中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别信息库的建立

为了构建基于微卫星标记的中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别技术平台,本研究选取国际动物遗传学会（ISAG）推荐的12个微卫星标记（BM1824,BM2113,SPS115,ETH10,TGLA122,ETH225,INRA023,TGLA126,TGLA227,BM1818,ETH003和TGLA53）,采用荧光标记毛细管电泳方法,对571头荷斯坦种公牛进行基因型检测。统计结果显示,标记的平均多态信息含量为0．700,平均杂合度为0．735,属于高多态性标记;12个标记的累积排除概率大于0．996,累积一致性概率为4．9×10^-13,将其运用于亲子鉴定和个体识别具有很强的检测效率。此外．通过分析每个标记的检测信号峰图特征,将检测结果与商业化试剂盒进行比较以及利用ISAG参考DNA样品进行等位基因统一命名等手段,建立了标准化的微卫星等位基因分型方法,并初步建立起中国荷斯坦种公牛遗传检测信息库。     

利用15个微卫星位点对荷斯坦奶牛进行亲子鉴定

利用多重PCR扩增15个微卫星标记,对350头荷斯坦奶牛和35头种公牛进行亲子鉴定。经ABI377电泳和GenescanV3.7.1、Genotyper和Cervus2.0分析后得到微卫星位点的基因型。结果显示,杂合度的观察值0.377(SPS115)～0.852(TGLA227),杂合度期望值0.362(SPS115)～0.827(TGLA227),多态信息含量0.345～0.804,表明15个位点均具有高度的多态性。当父母双方均未知的情况下位点的排除率0.995492;当父母一方已知的情况下位点的排除率为0.999936,足够进行荷斯坦奶牛的检测。     

奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选

旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,并检测其在300头中国荷斯坦牛群体中的多态性分布。这些微卫星位点的亲子鉴定效力检测结果表明,8个标记平均等位基因数为14.63,平均多态性信息含量(PIC)为0.747,群体平均观察杂合度(Ho)为0.718,平均期望杂合度(He)为0.773。3种不同情形下进行亲子鉴定时8个位点的结合排除概率(CPE)均≥0.990。8对父子牛亲权鉴定结果表明,利用该8个标记可以识别并剔除系谱中的错误记录。结合排除概率的分析结果表明,当微卫星位点数增加至4个(TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103)时,3种不同情形下的CPE均≥0.949,可以满足个别案例牛亲子鉴定的要求。群体分子系谱构建的结果表明,当微卫星位点数大于或等于6个时,群体内近交系数和总群体近交系数均明显升高。因此,在生产实践中推荐使用TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134位点进行小规模群体(200)的分子系谱构建或亲权鉴定。     

利用STR位点进行牛亲子鉴定的研究

为利用STR分型技术进行牛亲子鉴定,运用PCR技术用TGLA227、BM2113、TGLA53、ETH10、SPS115、TGLA126、TGLA122、INRA23、ETH3、ETH225、BM1824共11个STR(短串联重复序列)基因座对争议小牛、1号嫌疑母牛、2号嫌疑母牛的DNA进行扩增,扩增产物经遗传分析仪检测,检测结果用GeneMapper片段分析软件分析。鉴定结果可以排除1号母牛与争议小牛间具有亲子关系,不排除争议小牛与2号母牛间具有亲子关系。结果表明:STR基因分型技术能够准确、快速地进行牛亲子鉴定,该研究所用的STR位点具有较高的鉴别效率。     

奶牛亲子鉴定技术研究进展

在奶牛育种工作中,完整、准确的系谱信息对育种进程产生很大影响.通过亲子鉴定正确判别亲子关系,修正错误系谱信息,确认优秀种公牛,对促进奶牛品种改良具有重要意义.微卫星DNA是一类高度多态性的遗传标记系统,具有数量多、易于PCR扩增和分型等优点,是目前奶牛亲子鉴定的常用方法.应用微卫星标记建立奶牛基因身份识别数据库,是对奶牛品种登记制度的补充和完善.本文将对奶牛亲子鉴定的研究进展作一综述,并对奶牛基因身份识别数据库作简要介绍.     

