圈养与散放、野生鸟类肠道菌群差异的Meta分析

圈养是濒危野生动物重引入的重要措施之一,为了阐明圈养与野生、散放与圈养条件下鸟类肠道菌群的差异,在Web of Science和CNKI数据库中检索已发表的中英文文献,提取肠道微生物群落数据并使用R(Meta)进行分析。结果表明:圈养与野生相比,鸟类肠道厚壁菌门(Firmicutes)的丰度显著增加,拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度显著下降,梭菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度显著下降,而粪球菌属(Coprococcus)和布劳特氏菌属(Blautia)的丰度显著增加;散放与圈养相比,鸟类肠道拟杆菌门和放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著增加,Olsenella的丰度显著下降。圈养对鸟类肠道菌群组成产生影响,散放会减轻一部分圈养的影响使其更接近野生鸟类。     

云南圈养亚洲象肠道菌群特征初探

为揭示云南亚洲象的肠道微生物组成以及两地不同圈养方式对其肠道微生物的影响,于2022年9—11月采集昆明市圆通山动物园（采用圈舍、纯人工饲养模式,n=2）和西双版纳勐海县勐阿镇管护站（采用自然地圈养模式,偶有人工投喂,n=3）的5头亚洲象粪便,提取DNA后,利用16S rDNA V3—V4区扩增子进行测序和分析。结果表明,从亚洲象粪便样本中共获得611 857条有效序列,聚类产生2 485个操作分类单元（OTU）,分属20个门和173个属,厚壁菌门和拟杆菌门是所有亚洲象粪便样本中的优势菌门,毛螺菌科、瘤胃球菌科、F082、Rikenellaceae为优势菌科。Ace指数（t=4.831,P=0.021）和Chao1指数（t=3.96,P=0.32）分析结果表明,勐海亚洲象粪便的菌群丰度显著高于圆通山组（P <0.05）;不同地区生活的亚洲象的粪便菌群结构和功能有所不同。综上,两地亚洲象的肠道菌群有一定的共性,同时也存在明显的差异。说明不同生活环境会导致亚洲象肠道的微生物菌群差异,野生模式的圈养方式会使亚洲象肠道微生物群落更加丰富。     

不同品种鹅肠道发育及肠道微生物菌群结构的比较

试验旨在比较不同鹅品种肠道发育及肠道微生物菌群结构差异,选取28日龄四川白鹅、浙东白鹅、扬州鹅和霍尔多巴吉鹅各10只为研究对象,圈养全程舍饲精料与黑麦草,于70日龄屠宰进行肠道发育和肠道微生物多样性检测。结果显示：四个品种鹅中浙东白鹅对牧草采食量最大,四川白鹅对牧草的转化利用率最高。扬州鹅肠道表观形态发育和组织形态发育显著优于其他三个品种鹅（P<0.05）。门水平上四个品种鹅的优势菌属相同,都是拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）。α多样性比较,霍尔多巴吉鹅的肠道菌群丰度及多样性都显著高于其他三个品种鹅（P<0.05）,β多样性分析发现四个品种鹅的菌落结构差异不显著。根据Venn图筛选各品种鹅的盲肠特有菌,从门水平比较,霍尔多巴吉鹅的盲肠内微生物物种最丰富,其次为浙东白鹅>扬州鹅>四川白鹅,四个品种鹅都具有数量不等的分解消化纤维功能特有菌拟杆菌门和厚壁菌门,而扬州鹅盲肠特有菌还含有分解纤维菌放线菌门。进一步使用皮尔森相关系数分析特有菌群数量与饲草转化率等相关性,发现梭杆菌门和厚壁菌门与饲草分解消化利用率极强相关（Px,y>...     

