套式PCR在支原体检测中的应用

支原体(Mycoplasma)是一类缺乏细胞壁的原核微生物,它对猪、牛、禽以及实验动物等具有广泛的致病性,主要以侵害呼吸系统和生殖系统为主,还能引起关节炎、乳腺炎以及眼部感染.由于它为难培养的微生物,因而限制了一般实验室对其深入的研究.目前,其检测方法主要有分离培养法、电镜法、血清学方法以及核酸探针法等[1],但都存在着种种不足.进入20世纪90年代之后,国内外众多学者在PCR技术广泛应用的基础上,发展并形成了套式PCR方法(nested PCR,nPCR)来研究支原体.目前,应用套式PCR技术已在组织细胞培养中的支原体污染、动物支原体病诊断和人类疾病与支原体感染中得到了广泛的应用.     

套式PCR检测奶牛粪便中隐孢子虫

为了检测样品中的微量隐孢子虫，从含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中，直接提取DNA用作初始PCR（Initial-PCR）模板，以稀释的初始PCR的产物为模板进行套式PCR（Nested-PCR），用两对人工合成寡核苷酸分别作为两PCR的引物，扩增大小分别为540pb、258pb的特异片段。PCR产物经电泳鉴定，可从阳性粪便标本DNA抽提物中扩增出目的片段，而阴性对照不能扩增目的片段；初始PCR、套式PCR的敏感小生最低可分别检测到含卵囊100、5个／g粪便。初步应用结果表明某奶牛场的奶牛自然感染率为16.4％。试验表明套式PCR的敏感性比普通PCR约高100倍，能用于奶牛隐孢子虫感染情况的调查。     

套式PCR检测马巴贝斯虫

根据GenBank中马巴贝斯虫(Babesia equi)ema-1基因序列,设计合成内外2对引物,其中外引物扩增ema-1基因60～627nt间567 bp片段,内引物扩增ema-1基因259～488nt间229bp片段。从实验室感染马巴贝斯虫阳性马匹全血样本中提取DNA,采取2次扩增的方法,扩增到229bp特异性条带,建立了适合马巴贝斯虫快速检测的套式PCR方法。经重复性试验和特异性试验,结果显示,马巴贝斯虫阳性样本在229bp均出现条带,而驽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫扩增结果为阴性。采用该方法对已知阴、阳性的16份马匹全血样品进行检测,有8份为阳性,与实际结果的符合率为100%。表明,所建立的方法具有较高的重复性和特异性,可用于马巴贝斯虫病的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查。     

狂犬病套式PCR检测技术的研究

设计两对引物M1/M2、N1/N2建立起套式PCR,该方法能检测出含0.3LD50狂犬病病毒,比普通PCR的敏感性提高了10000倍,通过27份阳性病料的序列分析,所检测出的病毒全部是狂犬病病毒,具有很强的特异性。表明套式PCR技术具有快速、敏感、特异的特点,可广泛应用于实验室狂犬病的诊断及流行病学调查。     

用半套式PCR检测犬瘟热病毒的研究

根据ＧｅｎＢａｎＫ中Ｂａｒｒｅｔｔ报道的犬瘟热病毒Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ弱毒株的附着或血凝蛋白基因序列,设计合成了能扩增７６０ｂｐ基因片段的半套式引物。用异硫氰酸胍－－酚－－仿一步抽取法提取细胞总ＲＡＮ进行反转录,再以此产物进行半套式ＰＣＲ扩增,并筛选出最佳ＰＣＲ扩增。结果经半套式ＰＣＲ扩增能得到与设计片段大小相同的产物,并且不扩增犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒的核酸。敏感性试验     

鸭圆环病毒套式PCR检测方法的建立

根据GenBank发布的鸭圆环病毒(duck circovirus,DuCV)序列(AY228555),运用Primer Premier 5.0设计2对引物,建立了适合DuCV快速检测的套式PCR方法,采用该方法对从安徽省望江县采集的发病鸭肝脏、胸腺、法氏囊、肾脏和脾脏等内脏病料进行DuCV检测。结果显示,套式PCR对所有内脏病料均能扩增出340 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝脏、鸭瘟病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、网状内皮组织增生病毒、鸡传染性贫血病毒、鸭源大肠杆菌和鸭疫里氏杆菌的扩增结果均为阴性;该方法第1次扩增的敏感性是1 ng,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高106倍;表明本试验所建立的套式PCR方法可用于鸭圆环病毒(DuCV)感染的临床诊断和流行病学调查。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌的套式PCR检测