牦牛10个STR基因座遗传多态性研究

利用PCR技术和全自动毛细血管电泳法技术检测牦牛BM1818、BM1824、CSSM66、TGLA53、ETH10、TGLA126、INRA037、ILSTS006、ILST0013、ETH225等10个STR基因座的多态性分布,并计算该10个基因座的基因频率(Pi)、杂合度(H)和多态信息含量(PIC)等值。结果显示:68只牦牛的10个微卫星座位共检测到102个等位基因,平均为10.2;牦牛中10个STR基因座的平均多态信息含量为0.685,10个基因座的平均多态信息含量大于0.5。其中10个基因座的平均观望杂合度和平均期望杂合度分别为0.7995、0.6154。属于高度杂合标记,遗传变异丰富。筛选出的10个STR基因座可用于牦牛遗传多样性、遗传结构分析及遗传图谱的构建等工作。     

微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊中的遗传多样性研究

为了研究太行黑山羊品种的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对其进行研究。结果表明:微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊上呈现多态性。BM6404基因座有6个等位基因,其片段大小在125～147 bp之间;BM6404基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.725,4.169,0.760。TGLA53基因座有7个等位基因,其片段大小在121～147 bp之间;TGLA53基因座的PIC、Ne、He分别为0.795,5.5280,.819。说明微卫星位点BM6404和TGLA53在太行黑山羊上均为高度多态位点。     

利用微卫星和SNP标记信息进行奶牛亲子鉴定的模拟研究

本研究旨在比较微卫星标记和单核苷酸多态(SNP)标记进行奶牛亲子鉴定的效率。研究中随机模拟了10 000对含微卫星或SNP标记信息的非亲子关系的个体,用排除法进行亲子鉴定,该过程重复100次。结果表明,标记的多态性对于排除概率的影响最大。达到同样的排除概率,所需低多态标记数量远高于高多态标记。当真实母亲基因型已知时,个体父亲的推断效率较高。达到同样的排除概率,无论标记多态性高或低,3种鉴定类型所需SNP标记数量均大于微卫星标记。当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.484和0.875时,需要的SNP标记数是微卫星标记的5~6倍;当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.363和0.566时,需要的SNP标记数约是微卫星标记的2倍。在2种标记中,达到同样排除概率(大于0.99),采用至少2个矛盾推断原则推断所需标记数为单个矛盾推断原则的1.45倍。结果表明,由于SNP标记具有误判率低、重复性高和易于高通量自动化检测等特点,随着检测成本降低,SNP标记将来完全有可能取代微卫星标记用于奶牛群体的亲子鉴定。     

陶赛特羊Carwell基因微卫星标记多态性与体重和体尺指标的相关性分析

据相关研究报道,在澳洲无角陶赛特羊18号染色体末端微卫星标记CSSM18和TGLA122之间的区域有控制其肌肉生长发育的Callipyge和Canvell基因。研究选择了微卫星标记CSSMl8和TGLAl22之间的TGLA122、LS33、ILSTS54、MCMA26四个微卫星标记,测定了新疆引进的澳洲无角陶赛特羊所产后代163只羔羊早期生长发育性状指标,采用PCR—SSCP技术检测了上述4个标记在研究群体中的多态性,分析了研究群体中4个微卫星标记不同基因型与早期生长发育性状的相关性。结果显示：微卫星标记TGLA122的杂合度0．4301,多态信息含量0．2733,有效等位基因数1．3761;微卫星标记MCMA26的杂合度0．4824,多态信息含量0．3660,有效等位基因数1．577O;微卫星标记LS33的杂合度0．3283,多态信息含量0．2744,有效等位基因数1．3780。微卫星标记TGLA122的3种基因型（AA／BB／AB）对90日龄母羔臀宽影响显著（P〈0．05）,对其他生长指标均无显著影响;微卫星标记MCMA26的3种基因型（GG／Tr／GT）对60日龄母羔胸围和臀宽有显著影响,对其他生长指标均无显著影响;微卫星标记LS33的2种基因型（EE／EF）个体的体重和体尺均无显著性差异;微卫星标记ILSTS54在该群体中无多态性。     