野生和圈养梅花鹿肠道菌群的分析

为了给野生梅花鹿保护、健康评估、疾病治疗提供数据支持,试验采用16S rRNA高通量测序的方法来鉴定野生和健康的圈养梅花鹿肠道内的健康核心微生物群落,并通过比较饮食的差异来研究饮食因素对肠道微生物群落的影响。结果表明:在梅花鹿体内存在一个共有的核心肠道菌群,该菌群主要由厚壁菌门和拟杆菌门组成,并且菌群的丰富度和多样性没有显著差异。说明饮食因素的差异并没有影响野生和圈养梅花鹿的肠道核心菌群,梅花鹿同体内肠道核心菌群存在很强的协同进化能力。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

宁乡猪不同生长阶段结肠微生物菌群特征分析

本研究以宁乡花猪为实验对象，旨在通过16S rDNA高通量测序技术探究5个不同生长阶段（30、70、150、200、250日龄）结肠微生物菌群的结构及特征差异，分析各个阶段微生物组成及多样性。结果显示：宁乡猪结肠微生物多样性只在30日龄与200日龄间差异显著，而微生物丰度30日龄与70～250日龄间差异显著、70～150日龄与200日龄间差异显著；通过菌群分类学分析发现，在不同生长阶段结肠微生物菌群分布于23个门（Phylum）、41个纲（Class）、85个目（Order）、141个科（Family）、294个属（Genus）；在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）与拟杆菌门（Bacteroidota）为宁乡猪结肠微生物主要优势菌门，梭杆菌门（Fusobacteriota）与互养菌门（Synergistota）只存在于30日龄中；在属水平，乳酸杆菌属（Lactobacillus）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae＿UCG＿005）、普式菌属（Prevotella）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）、链球菌属（Streptococ...     

肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示：与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降（P<0.05）,肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低（P<0.05）;杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,变形菌门相对丰度显著上升（P<0.05）;主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

长顺绿壳蛋鸡肠道菌群结构及基因功能分析

研究旨在明确长顺绿壳蛋鸡肠道菌群结构及功能。健康、体重无差异的20只27周龄长顺绿壳蛋鸡饲养35 d,随机选择4只,分别提取十二指肠、回肠和盲肠内容物的微生物总DNA,对16S rRNA进行高通量测序。结果显示：盲肠OTUs个数最多,其次为回肠,最少为十二指肠。盲肠的Ace指数、Chao-1指数和Shannon指数极显著高于十二指肠和回肠（P<0.01）。回肠的Ace指数和Chao-1指数显著高于十二指肠（P<0.05）。在门水平上,厚壁菌门为十二指肠（97.06%）和回肠（96.36%）的优势菌门;拟杆菌门（62.55%）和厚壁菌门（34.05%）为盲肠的优势菌门。在属水平上,乳杆菌属为十二指肠（94.133%）和回肠（95.273%）的优势菌属;拟杆菌属为盲肠（40.548%）的优势菌属。PICRUSt功能预测显示,肠道微生物基因主要富集于KEGG的新陈代谢（44.74%～49.34%）通路,其中盲肠营养物质代谢相关通路中富集基因相对丰度较高,如氨基酸代谢、能量代谢以及辅因子与维生素代谢等。研究表明,随着长顺绿壳蛋鸡肠道延伸,菌群多样性程度明显增加,且盲肠菌群的营养代谢...     

一例组合益生菌中微生物群落多样性研究

通过提取目标微生物基因组DNA,使用16S rRNA高通量测序法分析,获得一例人用益生菌16S rRNA高通量测序结果及其群落组成、Alpha多样性、Beta多样性、差异物种及其它物种间的相关性的具体信息。结果显示,此菌群主要分属于3个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria)是主要菌群,占比84.79%,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)分别占7.8%、6.35%。这些菌群的主要功能有调节肠道功能,而且与宿主的脂肪代谢有很大关联,同时变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门等菌群可能与肠道炎症的缓解相关。     

不同季节圈养岩羊肠道微生物的多样性分析

为研究不同季节岩羊肠道菌群的多样性,选取同一圈养条件下的5只岩羊作为实验对象,收集新鲜粪便,提取总DNA,PCR扩增后,利用Illumina Miseq测序平台,对16S rRNA基因V3-V4区域序列进行测定。结果显示:在岩羊肠道中检测到的微生物共属于25个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(72.73±5.84)%和拟杆菌门(Bacteroidetes)(16.61±4.37)%为优势菌门;岩羊肠道微生物中含有264个菌属,以Clostridium_XIVa(5.99±2.10)%、Bacteroides(2.62±0.96)%、Clostridium_IV(2.42±1.00)%和Alistipes(1.80±0.78)%为主;通过综合各种不同的多样性指数发现,夏季的肠道菌群丰富度高于其他季节;从不同季节岩羊肠道优势菌群的趋势图可知,夏秋两季岩羊肠道优势菌属变化最大。本研究结果表明,季节变化与岩羊肠道微生物丰富度、多样性及优势菌群组分的变化密切相关。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

