家蚕细胞质型多角体病毒的核酸结合蛋白

采用Northwestern分子杂交方法 ,研究了家蚕细胞质型多角体病毒 (BmCPV)结构蛋白质的功能 ,结果证明VP1、VP3和VP4具有与核酸结合的能力 ,暗示了VP1可能是依赖于RNA的RNA聚合酶 ,在病毒核酸复制中起作用 ;VP4可能是核酸结合蛋白 ,在病毒粒子的复制包装过程中有结合核酸、促成完整病毒粒子形成的作用 ,可能是BmCPV病毒复制包装中的关键蛋白     

家蚕质型多角体病毒的三磷酸核苷酸结合蛋白

为探讨家蚕细胞质型多角体病毒 (BmCPV)结构蛋白的构造及其功能 ,采用α 3 2 P标记的鸟嘌呤三磷酸核苷酸、腺嘌呤三磷酸核苷酸、胞嘧啶三磷酸核苷酸和尿嘧啶三磷酸核苷酸与病毒粒子共浴的方法进行了研究。结果证明VP3能够与鸟嘌呤三磷酸核苷酸和尿嘧啶三磷酸核苷酸结合 ,暗示了VP3是BmCPV的三磷酸核苷酸结合蛋白 ,推测其在BmCPV核酸RNA形成mGpppAmpGp帽子结构中起作用 ,具有RNA鸟苷酰转移酶功能。     

从云南蚕区分离BmCPV病毒株的全基因组克隆与系统发育分析

家蚕质型多角体病毒(BmCPV)是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条dsRNA序列(S1~S10)并提交至NCBI数据库中。序列分析表明该病毒基因组序列全长24810bp,S1~S10片段序列都具有完整的ORF。BLAST比对发现克隆的该病毒基因组各片段编码区序列与已报道的1型BmCPV片段的相似度达88%以上,氨基酸序列相似度达90%以上;10条dsRNA基因组片段末端均有保守帽子结构5'-AGUAA……GUUAGCC-3'。基于S2片段RdRp基因的系统进化分析发现,该病毒与其他3个1型BmCPV分离株BmCPV1-Suzhou、BmCPV1-China、BmCPV1-Ⅰ聚为一支,基于S10片段polh基因的系统进化分析也表明该病毒为1型BmCPV新的分离株系。根据上述研究结果将该病毒定名为BmCPV1-Yunnan。     

家蚕质型多角体病毒RNA聚合酶的基因克隆及鉴定

RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RDRP)是RNA病毒增殖复制的重要酶类,具有转录酶和聚合酶的双重活性.家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoii cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV)是呼肠孤病毒科,质多角体病毒属的代表种,为双链RNA病毒.已有的BmCPV冷冻电镜三维重构的研究结果表明,在病毒衣壳五重轴的内表面各有一花形结构,位于B-突起(B-spike)的近内侧,推测为转录酶复合物(TEC),可能是BmCPV结构蛋白VP2的对应成分.     

新型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786nt～7788nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHVG株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%。3株病毒与韩国N-DHVVP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型。     

口蹄疫病毒3C蛋白酶的结构及功能研究进展

口蹄疫病毒能引起牛、羊等偶蹄动物发生高度接触性的传染病口蹄疲,该病常常影响着全球畜牧业的发展.FMDV是小RNA病毒科口蹄疫病毒属的成员,口蹄疫病毒为单股正链RNA病毒,病毒基因组全长约8.5 kb,基因组分为5'非编码区、3'非编码区和一个开放阅读框(ORF).基因组的中部是一大的开放阅读框,编码一多聚蛋白,多聚蛋白在翻译的同时,经二级裂解后,形成3种病毒结构蛋白(VP0,VP3和VP1)和8种非结构蛋白(L,2A,2B,2C,3A,3B,3C和3D).其中3C全长639 bp,编码213个氨基酸.3C蛋白酶是小RNA病毒的共同裂解酶,在多聚蛋白成熟过程中起着极为重要的作用,且在抗病毒药物打靶方面具有一定研究价值.因此,对3C蛋白酶的结构及功能研究进展进行综述很有必要.     

