CYP7B1和CYP4B1基因mRNA在不同毛色贵州剑白香猪皮肤组织中的表达分析

为了分析CYP7B1、CYP4B1基因在剑白香猪的黑色和白色皮肤组织中的表达差异,试验通过提取剑白香猪黑色和白色皮肤组织的RNA,分别逆转录合成相应的cDNA;以GAPDH基因作为内参,采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测CYP7B1、CYP4B1基因mRNA在黑色和白色皮肤组织中的相对表达量。结果:CYP7B1、CYP4B1基因在剑白香猪黑色皮肤中表达量较高,在白色皮肤组织中表达量很少甚至几乎不表达。结论:推测CYP7B1、CYP4B1基因可能与剑白香猪黑色皮肤的形成有关,为进一步研究CYP7B1、CYP4B1基因在香猪的黑色和白色皮肤组织中的功能提供数据基础。     

猪不同颜色皮肤组织中MLANA mRNA的表达分析

为了解MLANA mRNA在猪黑、白色皮肤中的表达差异，提取剑白香猪黑、白色皮肤组织的RNA,分别逆转录合成MLANA cDNA,以RPS18基因作为内参，采用实时荧光定量PCR检测MLANA mRNA在皮肤组织中的相对表达量。结果：MLANA mRNA在黑色皮肤中的表达量比白色皮肤高，差异极显著(P<0.01),推测MLANA基因与猪黑色皮肤的形成有关。     

不同毛色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中黑色素分布及ASIP蛋白的表达定位

为了研究ASIP基因在中国美利奴细毛羊被毛颜色形成过程中的作用机制，试验分别选取体况良好的3只野生型纯白色中国美利奴细毛羊，20只纯白色、8只棕色和10只黑色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊背部的皮肤组织，通过H.E.染色对比样本皮肤组织结构及黑色素分布差异；采用免疫组织化学染色检测ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊白色、棕色、黑色3种皮肤组织中ASIP蛋白的表达定位情况。结果表明：野生型与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的皮肤均由表皮、真皮、皮下结缔组织3部分组成，且表皮层最薄，各毛色皮肤结构组成无差异；黑色素颗粒主要分布于黑色、棕色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织的毛囊、毛干中，且黑色较棕色皮肤组织中分布的黑色素颗粒更为密集，而在白色被毛的野生型和ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中均未发现黑色素颗粒；ASIP蛋白在白色被毛的ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的表皮、毛囊外根鞘、毛乳头周围的毛基质中大量存在，在棕色、黑色皮肤组织中几乎不存在。说明ASIP蛋白在特定部位的表达情况与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的白色被毛毛色的发生相关。     

香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...     

蛋白酶激活受体-2基因mRNA在不同被毛颜色羊驼皮肤组织中的转录分析

蛋白酶激活受体-2(Protease-activated receptor-2,PAR-2)是表达于角质化细胞的膜受体蛋白之一,经证实参与黑色素颗粒的胞间转运,本文通过分析PAR-2基因在不同毛色羊驼皮肤组织中的mRNA转录水平,以期从色素颗粒转运角度研究羊驼不同颜色被毛形成机制。以4头成年白色羊驼和4头棕色羊驼为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,对PAR-2在白色和棕色羊驼皮肤中的mRNA表达水平进行研究。结果显示,PAR-2基因mRNA在棕色羊驼皮肤组织中的相对基因表达量是白色羊驼的2.43倍。结果提示,PAR-2基因mRNA在白色和棕色羊驼皮肤组织中的表达差异表明:毛囊黑色素细胞与角质形成细胞间色素颗粒转运水平是羊驼不同被毛颜色形成的机制之一。     

不同毛色绵羊皮肤组织中MC1R、Agouti及TYR基因差异表达研究

本研究旨在探究特定杂交模式下产生全黑被毛绵羊TYR、MC1R及Agouti基因互作调控毛色的机制。随机选取黑色和白色被毛绵羊各4只,采集皮肤组织,利用qRT-PCR技术测定MC1R、Agouti及TYR基因mRNA在不同毛色绵羊皮肤中的表达量。结果显示:MC1R、Agouti及TYR基因在不同毛色绵羊皮肤中均有表达,其中TYR基因mRNA在黑色绵羊皮肤中的表达量极显著高于白色绵羊皮肤(P<0.01),MC1R基因mRNA在黑色绵羊皮肤中的表达量高于白色绵羊皮肤,但差异不显著,Agouti基因mRNA在黑色绵羊皮肤中的表达量显著低于白色绵羊皮肤(P<0.05)。综上,该杂交模式下产生的黑色绵羊可能是由于Agouti基因表达量低而使α-MSH诱导信号通路处于激活状态,上调了TYR基因表达量,导致真黑素含量上升,出现黑色毛色性状。     

