基于16S rDNA测序技术探究参苓白术散对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

为了探究参苓白术散(SLBZS)对葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium, DSS)诱导的溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)模型小鼠肠道菌群的影响,选用32只6周龄、体质量18～20 g SPF级雄性BALB/c小鼠,随机分为4组,每组8只。采用3.5%DSS水溶液自由饮水7 d建立UC模型,参苓白术散治疗组(SLBZS)和柳氮磺胺吡啶治疗组(SASP)灌胃治疗,通过观察各组小鼠的体质量变化、疾病活动指数评分(disease activity index, DAI)、结直肠长度、结肠黏膜损伤眼观变化及组织病理学变化评价SLBZS对小鼠UC的治疗效果,基于16S rDNA高通量测序探究SLBZS对UC小鼠肠道菌群的影响。结果显示,与对照组相比,Model组小鼠体质量明显下降,DAI评分显著升高(P<0.01),结肠长度明显缩短,结肠黏膜损伤严重,眼观评分明显降低(P<0.01),组织病理学评分差异显著(P<0.01);与Model组相比,SLBZS组小鼠体质量明显升高,DAI评分显著降低(P<0.01),结肠长度明显增...     

葛根芩连汤对溃疡性结肠炎小鼠肠道屏障的保护作用机制

探讨葛根芩连汤(GQD)对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的溃疡性结肠炎(UC)小鼠肠道黏膜屏障的保护作用及可能作用机制。自由饮用4%DSS 6d,灌胃美沙拉嗪(Mes)及不同剂量GQD治疗14 d,通过比较疾病活动指数(disease activity index, DAI)、结肠长度及HE染色观察GQD对UC小鼠病变程度影响，免疫组化检测结肠咬合蛋白(occludin)和闭合蛋白(claudin 1)分布及水平变化，Western blot检测白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、核因子激活的B细胞的κ-轻链增强(NF-κB)和白细胞介素10(IL-10)表达评价炎症。结果表明：GQD干预后小鼠DAI评分降低，结肠长度增加，对结肠损伤有保护作用。免疫组化结果表明GQD升高了紧密连接蛋白Occludin和Claudin 1水平，Western blot结果显示GQD降低促炎因子IL-6、TNF-α和NFκB水平，升高抑炎因子IL-10水平。综上，GQD可有效保护UC的肠道黏膜屏障损伤，其可能作用机制是调节肠道紧密连接蛋白及炎症因子的水平，维持紧密连接(TJ)完整性及肠道稳...     

10种治疗结肠炎的中药单体筛选及疗效评估

通过饮用含2.5%葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium, DSS)建立小鼠溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)动物模型。建模成功后,通过每天灌服苍术素(14 mg/kg)、荷叶碱(20 mg/kg)、龙脑(25 mg/kg)、葛根素(30 mg/kg)、鱼腥草素钠(50 mg/kg)、山奈酚(50 mg/kg)、芝麻素(50 mg/kg)、王浆酸(100 mg/kg)、广藿香酮(20 mg/kg)和甘草苷(20 mg/kg),观察不同中药单体对UC的防治效果。经过7 d处理,通过检测体质量、评定疾病活动指数(disease activity index, DAI)、测量结肠长度、组织病理学观察及评分探究不同中药单体对UC小鼠模型的保护作用。结果显示,苍术素和荷叶碱能够改善UC小鼠的结肠缩短、体质量下降以及DAI评分升高等指标,通过HE染色检测结肠组织病理学变化,并且检测结肠组织中的细胞因子水平。结果表明,苍术素和荷叶碱处理使结肠损坏程度减轻,苍术素和荷叶碱对DSS诱导的溃疡性结肠炎具有一定防治效果。     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本，采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较，各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻，从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌，且分离率差异不大；2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组；3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

肌幼虫期旋毛虫感染小鼠肠道菌群的变化分析

本研究旨在分析肌幼虫期旋毛虫感染小鼠肠道菌群的结构组成变化。选取12只雌性BALB/c小鼠,随机分为对照组（CK）和感染组（Ts35）,感染组小鼠经口感染300条旋毛虫肌幼虫,对照组口服等量PBS。收集对照组和感染组小鼠在感染后第35 d的盲肠内容物,提取DNA,并对其进行16S rRNA测序及生物信息学分析。结果发现,对照组小鼠和感染组小鼠肠道菌群的Alpha多样性没有显著差异,而β多样性发生变化,表明两组的菌群结构不同。Metastats分析发现,与CK组相比,旋毛虫感染35 d后的小鼠肠道中产丁酸的罗斯拜瑞氏菌（Roseburia）和抗炎及组织修复相关的梭菌属（Clostridium）丰度显著升高（P<0.05）,而拟杆菌（Bacteroides）(P<0.01)、乳酸杆菌（Lactobacillus）和Ralstonia(P<0.05)的丰度显著下降。同样地,LEfSe分析发现罗斯拜瑞氏菌的丰度明显升高（P<0.05）。综上表明,肌幼虫期旋毛虫感染小鼠肠道菌群的组成与对照组有明显的不同。     

