鸡传染性支气管炎病毒地方-分离株S1基因克隆和基因型鉴定

利用ＩＢＶ全长Ｓ１基因特异性引物,以纯化的３个标准株Ｍ４１、Ｈ５２、Ｔ和６个地方分离株（ＱＤ、ＺＺ、ＧＺ、ＧＪ、ＤＬ和ＹＣ）的基因组ＲＮＡ为模板,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增出预期大小约１．７３ｋｂｃＤＮＡ片段,经ＢＡＭＨＩ和ＨｉｎｄⅢ酶切插入到质粒ｐＵＣ１８中,并在大肠杆菌ＪＭ８３中实现了克隆。对６个分离株的Ｓ１基因ＰＣＲ产物进行ＨａｅⅢＲＦＬＰ分析,表明ＱＤ、ＴＪ属于Ｍ４１基因型,ＺＺ和ＧＺ与Ｔ基因     

我国鸡传染性支气管炎病毒地方分离株的形态观察和S1基因的RT-PCR扩增

参照已发表的IBVBeaudette株全基因组序列 ,自行设计合成了 3条引物 (youl 、you2 -、youM ) ,引物you1 和you2 -在S1基因两侧 ,跨幅约 16 10bp ,引物you2 -和youM 在S1基因的 3’端 ,跨幅约 5 30bp。用这两对引物对 5个IBV地方分离株 (HN2 ,HN4,JX1,SC2和SC1)进行RT -PCR ,均成功地扩增出相应大小的目的片段。病毒在电镜下观察可见到形态多变的冠状病毒粒子     

我国鸡传染性支气管炎病毒地方分离株

根据IBV Beaudette株全基因组序列，借助基因分析软件自行设计合成了3个引物（youl,you2-youM ),引物you1 和you2-在S1基因两则，跨幅为1611bp,引物you2-和youM 在S1基因的3‘端，跨幅为535bp，用引物you1 和you2-对5个IBV地方分离株（HN2、HN4、JX1、SC2和SC4）进行RT－PCR，均成功地扩增出预期大小的目的片段，对RT－PCR的产物用限制性内切酶PstI进行酶切分析，结果酶切产物中得到2条条带，大小分别为560和1050bp，与GeneBank中11株已发表的S1基因分析结果一致，初步鉴定结果显示，已经成功分离得到了IBV－S1基因。     

传染性支气管炎病毒上海分离株S1基因克隆及遗传变异分析

对4株最新鸡传染性支气管炎病毒上海分离株的S1基因进行RT-PCR法扩增、克隆和序列测定分析。结果表明所克隆的S1基因全长约为1.63 kb,与常用IBV疫苗株和其它血清型代表株的S1基因序列及推导的氨基酸序列相比较,核苷酸序列同源性为77.4%～82.9%,氨基酸同源性为74.7%～82.6%,为研究上海地区IBV分子流行病学积累了资料。     

鸡传染性支气管炎病毒浙江分离株RFLP基因分型

为了查清浙江省目前流行的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的基因型,我们收集了5个不同疫区的IBV（肾病变型J、W、X、N;腺胃病变型ZJ971）和参考株H₁₂₀,分别对其S1基因cDNA进行HaeⅢ、StyⅠ、PstⅠ、Ksp632Ⅰ的RFLP分析。结果表明IBV-J、W、X、N株的RFLP基因类型相同,但与古老的肾病变型代表株（即T株、Gray株、Holte株）、国内外报道的肾病变型毒株及呼吸型H₁₂₀株均不同,是一种新的RFLP基因类型;IBV-ZJ971株的基因型与H₁₂₀相同。     

