大白猪肿瘤坏死因子α基因启动子区多态性及其对mRNA表达水平的影响

肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor,TNF-α)基因在机体固有免疫和炎症反应中发挥重要作用,本研究旨在分析大白猪TNF-α基因启动子区C-791T多态性及其与基因表达之间的关系,为分析TNF-α基因启动子区C-791T突变的遗传学效应提供科学依据。本试验利用PCR-SSCP方法对201头大白猪TNF-α基因启动子区C-791T位点多态性进行检测,同时利用Real-time PCR方法分析TNF-α基因C-791T位点不同基因型在大白猪11个组织中的mRNA差异表达情况。结果表明,大白猪TNF-α基因启动子区-791bp处存在碱基突变(CT),并检测到3种基因型,分别为:CC、CT和TT。TNF-α基因在断奶仔猪脾脏、肺脏、胸腺和淋巴结等免疫器官中表达量均较高;TT和CT基因型个体在11个组织中TNF-α基因表达量普遍高于CC基因型个体,且在十二指肠及空肠组织中达到差异显著性水平(P0.05)。因此,TNF-α基因启动子区C-791T突变对该基因的mRNA表达水平产生显著影响,有必要将TNF-α基因启动子区C-791T位点多态性作为提升机体肠道病原菌抗性的遗传标记进行深入研究。     

猪IGF-1R基因启动子区单核苷酸多态性检测分析

本试验对猪混合基因池中胰岛素样生长因子-1受体基因(IGF-1R)启动子区进行克隆并测序,筛查不同猪种间的突变位点并对其转录因子结合位点进行预测。采用AS-PCR方法,对巴马香猪、西藏小型猪、军牧1号白猪、东北野猪和大白猪5个品种猪的IGF-1R启动子区进行了单核苷酸多态性分析。结果表明该基因启动子区上存在2个SNPs位点(G-1 440C,C-1 165T),但均未引起转录因子结合位点的变化。在G-1 440C位点,5个猪种出现3种基因型,分别为GG,GC,CC,其中巴马香猪的等位基因频率G%=C%,其余4个猪种优势等位基因为G;在C-1 165T处,存在CC,CT,TT 3种基因型,西藏小型猪的优势等位基因为T,其余4个猪种优势等位基因为C。2个突变位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析

为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制,试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测,同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示,MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域,且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内;AKT3基因共预测到6个核心启动子区,未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变,但在本试验群体中只发现1种基因型,同时该突变位点位于第1个核心启动子区内;AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变,包括TT、TC和CC 3种基因型,其中TT基因型为优势基因型,T为优势等位基因。遗传多态性分析提示,该突变位点多态信息含量(PIC)介于0.25～0.5之间,表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件,为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析

为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制，试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测，同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示，MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域，且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内；AKT3基因共预测到6个核心启动子区，未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变，但在本试验群体中只发现1种基因型，同时该突变位点位于第1个核心启动子区内；AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变，包括TT、TC和CC 3种基因型，其中TT基因型为优势基因型，T为优势等位基因。遗传多态性分析提示，该突变位点多态信息含量（PIC）介于0.25~0.5之间，表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件，为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。     

不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性与其血清含量的关联分析

为研究不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性及其与血清含量的相关性,本实验采用克隆测序方法对3个不同遗传背景猪群体(长白山野猪民猪杂交猪,简称野杂猪、民猪和大白猪) TNF-α基因启动子区进行基因多态性检测并测序,选取特定区域采用高分辨率熔解曲线(HRM)方法分析其基因型,并分析了其不同基因型与血清TNF-α含量的相关性。测序结果显示3个群体猪TNF-α基因启动子区存在7个单核苷酸多态位点(SNP)。选取其G-1256、G-1239位点区采用HRM分析显示3个猪群体TNF-α基因启动子区存在4种基因型,其中CC基因型作为优势基因型,在野杂猪群体中该基因型频率高达73.0%,民猪次之为52.0%,大白猪最低为31.0%。差异显著性分析显示,野杂猪、大白猪群体中CC基因型个体血清TNF-α含量显著高于其它基因型个体(p0.05)。将所有猪看做统一群体,差异显著分析显示CC基因型个体血清中TNF-α含量同样显著高于其它基因型个体(p0.05)。转录因子结合位点预测显示CC基因型G-1239位点A构成NF-κB亚基RelB潜在转录结合位点。上述结果表明NF-κB信号通路在猪TNF-α基因转录表达调节中具有重要作用,本实验为研究影响猪群抗逆表型性状的调控通路奠定基础。     