根据猪传染性胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)apxⅣA毒素基因的序列,设计了两对特异性引物P1/P4和P6/P8,建立了检测APP全部15个血清型的套式PCR方法.对APP的15个国际标准血清型和国内的APP菌株进行了PCR检测,都能得到223 bp的特异性扩增产物;检测的灵敏度可达1.3 CFU,最低检出DNA浓度为9 fg.     

应用逆转录套式PCR检测新城疫病毒核酸

选择DNV融合蛋白保守的编码区域,设计并合成了一对外引物和一对内引物,建立并优化了检测新城疫病毒核酸的逆转录套式PCRI地,通过检测NDV感染的实验客观存在病料和临床病料,结果表明,逆转录套式PCR法最低能鉴别出约0.3pg的NDV RNA,攻毒后第8天还能从非免疫鸡和SPF鸡泄殖腔拭子中检出DNV,第8天非免疫鸡泄殖腔拭子中NDV的最大检出率为5/10,第8天SPF鸡泄殖腔拭子中NDV的最大检出率为6/10,对非免疫鸡和SPF鸡的泄殖腔中NDV最佳检出时间均在攻毒后第5天。逆转录套式PCRY应运地临床样品中DNV的最大检出率为6/7,经核酸杂交验证,该法具有很高的特异性和敏感性,也比较简便快速,为从分子水平探讨NDV的发病机理、临床早期快速诊断提供了新的研究手段。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒（DHV—Ⅰ）A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-I快速检测的逆转录套式PCR方法（RT-nested-PCR）,采用该方法对DHV-Ⅰ A66弱毒株和R85952强毒株进行了检测。结果显示,均能扩增到304bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒（H9亚型）、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100Pg,第2次扩增的敏感性是1fg,第2次比第1次扩增的敏感性高10^6倍。表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎（DVH）的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。     

鸡贫血病病毒套式PCR检测方法的建立及应用

鸡贫血病病毒不仅引起鸡的传染性贫血 ,而且也是引起鸡免疫抑制病的主要病原。本研究首次在国内建立了鸡贫血病病毒的套式PCR检测方法。试验证明此方法具有高度的特异性和敏感性 ,以鸡马立克氏病毒、鸡网状内皮组织增生病毒、鸡传染性法氏囊病毒、正常MDCC_MSB1细胞DNA作为模板扩增时均未出现可见带 ,在检测鸡的各种组织病料时均未出现假阳性结果 ,该法比一次性PCR的敏感性高约 1 0 0 0倍 ,能检测到约一个拷贝的鸡贫血病病毒DNA ,而一次性PCR只能检测到3.6× 1 0 3 个拷贝。此方法已成功地应用于临床试验。对于鸡贫血病毒的许多鸡胚分离物和细胞分离物 ,一次性PCR不能扩增出可见电泳条带 ,而套式PCR都能扩增出特异的DNA片段 ,从而说明 ,套式PCR的敏感性大大高于一次性PCR ,可消除一次性PCR产生的假阴性结果     

羊附红细胞体病PCR检测方法的建立

根据羊附红细胞体的16S rRNA基因参考序列，设计1对特异性引物．建立了检测羊附红细胞体的PCR技术。用本方法从感染血样中特异扩增出1条预期大小为1169bp的片段。该方法灵敏、快速、特异性高．可用于羊附红细胞体病的早期快速诊断和流行病学调查。     

