荸荠基因组DNA的提取及RAPD反应体系的建立

以荸荠叶状茎为试验材料,采用改良的SDS法提取其基因组DNA,并对其RAPD反应体系进行优化,建立了荸荠的RAPD—PCR优化反应体系和程序。结果表明,提取的基因组DNA纯度和完整性较好,OD260/OD280值在1．8～2．0之间,DNA无降解现象,完全可以满足RAPD—PCR扩增要求。建立了荸荠RAPD反应体系：总体积为25μl,各有关成分的最佳浓度分别为25mmol／L Mg^2＋,1．0UTaqDNA聚合酶,0．2mmol／L dNTPs,1μmol／μl引物,1．5ng／μl DNA模板。PCR反应程序为：94％预变性3min;94℃变性1min,37℃退火30s,72℃延伸60s,40个循环;最后72％延伸10min。     

苜蓿基因组DNA的提取及RAPD反应组成优化探讨

比较了CTAB法和SDS法提取苜蓿基因组总DNA的效果,这两种方法得到的全基因DNA具有较好的完整性,但从DNA的提取纯度可以看出,CTAB法优于SDS法.实验对苜蓿RAPD反应条件进行了优化:在25μL反应体系中,含10×Buffer(20mM MgCl2),1UTaq酶,25ng的模板DNA,150 mol/L的dNTPs,0.2 mol/L引物.PCR反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性15 s,37℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环;72℃延伸10 min;最后4℃保存.     

建兰ISSR-PCR反应体系的建立和优化（摘要）（英文）

[目的]研究建兰[Cymbidium ensifolium（Linn.） Sw]总基因组DNA的提取方法,并对建兰ISSR-PCR反应体系进行优化,建立更为完善的反应体系。[方法]用改良的CTAB法提取叶片的基因组DNA,用1.0%琼脂糖电泳检测DNA质量;用分光光度计测定其纯度和浓度,DNA纯度以OD260/OD280的比值来估算,浓度估算法为：DNA浓度（ng/μl） =OD260×50×稀释倍数。计算DNA获得率（DNA量/所用叶片量×100%）。对建兰ISSR-PCR反应的4项影响因素（DNA模板、TaqDNA聚合酶、Mg2 ＋和dNTPs）逐个作5水平进行研究,以筛选最优的建兰ISSR-PCR反应体系。[结果]获得高质量的建兰基因组DNA,以及优化了的建兰ISSR-PCR反应体系,即25μl PCR反应体积中,2.5μl 10×PCR buffer,2.5 mmol/LMgCl2,240 ng模板DNA,160μmol/LdNTPs,1.25 UTaqDNA聚合酶,0.4μmol/L引物,双蒸水15.78μl。最佳扩增程序为：94℃预变性5min,然后进行40个循环：94℃变性30 s,50 ～60℃退火（退火温度随引物不同而定） 30 s,72℃延伸50 s,72℃延伸7 min。[结论]建立了建兰ISSR-PCR反应体系最适合的条件,为进一步利用ISSR分子标记技术进行建兰遗传多样性研究提供了基础。     

鼠尾草属植物基因组DNA提取及RAPD反应条件优化

以鼠尾草属植物叶片为材料,提取基因组DNA,并对RAPD反应条件进行了系统优化.结果表明,采用核DNA法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为20μl反应体系中,10×buffer 2.0μl,模板DNA 20 ng,Mg 浓度2.0 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,dNTPs浓度0.2mmol/L,Taq酶1.0U.扩增反应程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1main,72℃延伸2main;40个循环;72℃后延伸10main,4℃保存.     

大果油茶基因组DNA提取及ISSR反应体系建立

【目的】建立大果油茶的ISSR-PCR适宜扩增反应体系和程序,为其深入研究奠定基础。【方法】以大果油茶嫩叶片为供试材料,采用改良的SDS法提取其基因组DNA,并对其ISSR反应体系条件进行筛选及优化。【结果】提取的基因组DNA纯度和完整性较好,OD260/OD280值在1.8～2.0之间,DNA无降解现象,完全可以满足ISSR-PCR扩增要求。在25.0μLISSR-PCR反应体系中,各组分的适宜浓度配比为：40ng/μL模板DNA1.0μL、2.5mmol/LdNTPs2.0μL、5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL、10μmol/L引物1.0μL、10×PCR Buffer2.5μL（含有Mg2＋）,加ddH2O至25.0μL。PCR反应程序为：94℃预变性5min;94℃变性40s,52℃和53℃退火40s,72℃延伸90s,40个循环;最后72℃延伸7min。由此可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱。【结论】建立的ISSR-PCR反应体系可用于研究大果油茶遗传变异和多样性。     

