Dppa5基因遗传多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析

试验旨在研究猪多潜能性维持因子5(developmental piuripotency associated 5,Dppa5)基因的遗传多态性及其与母猪繁殖性状的遗传效应。以长白猪和大白猪为试验群体,采用PCR-RFLP、克隆测序等方法分析检测猪Dppa5基因的多态性并对其与母猪产仔性能进行关联分析。结果表明,猪Dppa5基因外显子上存在2个错义突变位点:g.363 T> C和g.844 G> T;猪Dppa5基因g.363 T> C 位点对初产大白猪的总产仔数有极显著影响(P< 0.01),对经产大白猪、长白猪的产活仔数有显著影响(P< 0.05);g.844 G> T位点对经产长白猪和大白猪的总产仔数有显著影响(P< 0.05)。综合结果分析,Dppa5多态位点对猪的繁殖性能存在影响,可作为潜在的遗传标记,为猪的分子育种提供参考。     

嘉兴黑猪FSHβ和RFRP基因外显子多态性与繁殖性状的相关分析

本研究以128头嘉兴黑猪为实验群体,通过直接测序检测FSHβ和RFRP基因外显子单核苷酸多态性(SNP)位点,并探讨其多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:在FSHβ和RFRP基因外显子中各检测到1个SNP位点。FSHβ基因在外显子2存在突变位点C1035T;RFRP基因在外显子3存在突变位点T4696C,且2个位点均存在AA、AB、BB 3种基因型;FSHβ-C1035T对嘉兴黑猪的初生窝重有显著影响(P0.05),RFRP-T4696C对初产母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重均有显著影响(P0.05)。综上所述,FSHβ、RFRP基因外显子多态性对嘉兴黑猪繁殖性状有一定的遗传效应,可作为潜在的遗传标记。     

北京黑猪PPARD基因G32E多态位点与脂肪沉积相关性状的关联分析

试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。     

猪红细胞生成素受体基因外显子区多态性研究

研究以5头北京黑猪和5头东北民猪DNA混合池为模板,采用测序的方法研究猪红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因外显子区序列遗传变异。研究结果发现,EPOR基因外显子区共存在3个SNP位点,其中g.1147C＞G位于外显子2,可导致第50位氨基酸改变（Leu＞Val）;g.1645G＞A位于外显子3,可导致第92位氨基酸改变（Arg＞His）;g.4953C＞T位于外显子8,为同义突变。经检测,在一个30头的北京黑猪群体中,除g.1147C＞G位点外,另外2个位点均处于哈代－温伯格平衡状态。     

OB基因多态性对母猪产仔数遗传效应的分析

试验采用PCR-RFLP法研究了三江白猪、大白猪、长白猪、长×大猪群体OB基因3469位点的多态性及其对母猪繁殖性能的影响。对试验猪群进行遗传平衡检测结果显示,三江白猪、长白猪、长×大猪群体OB基因3469位点均达到平衡,而大白猪群体在此位点未达到平衡,即处于偏离哈代-温伯格平衡状态。OB基因与母猪产仔数的相关分析结果显示,OB基因型对试验研究的3个繁殖性状的影响都符合一个规律,即产仔数表现出BB＞AB＞AA的趋势。OB基因对产仔数的遗传效应表现出明显的加性-显性效应,且B等位基因具有明显的增加产仔数的效应。     

8个猪种ESR和FSHβ基因合并基因型与繁殖性状关系的研究

采用测序和PCR-SSCP方法,对莱芜猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东地方/培育猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共8个猪种323头繁殖母猪进行ESR和FSHβ基因的多态性分析,并采用最小二乘法分析了这2个基因座的合并基因型对繁殖性状的影响。结果表明：2个基因位点在8个猪种的测定群体中均存在多态性,但山东地方/培育猪种与引进猪种间在合并基因型频率上存在较大差异。遗传效应分析表明,合并基因型对初产和经产胎次的产仔数影响显著（P〈0.05）,优势合并基因型BBBB的母猪比AAAA合并基因型母猪的初产总产仔数和活产仔数分别多2.54和2.65头/胎,经产总产仔数和活产仔数分别多2.29和2.35头/胎,并且合并基因型对产仔性状的遗传效应并非各基因型效应的简单相加。     