不同被毛密度獭兔的皮肤组织差异表达基因研究

为了筛选出不同被毛密度獭兔皮肤组织中差异表达的基因,本研究采用Agilent公司家兔全基因表达谱芯片对不同被毛密度獭兔皮肤组织总RNA进行了芯片杂交,通过实时定量PCR对部分差异表达基因进行了验证,并对基因表达谱进行了分析.结果表明,芯片试验共检测到2 657个差异表达的基因,其中包含1 106个已知功能的基因,表达上调的基因687个,表达下调的基因419个.GO分析表明,参与细胞增殖、分化、凋亡,信号传导及离子转运等生命过程的多种基因的表达水平发生了明显改变.实时定量PCR所得结果与基因芯片结果基本吻合.结果说明不同被毛密度獭兔皮肤组织的基因表达谱存在差别,这些基因的异常表达,可能参与皮肤毛囊的形成或分化过程,最终导致獭兔被毛密度的差异.这些基因的发现为进一步寻找与被毛密度相关的分子标记,并最终实现獭兔生产中的早期选育提供了研究方向.     

染色质重塑因子BPTF、BRG1在不同毛色绵羊皮肤的表达与定位

旨在研究染色质重塑因子BPTF、BRG1在不同毛色绵羊皮肤的表达与定位。采集黑色和白色各3只绵羊的背部皮肤组织,用qRT-PCR检测不同毛色皮肤中BPTF和BRG1mRNA相对表达量,免疫组化技术定位分析,Western blotting半定量研究BPTF和BRG1蛋白相对表达量。qRT-PCR结果表明,BPTF基因在黑色绵羊皮肤中的mRNA相对表达量显著高于白色绵羊(P0.05),BRG1基因在黑色绵羊皮肤中的mRNA相对表达量极显著高于白色绵羊(P0.01);Western blotting结果表明,黑色绵羊的皮肤中BPTF蛋白表达量显著高于白色绵羊(P0.05),BRG1蛋白表达量极显著高于白色绵羊(P0.01);免疫组化结果表明,BPTF蛋白和BRG1蛋白在绵羊皮肤中毛囊的毛根鞘及毛球部均有表达。综上表明,BPTF和BRG1基因可能参与绵羊毛色形成过程。     

香猪垂体特异性转录因子基因及其相关基因表达水平的半定量分析

采用RT-PCR方法对香猪及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)PIT-1基因和相关基因(GH、PRL和TSH-β基因)的mRNA扩增,并以β-actin为内参照进行基因表达水平的半定量分析。结果表明,香猪PIT-1基因及GH、TSH-β基因的表达水平均显著低于上海白猪和大约克夏猪(P<0.05),香猪与上海白猪、大约克夏猪在PRL基因表达水平上的差异也接近显著水平。研究结果提示,香猪的PIT-1基因可能存在着突变,从而使其PIT-1基因的表达水平降低,减弱了PIT-1蛋白对于GH、PRL及TSH-β基因转录和表达的激活功能,导致香猪生长缓慢和矮小性。     

利用RNA-seq技术筛选火毛撒坝猪和杜洛克猪背最长肌差异基因

本研究旨在利用RNA-seq技术研究中国地方猪种火毛撒坝猪优良性状的分子机制,发掘和鉴定地方猪种肉质性状和适应性的主效基因.屠宰火毛撒坝猪和杜洛克猪各4头,取背最长肌组织提取RNA,使用转录组测序筛选出差异表达的基因后进行GO和KEGG分析,研究了火毛撒坝猪和杜洛克猪2个猪种间3683个差异显著表达基因.结果表明,在富...     