口蹄疫病毒蛋白对先天免疫的影响

正口蹄疫病毒(FMDV)抑制宿主的翻译机制,阻断蛋白质分泌,并裂解与信号转导和先天免疫应答有关的细胞蛋白。FMDV是一种单链阳性RNA病毒,由衣壳和核酸组成,其基因组长度约为8500个碱基,该基因组被一个二十面体衣壳包裹,衣壳由VP1、VP2、VP3和VP4四种结构蛋白各60个拷贝组成(图1)。VP1、VP2、VP3折叠成一个八链的楔形β-折叠形成外层     

猪博卡病毒GD6株的全基因序列及生物信息学分析

为了解猪博卡病毒(PBo V)GD6株的生物信息学特征,应用生物信息学在线分析程序和生物信息学软件分析GD6株遗传进化关系,分析并预测病毒蛋白的理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过SWISS-MODEL程序预测NS1、VP1的三维空间结构。结果表明:GD6株与有蹄类动物博卡细小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一个大分支,亲缘关系较近;NP1蛋白的不稳定系数为58.72,属于不稳定蛋白类,NS1,VP1和VP2蛋白属于稳定蛋白;PBo V的4种蛋白均为可溶性蛋白;二级结构预测显示4种蛋白均以无规则卷曲为主要结构;结构域分析显示,NS1蛋白拥有细小病毒NS1所具有的功能结构域,与病毒的复制有关;NP1含有多个磷酸化位点;综合多种方法分析预测VP1/VP2存在多个抗原表位。     

传染性法氏囊病病毒Rescue技术及其应用的研究进展

传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)是一种小的、无囊膜的双股RNA病毒,基因组含A、B两个片段,大片段A(3.2～3.4kb)由两端的非编码区以及两个部分重叠的开放阅读框架(ORF)组成,其中较大的ORE编码一个分子量约为110kDa的多聚蛋白,该多聚蛋白经几步裂解加工后形成VP2、VP3和VP4蛋白,较小的ORF编码一个17kDa的非结构蛋白VP5,基因组小片段B(约2.8kb)编码90kDa的具有多功能酶活性的VP1.     

蓝舌病毒结构与组装机制研究进展

蓝舌病毒(Bluetongue virus,BTV)是一种以媒介昆虫为传播媒介侵染野生反刍动物和家畜的世界范围流行的病原微生物。BTV颗粒是由10个基因片段组成的双股RNA病毒,分别编码7个结构蛋白(VP1-VP7)和至少4个非结构蛋白(NS1、NS2、NS3/3a和NS4)组成的连续蛋白质层的复杂结构,BTV已被作为大型无囊膜dsRNA病毒研究的模型系统。近年来,通过反向遗传学(RG)、低温电子显微镜(Cryo-EM)、蛋白晶体结构解析等研究分析方法,为BTV病毒蛋白结构、病毒蛋白之间功能关系、病毒组装/拆卸等方面取得了相当大的研究进展,该文对BTV病毒衣壳蛋白结构、核心蛋白的组装、基因组RNA组装等方面机制进行了综述。     

cDNA-cloning and expression of VP1-specific sequences of foot-and-mouth disease virus types A5 and O1

The RNA genome of foot- and mouth disease virus strains A5 Westerwald and O1 Lausanne has been reverse-transcribed and cloned in lambdaphages or plasmids. Identification of cDNA-clones containing VP1-specific sequences was achieved by hybridization, restriction mapping, and sequence analysis. VP1-coding cDNA-fragments were subcloned into the expression vector pEX which led to synthesis of fusion proteins with beta-galactosidase. These fusion proteins reacted with anti-VP1 antibodies on a Western blot, but were not capable of inducing neutralizing antibodies to mice. This seemed to suggest a tertiary structure of the VP1-epitopes unlike those of native VP1. Other attempts are discussed to construct VP1-fusion proteins folding similarly to the native viral protein structure.     

