应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...     

被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响

本试验旨在比较被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响。制备被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39,采用平板计数法比较不同生物状态的植物乳杆菌LR-39经酸、胆盐环境处理后的存活率。选取15只3.5月龄比格犬,随机分为被膜组、浮游组及对照组3个组,每组5只。被膜组、浮游组每日早上采食犬粮后分别灌饲被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39菌液1 mL (1×10~9CFU/mL),对照组灌饲等体积磷酸盐缓冲液(PBS),连续灌饲28 d。检测血清免疫球蛋白G(IgG)、分泌型免疫球蛋白A(sIgA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,并对肠道菌群进行16S rDNA高通量测序分析。结果表明:1)经酸性和胆盐环境处理后,被膜态植物乳杆菌LR-39存活率显著或极显著高于浮游态植物乳杆菌LR-39(P0.05或P0.01)。2)与对照组相比,被膜组血清IgG和sIgA含量极显著提高(P0.01);与浮游组相比,被膜组血清sIgA含量极显著提高(P0.01),血清IL-6含量有降低趋势(0.05≤P0.10);与对照组相比,浮游组血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量无显著差异(P0.05)。3)α多样性分析显示,与对照组相比,被膜组和浮游组Observed species指数、Chao指数、Ace指数均升高,被膜组Shannon指数升高,Simpson指数下降;浮游组Shannon指数下降,Simpson指数升高。主坐标分析(PCoA)结果显示,3组样本间有明显聚类现象。4)在门水平上,与对照组相比,被膜组肠道厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,肠道拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)相对丰度降低;浮游组肠道Bacteroidetes、Fusobacteria相对丰度升高,Firmicutes、Actinobacteria相对丰度降低。5)在属水平上,与对照组相比,被膜组肠道双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Allobaculum、消化链球菌属(Peptostreptococcus)相对丰度升高;浮游组肠道Lactobacillus、Peptostreptococcus、梭杆菌属(Fusobacterium)、普雷沃菌属(Prevotella)、萨特氏菌属(Sutterella)相对丰度升高。6)LEfSe分析表明,被膜组优势菌属是Lactobacillus,浮游组优势菌属是Fusobacterium,对照组优势菌属包括柯林斯氏菌属(Collinsella)、链型杆菌属(Catenibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)。7) Spearman相关性分析显示,血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量与肠道富集菌群相对丰度无显著相关性(P0.05)。由此可见,被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对犬肠道菌群结构影响不同,被膜态植物乳杆菌LR-39具有更强的耐酸及胆盐能力,可有效调整肠道菌群结构并能提高机体免疫水平。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

工厂化和网箱养殖大黄鱼幼鱼消化道微生物群结构与功能分析

运用高通量测序方式,对两种模式养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼消化道菌群的结构与功能特征及其与环境菌群的相关性进行分析,结果发现:大黄鱼幼鱼消化道主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。工厂化养殖大黄鱼消化道优势菌属组成比较稳定,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等。优势菌属中,发光杆菌属(Photobacterium)、乳杆菌属、弧菌属(Vibrio)等18个物种为两种模式养殖大黄鱼消化道的共有优势菌属;而假单胞菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和Escherich-ia_Shigella为主要差异菌属(P0.05)。通过相关性分析得出,饵料中菌群对消化道菌群影响较大。并且,在菌群基因参与功能方面,两种模式下幼鱼消化道菌群基因参与的主要功能相似,但工厂化养殖幼鱼消化道菌群基因参与这些功能的基因丰度高于网箱养殖的,这可能是对幼鱼的生长代谢在环境胁迫中的一种补偿作用。研究结果将为大黄鱼幼鱼消化道功能菌群的筛选与菌群调控提供理论参考。     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

