12份蕨类材料亲缘关系的SSR分析

利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6.53条多态性带,多态性比例为83.76%。通过NTSYS-pc2.10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0.351⁰.857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0.610.857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0.61⁰.63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。     

基于SSR分子标记的68份柚类种质资源亲缘关系分析

[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选.     

甘肃黄河沿岸39份枣品种亲缘关系的SSR分析

为了解甘肃黄河沿岸枣品种的遗传多样性,用SSR分子标记对39份枣品种进行遗传分析。20对SSR引物共扩增出142个条带,多态性条带百分率达100%。每对引物扩增的条带数为3～13个,平均每对引物扩增的条带数为7.10个,扩增片段大小为70～300 bp。引物BFU0308扩增的条带数最多,为13条,扩增条带最少的引物为JSSR198和JSSR289,各有3条。用NTSYS-pc V2.10软件计算的39份枣品种的遗传距离（GS）为0.000 0～0.993 8,平均遗传距离为0.558 7。结果表明,39份枣品种间遗传差异较大,遗传多样性丰富。UPGMA聚类图将39份枣品种分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅱ类群又分为4个亚群。结果表明,枣品种间的亲缘关系与品种原产地有一定相关性。亲缘关系近的品种有晋矮4号和晋矮3号、鸣山大枣、敦煌大枣、小口枣和开口酥等。SSR聚类分析结果也证实“大王枣”是与晋矮4号、晋矮3号起源相同的品种,“冷白玉2”是芒果冬枣类品种,“晋赞大枣”是壶瓶枣的同源品种。SSR分子标记技术揭示了甘肃黄河沿岸枣品种具有丰富的遗传多样性和复杂的亲缘关系,为有效解决枣品种命名混乱问题提供了依据,也为进一步研究和利用这些枣种质资源提供了依据。     

13份烟草种质遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用10对引物对吉林省11份晒烟种质和2份烤烟种质进行遗传多样性与亲缘关系的SSR分析,并作为参比。结果表明,10对引物共扩增出53条带,其中多态性条带45条,占扩增总带数的85%。不同种质间遗传相似系数介于0.321～0.893,表现出丰富的遗传多态性。聚类分析结果表明,烤烟与晒烟之间的遗传差异明显,而晒烟种内遗传基础相对狭窄。     

基于SSR分子标记分析海南地区甘薯种质材料的亲缘关系

[目的]分析海南地区甘薯种质材料间的亲缘关系,为海南地区甘薯种质资源的鉴定、引进和分子育种提供理论依据.[方法]从海南省及周边地区收集甘薯种质材料,从中筛选出长势较好的64份甘薯种质材料,利用30对SSR引物对其DNA进行PCR扩增,并进行UPGMA聚类分析及遗传距离分析,以期阐明其亲缘关系.[结果]30对引物共扩增得到161个清晰条带,其中多态性条带为135个,多态条带百分率达83.9%,平均每对引物扩增5.37个等位基因,各引物的多态信息含量(PIC)为0~0.75,平均为0.44.聚类分析结果表明,64份甘薯种质材料间的遗传相似性系数为0.74~0.98,平均为0.78,在遗传相似性系数0.75处可分为I、II和III三大类,86%甘薯种质材料归为第I类,遗传相似性系数总体较高;大部分采自海南的未知甘薯种质材料与采自江苏的材料关系较远,来自同一地区的材料分散于各个分支,无明显的地域性.64份甘薯种质材料间的遗传距离为0.02~0.37,平均为0.22,遗传距离整体较近.[结论]海南地区甘薯种质资源间的亲缘关系较近,遗传背景狭窄,可能是海南地区高温高湿、高光照等气候条件自然选择的结果.海南地区可适当引进亲缘关系较远的优质甘薯品种,促进种质创新,丰富海南甘薯的遗传资源.     

利用欧榛SSR标记分析榛属亲缘关系的研究

利用54对欧榛SSR引物,对榛属12个种、平欧杂交榛及平平欧杂交榛共64份榛属资源进行了遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,欧榛遗传变异丰富,64份榛属资源18对SSR引物在欧榛10个样本中共检测到95个等位基因,每个位点的等位基因数2～10个,观测杂合度值(Ho)和期望杂合度值(He)的变化范围分别为0.214～0.816和0.348～0.800。聚类分析结果显示,64份榛属种质可划分为6组,平榛与欧榛亲缘关系最近。由此可知,欧榛SSR标记是榛属植物资源遗传分析的有力工具,为平榛资源的遗传改良在分子水平上提供了理论依据和基础。     

