基于AFLP分子标记的核桃核心种质的构建

【目的】构建核桃核心种质以便更好地保存、评价和利用丰富的核桃种质资源。【方法】利用AFLP分子标记,对131份核桃原始种质采用逐步聚类法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率,结合形态学指标及地理来源,最终确定核桃核心种质,并进行评价。【结果】建立的核桃核心种质保留了原始种质10%的样品,分别为河北的天桥1号、陕西的西洛2号和西林1号、山西的晋龙1号、山东的丰辉、辽宁的辽宁8号和辽73013、新疆的温185、河南的绿波、北京的北京746、美国引进品种维纳、日本引进品种清香和朝鲜的品种安边1号。根据遗传多样性评价结果,与原始种质相比,核心种质的多态性位点保留率为75.4%。【结论】构建的核桃核心种质能较大程度地代表原始种质的遗传信息,符合核心种质要求。     

青海蚕豆种质资源AFLP多样性分析和核心资源构建

采用AFLP分子标记技术分析了青海蚕豆种质资源的遗传多样性.结果表明:地方品种资源、国外种质和选育品种的有效等位变异分别为(1.065 5±0.126 3)、(1.063 4±0.143 0)、(1.065 9±0.165 1);Shannon's信息指数分别为(0.095 4±0.144 9)、(0.084 3±0....     

利用AFLP分子标记分析夏枯草种质资源遗传多样性

通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.利用扩增片段长度多态性 (AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析夏枯草种质间的相似度,构建遗传系统进化树.结果显示:(1) SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;(2) 从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;(3)构建夏枯草AFLP 指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;(4)通过构建进化树,把8个种质分成3类.夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.     

AFLP在植物种质资源鉴定与遗传多样性分析中的应用

AFLP分子标记技术具有重复性好、稳定性强、灵敏度高、多态性好的特点,广泛用于遗传图谱构建、基因定位、辅助育种及种质资源鉴定和遗传多样性分析。本文阐述了AFLP在粮油作物、蔬菜、水果、花卉及濒危作物种质资源鉴定和遗传多样性分析中的应用,以期为育种及资源保护提供理论基础及技术支持。     

苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

辣椒种质资源遗传多样性分析及核心种质构建研究进展

辣椒种质资源是改良辣椒品种的物质条件,构建核心种质能够以最小数量最大限度保存种质资源遗传多样性,为挖掘辣椒优异基因奠定材料基础,对提高杂交种亲本的选配效率进而缩短育种进程具有重要意义。本文从辣椒种质资源收集、评价和遗传多样性分析等方面展开概述,总结了辣椒核心种质构建的研究进展,并提出辣椒核心种质构建存在的问题及展望,为辣椒种质资源的深入研究与高效利用提供理论依据及技术参考。     

杭白芷种质资源遗传多样性的AFLP分析

通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性 （AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选出12对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果表明,50份杭白芷种质间,相似度均超过70%,总体上亲缘关系都比较接近,相对而言,ZYS002039和ZYS002045种质,与其他种质的遗传背景差异较大。     

利用AFLP分子标记对广西荔枝优稀种质遗传多样性及分类研究

选用7对引物组合EcoR I AAG Mse I CAC、EcoR I AAC Mse I CAA等对27份荔枝材料进行多样性分析,共得到扩增位点392个,平均每对引物组合扩增位点56,多态性比例达100%,区分率100%。通过UPGMA进行聚类分析,根据相似系数0.61的水平可将27份荔枝种质材料(品种)分为7组,供试品种多态性比例介于19.51%~45.12%间,这一结论与形态学分类基本相符。     

中国蜡梅种质资源核心种质的初步构建

该文对中国蜡梅野生资源和品种资源分别构建了核心种质。并按居群进行分组,共分为2大组13个小组。各组内在9个表型性状聚类的基础上,按平方根法取样,并依遗传多样性指数和遗传丰富度进行调整,构建了中国蜡梅种质资源的163份初选核心种质,其中野生初选核心种质77份,占总数的26·9%,几乎覆盖了蜡梅的全部分布区,品种初选核心种质86份,占总数的50·6%。根据对9个性状遗传多样性指数的t检验和观赏性状特征值检验,结果表明,初选种质较好地代表了全部供试种质的遗传变异幅度。     