鸡传染性支气管炎病毒W株膜蛋白基因的分子特征

【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)W株膜蛋白基因的分子特征。【方法】根据GenBank中已发表的鸡传染性支气管炎病毒M基因序列,设计并合成1对特异性引物,利用RT-PCR技术成功扩增了IBV河南地方分离毒株W株M基因全长片段,然后进行克隆、测序,并与GenBank中发表的11株国内外参考毒株进行比较分析。【结果】获得的W株M基因全长为681 bp,编码M蛋白226个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点;3个跨膜区域分别位于21~37,45~68,74~94 aa处,在171~176,183~193 aa处有2个潜在的抗原位点,且M蛋白上有9个高度保守的半胱氨酸;与参考毒株相比,IBV-W株M基因的核苷酸同源性为88.2%~92.7%,推导的氨基酸同源性为91.1%~95.6%;M蛋白的突变主要发生在前16位氨基酸,其中第2位缺失1个氨基酸,第3~6位连续插入4个氨基酸,第8~9位缺失2个氨基酸,第14~16位的3个氨基酸发生连续突变,其他位点的氨基酸变异为点突变,M蛋白核苷酸序列的变异主要表现为静默突变,亲水区较疏水区更易变易;在系统发生进化树中,W株与BJ株处于同一个小的分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株的亲缘关系较远。【结论】推测W株可能是一个新的变异株。     

我国允传染性支气管炎病毒地方分离株的形态观察和S1基因的RT—PCR扩增

参照了已表的ＩＢＶ Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ株全基因组序列,自行设计合成了３和引物（ｙｏｕｌ＋、ｙｏｕ２－ｙｏｕＭ＋）,引物ｙｏｕ１＋和ｙｏｕ２－在Ｓ１基因两侧,跨幅约１６１０ｂｐ,引物ｙｏｕ２－和ｙｏｕＭ＋在Ｓ１基因的３’端,跨幅约５３０ｂｐ。用这两对引物对５个ＩＢＶ地方分离株（ＨＮ２,ＨＮ４,ＪＸ１,ＳＣ２和ＳＣ１）进行ＲＴ－ＰＣＲ,均成功地扩增出相应大小的目的片段。病毒在电镜下观察中以形态多变的冠状病毒粒子。     

鸡传染性支气管炎病毒河南分离株S1基因克隆及遗传变异分析

根据GenBank中已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因,设计并合成了1对引物,采用RT-PCR技术扩增鸡传染性支气管炎病毒河南分离株(HN0501)S1基因,并进行克隆和测序.结果表明,所克隆的片段大小为1739 bp,包含S1基因和部分S2基因,S蛋白切割识别位点序列为RRSRR.序列比较分析发现,IBV HN0501株S1基因与澳大利亚N1株、吉林JAAS株S1基因核苷酸同源性分别为99.6%,99.8%,氨基酸同源性均为99.3%,而与其它支气管炎病毒株核苷酸同源性为66.4%~85.2%.通过IBV S1基因系统进化分析,结果发现HN0501株与N1株、JAAS株的亲缘关系近,而与其它支气管炎病毒株的亲缘关系均较远.进一步证实IBVHN0501株为IBV肾型株.     

3株传染性支气管炎病毒蛋鸡源河南株的S1基因序列分析

为了解河南省致蛋鸡产蛋量下降的传染性支气管炎病毒(IBV)的流行特征,从河南南阳、信阳和安阳等市的发病鸡场中鉴定出3株IBV,分别命名为CK/CH/HN/NY1206/2017、CK/CH/HN/XY911/2017和CK/CH/HN/AY119/2018,并应用RT-PCR技术对3个IBV分离株的S1基因进行扩增与序列分析。结果显示,3个IBV分离株S1基因全长都为1 617 nt,编码539 aa,并且都属于基因型4/91(CHⅡ);CK/CH/HN/NY1206/2017株S1基因裂解位点为RRSRR,CK/CH/HN/XY911/2017株S1基因裂解位点为RRSRR,CK/CH/HN/AY119/2018株S1基因裂解位点为RRFRR;3个分离株间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列具有较高同源性,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,与我国使用的Mass型常规疫苗H120和H52株的核苷酸和氨基酸同源性最低,分别仅为78.3%～78.4%和74.8%～75.4%,与4/91(CHⅡ)型疫苗4/91株的核苷酸和氨基酸同源性较高,分别达到94.7%～99.3%和93.9%～98.1%。综上,河南省致蛋鸡产蛋量下降的IBV流行株基因型相对统一,使用4/91(CHⅡ)型疫苗应可提高蛋鸡抗IBV的效率。     

