蓝舌病、口蹄疫、小反刍兽疫和水泡性口炎多重PCR检测方法的建立

为建立一种检测并鉴别蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、小反刍兽疫病毒和水泡性口炎病毒感染的方法,针对蓝舌病病毒NS3基因、口蹄疫病毒3D基因、小反刍兽疫病毒N基因和水泡性口炎病毒N基因序列设计引物,优化反应体系和扩增条件,建立了一种同时检测4种病毒的多重PCR方法。对建立的多重PCR检测方法的特异性及敏感性进行检验,结果表明建立的多重PCR检测方法敏感性强、特异性良好,对4种病毒的最低检出限分别为PPRV 103 copies/μL、BTV 103 copies/μL、VSV 103 copies/μL和FMDV 102 copies/μL。本方法的建立对临床感染蓝舌病等4种病毒的病畜进行快速检测具有十分重要的意义。     

同时检测CSFV、PRRSV、PRV及PCV2多重荧光定量PCR方法的建立

为建立可以同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的快速、敏感的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的CSFV、PRRSV、PRV和PCV2 4种病毒的基因序列设计引物和探针,建立了一种能够用于同时检测这4种病毒的多重荧光定量PCR方法,并对其反应条件进行优化。结果显示,4种病毒的标准曲线相关系数均达到0.98以上,具有良好的线性关系。对CSFV、PRRSV、PRV和PCV2以外的其他病毒株核酸扩增均呈阴性,具有较强的特异性。灵敏度试验结果显示,该方法对这4种病毒的最低检测量均能达到10拷贝/μL。此外,该检测方法的批内和批间重复性试验变异系数均小于5%,表明所建立的方法具有很好的重复性。利用建立的方法对59例疑似猪繁殖障碍疾病样本进行检测,结果显示,单一病毒感染样本7例,阳性率为11.86%;2种或3种病毒混合感染阳性率为44.07%(26/59);无4种病毒同时感染的样本。以上结果表明所建立的检测方法具有快速、准确、特异性好、灵敏度高等特点,能够对CSFV、PRRSV、PRV和PCV2病毒同时进行检测,可以用于相关疫情的监测及防控。     

PCV2、PPV、PRV、PRRSV和CSFV复合PCR检测方法的建立

根据GenBank上猪圆环病毒2型（PCV2）、猪细小病毒（PPV）、猪伪狂犬病病毒（PRV）、猪繁殖与呼吸综合征（PRRSV）和猪瘟病毒（CSFV）的已发表序列,分别设计并合成了5对特异性扩增引物,建立PCV2、PPV、PRV、PRRSV和CSFV单项PCR检测方法,分别扩增出预期的466bp、759bp、349bp、202bp和706bp片段。在优化单项PCR反应条件基础上,建立了PCV2．PPV-PRV-PRRSV-CSFV复合PCR检测方法,为预防和控制上述几种病毒性传染病提供了一种快速、敏感、特异的检测方法。     

鸡白色念珠菌、传染性支气管炎病毒、新城疫病毒三重PCR检测方法的建立与应用

根椐Gen Bank中已发表的白色念珠菌(CA)、传染性支气管炎病毒(IBV)、新城疫病毒(NDV)基因序列设计并合成三种病原的特异性检测引物,通过三重PCR反应条件的优化,建立了检测三种病原的PCR检测方法。该方法对同一样品中的CA、IBV和NDV核酸模板可同时扩增出231 bp、417 bp和747 bp的特异性片段,检测光滑念珠菌(CG)、克柔念珠菌(CK)、热带念珠菌(CT)、H9亚型禽流感病毒(AIV H9)、鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)、减蛋综合症病毒(EDSV)等7种禽病病原均为阴性,该方法对CA DNA、IBV c DNA、NDV c DNA的检测最低限度分别为25.0,33.5,36.5 pg,临床样品检测结果表明三重PCR检测方法可以用于这三种病原单独和混合感染的检测和鉴别诊断。说明所建立的三重PCR检测方法具有很好的特异性、敏感性、重复性和临床适用性,为三种病原单独或混合感染的检测和鉴别诊断提供了一种操作简单、检测快速的分子生物学诊断方法。     