基于转录组数据挖掘藏羊立毛肌发生的关键基因

旨在探究调控藏羊皮肤内立毛肌发生的分子机制，挖掘影响立毛肌发生的关键基因。本研究采集了30个75~110日龄健康情况良好的藏羊胚胎，收集背部皮肤组织，制作石蜡组织切片，利用HE染色观察背部皮肤内不同日龄立毛肌的形态学变化特征，推测出立毛肌发生的关键时期为胚龄75~85天（E75~E85）；分别挑选胚龄大约在75和85天各3个背部皮肤组织样品，分样品提取RNA，利用Illumina Hiseq平台进行转录组测序，对测序数据进行质控、过滤、比对，筛选得到差异表达基因，并对差异基因进行功能注释、富集分析、蛋白网络互作和RT-qPCR验证，挖掘调控立毛肌早期发育的关键候选基因。测序结果共得到1 159个差异表达的基因（P<0.05），其中900个基因上调，259个基因下调。随机选择6个差异表达的基因进行RT-qPCR验证，表达趋势与转录组测序结果一致，表明测序结果可靠。通过对差异基因进行GO功能注释和KEGG富集分析，筛选到与立毛肌发育相关的5个生物学过程条目和5个信号通路共47个非冗余基因（如BAMBI、TNNI3、HOXA9等）。本研究表明，藏羊立毛肌开始发育的关键时期约为E75~E85天，该时期内SPP1、BAMBI、TNNI3、HOXA9、SOX15可能为影响藏羊立毛肌发生的关键候选基因。     

基于转录组数据的蒙古牛皮肤组织抗寒相关信号通路及候选基因的筛选

本研究旨在通过对冬夏两季蒙古牛皮肤组织进行转录组测序和生物信息学分析,找到与蒙古牛抗寒性状相关的信号通路及候选基因。用Ion ProtonTMSequencer分别对冬季和夏季成年蒙古牛的皮肤组织进行转录组测序,随后对转录组数据进行处理、与参考基因组比对、差异表达分析、GO和KEGG富集分析以及候选基因筛选,并用Real-time PCR方法对转录组数据进行可靠性检测。结果显示,冬季组和夏季组分别得到86 954 060和69 837 009条reads;冬季组与参考基因组的唯一比对率为73.21%,夏季组为75.55%;冬夏两组共有182个差异表达基因(DEGs),与夏季组相比,其中117个在冬季组中上调,65个在冬季组中下调;Real-time PCR分析显示,转录组测序结果可靠;GO分析结果显示,细胞组分、分子功能、生物学过程分别富集到21、39和224个term;KEGG分析结果显示,差异表达基因(DEGs)显著地富集在脂类代谢、凝血、酪氨酸代谢、类固醇合成和视黄醇代谢相关通路上;共筛选出8个候选基因。综上表明,脂类代谢、凝血、黑色素合成相关通路和基因,以及与毛发发生相关的基因可能在蒙古牛抗寒过程中发挥重要作用。     

ZBED6基因对巴马香猪脾发育的作用机制分析

ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育。但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪（ZBED6-KO）和同日龄野生型巴马香猪（WT）的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴马香猪脾组织的发育影响。利用t检验对ZBED6-KO猪和WT猪脾组织大小的表型差异及ZBED6直接调控的靶基因IGF2的表达量进行显著性分析。提取ZBED6-KO猪和WT猪脾组织的总RNA,在Illumina Hiseq 2500平台进行RNA-seq分析。以猪Sus scrofa11.1为参考基因组,用转录组分析的标准流程筛选ZBED6-KO猪和WT猪脾组织中的差异表达基因。用DAVID在线网站对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。然后,随机选取7个差异表达的基因,利用实时荧光定量PCR技术验证测序结果的准确性与可靠性。结果显示,与WT猪相比,ZBED6-KO猪脾的重量和IGF2基因表达量均显著增加（P<0.05）,表明ZBED6基因的敲除对巴马香猪脾组织的生长发育有一定的促进作用。测序结果显示,各样本至少获得4G的数据量,每个样本的Clean Ratio及Q30比率均在90%以上,83.94%以上的reads可比对在猪的参考基因组上,表明测序数据质量良好,真实可靠;对测序数据进行转录组分析,共筛选到161个差异表达基因,其中上调基因90个,下调基因71个;差异表达基因的层次聚类分析显示,ZBED6-KO猪的3个个体（spleen1、spleen3、spleen6）的表达模式相似,WT的3个个体（spleen2、spleen4、spleen5）的表达模式相似,进一步证明测序数据的准确可靠;GO和KEGG富集分析中,富集到10条显著的GO条目以及5条显著的信号通路,2条与肌肉发育相关的通路;实时荧光定量PCR试验随机检测7个差异表达基因的表达模式与RNA-seq分析结果相一致,证实了测序数据的可靠性。以巴马香猪为模型,利用RNA-seq技术研究ZBED6基因的敲除对中国地方猪脾发育的作用影响,为挖掘ZBED6基因的更多功能提供了基础。     