豆粕饲料中添加丁酸钠对大口黑鲈肠道菌群组成的影响

为探究豆粕饲料中添加丁酸钠对大口黑鲈肠道菌群组成的影响，以初始体重为（6.30±0.01）g的大口黑鲈为研究对象，试验设对照组（鱼粉组）、豆粕组（豆粕替代30%鱼粉）和丁酸钠组（豆粕组饲料基础上添加0.2%的丁酸钠）。每个处理组3个重复，每个重复30尾。养殖试验为期56 d。结果显示：豆粕组肠道菌群组成显著改变，而添加丁酸钠降低了豆粕饲料引起的菌群组成改变，并与对照组菌群组成更加接近。相比对照组，豆粕组厚壁菌门、乳杆菌属、魏斯氏菌属和片球菌属的相对丰度分别下降了89.4%、95.6%、71.2%和73.9%，软壁菌门和支原体属的相对丰度分别升高了4797.0%和5073.0%(P <0.05)。相比豆粕组，丁酸钠组厚壁菌门、拟杆菌属和萄球菌属的相对丰度分别增加了442.8%、911.1%和569.0%，软壁菌门和支原体属的相对丰度分别降低了98.3%和98.3%(P <0.05)。功能预测表明，豆粕组大口黑鲈肠道菌群在“氨基酸转运代谢”“RNA加工修饰”“能量生成和转换”“翻译、核糖体结构和生物合成”等功能类群的相对丰富显著提高，在“抵御机制”“碳水化合物转运代谢”“复制、...     

日粮纤维对竹鼠生长及肠道菌群组成的影响

试验旨在研究日粮中纤维对竹鼠生长及肠道菌群组成的影响。选取健康状态良好、体重相近的6只竹鼠,随机分为2组,每组3只。试验组添加含0%竹茎,对照组投喂40%竹茎,试验期为45 d。结果显示,与对照组相比,在门水平上,试验组竹鼠肠道蓝藻菌门(Cyanobacteria)丰度极显著降低(P0.01),而互养菌门(Synergistetes)丰度极显著升高(P0.01);在属水平上,试验组的norank_f_Muribaculaceae丰度极显著低于对照组(P0.01),而Cloacibacillus极显著高于对照组(P0.01),优势菌属发生明显的改变。研究表明,日粮中缺乏竹茎成分使竹鼠肠道菌群多样性降低,破坏竹鼠肠道菌群的平衡,影响营养物质的吸收。     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

表皮生长因子对葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎模型小鼠肠道损伤的修复研究

本文旨在讨论表皮生长因子(EGF)对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的结肠炎模型小鼠肠道损伤的修复作用。选用24只6周龄BALB/c小鼠,随机分为3组,即:正常对照组、DSS模型对照组、DSS+EGF组。正常对照组小鼠饮用自来水;DSS模型对照组小鼠在试验第1~7天饮用5%DSS水溶液,第8~10天饮用自来水;DSS+EGF组小鼠按照DSS模型对照组处理,同时每天皮下注射EGF 2次,共注射10 d。结果表明:1)与正常对照组相比,DSS模型对照组小鼠结肠长度极显著降低(P0.01);与DSS模型对照组相比,DSS+EGF组小鼠结肠长度极显著增加(P0.01)。2)DSS模型对照组小鼠结肠可见典型溃疡,结肠损伤程度评分(CDS)极显著高于正常对照组(P0.01);DSS+EGF组小鼠结肠组织未见溃疡,与DSS模型对照组相比,CDS极显著降低(P0.01)。3)与正常对照组相比,DSS模型对照组小鼠结肠紧密连接蛋白(Occludin)浓度显著降低(P0.05);与DSS模型对照组相比,DSS+EGF组小鼠结肠Occludin浓度显著升高(P0.05)。4)与正常对照组相比,DSS模型对照组小鼠结肠白细胞介素-2(IL-2)和白细胞介素-4(IL-4)浓度极显著降低(P0.01),白细胞介素-10(IL-10)浓度显著降低(P0.05);与DSS模型对照组相比,DSS+EGF组结肠IL-2和IL-4浓度极显著增加(P0.01),IL-10浓度显著增加(P0.05)。由此可见,EGF可能通过提高肠道Occludin表达水平,调节肠道细胞因子浓度趋于正常水平,从而修复受损肠道组织,维持肠道黏膜屏障的完整性。     

