利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究

利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。     

三角梅种质资源的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对68份三角梅种质进行分析,从100个引物中筛选出14个多态性丰富、重复性好的引物,对68份三角梅种质资源的DNA多态性检测共获得了195条谱带,其中多态性条带182条,多态性比率为93.3%。聚类分析结果表明,三角梅品种间的遗传相似系数在0.50～0.97之间,平均相似系数为0.67,这说明供试的68份材料间的遗传多样性不是特别丰富、亲缘关系较近。在0.64水平处将三角梅种质资源分为A类群和B类群,A类群可分为2亚类,B类群还可分为6亚类。本研究从分子水平上揭示了三角梅不同种质资源之间的亲缘关系,进一步明确了种质资源间的遗传距离,为三角梅优良品质性状的选择、杂交育种亲本选配和良种繁育,提供了DNA分子水平上的理论依据。     

利用SNP标记划分甜玉米自交系的杂种优势类群

利用1 031个SNP标记对39份甜玉米自交系进行基因型分析,结果表明,1 031个SNP标记在供试材料中的平均多态性信息含量(PIC)为0.290,最小等位基因频率(MAF)平均值为0.275。39份自交系间遗传距离变化范围为0.032~0.678,平均值为0.430。通过Neighbor-joining(NJ)聚类分析,将供试材料划分为5个类群,分别为华珍母本群、京甜糯2群、彩甜糯群、温带种质群和华珍父本群。5个类群间遗传距离变化范围较小,在0.394~0.445之间。华珍父本群与温带种质群之间的遗传距离为0.394,彩甜糯群与华珍父本群、温带种质群之间的遗传距离为0.445。     

273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析

[目的]评估273份水稻种质资源的遗传多样性和群体结构,为今后利用这些水稻种质资源进行遗传育种和关联分析提供参考.[方法]利用214个分子标记对来自14个国家的273份水稻地方品种和育种材料进行基因型检测,分析其遗传多样性、群体结构、连锁不平衡程度.[结果]群体结构分析将供试群体划分为2个亚群(SG1、SG2)以及1个...     

水稻种质资源的籼粳分类及遗传多样性分析

采用程氏指数法鉴定了71份水稻种质资源的籼粳属性,将其分为籼、偏籼、偏粳、粳4类。同时选用15对SSR引物对供试材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到80个等位基因,平均每对SSR引物检测到5.33个,平均多样性指数(I)为1.24,多态性信息含量(PIC)为0.59,供试材料中籼稻的遗传多样性大于粳稻。根据遗传相似系数进行聚类分析,将供试材料分为2大类(籼稻和粳稻),聚类结果与形态分类结果基本相符。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SCo T标记的大豆种质遗传多样性研究

[目的]深入探究大豆种质在品种群水平和不同地理来源群体水平上的遗传多样性。[方法]利用目标起始密码子多态性（SCo T）分子标记技术,对151份国内外大豆种质资源基因组DNA进行多态性扩增分析。[结果]82条SCo T引物中有41条引物多态性较好,共扩增出275个DNA条带,其中多态性条带182个,多态性条带百分率为66.18%,平均多态性信息含量为0.656。综合分析各项指标后发现,内蒙古和黑龙江大豆品种的遗传多样性较低,国外品种和其他省区品种具有较高的遗传多样性水平。基于CDDP标记的UPGMA聚类将151份供试材料分为3大类群,聚类结果与地理来源具有一定的相关性。[结论]CDDP标记技术可有效揭示大豆种质资源的遗传多样性,为种质资源的科学利用提供理论依据。     

应用低密度SNP芯片解析玉米遗传多样性

利用1K低密度SNP标记,对不同亚群的95份自交系材料进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。结果表明,来自不同玉米亚群的95份自交系可划分为4个主要类群,符合血缘背景;主等位基因频率平均值为0.760 7,基因多样性平均值为0.317 8,杂合度观测值平均值为0.073 4,PIC值平均值为0.257 0。在1 249个SNP标记中,多态性较好的占比72.06%。基于GenoBaits的基因型鉴定技术可低成本且高效地解析种质的遗传背景和亲缘关系,为专、特用玉米分子标记辅助育种提供了可靠的技术依托。     