PEDV、TGEV、PoRV和PKV多重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为快速鉴别诊断猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)和猪嵴病毒(PKV),根据PEDV的M基因、TGEV的N基因、PoRV的VP6基因和PKV的3D基因序列设计4对特异性引物,通过PCR扩增目的片段并构建重组质粒,建立了一种可同时检测4种病毒的RT-PCR诊断方法,该方法可特异性扩增这4种病毒的相应片段,而对猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)均无扩增,最低检出量分别为1.33×10^4、1.33×10^3、1.33×10^4、1.33×10^5copies/μL。应用该方法对临床55份猪腹泻样品进行检测,结果检测出14份PEDV、1份PoRV和27份PKV,未检出TGEV,其中PEDV和PKV混合感染9份。上述结果表明,建立的多重RT-PCR检测方法快速、特异、敏感,可用于以上4种腹泻病毒的临床检测和流行病学调查。     

PDCoV、PEAV、TGEV及PEDV“一步法”多重荧光RT-PCR的建立和应用

为快速鉴别检测猪冠状病毒,使用一步法试剂,对猪δ冠状病毒、猪肠道α冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及猪流行性腹泻病毒的检测方法进行优化,建立了同时检测上述4种病毒的“一步法”多重荧光RTPCR。随后对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评估,并将其用于厦门市规模猪场上述4种腹泻病毒感染的流行病学调查。结果显示:该方法的敏感性高,对上述4种病毒阳性质粒的最低检出限均可达10¹ copies/μL;特异性好,对4种病毒的单一及混合模板进行检测时,均可在相应荧光通道中获得良好的扩增曲线,而对其他病毒和细菌无扩增信号;重复性好,批间试验变异系数小于1.1%。使用该方法对从厦门市53家猪场采集的265份腹泻样品进行检测,4 h即可完成全部检测,猪δ冠状病毒和猪流行性腹泻病毒的场阳性率分别为18.87%和5.66%,未检出猪肠道α冠状病毒和猪传染性胃肠炎病毒。结果表明,本研究建立的方法敏感性高,特异性及重复性好,操作简便、耗时短,适用于临床大批量样本的检测,可为防控猪腹泻疾病提供有力的技术支持。     

应用三重荧光RT-PCR方法检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸

为了验证三重荧光RT-PCR方法检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸的可行性,应用建立的方法分别检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒和新城疫病毒抗原,验证该方法的特异性、敏感性和重复性,并用建立的方法检测临床样品。结果为,三重荧光RT-PCR方法能分别特异检出H5、H7和H9亚型禽流感病毒抗原。最低的检出限为H5亚型禽流感抗原(Re-11株)10-7的稀释度,变异系数(CV)为1.25%。检测100份鸡喉拭子,H5、H7亚型禽流感病毒核酸均为阴性,H9亚型禽流感病毒核酸13份阳性,阳性率为13.00%。结果表明,建立的三重荧光RT-PCR方法通过一个反应体系可以检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸、具有快速、灵敏、特异的特点,适合对禽类的大规模监测。     

高通量核酸液相芯片检测法对H5、H9亚型禽流感病毒及新城疫病毒的检测

为建立禽流感病毒和新城疫病毒的液相芯片快速检测方法,试验设计并合成针对H5、H9亚型禽流感病毒HA基因以及新城疫病毒NP基因的特异性引物、探针及探针反向序列,并将下游引物和探针反向序列进行生物素标记。将探针与不同编号的荧光编码微球偶联。通过将探针-荧光编码微球偶联物与HA、NP基因的PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪检测荧光信号建立禽流感和新城疫快速液相芯片检测方法。结果显示,该法具有较高的特异性和灵敏度,非特异性反应很小,无明显交叉反应,该液相芯片快速高通量检测方法可同时检测新城疫病毒、H9亚型和H5亚型禽流感病毒,三株病毒毒株抗原的检测灵敏度分别为10~(-4)、10~(-5)和10~(-5)。同时,检测结果显示:三个毒株同步检测与单个毒株分别检测在检测的灵敏上度基本相当。研究建立的可以同时检测新城疫病毒、H9亚型和H5亚型禽流感病毒的快速高通量液相芯片方法,为该类病毒的检测提供了一种新工具,同时也为其他类似病毒的检测提供了借鉴。     