不同益生菌对断奶山羊生长性能、血清生化指标以及粪便菌群的影响

本试验旨在研究枯草芽孢杆菌与地衣芽孢杆菌单独饲喂与联合饲喂对断奶山羊生长性能、腹泻率、血清生化指标以及粪便菌群的影响。选取60只3月龄海门山羊,随机分为4组,每组3个重复,每个重复5只羊。对照组(C组)饲喂基础饲粮;枯草芽孢杆菌组(BS组)饲喂基础饲粮+400 mg/kg的枯草芽孢杆菌(有效活菌数为1×1011CFU/g);地衣芽孢杆菌组(BL组)饲喂基础饲粮+400 mg/kg的地衣芽孢杆菌(有效活菌数为1×1011CFU/g);联合饲喂组(BS_BL组)饲喂基础饲粮+400 mg/kg的枯草芽孢杆菌+400 mg/kg的地衣芽孢杆菌(有效活菌数为1×1011CFU/g)。预试期10 d,正试期30 d。结果表明:1)试验第10天,BS_BL组断奶山羊的体重极显著高于C组、BS组与BL组(P0.01);试验第30天,C组、BS组、BL组与BS_BL组的断奶山羊的体重无显著差异(P0.05);试验第1～10天,BS_BL组的平均日增重(ADG)极显著高于C组、BS组与BL组(P0.01);试验第21～30天,BL组与BS_BL组的ADG极显著高于C组与BS组(P0.01);试验第1～30天,试验组与C组的ADG无显著差异(P0.05);试验第21～30天,BS_BL组的平均日采食量(ADFI)极显著高于C组、BS组与BL组(P0.01);试验第1～30天,BS_BL组的ADFI显著高于C组、BS组与BL组(P0.05);试验第1～30天,试验组与C组的料重比(F/G)差异不显著(P0.05)。2)试验第1～10天、第11～20天,BS组、BL组与BS_BL组的腹泻率显著低于C组(P0.05);第1～30天,BS_BL组的腹泻率显著低于C组(P0.05)。3)试验第30天,BS组的血清葡萄糖(GLU)含量、碱性磷酸酶(ALP)和乳酸脱氢酶(LDH)活性显著低于C组(P0.05),血清谷草转氨酶(AST)活性和白蛋白(ALB)含量极显著低于C组(P0.01);BL组血清尿素氮(UN)含量显著高于C组(P0.05),BS_BL组血清AST活性和GLU含量显著低于C组(P0.05)。4)粪便进行16S rDNA测序发现,Chao1和observed-species指数显示BS_BL组所含物种数目较多,Shannon和Simpson指数显示BS_BL组多样性高。C组细菌的优势菌门为变形菌门、拟杆菌门、放线菌门;BS组细菌的优势菌门为放线菌门、变形菌门、拟杆菌门;BL组细菌的优势菌门为拟杆菌门、变形菌门、浮霉菌门;BS_BL组细菌的优势菌门为拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门。C组细菌的优势菌属为堆囊菌属、土地杆菌属、球孢菌属;BS组细菌的优势菌属为野野村菌属、嗜红杆菌属、堆囊菌属;BL组细菌的优势菌属为副足杆菌属、野野村菌属、扁平菌属;BS_BL组细菌的优势菌属为Marinilabiliaceae_unclassified、假单胞菌属、Clostridiales_vadinBB60_group_unclassified。综上所述,枯草芽孢杆菌与地衣芽孢杆菌联合饲喂能显著提高断奶山羊的生长性能,降低腹泻率,改善血清生化指标,改变粪便菌群的多样性以及丰富度。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用对断奶仔猪肠道菌群的影响

旨在研究枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用对断奶仔猪肠道菌群的影响。采用Illumina MiSeq测序平台的16S rRNA测序技术分析不同处理后仔猪肠道菌群的变化。结果表明:处理组多样性指数Shannon指数均高于对照组(P0.05),Simpson指数均低于对照组(P0.05);门水平分类上拟杆菌门和厚壁菌门为优势菌群,拟杆菌门在联合益生菌组中的比例最高(61.6%),对照组中最低(43.3%);属水平分类上联合益生菌组与对照组相比存在显著性差异的菌群是颤螺菌属和瘤胃球菌属(P0.05)。结果提示,枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用可以改善断奶仔猪肠道菌群结构,促进肠道内有益菌群的生长。     

育成期舍饲蓝狐结肠菌群多样性分析

旨在分析蓝狐结肠菌群的组成及其多样性,为蓝狐肠道菌群体外培养提供基础数据。随机选取6只健康育成期(3～4月龄)雌性舍饲蓝狐,采集结肠食糜后采用高通量测序技术对蓝狐结肠菌群结构进行分析。结果表明:6个样品共获得377 798条有效序列,平均为62 966条有效序列;共获得2 064个OTU,平均为307个OTU,归类于12菌门、180个菌属。在门分类水平上,以厚壁菌门(Fir-micutes,70.25%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,22.36%)、变形菌门(Proteobacteria,5.69%)、放线菌门(Acti-nobacteria,1.13%)为主,4个菌门占所有细菌总数的99.43%。在属分类水平上,以乳杆菌属(Lactoba-cillus,28.50%)、巨单胞菌属(Megamonas,7.48%)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella,7.41%)、Peptoclostridi-um(6.33%)、乳球菌属(Lactococcus,5.38%)、Dialiste (4.39%)、巨型球菌属(Megasphaera,3.53%)、De-sulfovibrio(2.97%)、拟杆菌属(Bacteroides,2.48%)、unidentified_Lachnospiraceae(2.38%)为主。结果表明,在饲养条件下,蓝狐结肠中具有相对复杂的菌群结构,且个体间存在较大差异,研究为课题组进一步揭示蓝狐结肠菌群功能以及探索蓝狐结肠菌群体外培养研究提供了基础数据。     