基于AFLP标记的河八王种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建

以广西地区的15份河八王无性系为材料,采用AFLP标记结合毛细管电泳进行分析,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。进行遗传相似系数和UPGMA聚类分析,并建立分子身份证。25对AFLP引物组合在15份河八王种质资源中共扩增出2 208个位点,其中多态性位点1 914个,多态性比率(PPB)为87.11%。UPGMA聚类分析表明,供试的15份河八王种质资源其遗传相似系数变化范围在0.656~0.878,在相似系数为0.706时,可划分为3个类群。结合特征带和不同引物组合方法可有效建立河八王种质资源特异分子身份证,置信概率达到99.99%。所供试河八王种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于3对AFLP引物组合104条谱带构建的15份河八王种质分子身份证具有唯一性,AFLP标记是在分子水平上鉴定河八王种质的有效方法。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

利用ISSR分子标记构建新疆野杏核心种质资源

【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台3个分布区的135个新疆野杏实生株系为材料,根据SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离,采用UPGMA聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数各遗传多样性指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对原种质和核心种质进行分析,以此对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略构建的核心种质比对照随机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有较高的遗传多样性,更能构建一个具有代表性的核心种质;通过Nei & Li遗传距离构建的新疆野杏核心种质各遗传多样指标具有较大值,优于SM和Jaccard遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Nei & Li遗传距离构建的新疆野杏核心种质能够较全面的代表野杏原种质的遗传多样性;31份野杏核心种质资源,保留了原种质22.96%的样品,多态性位点、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、109.24%和108.31%。【结论】采用位点优先法和Nei & Li遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建新疆野杏核心种质的方法,构建的31份核心种质能最大程度代表原种质的遗传多样性,同时本研究所采用的方法对其他作物核心种质的构建具有重要的参考价值。     

中国茶树核心种质的初步构建

按照茶树的原产地(生态区)、树型和品种类型将我国茶树种质资源分为18组,各组通过离差平方和法聚类,采用系统取样和随机取样相结合,并依遗传多样性指数加以调整.从615份茶树种质资源中选取126份种质作为核心样品,经过遗传多样性t测验、农艺性状检验.结果表明,初选出的核心样品具有良好的代表性.     

香蕉种质资源的扩增片段长度多态性鉴定与分类

为了建立一个准确、完善、统一的香蕉鉴别分类标准，促进香蕉种质资源的合理利用及新品种的选育与推广，于2000年2至12月在广东省农科院果树研究所对广州国家香蕉圃的35份香蕉种质材料进行了AFLP分子标记，结果表明：1）引物EcoRⅠACC＋MseⅠCAT和EcoRⅠacc MseⅠCAG对35个香蕉材料进行选择性扩增后，共得到扩增位点107个，其中多态性位点84个，多态性位点比例达到78.5%，对35个材料的区分率达到100％。2）在引物对EcoRⅠACC MseⅠCAT和EcoRⅠACC＋MseⅠCAG构建的香蕉AFLP指纹图谱中，供试的35个香蕉材料都有差异带或特异带，滑蕉，龙选，东S－1，海红，泰国蕉等品种的特征带尤为明显。3）根据基因组指纹图谱聚类分析，当相似系数达到0.88的水平，可将供试的35个香蕉材料分为7类。4）几内亚、苹果以及阳江矮3份种质材料实际上为同一个品种。     