African horse sickness virus structure

African horse sickness virus (AHSV), of which there are nine serotypes (AHSV-1, -2, etc.), is a member of Orbivirus genus within the Reoviridae family. Both in morphology and molecular constituents AHSV particles are comparable to those of bluetongue virus (BTV), the prototype virus of the genus. The two viruses have seven structural proteins (VP1–7) organized in two layered capsid. The outer capsid is composed of VP2 and VP5. The inner capsid, or core, is composed of two major proteins, VP3 and VP7, and three minor proteins, VP1, VP4 and VP6. Within the core is the virus genome. This genome consists of 10 double-stranded (ds)RNA segments of different sizes, three large, designated L1–L3, three medium, M4–M6, and four small, S7–S10. In addition to the seven stuctural proteins that are coded by seven of the RNA species, four non-structural proteins, NS1, NS2, NS3 and NS3A, are coded by three RNA segments, M5, S8 and S10. The two smallest proteins (NS3 and NS3A) are synthesized by the S10 RNA segment, probably from different in-frame translation initiation codons. Nucleotide sequences of eight RNA segments (L2, L3, M4, M5, M6, S7, S8 and S10) and the predicted amino acid sequences of the encoded gene products are also available, mainly representing one serotype, AHSV-4. In this review the properties of the AHSV genes and gene products are discussed. The sequence and hybridization analyses of the different AHSV dsRNA segments indicate that the segments that code for the core proteins, as well as those that code for NS1 and NS2 proteins, are highly conserved between the different virus serotypes. However, the RNA encoding NS3 and NS3A, and the two segments encoding the outer capsid proteins, are more variable between the AHSV serotypes. A close phylogenetic relationship between AHSV, BTV and epizootic haemorrhagic disease virus (EHDV), three Culicoides-transmitted orbiviruses, has been revealed when the equivalent sequences of genes and gene products are compared. Recently, the four major AHSV capsid proteins have been expressed using recombinant baculoviruses. Biochemically and antigenically these proteins are similar to the authentic proteins. Since the AHSV VP7 protein is highly conserved among the different serotypes, it has been utilized as a diagnostic reagent. The expressed VP7 protein has also been purified to homogeneity and crystallized for three-dimensional X-ray analysis. The expressed outer capsid proteins, VP2 and VP5, have been purified and used to raise antisera in rabbits. The VP2 antisera neutralize virus infections in vitro indicating the importance of this protein for vaccine development.     

IBDV中国超强毒株Harbin-1基因组B节段的克隆和序列分析

给SPF鸡人工接种鸡传染性法氏囊冱病毒中国超强毒株Harbin-1，用LiCl分级沉淀方法从法氏囊组织纯化病毒基因组dsRNA，通过RT－PCR分两段扩增获得B节段的cDNA片段Ph12与pb34。将pb12与pb34分别克隆到pGEM-T载体上测序，然后进行序列分析，对各毒株VP1序旬进行同源性分析而得出的系统树表明Harbin-1与超强毒株IL3、HK46、UK661和OKYM之间的亲缘关系较其它毒株更近，但强弱毒株之间没有明显的界限，在Harbin-1 B节段序列中没有发现上述超强毒株所独有的7个氨基酸。     