早期补饲开食料对羔羊空肠黏膜形态及微生物菌群区系的影响

旨在研究早期补饲开食料对羔羊空肠黏膜形态及微生物菌群区系的影响。选取12只体重相近、胎次一致的10日龄羔羊(湖羊),随机平均分为2组,母乳组(M)和补饲开食料组(M+S)。羔羊在56日龄时,空腹称量体重,晨饲3 h后屠宰采样,取一段空肠黏膜组织用于形态学分析及微生物16S rRNA测序。结果显示：与M组相比,M+S组羔羊的体增重、小肠重量均有降低的趋势(0.050.05)。M组与M+S组羔羊的空肠黏膜微生物α多样性无显著差异(P>0.05)。2组羔羊空肠黏膜微生物测序共检测到16个门,其中拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门是优势菌门。与M组羔羊相比,M+S组羔羊的浮游菌门(P=0.028)和梭杆菌门(P=0.014)的相对丰度显著降低,迷踪菌门的相对丰度有下降趋势(P=0.053)。在属水平上检测到296个属,其中普氏菌属和乳杆菌属为优势菌属。与M组羔羊相比,M+S组羔羊梭菌目的相对丰度(P=0.007)极显著降低,乳杆菌属(P=0.071)、瘤胃球菌科(P=0.071)和克里斯滕森科(P=0.053)的相...     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1) HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P0.01)。2) HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P0.01)。3) LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P0.01)。4) LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P0.01)。5) LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P0.05); HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

运用454焦磷酸测序技术对断奶前后仔猪肠道菌群的分析

本研究旨在运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪肠道菌群的变化。随机选取胎次和出生时间相近的、体重差异不显著的健康"杜×长×大"外三元新生仔猪12头用于试验。整个试验期间由母猪按常规哺乳直到断奶(25日龄),母猪饲粮不含有抗生素,仔猪于12日龄开始饲喂教槽料。于25日龄(断奶前)和32日龄(断奶后)分别随机挑选3头仔猪进行心脏放血屠宰,无菌采集盲肠内容物,运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪盲肠内容物中菌群结构的变化。结果表明:与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪腹泻率显著增加(P<0.05);肠道中菌群多样性增加;肠道中拟杆菌门(Bacteroidetes)含量变化不显著(P>0.05),厚壁菌门(Firmicutes)含量显著增加了63.95%(P<0.05),梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)含量分别显著减少了100.00%和70.54%(P<0.05)。对厚壁菌门含量进行深入分析发现,在纲的水平,与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪肠道中梭菌纲(Clostridia)和芽孢杆菌纲(Bacilli)含量有减少的趋势(P>0.05),而Negativicutes纲、Erysipelotrichia纲和未知厚壁菌纲含量有增加的趋势(P>0.05)。从门到属的水平,断奶前后仔猪肠道菌群相对丰度不同,有些菌是断奶前仔猪肠道特有的,如嗜胆菌属(Bilophila)、具核梭杆菌属(Fusobacterium nucleatum)、黄杆菌属(Flavobacteriaceae)等,有些菌是断奶后仔猪肠道特有的,如费克蓝姆菌属(Facklamia)、八叠球菌属(Sarcina)等。由此可见,断奶后仔猪肠道菌群多样性和菌群结构发生了改变。     