嘉兴黑猪ESR2和FSHβ及PRLR基因多态性与繁殖性状相关性分析

本研究旨在检测嘉兴黑猪ESR2、FSHβ和PRLR基因的多态性及其对繁殖性能的影响。通过聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)检测嘉兴黑猪273个个体8个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性,并与母猪繁殖性能(总产仔数、产活仔数、死胎数、两胎间隔和初生均重)开展关联分析。结果表明:ESR2基因外显子1的A221G与母猪的总产仔数、产活仔数、死胎数和初生均重显著相关(P0.001),PRLR基因的A13901T影响总产仔数、产活仔数、死胎数和初生均重(P0.001);上述2个位点合并基因型分析表明基因型为AA-TT和AGTT的个体繁殖性状显著高于其他部分基因型个体(P0.001);其余位点并未发现与繁殖性状显著关联(P0.05)。本研究与常用的ESR2、FSHβ和PRLR基因酶切位点分析不同,筛选并确定了8个嘉兴黑猪新的SNP位点,其中2个位点和繁殖性状紧密相关,这为提高嘉兴黑猪种群的遗传育种水平和生产繁殖能力提供了理论支撑。     

松辽黑猪KPNA7基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪，采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点，SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点，其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型，g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变，均检测到2种基因型：GG、GA；在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型：AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型：CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示，KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体，TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4（RBP4）基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性（SNP）,分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）;C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为：GG > GA > AA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型（P<0.05）;各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异（P>0.05）。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异（P>0.05）。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。     

几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析

旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因.本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅...     

4个主效基因与英系长白猪繁殖性能的相关性分析

为寻找有效的分子标记用于英系长白猪辅助育种进而提高其繁殖性能,在英系长白猪群（169头）中采用PCR-RFLP技术,进行雌激素受体（estrogen receptor,ESR）、视黄醛结合蛋白（retinol binding protein 4,RBP4）、瘦素（leptin,LEP）和促卵泡素亚基β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ） 4种与繁殖性状相关基因的基因型频率检测,利用SPSS 19.0统计软件,采用最小二乘法将各基因不同基因型与总产仔数、产活仔数、断奶窝重、断奶头数进行了相关分析。结果显示,ESR、RBP4、LEP基因均以A为优势等位基因,FSHβ基因以B为优势等位基因,其中LEP、FSHβ基因多态位点符合Hardy-Weinberg平衡定律（P>0.05）,而ESR、RBP4基因多态位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）;LEP基因在长白猪母猪中表现为BB基因型为有利基因型,其总产仔数、产活仔数、断奶头数分别比AB基因型高1.3219、1.6855、1.1710头（P<0.05）;FSHβ基因中AA基因型为不利基因型,BB基因型断奶窝重比AA基因型高5.1129 kg（P<0.05）;ESR、RBP4基因对长白母猪繁殖性能均无显著影响（P>0.05）,而LEP、FSHβ基因可能作为有价值的候选基因应用于英系长白猪的分子标记辅助选择。     

The Association Analysis Between 4 Major Genes and Reproductive Traits in British Landrace Pigs

The purpose of this study was to identify candidate genes associated with reproduction traits and explore the available molecular marker in British Landrace pig breed. The PCR-RFLP technique was applied to analyze the distribution of estrogen receptor (ESR), retinol binding protein 4 (RBP4), leptin (LEP) and follicle-stimulating hormone β (FSHβ) genes in British Landrace pigs. The genetic effects of ESR, RBP4, LEP and FSHβ on the reproductive traits included total number born, number born alive, weaning weight of litter, weaning piglet, which were analyzed by using least square method of SPSS 19.0 software. This results demonstrated that A was dominant allele in ESR, RBP4, LEP genes, and B was dominant allele in FSHβ gene. The result of χ² test showed that the polymorphic sites of LEP, FSHβ genes were fit with Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05), while this site of ESR and RBP4 were not fit with Hardy-Weinberg equilibrium (P<0.01). In addition, the statistical analysis indicated that the total number born, number born alive and number of alive weaning litter with BB genotype of LEP were higher than AA genotype, which were significantly increased by 1.3219, 1.6855 and 1.1710 (P<0.05), respectively;The FSHβ loci had a remarkable effect on reproductive performance, the average weaning weight with BB genotype was significantly higher than AA genotype, which was significantly increased by 5.1129 kg (P<0.05). The ESR and RBP4 loci had no significant effect on reproductive traits (P>0.05), while the LEP and FSHβ genes were valuable candidates for possible marker-assisted selection in British Landrace pigs population.     