蹄叶橐吾基因组DNA提取及RAPD-PCR体系的优化

为利用RAPD技术探讨长白山区橐吾属植物的遗传多样性,采用改良的CTAB法成功提取蹄叶橐吾的基因组DNA,并建立橐吾属植物RAPD-PCR反应的最佳体系.最佳体系容积为20μL,其中包括模板DNA20ng,引物10pmol/L,dNTP 300μmol/L,MgCl21.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U,不足部分用DW补充.反应程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1min 30s,循环40次,最终72℃延伸10min.     

10种绣线菊DNA的提取及RAPD反应体系的优化

旨在筛选出绣线菊属 RAPD 反应的最佳体系,为绣线菊属植物种质资源遗传多样性和亲缘关系的研究奠定基础.试验以 10 种绣线菊属植物为材料,采用改良 CTAB 法进行冬芽和嫩叶的总 DNA 提取并对影响 RAPD 扩增效果的因素进行优化.通过单因素优化筛选出最佳的 20μl 反应体系10×Taq buffer 2μl,Taq 酶 1.0U,0.15mmol/L dNTP,DNA 2ng/μl,引物 0.21μ mol/L,Mg2 2.0mmol/L;反应程序94℃预变性 4min,然后进行 40 个循环94℃变性 45s,37℃退火 1min,72℃延伸 1min.最后72℃延伸5min,4℃终止反应.结果发现,采用改良 CTAB 法所提取绣线菊冬芽的 DNA 达到 RAPD 反应的要求.筛选体系扩增出清晰稳定的多态性条带,可用于对绣线菊属遗传育种方面的研究.     

蕙兰ISSR-PCR反应体系的建立和优化（英文）

[目的]以蕙兰（Cymbidium faberi Rolfe）基因组DNA为模板,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素进行筛选和优化,建立适合蕙兰的ISSR-PCR的最佳反应体系。[方法]利用改良的CTAB法提取蕙兰基因组DNA,并对影响ISSR-PCR扩增结果的因素进行优化。[结果]获得了高质量的蕙兰基因组DNA并建立了最适的蕙兰ISSR-PCR体系（25μl）,即2.5μl10×PCRbuffer,2.0mmol/LMgCl2,60ng模板DNA,160μmol/LdNTPs,1.25UTaqDNA聚合酶,0.4μmol/L引物,双蒸水15.85μl;最佳扩增程序为：94℃预变性5min;94℃变性30s,复性温度比引物的Tm值低2～3℃,30s,72℃延伸50s,40个循环;72℃延伸7min。[结论]该优化体系的建立可为今后利用ISSR标记技术进行蕙兰遗传多样性研究提供依据。     

台兰 ISSR-PCR 反应体系的建立与优化

[目的]建立台兰稳定可靠的ISSR-PCR分子标记反应体系。[方法]用改良的CTAB法提取叶片的基因组DNA,并对影响台兰ISSR-PCR反应体系的主要成分进行筛选和优化。[结果]台兰的ISSR-PCR优化反应体系为:25μl PCR反应体积中,2.5μl 10×PCR buffer,2.0 mmol/L MgCl2,100 ng模板DNA,0.5 mmol/L dNTPs,0.22 U Taq DNA聚合酶,0.4μmol/L引物,15.78μl双蒸水。最佳扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行40个循环:94℃变性30 s,复性温度根据各引物的TM值略低1~2℃,30 s,72℃延伸50 s,循环结束后72℃延伸7 min。[结论]台兰ISSR-PCR优化反应体系为今后利用ISSR技术进行台兰种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。     