O、A、Asia 1型口蹄疫病毒胶体金定量检测免疫层析方法的建立

旨在建立口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus, FMDV)抗原血清型的快速分型和定量的检测方法,利用双抗体夹心法,将口蹄疫病毒的兔抗及豚鼠抗体作为标记胶体金与NC膜检测带的原料,分别制备出检测O、A、Asia 1血清型的3种层析试纸卡。通过对标定的抗原标准品146S检测,拟合出定量标准曲线。免疫层析方法的质量验证通过特异性、敏感性、重复性及与蔗糖密度梯度法(sucrose density gradient, SDG)的相关性进行评价。结果显示:建立的快速定量检测方法,3种血清型口蹄疫病毒间无交叉反应,同时与其他非口蹄疫病毒,如塞内卡病毒A型(SVA)、猪水疱病病毒(SVDV)、猪水疱性口炎病毒(VSV)无非特异反应;敏感性研究,对O、A、Asia 1型病毒的最低检出量分别为0.567、0.693、0.219μg·mL^-1,拟合的3条标准曲线的线性相关系数R~2>0.97,新建立方法与蔗糖密度梯度法检测结果的相关系数均>0.9, 3种层析试纸卡的变异系数均小于10%。综上表明,建立的口蹄疫O、A、Asia1型病毒胶体金免疫层析定量检测试纸卡方法,可以用于口蹄疫病毒抗原快速鉴别、血清分型与146S定量检测。     

多重荧光RT-PCR技术检测猪流感病毒、猪乙型脑炎病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒方法的建立

[目的] 建立能同时鉴测猪流感病毒（SIV）、猪乙型脑炎病毒（JEV）、猪瘟病毒（CSFV）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的多重荧光RT-PCR方法。[方法] 根据4种病原体的高度保守基因序列,设计相应引物和探针,并对引物和探针浓度进行优化,检测48例疑似样本。[结果] 建立了多重荧光RT-PCR方法,检测48例临床样本中,4种病毒均未感染的1例,SIV与JEV混合感染占2.1?%,CSFV与PRRSV混合感染为31.3?%。[结论] 多重荧光RT-PCR对四种病原体的检测准确性好,具有快速的特点。     

猪流感病毒H1、H3、N1、N2亚型分型 RT-PCR方法的建立

根据GenBank中H1N1和H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和M基因保守序列,分别设计合成了5对特异性引物,利用RT-PCR技术对SIV的型和亚型进行鉴定。结果表明,该方法的型RT-PCR可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA;H1、H3、N1和N2的亚型RT-PCR均可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA。除每对特异性引物所对应的亚型外,对其他亚型及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测均为阴性,应用该方法对临床样品进行检测,其结果与病毒分离结果符合率为100%。结果表明,该方法特异性好、敏感性高,有望成为SIV的一种特异、敏感、快速的分型检测方法,为猪流感分子流行病学的调查奠定了良好的基础。     

O型、A型及Asia-1型口蹄疫病毒多重RT-PCR检测方法的建立

根据口蹄疫病毒VP1基因序列,利用Primer Premier 5.0软件设计4条特异性引物,通过对退火温度等反应条件进行优化,建立能够同时扩增出O型、A型、Asia-1型口蹄疫病毒的多重RT-PCR检测方法。结果表明,建立的方法最低可以检测出约含1 pg/μL的病毒样品;该方法对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒等其他相关病毒的检测结果均为阴性,特异性良好。建立的方法能够对口蹄疫O型、A型、Asia-1型病毒准确定型,可广泛用于口蹄疫病毒3个血清型的快速检测和分子流行病学调查。     