桑椹醇提取物对高脂饮食小鼠肠道菌群结构与脂代谢异常的改善作用（英文）

桑椹是一种药用食品，广泛用于中药治疗高脂血症。为了探索桑椹的抗高脂血症作用，以及对肠道菌群的调节方式，将ICR小鼠随机分为4组，包括正常饮食组(NCD)、正常饮食+桑椹醇提取物组(NCD+MFE)、高脂饮食组(HFD)和高脂饮食+桑椹醇提取物组(HFD+MFE),分别灌胃给药28 d后，采用试剂盒或实时荧光定量PCR检测血清和肝脏的脂质、葡萄糖水平，以及抗氧化酶和肝脏损伤等指标，并采用16S rRNA基因测序法分析各组小鼠的肠道菌群变化。研究结果显示，口服MFE对NCD小鼠的体质量和血糖没有影响，但显著降低HFD诱导的高脂血症小鼠的体质量及脂肪质量。MFE显著降低了NCD和HFD喂养小鼠的血清总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-c)水平，并显著增强了多种抗氧化酶的表达和活性。MFE治疗还显著减轻HFD诱导的肝脏脂肪变性和损害。宏基因组分析显示，口服MFE显著改变了肠道微生物群的结构，特别是提高了产丁酸菌Clostridium＿XIVb的相对丰度。相关分析表明，Clostridium＿XIVb的富集与血清/肝脏脂质沉积呈显著负相关，与抗氧化酶水平提高呈正相关。总之，MFE有潜力...     

复合益生菌对肉鸡肠道微生物区系的影响

【目的】 探究干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌、乳双歧杆菌组成的复合益生菌对黄麻肉鸡生产性能及肠道微生物区系的影响, 为复合益生菌在肉鸡生产中的应用提供理论基础。【方法】 将200只1日龄雄性黄麻肉鸡随机分为2组, 每组5个重复, 每个重复20只。复合菌制剂(干酪乳杆菌∶嗜酸乳杆菌∶乳双歧杆菌=1∶1∶2)按1%比例补充于益生菌组肉鸡的饮用水中, 以正常饮水的肉鸡为对照。在42 d时以重复为单位测定肉鸡的生长性能指标, 并进行肠道菌群高通量测序分析。【结果】 与对照组相比, 益生菌组肉鸡的平均日增重显著增加(P<0.05), 平均日采食量、屠宰率和全净膛率增加, 料重比降低, 但差异不显著(P>0.05);益生菌组肠道菌群的OTU总数及回肠的Sob、Chao、Pd、Shannon、Shannoneven指数均降低, Simpson指数升高, 差异均不显著(P>0.05);厚壁菌门在肉鸡肠道中丰度最高, 具主体地位。较对照组而言, 益生菌组回肠中未见梭菌属, 厚壁菌门和乳球菌属的丰度均显著或极显著增加(P < 0.05; P < 0.01), 放线菌门和葡葡萄球菌属的丰度均显著或极显著降低(P < 0.05; P < 0.01), 盲肠中毛螺菌科的丰度显著增加(P<0.05)。【结论】 复合益生菌可通过增加肉鸡回肠乳杆菌属丰度、降低病原菌丰度来改善肠道菌群的组成、功能和多样性; 同时通过增加盲肠毛螺菌科丰度来提高肠道发酵降解非淀粉多糖的能力, 进而提高饲料利用效率, 促进肉鸡生长。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

葡聚糖硫酸钠诱导小鼠空肠损伤及肠上皮细胞组成变化的研究

本试验旨在研究葡聚糖硫酸钠（DSS）对小鼠空肠组织形态学、炎性因子表达、ATP含量以及肠道上皮细胞组成的影响。试验选取12只6周龄雄性C57BL/6小鼠,随机分为2组：对照组和DSS组（饮用水中添加2.5%DSS）,饲养至第8天时处死小鼠,取空肠样品待测。结果显示：(1)与对照组相比,DSS诱导小鼠体重显著降低并伴有明显肛门出血,且DSS组小鼠的疾病活动指数（DAI）显著升高;(2)与对照组相比,DSS诱导小鼠空肠组织形态受损,其中绒毛高度极显著降低;(3)与对照组相比,DSS组小鼠空肠中炎性因子（TNF-α、IL-6、IL-1β）mRNA表达量显著上升;(4)与对照组相比,DSS组小鼠空肠上皮微绒毛略稀疏、线粒体固缩且空肠中ATP含量极显著降低;(5)与对照组相比,DSS组小鼠空肠中Lgr5、Ascl2、Muc2的mRNA表达量显著降低,Alpi的mRNA表达量极显著降低,Lyz的mRNA表达量有降低趋势（P=0.061）。结果表明,DSS诱导了小鼠空肠炎症反应,造成了肠道损伤,降低了肠道干细胞和各种功能细胞数量。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门（Firmicutes）丰度升高了2.21%（P > 0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）丰度降低了2.22%（P > 0.05）;从属水平上分析,大肠杆菌属（Escherichia）丰度降低了5.35%（P < 0.05）,肠球菌属（Enterococcus）丰度升高了9.63%（P < 0.05）。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加（P < 0.05）,据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