基于山茶转录组的SSR标记开发及亲缘关系分析

【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420%、34.917%和15.473%;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61%;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机选用其中90对引物进行多态筛选,73对引物扩增产物与预期大小一致,有效扩增率为81.11%,29对引物存在扩增多态性,占39.73%。扩增得到72个等位基因,有效等位基因数平均达到3.264;观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638,引物多态信息含量平均为0.496;8份山茶种质在相似系数为0.58时,可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类,‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类,‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类。【结论】山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源,为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础。      

基于SSR分子标记的紫斑百合和栽培百合亲缘关系研究

[目的]分析紫斑百合与栽培百合的亲缘关系,为利用紫斑百合改良栽培百合杂交育种中亲本的选配提供指导.[方法]以6份紫斑百合野生资源和92份市场流行、广泛栽培的百合品种为材料,通过两轮温度梯度PCR筛选引物后,利用SSR引物对DNA进行PCR扩增,并进行UPGMA聚类分析.[结果]从100对SSR引物共筛选获得15对通用性好、多态性高、扩增条带清晰的引物.15对SSR引物在98份百合样品中共检测到93.0个等位位点,平均每对引物6.2个.多态性信息含量(PIC)为0.29-0.84,平均为0.66,其中PIC高于0.50的引物有13对,属于高多态性引物.UPGMA聚类分析结果显示,98份样品聚为两大分支,分支Ⅰ包括紫斑百合、O(东方百合)杂种系和OT杂种系,表明其遗传关系较近,筛选的15对SSR引物可将这3个类群进行有效区分;分支Ⅱ包括LA杂种系、L(麝香百合)杂种系和A(亚洲百合)杂种系,不同的类群间有部分交叉,筛选的15对引物不能对其进行有效区分.[结论]筛选出的15对SSR引物可将98份百合材料分为两大分支,并可应用于分支Ⅰ中3个类群的分子鉴定.紫斑百合与OT杂种系和O杂种系的遗传关系更近,在制定紫斑百合与栽培百合杂交组合时可先从OT杂种系和O杂种系的杂交改良展开研究,特别是聚在紫斑百合附近的优良OT百合品种.     

新疆苹果种质资源亲缘关系的SSR分析

[目的]以21份新疆苹果种质资源为实验材料,研究新疆苹果种质资源的亲缘关系,以期为新疆地方苹果品种可能是由新疆野苹果直接驯化而来的推论提供重要证据.[方法]利用分子生物学SSR技术,通过DNA的提取、纯度与浓度检测,SSR扩增反应的程序和体系组成、引物选择、PCR扩增及数据分析等,探讨新疆苹果资源间亲缘关系.[结果]若以遗传相似系数0.63为阈值,可将新疆苹果21份地方资源聚类成3组,新疆野苹果和新疆地方苹果品种交叉分布,说明新疆地方苹果品种与新疆野苹果具有相同的遗传背景,遗传相似度高,亲缘关系很近.[结论]新疆地方苹果品种可能是由新疆野苹果直接驯化而来,或是长期育种杂交或栽培过程中遗传变异造成的.     

青海省小麦主栽品种遗传多样性的SSR标记分析

采用SSR标记对青海省66份小麦主栽品种进行遗传多样性分析,筛选出20对扩增谱带稳定的引物,共检测出81个等位基因,平均每个位点检测出的等位基因为4.05个,变异范围2～8个,引物xgwm133-6B和xgwm3-3D的等位位点最多,均为8个;其次是xgwm2-3A和xgwm107-4B,均为6个。66份小麦材料的遗传相似系数为0.530 9～0.975 3。多态信息含量PIC为0.686 5,用popgene算出Shannon’sInformation index为0.367 2,Nei’s gene diversity为0.237 6。聚类分析结果显示,66份材料聚为4大类群,部分材料在聚类时从亲缘关系上没有被明显区分,说明这些材料的生长习性与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性,在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。     

澳大利亚与黄淮小麦品种的SSR遗传多样性比较

利用小麦21条染色体上的21个SSR标记,对16个澳大利亚小麦品种和21个黄淮小麦品种的遗传多样性进行了比较。结果表明,澳大利亚小麦品种共检出96个等位位点,平均为4.57个,平均遗传距离0.222 8。黄淮小麦品种共检测到86个等位位点,平均为4.1个,平均遗传距离0.173 1。电泳和聚类分析结果表明,澳大利亚小麦和黄淮小麦品种分别有10个和9个相对特异位点,携带相对特异位点的品种分别为6个和7个,75%以上地域来源相同的品种聚于相应的组。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