石鲽基因组DNA的提取及其RAPD体系的优化

[目的]研究石鲽基因组DNA的提取及其RAPD体系的建立和优化。[方法]以石鲽为试材,按常规酚/氯仿抽提法提取其基因组的DNA,对影响RAPD反应的各因素进行优化,建立了石鲽的最佳RAPD反应体系和程序。[结果]采用常规酚/氯仿抽提法获得的DNA完全能够满足RAPD分析的要求。通过优化建立一套适合石鲽的稳定的RAPD反应体系:反应体系总体积为25μl,包括10×buff-er2.5μl,MgCl22 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.2μmol/L,模板30 ng,Taq酶1 U。扩增程序为:94℃预变性5 min,45次PCR循环(94℃变性45 s,36℃退火45 s,72℃延伸2 min和72℃延伸10 min。利用该体系对OPK和OPV系列共40条引物进行扩增,发现其中部分引物能产生稳定、清晰的条带。[结论]该体系为石鲽遗传多样性以及相关分子标记的研究奠定了基础。     

茶薪菇基因组DNA的RAPD反应体系优化

[目的]旨在筛选出茶薪菇RAPD反应体系的最佳条件。[方法]采用单因素试验,对RAPD反应体系所需的Mg2+浓度、模板DNA浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度以及退火温度进行初步筛选。[结果]茶薪菇RAPD扩增的最佳反应体系为:2.5μl Buffer,2.0mmol/L Mg2+,75 ng DNA,0.5μmol/LPrimer,150μmol/LdNTPs,2.0 UTaq酶。反应程序为:92℃预变性5 min,(92℃1 min,35.5℃1 min,72℃延伸2 min)35个循环,72℃10 min。[结论]为茶薪菇RAPD分析及其亲缘关系、遗传多样性研究提供了参考依据。     

荷包猪RAPD-PCR反应条件研究

[目的]建立适合荷包猪RAPD-PCR反应的最佳反应体系。[方法]以荷包猪为试验材料,以MgCl2浓度、引物浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量及退火温度为影响因子,在保持其他影响因子一致的条件下,变化单一因子,筛选最优参数,研究各影响因子对RAPD-PCR反应的影响。[结果]最佳反应体系的总体积为20.0μl,MgCl2浓度为2.5μmol/L、引物浓度2.0μmol/L、dNTP浓度400.0μmol/L、模板DNA为100 ng/μl、TaqDNA聚合酶为1.0 U。PCR反应程序:94℃预变性2 min(94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1 min,循环40次),72℃延伸5 min。此反应体系所扩增出来的结果比较稳定,带型清晰且亮度适中。[结论]该研究为应用RAPD技术对荷包猪作进一步的遗传分析奠定了基础。     

优化麝香百合RAPD反应体系的研究

[目的]建立适合百合种质的RAPD优化体系。[方法]从麝香百合中提取基因组DNA,进行RAPD反应。通过正交试验设计,优化麝香百合的RAPD反应条件和反应体系。[结果]优化的RAPD反应条件为:DNA 50 ng,Primer 0.3μmol/L,Taq酶1.0 U,dNTPs 200μmol/L,Mg2+3.0 mmol/L。在麝香百合的RAPD扩增程序中,各因素显著性程度依次为:循环次数>延伸时间>复性温度>复性时间。麝香百合的最佳RAPD反应程序为:37℃复性50 s,延伸60 s,循环35次。[结论]该研究建立了一套稳定的RAPD反应体系,具有较好的扩增效果。     

雷公藤叶片基因组DNA不同提取方法比较

[目的]比较雷公藤叶片中基因组DNA的提取方法。[方法]采用常规CTAB法、改良CTAB法、常规SDS法、高盐低pH值法和一步法分别提取雷公藤叶片基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法测定样品OD260与OD280的比值以及RAPD扩增结果,判断所得DNA样品的纯度,并根据OD260值计算不同提取方法的DNA得率。[结果]改良CTAB法提取效果最佳,所提DNA的平均得率为219.3μg/g,OD260/OD280比值在1.869～1.903,用于RAPD-PCR均有较好的扩增结果。[结论]改良CTAB法是雷公藤叶片基因组DNA提取的最佳方法。     