鸡传染性支气管炎病毒河南流行毒株S1基因的变异分析

经鸡胚接种、反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)、气管环培养等方法从河南不同地区发病鸡群中先后共分离、鉴定出7株鸡传染性支气管炎病毒(IBV).应用RT-PCR方法对7株病毒以及IBV H120疫苗株的S1基因全序列进行扩增,并对其进行克隆测序及序列分析.结果显示:8株IBV的S1基因全长分为4类,分别是1632、1620、1617和1611 bp;序列相互之间存在多位点变异,同时存在型特异性的插入和缺失;其S蛋白裂解位点序列模式有HRRRR、RRFRR和RRSRR 3种;同源性及遗传进化分析显示Jin-13为呼吸型毒株,YI为ArkDPI型肾型毒株,HN/SG株与国内其他肾型分离株亲缘关系均较远;河南肾型分离株HN/HL、XP/1/09、XP/3、WZL与山东肾型分离株之间的同源性较高且其亲缘关系最近,而与河南HN99株的亲缘关系较远.说明河南地区存在不同的IBV流行毒株,这些漉行毒株在主要保护性抗原蛋白S1基因上发生了一定的变异.     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株膜蛋白基因的分子特征分析

根据GenBank中已经公布的鸡传染性支气管炎病毒株M基因序列,设计并合成1对特异引物,利用RT-PCR方法扩增出IBV河南分离株HN99株M基因的全长片段,然后进行克隆、测序,获得了长度为669 bp的HN99株M基因全序列,编码M蛋白222个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有1个潜在的N-糖基化位点,M基因编码的膜蛋白中含有9个高度保守的半胱氨酸;HN99株M蛋白点突变较多,且突变位点呈散在分布遍及整个ORF,主要表现为碱基的插入和缺失,在Glu 21～Leu 37,Set 45～Ile 68,Pro 74～Phe 94位氨基酸的区域内形成3个跨膜区域,在39 Try～43 Thr,171 Ile～176 Pro,183 Arg～193 Ser住氨基酸处含有3个潜在的抗原位点;与GenBank中的11个国内外参考毒株相比,IBV-HN99株M基因核苷酸同源性为87.0%～90.3%,推导的氨基酸同源性为89.7%～94.2%;在系统发生进化树中,HN99株M基因与其他参考毒株属于不同的分支,亲缘关系均较远.     

鸡胚NANOG、POUV和TWIST2基因不同发育阶段表达谱分析

为了解析鸡胚发育过程中NANOG、POUV和TWIST2基因的调控作用,利用荧光定量RT-PCR方法,研究NANOG、POUV和TWIST2基因在孵化1~6d(E1~E6)的整体胚胎和孵化15和18d(E15、E18)鸡胚的大脑、心脏、肝脏和左侧大腿肌肉组织中的表达谱。结果表明,1)NANOG基因的表达水平在E2~E6整胚和E15、E18胚期的大脑、心脏、肝脏和腿肌中的表达水平均极显著低于E1时期(P0.01)。2)在鸡胚发育的整胚E1~E6和E15、E18时期的大脑、肝脏、心脏和腿肌中,POUV基因的表达水平基本呈现逐渐降低趋势,且从E3时期后均显著低于E1时期(P0.05或P0.01)。3)TWIST2基因在E1~E6整胚中的表达水平呈现逐渐增高趋势,到E6达到最高水平(P0.05或P0.01);在E15和E18时期的上述4种组织中又呈现降低趋势,但均高于E1时期。NANOG、POUV和TWIST2基因在鸡胚发育过程的调控水平存在差异,研究结果可望为鸡的育种和临床研究提供资料。     

鸡传染性支气管炎病毒澳大利亚T株S1全基因的克隆与序列分析

【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术,对IBV T株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明,IBV T株S1基因大小为1 739 bp。与Gen-Bank中的29株IBVS1基因进行比较发现,IBV T株与吉林疫苗株(JAAS)S1基因核苷酸同源性为99.8%,有4个核苷酸的差异,其中有3个碱基发生非同义突变,氨基酸同源性为99.4%;与其余28株IBVS1基因核苷酸同源性为73.8%~84.4%,氨基酸同源性为66.8%~85.9%。进化分析发现T株与JAAS株之间的亲缘关系很近,与其他IBV株的亲缘关系均较远。【结论】JAAS株是T株的变异病毒,IBV T株的变异病毒在我国存在。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