芽孢杆菌制剂对苏姜猪弱仔猪生长性能及粪便菌群的影响北大核心

试验旨在研究芽孢杆菌制剂对弱仔猪的生长性能、免疫性能、粪便菌群的影响。选择遗传背景、胎次、营养相同的28日龄断奶苏姜仔猪42头(公、母各半),随机分为2组,每组7个重复,每个重复3头。对照组猪为基础日粮,芽孢杆菌制剂组在基础日粮中添加1 kg/t芽孢杆菌制剂。试验期35 d。结果显示,与对照组相比,芽孢杆菌制剂组的仔猪平均日增重极显著提高(P<0.01),平均日采食量显著提高(P<0.05),腹泻率极显著降低(P<0.01)。与对照组相比,芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群厚壁菌门的相对丰度降低,拟杆菌门和螺旋体门的相对丰度增加;芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)、未指明的拟杆菌目(Unspecified_Bacteroidales)、未指明的拟杆菌目S24-7菌属(Unspecified_S24_7)相对丰度显著增加,未指明的毛螺菌科(Unspecified_Lachnospiraceae)、链球菌属(Streptococcus)、未指明的梭菌目(Unspecified_Clostridiales)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、劳特氏菌属(Blautia)相对丰度明显减少。研究表明,日粮中添加芽孢杆菌能够改善弱仔猪的生长性能,促进肠道有益生菌群生长繁殖。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组:养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属为黄杆菌属(Flavobacterium)、热单胞菌属(Thermomonas)、Sphingopyxis、紫杆菌属(Porphyrobacter)、蓝细菌纲中未定种类(norank-c--Cyanobacteria)。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属(Aeromonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

饲粮中添加复合植物精油对58周龄海兰褐壳蛋鸡生产性能、蛋品质和肠道菌群结构的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加复合植物精油(八角茴香精油和百里香精油)对58周龄海兰褐壳蛋鸡生产性能、蛋品质和肠道菌群结构的影响。选用产蛋率和体重相近的58周龄海兰褐壳蛋鸡360只,随机分为对照组和试验组2个组,每组6个重复,每个重复30只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮+150 mg/kg复合植物精油。试验期49 d。结果表明:1)与对照组相比,试验组蛋鸡的产蛋率显著升高(P0.05),料蛋比和破蛋率显著降低(P0.05),平均日采食量和死淘率无显著差异(P0.05)。2)与对照组相比,试验组蛋鸡的蛋黄色泽、蛋白重量显著升高(P0.05),其他蛋品质指标差异无显著差异(P0.05)。3)与对照组相比,试验组的Shannon指数显著降低(P0.05),Chao1指数、ACE指数和Simpson指数无显著差异(P0.05)。4)在门水平上,2组盲肠菌群主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。与对照组相比,试验组拟杆菌门的相对丰度显著升高(P0.05),厚壁菌门和梭杆菌门的相对丰度显著降低(P0.05)。5)在属水平上,与对照组相比,试验组的拟杆菌属(Bacteroides)和unidentified_Ruminococcaceae的相对丰度显著升高(P0.05),梭形杆菌属(Fusobacterium)、瘤胃球菌科_UCG-005属(Ruminococcaceae_UCG-005)、厌氧球菌属(Anaerotruncus)的相对丰度显著降低(P0.05),瘤胃球菌科_UCG-014属(Ruminococcaceae_UCG-014)和克里斯滕森菌科_R-7族群(Christensenellaceae_R-7_group)的相对丰度有降低趋势(P=0. 060)。由此可见,在本试验条件下,饲粮中添加150 mg/kg复合植物精油能够改善58周龄海兰褐蛋鸡的生产性能,加深蛋黄颜色,提高盲肠拟杆菌门的相对丰度,降低盲肠厚壁菌门和梭杆菌门的相对丰度,改善盲肠肠道菌群结构。     

患子宫内膜炎母猪阴道菌群变化与发病关系研究

探究患子宫内膜炎母猪阴道病原,采用16SrRNA测序技术对健康和患子宫内膜炎母猪阴道菌群进行比较研究。结果表明,患子宫内膜炎母猪阴道菌群的多样性和丰富度均高于健康母猪。与健康母猪阴道菌群组成相比,患子宫内膜炎母猪阴道变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显著增加,而厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)显著降低(P<0.05)。在属的分类水平上,健康母猪阴道的主要优势菌属有链球菌属、梭菌属、拟杆菌属、放线杆菌等。母猪患子宫内膜炎后,大多数健康组的优势菌属丰度显著降低。特别是子宫内膜炎组中相对丰度最高的菌属Burkholderia-Paraburkholderia在健康组中未检出。试验首次发现,患子宫内膜炎母猪的阴道菌群失衡,其发病可能与Burkholderia-Paraburkholderia数量的增加有关。本研究为研究子宫内膜炎的病因及发病机制奠定基础,并为其治疗提供依据。