不同蛋白质水平饲粮对肥胖犬体况、血清生化指标、粪便短链脂肪酸浓度及肠道菌群结构的影响

本试验旨在评估不同蛋白质水平饲粮对肥胖犬体况、血清生化指标、粪便短链脂肪酸浓度及肠道菌群结构的影响。选取30只肥胖型拉布拉多猎犬,随机等分为3组:低蛋白质组(LP组),饲喂粗蛋白质含量为20.58%的低蛋白质饲粮;中蛋白质组(MP组),饲喂粗蛋白质含量为27.77%的中蛋白质饲粮;高蛋白质组(HP组),饲喂粗蛋白质含量为39.04%的高蛋白质饲粮)。试验期为45 d。结果表明:1)与LP组和MP组比较,HP组犬体重、体脂率以及血清甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白(LDL)含量显著降低(P0.05)。2)与LP组和MP组比较,HP组粪便中乙酸及总短链脂肪酸浓度显著或极显著降低(P0.05或P0.01),丁酸浓度显著升高(P0.05);体脂率与粪便中乙酸及总短链脂肪酸浓度呈正相关关系,与丁酸浓度呈负相关关系。3)与LP组和MP组比较,HP组肠道菌群Simpson指数显著升高(P0.05),厚壁菌门相对丰度显著升高(P0.05),拟杆菌门相对丰度显著降低(P0.05),拟杆菌门/厚壁菌门比值显著降低(P0.05);在属水平,HP组主要富集梭菌属、瘤胃球菌属及普拉梭菌属等细菌;HP组肠道菌群基因功能主要富集在黄酮和黄酮醇生物合成、色氨酸代谢及柠檬烯和蒎烯降解等7个第3层级KEGG通路上。综上所述,高蛋白质饲粮可改善肥胖犬肠道菌群结构及短链脂肪酸代谢,有减重降脂作用。     

应用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析氨气对小鼠肠道菌群的影响

旨在研究不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物多样性的影响。选取平均体质量为(23±2) g的KM小鼠90只,随机分为3个处理组,每组30个重复。分别饲养于3个独立的环境控制舱内,氨气平均质量浓度为0 (对照组)、20 (中质量浓度组)、50 mg/kg (高质量浓度组),于5,15,20 d取10只,颈椎脱臼处死后取肠道食糜,用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析微生物群落结构。结果表明:处理组的α、β多样性、Shannon指数较对照组降低,表明不同质量浓度氨气处理对小鼠肠道微生物菌群多样性有一定影响;在门水平,处理组厚壁杆菌丰度增加,结合KEGG代谢途径分析,能量代谢通路可能发生了改变;Lefse分析筛选出氨气影响肠道健康的相关菌群有3种,分别是Blautia菌属、脱硫弧菌(Desulfovibrio,DSV)与慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae);通过KEGG代谢途径的差异分析,第5天时对照组和中质量浓度组与免疫相关的代谢通路存在显著差异。由此可见,氨气处理能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性,且提示氨气致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌（Escherichia coli）感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组（CON）、感染组（BC）、低剂量治疗组（TL）和高剂量治疗组（TH）4个组,除对照组外,其余各组（BC、TL、TH）均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0.5 d后,分别用不同浓度的赤芍黄柏制剂对TL组（4 mL·L^-1灭菌水）和TH组（12 mL·L^-1灭菌水）进行饮水治疗,治疗5 d后统计各组发病率及死亡率,采用高通量测序技术检测雏鸡十二指肠肠道菌群多样性。结果显示,与感染组相比,TH组显著降低了雏鸡的发病率和死亡率（P<0.05）。菌群分析显示,赤芍黄柏制剂处理改变了雏鸡肠道菌群多样性组成,提高了乳杆菌属的丰度。CON组优势菌群以厚壁菌门、肠球菌属为主;BC组肠道优势菌群主要为厚壁菌门、变形菌门、肠球菌属、大肠杆菌属及葡萄球菌属;TL组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属、肠球菌属及葡萄球菌属为主;TH组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属为主。热图分析显示,乳杆菌属与发病率和死亡率呈负相关,大肠杆菌属与发病率和死亡率呈正相关（P<0.05）。综上,大肠杆菌感染及赤芍黄柏制剂治疗改变了雏鸡肠道菌群多样性及组成,而这种肠道菌群的变化可能对雏鸡腹泻发病及抗病力产生重要影响。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。