利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性

 为了揭示云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性,以元阳哈尼梯田过去种植（20世纪70年代收集于元阳县,现保存于种质库）的72个和当前种植的76个品种为材料,采用48个SSR分子标记进行多态性、遗传相似性和聚类分析。平均每个标记检测到的等位基因数、有效等位基因数、位点多态信息含量和基因型多样性指标在过去与当前的品种间,差异均未达显著水平。共有24个SSR标记的52个等位基因位点在过去与当前种植的品种中存在差异,其中,有18个SSR标记的32个等位基因位点在当前的品种中未检测到,同样,有16个SSR标记的20个等位基因位点在过去的品种中未检测到。基于48个SSR分子标记的平均遗传相似性系数,当前种植的品种为03340,过去为03313,过去与当前的品种分别在遗传相似性系数0203和0174处分为籼、粳两个亚种群。表明元阳哈尼梯田水稻地方品种经过30多年的自然与人工选择,虽有部分等位基因位点发生了变异,但仍保留了原有的遗传多样性;元阳哈尼梯田水稻地方品种存在明显的籼、粳分化。元阳哈尼梯田及其水稻地方品种是研究稻作籼粳演化的理想基地和材料。     

鹤蕉种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究鹤蕉种质遗传多样性及亲缘关系,为合理利用鹤蕉种质资源、培育观赏价值高的鹤蕉新品种提供依据.采用8对E+3和M+3引物组合对52份鹤蕉种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测.检测结果共获得1534条可统计的条带.其中1 520条呈多态性,多态性带百分率达99.09%.揭示了鹤蕉种质具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,多数鹤蕉种质资源与其花型的大小表现出较为密切的关系;来源相同的种质基本上可聚在一起,反映出品种间的亲缘关系;在相似系数0.56处将52份种质划分为5大类.8组引物在52份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试鹤蕉种质具有一定的鉴别价值.     

104个粳稻品种（系）的产量性状遗传多样性分析及优良种质资源筛选

为发现适宜江苏省推广种植的优良水稻品种并筛选优质的水稻种质资源创新材料,对104个水稻品种（系）的7个表型性状进行研究,开展品种（系）表型性状的遗传多样性分析、聚类分析及主成分分析,利用F值综合评价水稻品种资源。结果表明,供试材料有效穗数、瘪粒数及单株产量的变异系数>30%,在所有种群表型性状中具有良好的遗传变异性,7个表型性状的香农-维纳多样性指数范围为6.618～6.700,种群表型内部多样性丰富;利用聚类分析将种群划分为4大类群,为不同品种（系）间的杂交和优质品种的选育提供了理论依据;通过主成分分析,获得3个主成分,累计贡献率达到79.273%,即包含了104个品种（系）7个表型性状79.273%的遗传信息;瘪粒数、实粒数、总粒数及单株产量4个表型性状是综合评价的主要影响因子;通过F值排名,筛选出27个地方稻品种（系）作为优良的种质资源创新材料和遗传育种的亲本来源。     

东北三省大豆种质品质性状鉴评与综合分析

根据目标性状有的放矢的选配杂交亲本是提高优异品质组成品种的选择效率的基本前提。本研究对东北三省102份大豆种质资源的蛋白、氨基酸组分、油份及脂肪酸组分进行测定,通过遗传多样性、主成分和聚类分析,对其进行表型鉴定及基因型分类以综合评价种质品质特性。结果表明:东北三省大豆种质油份及脂肪酸组分变异较丰富,遗传多样性程度较高。根据主成分分析筛选到9个主成分进行聚类分析,通过聚类分析将供试种质资源分为5类。第I类群蛋白含量较高、油份含量偏低,第II类群蛋白、油份含量均居中,第III类群油份含量较高、蛋白含量偏低,第IV类群高油,第V类群高蛋白,类群间的氨基酸、脂肪酸组分各有差异。需根据育种目标在群体间选配亲本,以提高品质育种的效率。     

78份杧果种质亲缘关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术，分析78份杧果种质的遗传多样性。从100条引物中筛选出12条优选引物，共扩增出148条DNA条带，其中多态性带142条，多态性百分率为95.95%。聚类分析结果将78份杧果种质分为5大类。在5大类资源中，大部分种质(87.34%)都聚在第Ⅰ类，表明大部分杧果种质之间亲缘关系较近，供试种质之间能互相区分开来并表现出丰富的遗传多样性。     

芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性

利用RAPD分子标记方法,选取60个随机引物,对从我国保存的芝麻种质资源中接续取的19个种质进行遗传多样性分析,选出扩增效果好的14个多态性引物,并用于统计分析,14个引物共扩增出142条带,其中多态性带61条,占43%,平均每个引物有4.36条,变化范围2～7条,依据聚类分析结果可将19个供试材料分为4大类,地理来源较远的国外种质与我国本地种质之间遗传差民较大.利用RAPD标记技术在基因水平上分析芝麻种质资源遗传多样性完全可行.     