优质鸡GH基因SNPs与饲料转化率的关联分析

采用PCR-RFLP技术对优质鸡生长激素(cGH)基因5′调控区和第4内含子进行多态性检测,并分析其多态对饲料转化率(FCR)的遗传效应,为优质鸡分子标记辅助选择提供参考。结果表明:2个SNP分别在5′调控区和第4内含子发生C-121T和G+3037T突变;C-121T位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),G+3037T位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),表现为中度多态;关联分析表明,在C-121T位点中,TT基因型个体的FCR显著低于CC基因型个体(P<0.05);在G+3037T位点中,GG基因型个体的FCR显著低于CC基因型个体(P<0.05)。研究结果揭示,C-121T和G+3037T位点对饲料转化率可能有显著性的遗传效应,可作为优质鸡的分子育种标记。     

IL6基因内含子3多态性与仔猪腹泻、生长和公猪繁殖性状的关联分析

旨在研究猪IL6基因的多态性及其与猪经济性状相关的关联性,寻找与仔猪腹泻、生长和公猪繁殖性状相关的分子标记。利用PCR扩增在IL6基因的内含子3,检测到1个SNP位点g.1704674CT,该SNP可引起HpaⅡ酶切位点的改变。通过PCR-RFLP检测281头民猪仔猪、182头长白仔猪、215头杜洛克公猪以及69头大白公猪IL6基因的多态性,分析多态位点与仔猪腹泻、生长和公猪繁殖性状的关联性;利用Real-time PCR技术分析IL6基因在LPS刺激民猪外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)后的表达模式。结果表明,在民猪仔猪中,CC型个体的腹泻指数显著高于TT型个体(P0.05),CC型个体的14、21、28、35日龄体重及日增重均显著低于TC型个体(P0.05),且CC型个体的21日龄体重也显著低于TT型个体(P0.05);在长白仔猪中,TT型个体的出生重显著高于CC型个体(P0.05),7日龄体重显著高于TC型个体(P0.05);在杜洛克公猪中,TT和TC基因型个体射精量显著大于CC基因型个体(P0.05);在大白公猪中,CC基因型个体精子密度显著大于TC基因型个体(P0.05)。PBMC受LPS刺激12和24h后,IL6基因表达量均显著升高(P0.01或P0.05)。综上表明,IL6基因g.1704674CT位点对仔猪腹泻、生长以及公猪繁殖都有一定的影响,可作为猪育种过程中一个潜在的分子标记。     

无角牦牛crtc3基因多态性及其与生长性状的相关分析

为探究crtc3基因在无角牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联性。利用PCR-SSCP技术结合DNA测序对354头无角牦牛crtc3基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件对各基因型间不同月龄(6,12和18月龄)的体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状指标进行关联分析。结果表明,在牦牛crtc3基因的第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,结合PCR-SSCP结果分析后,分为CC、CT和TT 3种基因型。关联分析发现,在6月龄,CC基因型个体体高显著高于TT基因型个体, CC基因型个体胸围显著高于CT基因型个体;在12月龄,CC基因型和CT基因型个体体高极显著高于TT基因型个体,CC基因型个体胸围极显著高于TT基因型个体;在18月龄,CC基因型个体体质量和体高显著高于TT基因型个体。综上所述,在牦牛crtc3基因上检测到第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,该突变位点对无角牦牛各时期的体质量、体高和胸围等生长性状等有显著影响,可以作为一种遗传标记用于辅助选择。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

大白猪MC4R、CDC16基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell division cycle 16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分析。试验共采集246头大白猪的耳组织样提取基因组DNA,对小群体样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找两个基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对大群体进行多态性检测,将所得结果与大白猪生长性状进行关联性分析。结果表明,在MC4R基因序列中检测到1个突变位点2207A>G,2个等位基因:A和G,3个基因型:AA、AG和GG;在CDC16基因第18外显子上检测到了1个突变位点837T>C,2个等位基因:T和C,2种基因型:TT和CT。χ~2适合性检验结果显示,2个基因的基因型频率和等位基因频率在2个种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,MC4R基因在2个群体中均处于中度多态(0.25相似文献   