ADCY3和IGF1基因结构变异与香猪繁殖性状的关联分析

试验旨在研究卵巢类固醇生成信号通路中腺苷酸环化酶3（adenylatecyclase 3,ADCY3）、胰岛素样生长因子1（insulin like growth factor 1,IGF1）基因结构变异的遗传多样性及其与香猪母猪繁殖性状的相关性。采用PCR技术对269头香猪进行ADCY3和IGF1基因结构变异研究,利用在线软件计算遗传杂合度（He）、遗传纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）,并利用单因素方差分析、LSD法分析不同基因型与初产和经产香猪的总产仔数、产活仔数、初生重及乳头数等繁殖性状的关联性。结果显示,2个结构变异ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302在香猪群体中均存在多态性,均有3种基因型：DD、DI和II,2种等位基因：D和I。其中,ADCY3-I₁-sv506中DI基因型为优势基因型（0.569）,D为优势等位基因（0.601）;IGF1-I₃-sv302中II基因型为优势基因型（0.717）,I为优势等位基因（0.816）。ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302多态信息含量（PIC）均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,杂合度分别为0.479和0.300。关联性分析结果发现,ADCY3-I₁-sv506位点DD基因型个体的初产和经产母猪总产仔数显著高于II基因型个体（P<0.05）;IGF1-I₃-sv302位点II基因型个体的初产、经产母猪总产仔数和经产母猪产活仔数均显著高于DI基因型型个体（P<0.05）。结果表明,2个结构变异位点ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302与香猪母猪的繁殖性能有直接关联,可作为香猪母猪繁殖性能选育的候选分子标记。     

猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）和卵泡刺激素β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ）基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型（P<0.05）,长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型（P<0.05）;FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型（P<0.05）,呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

杜洛克与二花脸杂交猪群体SNP偏分离分析

偏分离（TRD）是生物中普遍存在的现象,本研究拟在高密度基因芯片判断基因型的大规模群体中挖掘猪基因组标记位点的偏分离位点并探究其潜在的遗传机制。本研究用60K Illumina Porcine SNP芯片对1 020头F2资源家系（杜洛克与二花脸杂交F0-F2群体）进行基因型分型,用偏分离分析软件TRDscan （BF>100）和TDT （P<0.01）方法在单个位点上检测偏分离信号,并对二者共有的显著信号位点附近100 kb窗口的基因进行功能分析。此外,本研究还利用单倍型分型的软件包PHASEBOOK采用多位点连锁分析的策略分析了父源和母源配子中的偏分离区域,并在该区域内搜寻潜在的QTLs。结果表明：1）在单位点的偏分离分析中共鉴定到44个显著的偏分离位点,筛选到23个相关基因;对父本和母本特异性偏分离效应进行分析时,分别鉴定到27和35个显著偏分离位点,其中,分别有11和25个位点的100 kb附近有已注释的功能基因。2）基于单倍型多位点连锁的偏分离结果显示,父本显著偏分离位点位于5和13号染色体上,在该偏分离区域内搜寻功能相关的QTL,共搜寻到3个与繁殖性状（木乃伊数、产活仔数、黄体数）有关的QTLs;分析母本偏分离位点时,在4、6和12号染色体上定位到显著偏分离区域,结合已知的猪QTL数据库,共找到了5个与繁殖性状相关的QTLs。本研究利用大规模猪家系数据系统地鉴别了猪基因组的偏分离位点,为解析猪中的偏分离现象和进一步探究其生物学机制提供了一定的参考作用。     

荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数...     

猪干扰素-γ基因多态性及与部分免疫指标关联性分析

为研究干扰素-γ(Interferon-gamma,IFN-γ)基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481头个体IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行了检测,结果发现在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4内各发现1个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。用最小二乘法分析了各个突变位点基因型与部分免疫指标的相关性,结果表明,T825C位点3种基因型间IgG含量AB型显著高于AA型和BB型(0.01P0.05);T2730C位点IgM含量CC型显著高于CD型和DD型(0.01P0.05);G5301A位点IgG含量EE型显著高于EF型(0.01P0.05)。     

梅山猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的关联分析

试验旨在研究梅山猪白细胞分化抗原14（cluster of differentiation antigen 14，CD14）基因多态性及其对部分免疫指标和繁殖性能的遗传效应。采用PCR-RFLP方法对梅山猪CD14基因-61 bp处多态性进行分析，同时对部分重要细胞因子（IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TNF-α和TGF-β1）水平及繁殖性能（总产仔数、断奶仔猪数、初生窝重和断奶窝重）进行测定，并分析CD14基因多态性与部分免疫指标和繁殖性能的相关性。结果显示，梅山猪CD14基因-61 bp处经BamHⅠ酶切后共检测到3种基因型，分别定义为：AA、AG和GG；χ²适合性检验显示，梅山猪处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；多态信息含量（PIC）分析显示，梅山猪群体处于中度多态。关联分析结果表明，AA和AG基因型个体的IL-10水平显著高于GG基因型个体（P<0.05）；在初产母猪中，3种基因型间的繁殖性能均无显著差异（P>0.05），而在经产母猪中，AA和AG基因型个体的断奶窝重显著高于GG基因型个体（P<0.05）。本试验结果表明，基于CD14基因-61 bp处多态性对梅山猪进行分子选育时，无论是一般抗病力还是繁殖性能，GG基因型可能均为不利基因型，可以将CD14基因-61 bp处作为一个潜在的遗传标记进行深入系统的验证和分析。