标记在无角陶赛特绵羊群体中的遗传多态性,利用固定效应模型最大限度地消除或减少非遗传因素对早期生长发育的影响,然后选择基因效应显著影响的生产性状,用最小二乘方差法分析基因多态性与早期生长发育性状的相关性。【结果】微卫星标记UMP、MNS19A、CSSM18、BDKRB、MULGE6、MULGE5的等位基因数分别为3,4,4,5,5,8;平均多态信息含量为0.655,平均遗传杂合度为0.698,这6个微卫星标记在该研究群体均表现中度或者高度多态,且具有比较丰富的遗传多样性。固定效应模型分析结果显示:微卫星标记CSSM18显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量(P<0.05);微卫星标记MNS19A显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量(P<0.05),极显著影响2月龄胸围(P<0.01);微卫星标记BDKRB极显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量、2月龄胸围、3月龄体质量(P<0.01),显著影响3月龄臀宽(P<0.05)。分析比较这3个微卫星基因座不同基因型个体间的平均生产性能,结果显示微卫星标记MNS19A和BDKRB不同基因型间的平均生产性能差异显著(P<0.05)。【结论】微卫星标记MNS19A和BDKRB可以作为无角陶赛特绵羊相应生长性状的分子筛选标记。     

长顺绿壳蛋鸡体尺性状与IGF1基因相关性研究

采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对124只贵州长顺绿壳蛋鸡的胰岛素生长因子1基因(IGF1)的In3片段进行多态性分析,并与体尺性状进行关联性研究,为贵州绿壳蛋鸡的遗传评估提供资料,并为选育提供有育种价值的分子标记。结果表明:试验鸡群的IGF1基因In3片段存在3个单核苷酸突变位点,分别为A(-981)G、A(-953)T和T(-881)C;该群体偏离Hardy-Weinberg平衡状态,且该位点处于高度多态(PIC>0.5);F2F2基因型个体体斜长和胸深均低于其他基因型个体,推测该基因型可能是长顺绿壳蛋鸡向小型蛋鸡方向选育的有效分子标记。     

黔邵花猪CETP基因多态特征及其与生长性能的相关性

应用PCR-RFLP技术对湖南黔邵花猪280头个体的血浆胆固醇脂转移蛋白(CETP)基因436 bp进行扩增,用限制性内切酶AvaⅡ对其酶切可得到3种基因型.应用最小二乘单因素模型分析不同基因型对初生重、45日龄重、6月龄日重、体高、体长、膘厚的影响.结果显示:CETP基因AvaⅡ酶切位点的各基因型对各生长性状的影响差异显著(P<0.05),对膘厚的影响差异极显著(P<0.01),Aa基因型对初生重、45日龄重、6月龄重、体高、体长等性状的影响较大,AA基因型相对较低.由此可知,CETP基因是影响生长性状的一个重要基因.     

虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析

选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体（以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代）的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡。结果表明：在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2—4个不等,等位基因片段大小为95～440bp,平均等位基因数为2．70个,平均有效等位基因数为2．40个,观测杂合度平均值0．6280,期望杂合度平均值为0．5240,平均多态信息含量为0．4556,经卡方检验（P〈0．01）值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS8．2软件中的一般线性模型（GLM）对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明：在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。     

猪CXCL10基因SNPs与仔猪腹泻和生长性状关联分析

利用直接测序法研究猪C-X-C基序趋化因子10(C-X-C motif chemokine ligand 10,CXCL10)基因5′侧翼区域多态性,并开展5′侧翼区域和3′UTR遗传变异位点群体遗传结构分析及其与哺乳仔猪腹泻和生长性状关联分析.发现在CXCL10基因5′侧翼区域存在13个SNPs位点,建立针对5′侧翼区域SNP rs337535939 NdeⅠPCR-RFLP分型技术.在民猪和长白猪群体中作SNP rs337535939和SNP c.407T>C与表型性状关联分析.结果表明,G等位基因在民猪和长白猪群体中基因频率分别为0.51和0.82;GG型民猪和长白猪35日龄断奶重和日增重显著高于AA型个体.GG型长白猪具有低腹泻指数.SNP c.407T>C对民猪和长白猪腹泻和生长速度无影响.综上,选育GG型个体可降低腹泻发生率,提高仔猪日增重,有望作为新遗传标记.     

鸡F2群体的屠宰性状与微卫星DNA标记相关性研究

利用25个微卫星标记,对以隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本建立的F2资源群体500只鸡进行遗传检测,并测定各个体的活体重、屠体重、胸肌重、腿肌重和腹脂重,采用方差分析法对标记与性状进行连锁分析.结果表明:各位点平均等位基因数为5,平均杂合度为0.701 2,平均多态信息含量为0.646 8.方差分析显示:MCW0095、ABR0322、ADL289、MCW004、ADL166、MCW104和MCW67对活体重、屠体重有显著影响(P＜0.05或0.01);ADL211、MCW004和ADL0301对胸肌重有显著影响(P＜0.05或0.01);MCW004、ADL0301和MCW67对腿肌重有极显著影响(P＜0.01).表明这些标记与性状间可能存在连锁关系.     

紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的11对多态性简单重复序列(SSR) 标记对99份紫斑牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL2.1软件的一般线性模型(GLM)进行标记与32个观赏性状的关联分析。结果表明:11个多态性SSR标记共检测到94个等位变异,平均每个位点检测到等位变异8.5个;引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.146~0.850,平均值为0.593;遗传多样性变幅为0.152~0.862,平均为0.630。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现5个标记位点与6个性状显著关联(P＜0.01),各标记位点对表型变异的解释率为30.4%~55.8%,其中FJ024285和FJ024294标记与株高相关联,FE528073与顶小叶长、柱头颜色和房衣颜色相关联,FJ024287与柄叶比相关联,EU678295与色斑大小相关联。研究表明:所选紫斑牡丹种质资源群体的群体结构简单、遗传变异较为丰富,适用于紫斑牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与紫斑牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。