mTOR在不同毛色绵羊皮肤的表达与定位

本文旨在探讨哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(Mammalian Target of Rapamycin,mTOR)在不同毛色哈萨克绵羊皮肤中的表达与定位。利用qPCR法检测白色、棕色和黑色哈萨克绵羊皮肤中mTOR mRNA的相对表达特性,用Western blotting半定量研究在白色、棕色和黑色哈萨克绵羊皮肤中磷酸化的mTOR(PhosphomTOR,p-mTOR)蛋白的相对表达量,用免疫组化技术分析p-mTOR蛋白在绵羊皮肤中的定位。qPCR结果显示,mTOR基因在黑色绵羊皮肤中显著表达,其相对表达量是白色和棕色绵羊的23.8和3.6倍,其在棕色绵羊皮肤中的相对表达量是白色绵羊的6.7倍;Western blotting结果表明,绵羊皮肤组织中存在相对分子质量约289 ku的产物,p-mTOR在不同毛色绵羊皮肤中的相对表达量有着显著差异,其中在白色绵羊皮肤表达量最低,在黑色绵羊皮肤中表达量最高;免疫组化结果显示,p-mTOR在绵羊皮肤的表皮、根鞘、毛干、毛基质及毛乳头均有表达。以上结果显示mTOR基因可能参与绵羊毛色形成过程。     

仔猪生长发育关键基因筛选和功能分析

为揭示对仔猪背最长肌和皮下脂肪组织生长发育过程起关键作用的基因,从GEO数据库下载背最长肌和皮下脂肪组织各18个转录组测序数据,采用Ensembl release 104版本的猪基因组和注释文件,进行生物信息学分析。结果显示,在所有样本中共获得79 800个转录本,其中包括29 118个mRNA、2 105个已知长链非编码RNA (lncRNA)和47 142个新的转录本。两种组织中共获得34 873个差异表达的转录本,包括12 536个差异表达的mRNA。对差异表达的mRNA进行KEGG和GO功能富集分析显示,肌节组织(sarcomere organization)、肌动蛋白细胞骨架组织(actin cytoskeleton organization)等通路与背最长肌发育性能相关,关键基因包括MYPN、TNNT1和PDLIM3等;脂肪细胞因子信号通路(Adipocytokine signaling pathway)、鞘脂信号通路(Sphingolipid signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acid metabolism)等通路与脂肪组织发育相关,关键基因包...     

不同氧浓度下猪睾丸间质细胞转录组分析

【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd...     

沙子岭猪睾丸组织发育过程中差异表达基因的筛选及注释

本研究采用RNA-seq技术对60(DS)、90(DN)、120(DT)、150(DF)日龄沙子岭猪睾丸组织进行转录测序，筛选差异表达基因并进行功能注释，从而为进一步研究猪睾丸组织发育和精子生成的分子调控机制奠定理论基础。结果表明，各文库获得的序列数量共计1 095 135 628条，164.26 GB，其中比对至猪参考基因组的序列比例为73.07%～75.64%，共有25 491条转录本，对应21 606个基因；DN VS. DS组的差异表达基因数量为1 606个，其中1 216个上调基因显著富集于40条GO项，390个下调基因显著富集于166条GO项；DT VS. DN组的差异表达基因数量为180个，其中97个下调基因显著富集于37条GO项；DF VS.DT组的差异表达基因数量为438个，其中243个下调基因显著富集于22条GO项。说明沙子岭猪睾丸组织发育过程中基因表达存在明显差异，尤其是60日龄至90日龄期间，这些差异表达基因可为进一步研究沙子岭猪睾丸组织发育和精子生成的分子机制提供参考依据。     

基于RNA-Seq技术的塔里木马鹿毛色相关差异表达基因筛选及初步分析

旨在基于RNA-Seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi Seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,测序获得25 038个有注释信息的Unigenes,比对分析显示,塔里木马鹿与天山马鹿有922个差异表达基因,其中上调表达基因495个,下调表达基因427个;GO功能富集分析结果显示,568个差异表达基因富集到61个GO条目上,分别参与了生物学过程、细胞组分及分子功能;KEGG代谢通路富集分析发现,在差异表达基因中富集最显著的代谢通路是ECM-受体相互作用。利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）方法分析与塔里木马鹿毛色相关的7个候选基因的转录水平变化来验证转录组测序结果的准确性和可靠性,这些基因的表达趋势与转录组测序结果相一致。ECM-受体相互作用、蛋白质消化与吸收、PI3K-Akt信号通路及与黑色素合成相关的酪氨酸等通路可能与塔里木马鹿的毛色有关;候选基因MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CⅡTA、ARPC5L、POMC等可能在塔里木马鹿毛色形成过程中发挥重要作用。本研究结果为今后塔里木马鹿毛色相关基因的分子调控机制方面及挖掘潜在的新基因提供了丰富的试验数据。