羌活基因组DNA提取方法

[目的]探索一种用于RAPD分析的羌活基因组DNA提取方法。[方法]分别采取CTAB法S、DS法和改良的CTAB法提取羌活基因组DNA,通过紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳和RAPD分析对提取的DNA进行检测。[结果]3种方法均能有效地从羌活中获得较高产量的DNA,以改良的CTAB法所得的DNA纯度最高,此法提取的羌活基因组DNAOD260/OD280为1.8~2.0,DNA干重得率约为0.235μg/mg。[结论]改良的CTAB法更适于羌活基因组DNA的提取,可以完全满足RAPD扩增的需要。     

温郁金ISSR-PCR反应体系的建立及条件优化

[目的]寻找一个可用于温郁金ISSR-PCR的最适宜反应体系。[方法]利用CTAB法提取基因组DNA,同时利用PCR扩增技术和方法,对引物、模板DNA、Mg2+d、NTP、Taq聚合酶等反应条件进行优化。[结果]反应体系的最佳条件是总体积为25μl,其中Mg2+浓度(25mmol/L)2.2μl,Taq聚合酶(5 U/μl)0.4μl,引物浓度(20μmol/L)1.5μl,模板DNA(5 ng/μl)1.5μl,dNTP(2.5 mmol/L)2.2μl,10×PCRbuffer2.5μl;PCR扩增程序为:1个循环的94℃预变性5 min;94℃变性35 s,相对应的引物退火温度退火1 min,72℃复性1.5 min,共36个循环;最后72℃延伸10 min。[结论]该体系是适合温郁金ISSR-PCR反应的最适宜体系,具有省时、经济、简便以及扩增条带清晰而稳定等特点,为今后温郁金遗传多样性的研究奠定了基础。     

油茶SSR-PCR反应体系的优化研究

[目的]优化油茶（Camellia oleifera）SSR-PCR反应体系。[方法]应用改良CTAB法提取油茶基因组DNA,采用L16（45）正交设计试验,对影响油茶SSR-PCR反应体系的5个因素（Taq聚合酶浓度、模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Mg2＋浓度）在4水平上进行筛选。PCR结果经统计分析软件DPS分析,并对退火温度进行了摸索,确立了油茶SSR-PCR的优化体系。[结果]油茶SSR-PCR的优化体系总体积为20μl,包括Taq聚合酶量为1.0 U/20μl,模板浓度75 ng/20μl,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Mg2＋浓度为1.50 mmol/L,退火温度为50℃。[结论]该研究确定的优化体系可以为油茶资源遗传多样性分析奠定技术基础。     

木豆随机扩增多态性DNA的反应体系研究

[目的]分析影响木豆RAPD-PCR反应中的主要因素,优化反应条件。[方法]以木豆品种ICPL87091为试材,以木豆基因组DNA为模板,通过对PCR反应体系中各种参数的优化设置,分析比较各种因素对RAPD扩增结果的影响,建立适宜的反应体系。[结果]试验得到了较为理想的适宜木豆的反应体系。优化的木豆RAPD反应条件为:模板DNA浓度30 ng,随机引物1.6μmol/L,dNTPs(dATP,dCTP,dGTP,dTTP)各0.2 mmol/L,Mg2+浓度2.0 mmol/L,Taq酶1.0 U,反应体积为25μl。循环体系为:先94℃1 min,35℃2 min,72℃2 min,5个循环;然后94℃30 s,37℃1 min,72℃1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。[结论]利用这一反应体系可有效地进行木豆随机扩增多态性DNA分析,极大地提高了实验结果的可重复性。     

萱草ISSR-PCR最佳反应体系的建立

[目的]为利用ISSR标记研究萱草的遗传多样性和和辅助育种奠定基础。[方法]从萱草中提取基因组DNA,建立萱草的ISSR-PCR反应体系,并通过正交试验对其进行优化。[结果]萱草的最佳ISSR-PCR反应体系为:ddH2O16.8μl、2.5 mmol/LdNTP2.0μl、10×buffer 2.5μl、10μmol/LPrimer0.3μl、50 ng/LDNA3μl、Taq酶1 U,总体积25μl。萱草的最佳ISSR扩增反应程序为:94℃变性5 min,94℃变性45 s、48.3℃退火1 min、72℃延伸2 min,共38个循环,最后72℃延伸7 min。该反应程序下进行的ISSR扩增,扩增产物最多,银染的效果最好。[结论]该研究建立了萱草ISSR-PCR的最佳反应体系和反应程序,通过ISSR扩增可获得清晰、稳定的条带。