草原红牛群体中微卫星DNA多态性的研究

选用草原红牛42头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、UVIBAND计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤,从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8和0.575 0,这4个位点为高度多态位点。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别2、2、2和5,多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8和0.470 8,属于中度多态性位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

微卫星标记在草原红牛遗传育种中的应用

对微卫星标记在草原红牛遗传育种中的应用进行研究。采用了6对微卫星引物，引物IDVGA2、IDVGA46、TGLA44、BM1824、ETH225、BM2113扩增出的条带数分别为6，6，6，4，4，2条，多态信息含量(PIC)分别为O．7223，0.7493，0．6713．0．5849，0．6715，0．5089，说明草原红牛具有较高的多态性。通过该试验绘制了草原红牛的微卫星图谱，为其夸后的育种工作打下良好的基础。     

草原红牛及其杂交群体中微卫星DNA多态性研究

选用草原红牛及其与利木赞牛的杂交后代66头作为试验牛群体,提取血液及肝脏基因组DNA,设计8对微卫星引物进行PCR扩增,从分子水平上对草原红牛及其杂交群体8个位点的遗传多态性进行微卫星分析。结果表明,在草原红牛中,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量(PIC)分别为0．5420、0．6736、0．5218和0．5750,这4个位点均为高度多态。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别,2、2、2和5,多态信息含量分别为0．3698、0．3604、0．3538和0．4708,属于中度多态性位点。在杂交牛群体中,BM2113、ETH225、IDVGA2、IDVGA46、ID- VGA44、BM1824、IDVGA55和TGLA44这8个位点的等位基因数分别为4、5、4、4、5、4、4和6,多态信息含量(PIC)分别为0．6432、0．5943、0．6593、0．5794、0．7259、0．6121、0．6120和0．6204,杂合度为0．7034,均属于高度多态性位点。这些微卫星位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

7个微卫星标记与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联性研究

为了筛选影响奶牛产奶性能的分子生物学标记,试验通过在牛不同染色体上选择7个微卫星标记结合中国荷斯坦奶牛产奶性能进行关联性分析。结果表明:所选微卫星位点具有高度多态性(PIC为0.711);各位点对泌乳量、乳脂率及乳蛋白量都存在不同程度的影响,其中BM143、BM302对泌乳量影响较大;BM302等5个位点对乳脂率存在显著影响(P0.05);UWCA9等4个位点与乳蛋白含量呈显著相关(P0.05)。说明筛选出的微卫星位点可作为奶牛产奶性能的有效分子生物学标记。     

鲁西牛群体遗传多样性与生长发育性状的微卫星标记研究

以120头鲁西牛为研究对象,选用分布于牛60条染色体的30对微卫星引物中多样性丰富的8对微卫星位点,探讨与鲁西牛生长发育性状相关联的分子遗传标记。本研究采用微卫星标记技术和最小二乘线性模型,检测了鲁西牛群体的遗传多样性和分析了与鲁西牛生长发育性状相关的标记效应。结果,共检测到34个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数为3～6个,平均等位基因数为4.25,该群体的基因平均杂合度(H)为0.561 3,多态信息含量(PIC)为0.498 3。结果表明,7个微卫星座位的不同基因型之间的差异达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。影响相应性状的最有利基因型分别是ETH185座位的AE与体高,BM711座位的CC和BM1824座位的BB与体长,TGLA53座位的AD和BM711座位的CC与管围,BM1824座位的BB和DVGA55座位的AB与腹围,TGLA53座位的AC、ETH185座位的BD、BM711座位的AB、DVGA46座位的AC、DVGA44座位的BB和DVGA55座位的BB与体质量。而对生长不利的基因型有:DVGA46的AD型,DVGA44的AD型,DVGA55的AA型和ETH185的BC型。...     