犊牛腹泻粪便样本中纽布病毒VP1和RNA依赖性RNA聚合酶基因的序列分析

纽布病毒（Nebovirus，NeV）是国内犊牛腹泻的新发病原，其VP1蛋白含有受体结合位点和中和抗原表位，与病毒的感染和免疫密切相关，本研究旨在分析VP1基因1.2型毒株的分子特征。采用RT-PCR方法，对2019年宁夏和河南的犊牛腹泻粪便样本进行NeV检测，扩增阳性样本完整的主要衣壳蛋白（VP1）和RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）。结果显示，宁夏和河南地区NeV检出率分别为11.32%和8.62%。从4个样本中成功获得了1.2型毒株完整VP1和RdRp序列。4个完整VP1与GenBank中73个完整VP1的氨基酸相似性为75.4%~97.8%；与GenBank中仅有的3个1.2型VP1相比，4个毒株在P2区有1个共同的氨基酸突变，在P1区有2个共同的氨基酸突变。与国内基因1.1型、1.3型和1.4型毒株相比，在P2区分别有9、18和14个共同的氨基酸突变，在P1区分别有2个共同的氨基酸突变，在S区分别有1个共同的氨基酸突变。4个完整RdRp均为NB-like基因型，与GenBank中8个完整RdRp的核苷酸相似性为67.2%~94.8%。本文首次在我国检测到VP1基因1.2型毒株，成功获得了4条基因1.2型毒株的完整VP1和RdRp序列，为国内NeV的分子流行病学和遗传进化研究等提供了参考。     

Physical and genomic characteristics identify chicken proventricular necrosis virus (R11/3 virus) as a novel birnavirus

Chicken proventricular necrosis virus (CPNV), isolate R11/3, previously was isolated from transmissible viral proventriculitis-affected chickens and was determined to be the likely etiology of this disease. CPNV was identified as a birnavirus on the basis of virion size and morphology (icosahedral, approximately 75 nm in diameter, nonenveloped); buoyant density in cesium chloride (1.32 g/ml); a genome comprising bisegmented, double-stranded RNA (approximately 3.8 and 3.4 kilobase pairs); and nucleotide sequence analyses. Nucleotide sequencing of CPNV RNA, segment B, identified a single large open reading frame that encodes a 903-amino acid protein. The 903-amino acid protein was identified as the putative VP1, the viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), on the basis of sequence homologies with other birnavirus VP1 proteins. The CPNV VP1 possessed the unique permuted RdRp sequence motif arrangement characteristic of birnaviruses; however, phylogenetic analyses based on VP1 demonstrated that CPNV is deeply divergent from other birnaviruses.     

PRRSV, the virus

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a positive-strand RNA virus that belongs to the Arteriviridae family. PRRSV grows in primary alveolar macrophages and in monkey kidney cell lines. The genomic RNA is approximately 15 kb. The genome encodes the RNA replicase (ORF1a and ORF1b), the glycoproteins GP2 to GP5, the integral membrane protein M, and the nucleocapsid protein N (ORFs 2 to 7). A comparison of nucleotide sequences of different strains indicates that European and North American strains represent two distinct antigenic types. Various PRRSV-specific monoclonal antibodies and recombinant structural proteins have been produced. Well-defined PRRSV mutants can be generated with the recently developed infectious cDNA clone of PRRSV.     

猪嵴病毒病原特性及检测技术研究进展

猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）是近年来在健康猪和腹泻猪粪便中新检测到的小核糖核酸病毒科嵴病毒属成员,可能引起猪的腹泻,对养猪业造成重大经济损失。研究发现,PKV广泛分布在猪中,在腹泻和临床健康猪中均已被检测到,阳性率从3.9%~100.0%各不相同。一个典型的PKV病毒粒子直径为30 nm,基因组全长为8 120 bp,包括1个含2 488个氨基酸的开放性阅读框（ORF）;PKV是典型的小RNA病毒科的基因组结构：1个5'非编码区,1个L蛋白,结构蛋白P1（VP0、VP3和VP1）,非结构蛋白P2（2A、2B和2C）和P3（3A、3B、3C和3D）,1个3'非编码区和1个Poly（A）尾巴。PKV的2B编码区存在30个氨基酸的缺失,VP1蛋白是小RNA病毒科变异最频繁的结构蛋白,其含有主要的抗原表位,可促进机体产生中和抗体。检测PKV的方法有反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR和逆转录环介导扩增（RT-LAMP）方法。作者对PKV的分类学、流行概况、基因组结构、遗传特性及检测技术等研究现状做一简要概述,以期为进一步研究及了解PKV提供参考。