红花种质资源形态性状遗传多样性分析

为促进红花品种改良及种质资源的高效利用,以筛选出的68份优异种质为材料,对19个形态性状进行调查分析,研究其遗传多样性。利用主成分分析和聚类分析,结果表明：国内外不同地理来源红花资源群体间的遗传多样性丰富,数量性状上存在较大变异。主成分分析以5个主成分因子反映了13个数量性状的全部信息。累计贡献率达85.08％,各主成分包含的信息具有一定的相关性,表明主成分分析结果与参试资源和性状指标的选择均有关系。将主要农艺性状归纳为产量构成因子,生长势因子和子粒因子。采用DPS 7.0软件,进行系统聚类分析,根据19个性状在红花种质资源间的不同表现,在遗传距离13.29处将68份供试材料聚为7大类群。聚类结果表明,不同地理来源的种质资源多样性较丰富,聚类分析中部分地理来源相同或遗传背景相似的资源能够聚在同一类群,但也有一些地理来源及遗传背景不一致的种质资源也聚在同一类群,少部分资源品种表现差异大,表明品种类群间的性状分化与地理分布既有一定的联系又不绝对相关,即不同地区的材料聚类呈现一定的地理分布规律。研究结果表明：供试的红花种质资源具有丰富的遗传多样性,其中多样性指数最高的是分枝总数为15.779 2,其次为单株有效果球数、单株产量和分枝长度,依次为15.673 9、10.617 5和10.415 5,多样性指数越高,表明遗传多样性越丰富。实践证明在杂交或其他方法育种中,选配亲本材料应依据主成分的排序,具体分析与全面评价每个亲本材料综合指标的优劣,依据红花育种目标,结合聚类分析,合理地选配组合。对于红花品种改良及资源的进一步开发利用具有重要意义。     

基于ISSR标记的建兰种质资源遗传多样性分析

为揭示建兰种质间的亲缘关系,促进建兰种质资源的有效保护和利用。本研究利用ISSR标记分析了源于中国各地的39份建兰品种,并采用UPGMA方法进行了聚类分析。结果表明：6个ISSR引物对39份建兰品种的基因组DNA进行扩增,共扩増出64条清晰条带,其中57条为多态性条带。平均每条引物检测到的条带数为11条,多态性条带10条,多态性比率为89.88%。通过UPGMA法进行聚类分析表明供试材料的遗传相似系数在0.500~0.953之间,供试材料被分为6群集,说明ISSR标记在建兰的品种间具有丰富的多态性,能够很好地揭示建兰品种间的亲缘关系。本研究结果可为建兰种质资源品种鉴定及杂交育种等提供理论依据。     

匈牙利大麦品种遗传多样性的ISSR分析

为给大麦种质资源的利用提供分子生物学依据,以甘肃省育成大麦品种陇啤1号（XYL-601）为对照,利用内部简单重复序列多态性（ISSR）分子标记技术分析了来自匈牙利的30份大麦种质资源的多样性。在31份大麦种质资源中,12条ISSR引物扩增出112个条带,其中多态性条带比率（PPB）为82.14%,扩增产物片段大小在0.2～1.5kb之间。通过聚类分析,将供试大麦种质资源分为2大类。本研究结果表明,匈牙利大麦遗传多样性水平较高,可以引进利用,为甘肃大麦育种提供资源基础。     

燕麦种质资源遗传多样性的AFLP分析

为给燕麦种质资源的收集保护和育种研究提供依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对74份燕麦种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,10对AFLP引物共产生784个扩增位点,多态性位点比率达96.91%;供试燕麦种质的平均Nei′s指数为0.382,平均Shannon′s信息指数为0.573,各供试材料的AFLP多态性丰富,表现出较高的遗传多样性,利用AFLP标记评价燕麦种质的遗传多样性具有较高的检测效率。对AFLP数据进行聚类分析,构建了供试燕麦种质的UPGMA系统进化树,74份燕麦种质可以聚为五大种质群,聚类结果与地理来源及皮裸性有一定的相关性。     

高牛鞭草（Hemarthria altissima）及其近缘种种质资源SCoT多样性分析

利用SCoT标记对来源于四大洲的46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源[包括36份高牛鞭草（Hemarthria altissima）、8份扁穗牛鞭草（Hemarthria compressa）及2份Hemarthria uncinata]的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。从48条SCoT引物中筛选出条带清晰、多态性好和重复性好的22条,对46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源进行扩增。结果表明：共获得597条带,多态性比率（PPB）为89.1％,平均每条引物扩增多态性条带24.3条,多态信息含量（PIC）范围为0.443~0.877,平均0.623。46份牛鞭草种质资源平均Nei's基因多样性指数为0.273,平均Shannon信息指数为0.486,表明46份牛鞭草种质资源具有丰富的遗传多样性。供试材料间的遗传相似系数介于0.611~0.943之间,聚类分析和主成分分析结果高度相似,基本将供试材料按牛鞭草种类及地理来源分为4大类,表明46份牛鞭草种质资源的遗传多样性与牛鞭草种类及其地理来源具有一定的相关性。可见,SCoT能用于牛鞭草种质资源遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究将有利于牛鞭草种质资源的收集及评价利用。