内蒙古地区西门塔尔牛亲子鉴定微卫星标记筛选

研究旨在筛选适合于我国肉牛亲子鉴定的微卫星标记,以内蒙古乌拉盖地区368头西门塔尔牛为实验材料,利用荧光引物PCR和ABI3730测序仪对12个微卫星标记进行基因型检测,应用Cervus3.0软件统计12个微卫星标记的遗传多态性。结果表明:其中4个微卫星标记扩增效率较低,被剔除;其他8个微卫星的多态性丰富,平均等位基因数为11.38,平均期望杂合度为0.6686,平均多态信息含量为0.6354,适合于我国肉牛亲子鉴定。     

辽宁绒山羊7个微卫星位点的遗传多样性分析

试验分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438I、LSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性。结果表明,7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性。OarAE101位点多态信息含量最高,为0.727;BM143位点多态信息含量最低,为0.526。在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个;平均多态信息含量为0.635;遗传杂合度均值为0.638。说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大。     

9个微卫星基因座在太行黑山羊中的遗传多样性研究

通过9个微卫星标记研究太行黑山羊的遗传多样性,为地方山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。本研究选取位于绵羊第6号染色体上与高繁殖力主效基因FecX和FecB紧密连锁的7个微卫星基因座(TGLA68、OarAE101、BM1329、LSCV043、BM143、OarHH55、GC101)和第4号染色体上的微卫星基因座OarHH35及第8号染色体上的微卫星基因座BM1227,对其进行遗传多样性研究。结果表明:在太行黑山羊中的9个微卫星座位共检测到69个等位基因,平均为7.67个;9个微卫星基因座的平均多态信息含量为0.781,每个微卫星基因座的PIC>0.5,9个微卫星基因座的平均有效等位基因数、平均杂合度分别为5.24、0.81。由此表明,9个微卫星标记均具有高度多态性,可用于太行黑山羊的遗传多样性的分析。     

基于微卫星标记鉴定湖羊家系

试验旨在基于微卫星（simple sequence repeats，SSR）多态性探索一种鉴定与划分湖羊家系的方法，通过查阅文献筛选出9个分布于多个常染色体、具有高多态性信息、高杂合度的湖羊微卫星位点BM3051、HH64、TGLA137、MAF33、FCB48、VH72、INRA023、ETH152和MCM527。采集30只湖羊种公羊血液，使用试剂盒提取血液基因组DNA，合成筛选出的9个微卫星引物并使用荧光基团标记，利用降落式PCR进行扩增，扩增产物在基因分型后使用CERVUS3.0.7进行基因型分析，使用POPGENE1.32基于Nei氏遗传距离构建树状聚类图，根据图示的亲缘关系远近划分湖羊家系。结果显示，当双亲基因型未知时，9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.2094%；当单亲基因型已知时，9个微卫星位点的累积排除概率为99.9688%；当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%，排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求。根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图，将30只种公羊划分为6个家系，为育种工作提供了一定参考。本方法能够进行湖羊家系的鉴定与划分，对湖羊育种工作具有一定的应用价值。     

辽宁绒山羊七个微卫星位点遗传多样性分析

分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438、ILSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性.结果表明:7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性.OarAE101位点多态信息含量最高,pic为0.727,BM143位点多态信息含量最低,PIC为0.526.在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个±1.318个;平均多态信息含量为0.635±0.087;遗传杂合度均值为0.638±0.182.说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大.     

应用微卫星DNA标记分析荷斯坦母牛系谱可靠性及影响因素

为了评估当前中国荷斯坦牛群体的系谱准确性,本研究选择15头种公牛及来自21个牛场的2 220头女儿牛,借助牛3号染色体(BTA3)上17个微卫星标记,对女儿-公牛标记基因型是否错配进行分析。结果,按照错配标记数大于等于3个为系谱错误的标准,本研究所涉及的母牛群中系谱错误率为16.62%。经对影响系谱错误的因素分析表明,场效应是主要的影响因素,不同场间系谱错误比例差异较大;由于公牛女儿在各牛场中分布不均匀,导致公牛效应也达到显著。研究结果提示在中国荷斯坦牛群体进行亲子鉴定是亟需和必要的。