同时检测猪圆环病毒2型、猪细小病毒和伪狂犬病毒连接酶检测反应-PCR基因芯片检测方法的建立

为快速、灵敏、准确地同时检测和鉴别猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)和伪狂犬病毒(PRV)的方法,本研究采用连接酶检测反应(LDR)-PCR和基因芯片技术建立一种新型检测方法.首先在3种病毒的保守区内分别设计一对LDR探针,两端各连接一段通用序列,依次进行LDR、通用引物荧光标记扩增和芯片杂交,同时比较引物标记和Cy5 -dCTP标记方法的灵敏度.结果表明该方法可以特异地检测PCV2、PPV和PRV3种病毒,而对牛病毒性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪瘟病毒、乙型脑炎病毒、猪圆环病毒1型检测结果均为阴性;对3种病毒的最低检测限少于10个拷贝;Cy5-dCTP标记检测的灵敏度显著高于引物标记.利用建立的方法对41例临床样品进行检测,与普通PCR检测结果符合率为97.6％～100％.该方法的建立为基础研究和临床应用提供了技术平台.     

PRRSV、CSFV与SIV三重RT-PCR检测方法的建立

为建立可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)与猪流感病毒(SIV)三重RT-PCR方法,根据Gen Bank登录的相关病毒基因序列,选择保守区域设计引物,经过反应条件的优化,建立了可同时检测以上3种病毒的RT-PCR诊断方法,扩增的目的片段长度分别为364 bp(PRRSV)、530 bp(CSFV)和981 bp(SIV)。通过试验证明该方法具有良好的特异性和较高的敏感性,对PRRSV、CSFV和SIV的核酸检测最低浓度分别为3.2×10-2、8.3×10-2和3.7×10-2ng。该方法的成功建立为快速高效地检测以上3种病毒提供了有力手段。     

猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征、猪伪狂犬病、圆环病毒病等主要疫病的调查分析

为了解广西贺州市猪瘟病毒（CSFV）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪伪狂犬病毒（PRV）以及猪圆环病毒（PCV）等病毒性传染病的流行情况,2018—2019年在该市无害化处理场进行采样监测,采用实时荧光定量PCR方法进行病毒核酸检测,分别对猪圆环病毒1型、2型、3型进行检测。结果表明,在检测的病毒核酸中,猪圆环病毒核酸阳性率最高,为58.52%。其中,又以猪圆环病毒2型病毒核酸阳性率最高,达53.98%。此外,样品中同时检出猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒混合感染的阳性率最高达14.20%。猪圆环病毒不同基因型的混合感染中,2型、3型混合感染的感染率最高,为4.26%。说明该市存在CSFV、PRRSV、PRV、PCV 4种病毒的散发性流行及混合感染,应加以重视。     

PEDV、TGEV、RV多重RT-PCR检测方法的建立与应用

为了快速准确诊断猪流行性腹泻病毒 (PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)、猪轮状病毒(RV)引起的猪腹泻病,通过设计三对引物,建立了扩增PEDV、TGEV、RV的多重RT-PCR方法,用于临床上大量腹泻病料的鉴定。该方法特异敏感,能同时检测PEDV、TGEV、RV,而对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型病毒、乙型脑炎病毒、猪细小病毒等无扩增,检测的抗原稀释极限为107。用于35个猪场120份临床样品的检测,PEDV阳性率占37.5%,TGEV阳性率占0.75%,RV阳性率占1.25%。PEDV阳性病料测序结果分析表明,与近几年分离毒株亲缘关系较近,与经典毒株和疫苗株亲缘关系较远。结果表明建立的多重PCR方法特异性强、敏感度高,能用于临床诊断及流行病学调查。     

仔猪蓝耳病病毒、圆环病毒和链球菌混合感染的诊断

为诊断黑龙江省某猪场暴发的猪病,采用流行病学调查、临床检查和病理剖检以及实验室检测技术,通过PCR检测、革兰氏染色、生化试验等方法对无菌采集的病料进行检测。PCR检测结果显示猪圆环病毒和蓝耳病病毒为核酸阳性条带,革兰氏染色和生化试验结果为链球菌,最终证明该群病猪为圆环病毒、蓝耳病病毒和链球菌混合感染。本文提出了一些预防保护措施,也为猪圆环病毒病和蓝耳病的防治提供了参考。     