鸡传染性支气管炎病毒S1基因的真核表达及其产物的免疫原性

采用RT-PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒(IBV)M 41株的全长S1基因,并将其片段连接到pGEM-T载体,经酶切、PCR及序列测定表明,获得的S1基因ORF全长为1 659 bp,与G enB ank上公布的IBV M 41 S1基因序列一致。将S1基因与真核表达质粒pVAX 1连接,构建重组真核表达质粒pVAX 1-S1。将重组质粒转染COS-7细胞,采用间接免疫荧光检测转染细胞S1蛋白的表达。同时以重组质粒免疫小鼠,可诱导产生特异性针对IBV S1蛋白的抗体(P<0.01)。这为鸡传染性支气管炎新型基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

静原鸡AK1基因序列分析及真核表达载体的构建

目的 探究宁夏地方品种静原鸡前期转录组测序筛选出的AK1基因编码蛋白的结构与功能,构建其真核表达载体。方法 根据GenBank上已公布的原鸡AK1基因序列,针对其CDS区设计特异性引物,通过克隆测序对AK1基因CDS区SNPs进行快速筛查,构建AK1基因的真核表达载体,并进行编码区生物信息学功能分析。结果 AK1基因编码区全长585 bp,编码194个氨基酸;AK1蛋白无跨膜结构域,存在2个CpG岛,18个磷酸化位点,10个抗原表位,为稳定的水溶性蛋白,空间结构以α–螺旋和无规则卷曲为主。亚细胞定位结果显示,AK1蛋白主要位于细胞质内;GO富集分析发现,AK1基因同样富集在细胞质中,与亚细胞定位结果一致。基因共表达分析发现,在与AK1互作的基因中,AK1与AMPD1、PKM2基因存在共表达,共表达系数分别为0.116和0.063。成功构建出AK1-pEGFP-N1载体。结论 该研究结果为后续AK1蛋白功能以及AK1作为肌苷酸相关基因的深入研究提供了科学依据。     

藏鸡NDV的分离鉴定及F基因的遗传进化分析

【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）和1日龄雏鸡脑内接种致死指数（ICPI）来确定分离株的毒力。采用RTPCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662 bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C²⁷变为R²⁷)多了1个半胱氨酸残基;有6个潜在的糖基化位点。分离的8株NDV与GenBank中发表的20株NDV参考毒株比较结果表明,F蛋白氨基酸序列变异位点较多,主要集中在8-30,97-124,45,385-386,402-403,479-494,509-520位氨基酸处,强毒株AA替代较集中,而弱毒株保守区较多且AA替代较分散。分离NDV株之间F基因编码区核苷酸序列同源性为83.5%～99.9%,其中强毒株之间同源性为95.2%～99.4%,弱毒株之间同源性为99.4%～99.9%。分离NDV株之间F基因编码的氨基酸同源性为87.5%～99.5%,其中强毒株之间同源性为95.3%～98.2%,弱毒株之间同源性为98.6%～99.5%。进化分析显示,3株强毒株均为基因Ⅶ型,5株弱毒株均为基因Ⅱ型。【结论】分离了8株藏鸡NDV,其中3株为强毒株,属于基因Ⅶ型;5株为弱毒株,属于基因Ⅱ型。     

DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性

研究鸡DRD1及DRD2基因与冠高和体重的关系。在DRD1和DRD2基因上共选取20个多态位点,对586只宁都三黄鸡的基因型进行检测,分析各位点与77、84及91日龄冠高和体重性状的相关性。结果表明:位于DRD2基因5′侧翼区的位点A-6543G与91日龄体重显著相关(P<0.05),位点C-6539T与91日龄冠高显著相关(P<0.05);DRD1基因编码区上6个多态位点与不同日龄的鸡冠高和体重无显著相关(P>0.05),但由C+765T、C+1011T与G+1065A这3个位点组成的单倍型块与77日龄冠高呈显著的相关性(P<0.05)。研究结果提示:DRD1基因的单倍型块可作为77日龄冠高的辅助选择的有效分子标记;而DRD2基因上A-6543G可作为91日龄体重的有效分子标记,位点C-6539T可为91日龄冠高标记辅助选择提供参考。