基于表型和SSR分子标记构建芝麻核心种质

【目的】便于管理、研究和利用芝麻种质资源,为芝麻育种提供优异基因资源。【方法】利用新收集和种质库保存的5 020份芝麻种质资源为基础,首先基于标准化的表型数据按地理来源分组后采用组内比例法聚类抽样构建初级核心种质,然后基于SSR分子标记应用位点优先取样策略逐步聚类,使用t检验检测每次聚类形成的核心种质与初级核心种质的Nei’s基因多样度(He)和Shannon-Wiener指数(I),直到核心种质的遗传多样性与初级核心种质开始有显著差异时,终止多次聚类取样,选择上一个与初级核心资源没有显著差异的核心种质作为最佳核心种质。利用Nei’s多样性指数、Shannon-Wiener多样性指数、多态条带百分率(PB,%)、多态条带保留率(PBR,%)、变异系数符合率(VR)、极差符合率(CR)、方差差异百分率(VD,%)、均值差异百分率(MD,%)等参数进行核心种质代表性检验和评价。【结果】构建了含有816份资源的初级核心种质和含有501份资源的核心种质,分别占全部种质资源的16.25%和9.98%;核心种质包括国内资源442份,国外资源59份;Nei's基因多样度(0.2789)和Shannon-Wiener指数(0.4243)在P0.05概率条件下与初级核心资源(He=0.2791,I=0.4302)无显著性差异,多态条带百分率(PB,%)、多态条带保留率(PBR,%)、变异系数符合率(VR)、极差符合率(CR)分别为91.25%、95.23%、99.14%、86.85%。方差差异百分率(VD,%)和均值差异百分率(MD,%)均为0。t测验结果表明,核心种质的遗传多样性指数与原始种质差异不显著。位点优先取样策略构建的核心种质比对照随机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有更高的遗传多样性,更能构建一个具有代表性的核心种质,Shannon-Wiener多样性指数比Nei’s多样性指数检测效率高。【结论】基于地理来源分组,组内按表型数据聚类按比例法抽样构建芝麻初级核心种质,再结合SSR分子标记数据,采用SM相似系数进行UPGMA逐步聚类是构建芝麻核心种质较适宜的方法,所构建的核心种质较好地代表了基础种质的遗传多样性。     

利用AFLP标记鉴定小豆栽培型种质遗传多样性

利用11对AFLP引物,对94份来自我国的小豆栽培型种质基因组DNA进行扩增,得到689条清晰的谱带,其中324(47.0%)条呈多态性,平均每对AFLP引物得到29.5条多态性带;平均遗传距离0.285,变异幅度为0.009～0.836。利用AFLP多态性数据进行NeiandLi遗传相似系数聚类分析,可将94份种质相互区分开,并划分为4个明显不同的组群,表明我国栽培型小豆种质存在较丰富的遗传多样性。4个组群的遗传多样性表现出明显的生育特性和生长习性趋同性,也表现出一定的地域相关性。     

利用ISSR和AFLP标记分析石斛种质资源的遗传多样性

本研究利用ISSR和AFLP两种分子标记对51个药用石斛材料（包括35个铁皮石斛种质资源）进行遗传多样性研究。利用ISSR标记筛选出6条引物,共扩增出79条带,平均每条引物扩增条带数约为13.17条,多态条带比率都达到100%。利用AFLP标记筛选出5对引物,共扩增207条带,其中206条具多态性,多态性比率高达99.52%。两标记分析获得的群体种系间关系与变异基本一致,且群体内的分化较小,群体间的分化较大,群体间的基因流动较小。所得到的聚类图表明：ISSR和AFLP标记技术能有效地将研究材料分开,且基本反映了它们之间的亲缘关系,说明两种标记均适合用于石斛植物的遗传多样性研究。     

植物遗传资源核心种质研究现状与展望

近年来急剧增加的遗传资源数量给种质资源的保存、研究与利用带来了很大困难。为解决这一矛盾,Frankel（1984）和Brown（1989）提出并发展了核心种质（CoreCollection）的概念,即以最少的遗传资源份数最大限度的代表该物种的遗传多样性;至今全世界在硬粒小麦、花生和一年生育情等30余种植物上已经进行了核心种质研究;本文对有关核心种质构建的理论依据、开展核心种质研究的步骤、方法和内容以及核心种质的检验指标作了全面系统的阐述;此外,作者在Frankel的核心种质的概念的基础上,提出核心种质还应包含有实际应用价值的优异基因,并强调核心种质应该是一个动态变化的群体。     

红景天种内遗传多样性分析AFLP方法建立

研究建立一种用于药用植物红景天种内遗传多样性分析的AFLP分子标记方法.以提取红景天(Rhodiola.rosea L)种基因组DNA为模板,25 μL酶切体系中采用两步双酶切(Mse I、EcoR I),在20 μL连接体系中采用T4连接酶,22℃连接过夜,50 μL体系预扩增,Taq Plus酶2.5 U,dNTP 160 μM,对应引物0.5 μM,10×PCR Buffer(含Mg2+) 4.5 μL,25 μL体系选择性扩增,Taq Plus酶1.5 U,dNTP 80 μM,对应引物 0.25 μM,10×PCR Buffer(含Mg2+) 2.5 μL.AFLP分子标记技术是一种快速、准确、稳定的药用植物红景天的种内遗传多样性分析手段.