SSR标记用于贵州省喀斯特山区玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR标记对19个喀斯特山区常用玉米自交系进行遗传多样性分析,在此基础上又进行了杂种优势类划分。从90对引物中共筛选出46个能够稳定扩增的多态性引物,这46对引物共扩增出190条具有遗传多态性的条带,平均每个位点监测到的等位基因数为4.13个,变化范围为2～8个。每个位点的多态性信息量（PIC）变化于0.291～0.861之间,平均为0.623。供试材料的遗传距离变化范围为0.093～0.521,平均为0.342。UPGMA聚类分析结果表明,可将19个喀斯特山区常用玉米自交系划分为3个类群,分类结果与系谱来源基本一致。研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析。喀斯特山区地方玉米种质与温带玉米种质的遗传基础存在异质性,是温带玉米育种不可多得的异源种质。     

不同生态类型甘蓝型油菜的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了35个甘蓝型油菜(17个春性品种(系)和15个半冬性品种(系)以及3个春性品系与半冬性品系杂交选育出来的品系)的遗传多样性及其亲缘关系。研究结果表明:①30对SSR标记共扩增出90个多态性片段,其中多态性位点占总扩增位点的92.8%,平均每对引物检测等位基因3个,片段大小介于100~1 000 bp间。②利用由非加权类平均法(UPGMA)聚类分析表明,在遗传相似系数0.698处将35份材料分为5类,第I类包括17个材料,这17个材料除22号YYC-2为半冬性外,其余的均为春性材料;第Ⅱ类包括12个材料,其中18、19、20为春性和半冬性品系杂交选育出来的品系,其他的均为半冬性材料;第Ⅲ类包括3个半冬性材料,分别为华双3号、浙油758和华双2号;第IV类包括一个春性材料Wester;第V类包括两个半冬性材料中双9号和中双10号。从上述聚类结果看出总体上春性和春性材料聚在一起,半冬性和半冬性材料聚在一起,表明春性和半冬性品种(系)的遗传差异比较大。     

利用SSR标记研究爆裂玉米自交系的遗传变异及其与普通玉米的遗传关系

 利用113对多态性SSR引物研究了来源于8个基础材料的26个爆裂玉米自交系的遗传多样性及其与分属6个杂种优势类群的20个普通玉米骨干自交系的种质关系。在26个爆裂玉米自交系间共检测出301条带，平均每个位点的等位基因数为2.66个，多态性信息量为0.068～0.217，平均遗传距离为0.357。利用SSR数据进行聚类分析，将46个供试自交系分为爆裂和普通玉米自交系两大类；26个爆裂玉米自交系分为8个类群，高杂种优势组合的双亲自交系均属于不同类群，而在同一类群自交系间尚未组配出具有高杂种优势的组合；普通玉米自交系的分类结果与以往研究和育种实践相一致，表明SSR标记技术可以用于爆裂玉米自交系间的遗传多样性研究。不同类群爆裂玉米自交系与各类群普通玉米自交系的平均遗传距离为0.549～0.672，应根据两类自交系间的遗传关系对爆裂玉米自交系实施有针对性的分群改良。     

基于RAPD标记分析葱属7个栽培品种的遗传多样性

[目的]利用RAPD标记分析葱属7个栽培品种的遗传多样性。[方法]采取改良CTAB法提取植物的总DNA,从68个RAPD引物中筛选出25条具有多态性且扩增稳定的引物用于品种的DNA多态性分析,采用优化后的RAPD的PCR反应体系进行PCR扩增。利用MEGA4软件进行各品种间UPGMA聚类分析。[结果]从25个引物中共扩增出245条DNA带,其中99条为多态性带。根据聚类分析,葱属7个栽培品种可分为2类：汉中冬韭、阜丰1号和豫韭2号为1类;其他4个为1类,其中怀化大蒜和南宁大蒜、连葱6号和杭州分葱各为1小类;7个品种的相似系数范围为80．2％～99．8％。该聚类结果与依据表型特征的传统分类的结果一致。[结论]该研究为准确地进行葱属植物种质资源的鉴定、筛选和利用提供了科学依据。     

利用SSR分子标记分析番茄的遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自国内外的番茄材料共36份,利用番茄的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从400对SSR引物中筛选到24对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,利用NTSYS软件进行聚类分析结果显示,36份材料被聚成7大类。