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

猪蛋白酪氨酸磷酸酶-1B基因第7内含子多态性与猪脂肪沉积性状的关联性

本研究旨在分析蛋白酪氨酸磷酸酶-1B(PTP-1B)基因部分SNP与猪脂肪沉积性状的关联性。选取国外瘦肉型猪种大约克夏16头、长白猪21头和中国脂肪型地方猪种梅山猪22头以及"大白×梅山"F2代资源家系213头为研究材料,利用PCR-Eco88I-RFLP方法检测PTP-1B基因第7内含子序列存在G/A突变的多态性,并进行方差分析。结果表明,大白和长白猪种为单一的A等位基因,而梅山猪种以杂合子GA基因型为主,对213头"大白×梅山"F2代资源家系进行性状关联分析,该位点与猪板油质量、内脂率、胸腰椎间背膘厚等脂肪沉积性状显著相关(P<0.05),且杂合子GA基因型个体的板油质量和内酯率都最低(GA基因型个体相似文献   

不同品种猪PBD-124基因多态性及差异表达研究

【目的】 克隆获得猪β-防御素-124（porcine beta-defensin-124,PBD-124）基因CDS区并探究其多态性,分析PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织内的表达情况。【方法】 采用RT-PCR方法扩增并克隆猪PBD-124基因CDS区,利用PCR-RFLP酶切法对大白猪、民猪和野杂猪PBD-124基因的Bln Ⅰ酶切位点进行多态性检测,利用实时荧光定量PCR方法检测该基因在不同品种猪肝脏、脾脏和血液内的表达差异。【结果】 试验成功克隆出猪PBD-124基因CDS区,长423 bp,共编码140个氨基酸,测序结果发现其存在c.257 G>A和c.263 T>G 2个突变位点,因2个突变位点间隔过近,可能存在连锁,仅对第1个突变位点进行酶切,大白猪中检测到GG、GA、AA 3种基因型,而民猪和野杂猪中仅检测到GA和AA 2种基因型,3个群体中AA基因型均为优势基因型,大白猪、民猪和野杂猪的AA基因型频率分别为0.5261、0.9412和0.6452,且3个群体均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。3个群体的多态性均不高,大白猪处于中度多态（0.25<PIC<0.5）,民猪和野杂猪则处于低度多态（PIC<0.25）。实时荧光定量PCR结果显示,PBD-124基因在大白猪、民猪、野杂猪的脾脏、肝脏及血液中均有表达,且存在表达差异。【结论】 猪PBD-124基因CDS区长423 bp,共编码140个氨基酸,与参考序列比对发现2个突变位点,均未引起氨基酸突变;3个群体多态性均不高;PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织间表达均存在差异。     

藏猪EGLN1基因exon 4及部分内含子变异研究

青藏高原的高寒低氧极端环境影响动物的正常生存和物种繁衍,藏猪在长期的适应性驯化中对低氧环境有着更强的适应能力。本研究对高海拔猪种藏猪(甘孜藏猪、迪庆藏猪、西藏藏猪和合作藏猪)和八眉猪以及低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪EGLN1基因exon 4及部分内含子的核苷酸序列进行测定和分析。结果表明:在EGLN1基因exon 4序列的266bp处发生了C→T的颠换,藏猪和八眉猪在该位点均为C,而烟台黑猪和引入的选育猪种长白猪、大白猪在该位点出现了C/T杂合现象;基于变异位点的等位基因C和T共界定了3种基因型(CC、CT、TT),C和CC分别是高海拔地方猪种藏猪和八眉猪的唯一等位基因和基因型;而在低海拔选育猪种中,CC基因型频率仅为0.20,其他2种基因型均为0.40,T为优势等位基因,频率达到0.60,而等位基因C的频率仅为0.40。本研究认为,高海拔猪种(2 300 m以上)藏猪和八眉猪与低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪在EGLN1基因上存在特征性遗传变异,根据等位基因(C和T)及基因型(CC、CT、TT)在海拔上的特征差异,推测可能与不同地理区域条件下的长期适应性驯化有关。     

大通牦牛MyoD1基因3'UTR SNPs多态性及其与生长性状相关性的研究

利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3'UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3'UTR 1976 bp处检测到1个新突变,突变由C→T的转换造成,由此产生3种基因型:CC、CT、TT。利用最小二乘分析研究了该位点不同基因型对大通牦牛体尺性状的影响。结果表明,CC基因型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体(P＜0.05),CC、CT基因型个体的体斜长显著高于TT基因型个体(P＜0.05),3种基因型对体高及管围的影响差异不显著(P＞0.05)。