牛副流感3型病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒和牛支原体多重PCR检测方法的建立

为建立检测牛副流感3型病毒(BPIV3)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛支原体(M.bovis)的多重PCR检测方法,本研究根据GenBank中登录的BPIV3的HN基因、IBRV的g C基因、BVDV的5'UTR和M.bovis的oppD/F基因序列设计特异性引物,通过优化反应条件建立了一种可以同时检测以上4种病原的多重PCR方法。结果显示,该方法对牛呼吸道合胞体病毒、小反刍兽疫病毒、牛布鲁氏菌、羊布鲁氏菌、牛源多杀巴氏杆菌A型和B型无特异性扩增,对BPIV3和BVDV的cDNA最低检测量分别为100 pg和1 ng,对IBRV和M.bovis的DNA最低检测量分别为10 pg和100 pg,具有较高的特异性和灵敏性。对临床33份鼻拭子样品和12份牛肺样品的检测结果与已发表文献中PCR方法的检测结果一致。本研究建立的多重PCR检测方法可同时对BPIV3、IBRV、BVDV和M.bovis进行检测,为这4种病原的诊断和检测提供了一种实用、便捷的方法。     

绵羊痘病毒、山羊痘病毒及羊口疮病毒多重PCR检测方法的建立和应用

为了建立鉴别绵羊痘病毒(SPPV)、山羊痘病毒(GTPV)和羊口疮病毒(ORFV)的多重PCR检测方法,针对GenBank中3种病毒的基因组序列,合成了3对引物,通过优化多重PCR反应条件,建立了鉴别检测3种病毒的多重PCR方法。特异性试验表明,应用该方法可分别扩增出3种病毒对应的目的片段,对大肠埃希菌、沙门菌、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、Vero细胞、正常羊组织的DNA和灭菌双蒸水均无扩增;敏感性试验表明,该方法最低检测量分别为30.46pg/μL的绵羊痘病毒、28.9pg/μL的山羊痘病毒和26.94pg/μL的羊口疮病毒基因组DNA;应用本方法对85份临床病料进行检测,结果与其他已建立的单项PCR检测方法结果一致,说明该方法可以用于临床上SPPV、GTPV和ORFV的鉴别诊断。     

猪流行性腹泻病毒、传染性胃肠炎病毒、A群轮状病毒和嵴病毒多重RTPCR检测方法的建立及临床应用

本研究建立了可同时检测猪流行性腹泻病毒（Porcineepidemicdiarrheavirus,PEDV）、传染性胃肠炎病毒（TransmissiblegastroenteritisVirus,TGEV）、A群轮状病毒（GroupArotavirus,GARV）和猪嵴病毒（Porcinekobu—virus）的多重RT—PCR方法。检测中,建立的多重RT—PCR方法能够检测到500Pg的TGEV、PEDV、GARV和猪嵴病毒等量混合RNA模板,与常规的单一RT—PCR检测结果基本相同（检测TGEV、PEDV、GARV和猪嵴病毒的灵敏性分别为1000A、1000／6、93．33％和96．67％,特异性均为i00％）。结果表明,建立的多重RTPCR方法敏感性和特异性良好,可作为临床上猪病毒性腹泻病因快速、高效的诊断工具。应用该方法对2010—2012年华中地区190份腹泻仔猪样本进行检测,PEDV、TGEV、GARV和猪嵴病毒的阳性率分别为62．11％、0．53％、7．37％和82．11％。混合感染方面,PEDV和猪嵴病毒混合感染率为47．89％,PEDV和GARV混合感染率为4．74％,GARV和猪嵴病毒混合感染率为7．37％,PEDV、GARV和猪嵴病毒混合感染率为4．74％,未发现TGEV与其它3种病毒的混合感染情况。另外,有27份样本中仅检出PEDV（14．21％）,57份样本只检出猪嵴病毒（30％）。分析表明,我国自2010年底大面积暴发的病毒性腹泻是多病原混合感染造成的,主要病原为PEDV,猪嵴病毒在其中所起作用尚待进一步验证和研究。