实时荧光PCR检测牛边缘无浆体方法的建立及应用

根据牛边缘无浆体表面蛋白4的保守基因序列设计特异引物AMOC9/AMOC5、AMOC10/AMOC12和特异性探针MP,首次建立了牛边缘无浆体的实时荧光PCR检测方法,检测DNA的最低限度为200 fg。对中央无浆体、绵羊无浆体、牛巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫、羊莫氏巴贝斯虫、山羊泰勒虫、温氏附红细胞体、东方巴贝斯虫、刚地弓形虫和伊氏锥虫进行检测,无荧光检测信号。本研究用所建立的方法检测采自江苏和哈尔滨的180份抗凝血（奶牛和肉牛）,其阳性率为8.9%。结果表明,建立的实时荧光PCR检测牛边缘无浆体的方法具有较高的特异性和敏感性,可用于牛边缘无浆体病的流行病学调查、检疫和监测。     

利用聚合酶链反应技术检测牛结核杆菌病的研究

应用聚合酶链反应（ Ｐ Ｃ Ｒ） 技术检测牛结核分枝杆菌纯化 Ｄ Ｎ Ａ, 其敏感性为２５０ｆｇ 。所用引物序列对９种抗酸分枝杆菌 Ｄ Ｎ Ａ 进行扩增, 经琼脂糖凝胶电泳证实, 只有人型结核分枝杆菌、牛型结核分枝杆菌产生了３１７ｂｐ 的特异性扩增带。将 Ｐ Ｃ Ｒ 法与皮内变态反应试验（ Ｐ Ｐ Ｄ） 检测方法比较; ５４ 份血样标本中 Ｐ Ｃ Ｒ 的阳性率为１ ％ , Ｐ Ｐ Ｄ 试验的阳性率为０ 。同时对奶样标本的检测与血样结果一致。结果表明, Ｐ Ｃ Ｒ 在直接检测患牛血样、奶样标本中显示出快速、敏感、特异的优点。为今后牛结核病的检测工作提供了一条新的途径。     

动物性食品中奇异变形杆菌PCR检测方法的研究

研究制定动物源性食品中奇异变形杆菌的PCR检测方法,为日常食品卫生监测提供快速检验的依据。根据奇异变形杆菌抗亚碲酸盐基因的保守序列设计Q248F/R,确定PCR条件,利用标准菌株检验方法的特异性和敏感度。引物Q248对奇异变形杆菌检测具有良好的特异性,对人工布菌样品的检测敏感度达1.2×102cfu/100g。通过对扩增目的片段的核酸序列测定,目的片段大小为248bp。该方法用于奇异变形杆菌检测具有特异性强、敏感、快速的特点,适用于动物性食品中奇异变形杆菌检测的快速筛选检验。     

鸡传染性贫血病毒套式PCR检测方法的建立

本试验根据GenBank中登录的禽传染性贫血病毒(CAV)基因序列,设计合成2对引物,外引物的扩增片段大小为485 bp,内引物的扩增片段大小为297 bp,建立了适合CAV快速检测的套式PCR方法(nested PCR),并采用该方法对CAV阳性毒株及临床病料进行了检测。结果显示,该方法能扩增到297 bp的条带,禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽网状内皮增生病病毒、减蛋综合征病毒、禽呼肠孤病毒、马立克氏病病毒的扩增结果均为阴性。该方法第1步扩增的敏感性是100 pg,第2步PCR扩增的敏感性是1 fg,敏感性提高了10⁵倍。本研究建立的CAV套式PCR方法具有敏感性高、重复性好、特异性强等优点,可用于CAV的临床诊断和分子流行病学调查等。     

Prevalence and genetic diversity of Anaplasma marginale strains in cattle in South Africa