冬季不同饲养模式下哈萨克马肠道菌群多样性研究

不同饲养模式对哈萨克马肠道菌群有何影响鲜有报道,本文通过对比自由放牧和圈养状态下哈萨克马粪便菌群组成和标志物种,揭示哈萨克马肠道菌群在不同饲养模式下的波动性变化。采集自由放牧和圈养条件下各5匹哈萨克马的新鲜粪便,利用高通量测序技术分析哈萨克马肠道菌群组成、功能途径等。结果显示,放牧组肠道菌群多样性显著高于圈养组（Shannon指数,P<0.05;Simpson指数,P<0.01）;放牧组标志物种显著多于圈养组。在门水平上,放牧组和圈养组的厚壁菌门（76.10%;78.08%）和拟杆菌门（17.16%;15.72%）丰度较高,均占总菌群的93%以上。在科水平上,放牧组以分解/发酵纤维素的菌群（瘤胃球菌科,30.44%;毛螺菌科,21.96%;艰难杆菌科,4.86%）为主;圈养组中分解/发酵纤维素的瘤胃球菌科（28.73%）和毛螺菌科（14.51%）以及消化淀粉类碳水化合物的链球菌科（15.08%）为优势菌科,且链球菌科的丰度显著高于放牧组（P<0.05）。对功能基因序列进行功能注释时,77.44%的序列被注释为“代谢”。结果表明,由不同饲养模式介导的两组中,自由放牧组菌群多样性高于圈养组,且菌群消化类型更为统一,两组肠道菌群组成存在整体性差异,这些为进一步研究哈萨克马肠道菌群奠定了理论基础。     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

转IGF-1基因超细毛羊与非转基因羊肠道粪便菌群多样性及组成差异分析

旨在探究超细毛羊转入IGF-1基因后是否会引起超细毛羊肠道微生物菌群群落改变而导致转基因羊生物安全存在隐患的问题。本研究在同一羊场随机选取临床健康羊3组,其中转IGF-1基因阳性组（GP组）41只（24母（GDF）,17公（GPM））,转基因阴性羊（GN组）43只（25母（GNF）,18公（GNM））,非转基因超细毛羊（NG组）29只（18母（NGF）,11公（NGM））。取直肠粪样,应用Ⅱlumina HiSeq高通量测序技术测定粪便样本中细菌的16S rRNA V3-V4区序列,分析转基因超细毛羊与非转基因羊间肠道粪样细菌群落组成。结果表明,共计得到17个门,32个纲,56个目,94个科,228个属及185个种;LEfSe分析显示,GPF组有10个生物标记物;GPM组有5个,均是反刍动物肠道菌群的常见定植菌;NGF组的生物标记物为拟杆菌BS11科;NGM组为厚壁菌门。均为反刍动物肠道菌群的主要优势菌。3组肠道菌群的共享菌分析显示,在门纲目科属种6个分类水平拥有共享菌比例高达91%～94%。本研究证实,转入IGF-1基因并未改变超细毛羊肠道菌群的整体结构分布,转基因羊具有生物安全及环境安全性。     

鸭胚胎肠道微生物定植的初步探究

肠道菌群可维持体内平衡、调节免疫系统、促进发育,在宿主生理和免疫中发挥重要作用,其与畜禽健康和生产性能密切相关。本文以鸭为模型,通过对卵黄吸收过程中不同时期的鸭胚胎整个肠道进行16s rRNA测序,研究了卵黄吸收过程中肠道菌群的定植及其变化规律。结果表明,鸭胚肠道微生物主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门组成,其中粪杆菌、拟杆菌属、肠球菌属、乳杆菌属为核心菌属,且这些肠道微生物主要参与营养物质代谢、遗传信息处理、信号传导、膜转运。说明在鸭胚不同发育阶段,肠道微生物均有定植,并随卵黄吸收和肠道发育发生变化,可为鸭肠道微生物区系的进一步研究提供参考,并为禽类胚胎的相关研究提供依据。     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...