Bovine anaplasmosis, caused by the tick-borne rickettsia Anaplasma marginale, is endemic in South Africa and results in considerable economic loss to the cattle industry. This study was designed to characterize strains of A. marginale at the molecular level from cattle raised in communal and commercial farms in the north-eastern and south-western regions of the Free State Province, South Africa, that varied in rainfall and vegetation. Seroprevalence to A. marginale was determined in 755 cattle by an Anaplasma spp. competitive enzyme-linked immunosorbent assay and ranged from 44% to 98% and was similar in both regions. While Anaplasma centrale was not targeted in this study, A. marginale infections were identified by species-specific msp1alpha polymerase chain reaction in 129 of 215 of the samples studied. Similar genetic diversity of A. marginale strains was found in both the north-eastern and south-western regions. The sequences of 29 A. marginalemsp1alpha amplicons from South African strains revealed considerable genetic diversity providing 14 new repeat sequences. However, 42% of MSP1a repeat sequences were not unique to this region. These results indicated the presence of common genotypes between South African, American and European strains of A. marginale. Cattle movement between different parts of South Africa was suggested by the presence of identical A. marginale MSP1a genotypes in north-eastern and south-western regions of the Free State Province. Control strategies for anaplasmosis in South Africa should therefore be designed to be protective against genetically heterogeneous strains of A. marginale.     

用聚合酶链反应检测羊流产衣原体的初步研究

依据鹦鹉热衣原体羊流产株的主要外膜蛋白基因核苷酸顺序,设计,合成了１对ＰＣＲ引物,利用该对引物,以衣原体基因组ＤＮＡ为模板,可以用ＰＣＲ扩增出－１．１７ＫｂＤＮＡ片段,检测灵敏度可达０．１ｐｇ。采集衣原体感染的山羊流产胎衣等病料制取核酸样品,进行ＰＣＲ检测,同样扩增出特异性条带。作为对照的健康动物组织,常见病原菌的核酸样品则都呈阴性反应,用建立的ＰＣＲ检测衣原体的方法检查了６５份自然病料,有６份呈     

应用反转录多聚酶链反应（RT－PCR）对鸡传染性法氏囊病毒的基因检测研究

参考Ｃｕｌ株核酸序列自行设计一对２０ｂｐ序列为引物，经反转录和ＰＣＲ扩增传染性法氏囊病毒（ＩＢＤＶ）核酸高度保守的Ｖｐ４编码区中１５０ｂｐ的片段，用于检测ＩＢＤＶ。对德国Ｃｕｌ株、美国标准强毒ＳＴＣ和变异株１０８４Ｅ、中国ｑ８０１以及７个国内野外分离株分别进行扩增，同时对新城疫病毒（ＮＤＶ）、马立克氏病毒（ＭＤＶ）、禽呼肠孤病毒（ＲＥＯＶ）、禽腺病毒（ＨＡＡ）、Ｖｅｒｏ细胞、ＳＰＦ鸡法氏囊组织进行扩增后，２％琼脂糖凝胶电泳分析，１１株ＩＢＤＶ都出现分子量大小与设计相符合的ＤＮＡ扩增带，４种其他病毒、囊组织和Ｖｅｒｏ细胞都未出现任何扩增带。建立了直接采用细胞毒或组织毒进行ＰＣＲ的快速简便的核酸提取方法，应用二级ＰＣＲ扩增出了与一级ＰＣＲ相符的更加清晰的扩增带。     

应用PCR检测禽腺病毒

根据禽腺病毒 CELO株的基因序列 ,设计合成了 1对引物 :上游引物为 5′-CCCTCCCACCGC-TAACCA-3′,下游引物为 5′-CACGTTGCCCTTATCTTGC-3′。用这对引物对 群禽腺病毒中 1 2个血清型病毒和 1 9个分离野毒株、 群 4个血清型病毒、 群禽腺病毒株的核酸模板进行了 PCR扩增 ,结果均特异性地扩增出了与设计片段大小相一致的 4 2 1 bp片段 ,而对其他 5种禽病病原体和哺乳动物腺病毒血清 2型核酸模板的扩增均为阴性。该 PCR能检出 1 fg禽腺病毒 DNA模板     

PCR检测犬腺病毒方法的建立

利用人工合成的两条引物,对病犬肝脏和细胞培养物冻融上清中的1、2型犬腺病毒DNA进行多聚酶链式反应（PCR）检测;再将扩增产物进行同位素标记,与纯化病毒DNA进行打点杂交。扩增产物经电泳分析结果表明,其大小与设计的引物间的序列大小基本一致;扩增产物经标记后只与犬腺病毒DNA发生杂交反应,表明其为犬腺病毒特异性核酸片段。