扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

基于线粒体 COI 基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

对采自长江口的7种虾虎鱼（Gobiidae）19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A＋T的含量要高于G＋C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼（Oxyurichthy tentacularis）与孔虾虎鱼（ Chaeturichthys stigmatias）归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共同的起源。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究

对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cyt b)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异.通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539 bp(16S rRNA)、601 bp(COI)和385 bp(Cyt b),其基因片段的A+T含量都较高.4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cyt b＞ COI ＞16S rRNA.Cyt b 基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene).根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远.     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体ＣＯＩ基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

基于线粒体COI基因的马■科鱼类DNA条形码研究

为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一...     

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇(鮠)与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇(鮠)的细胞色素b基因片段序列.用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树.     

中国南海康氏马鲛线粒体COI序列遗传变异分析

在测定的采自广东饶平、阳江和广西东兴海域的62尾康氏马鲛( Scomberomorus commerson) 线粒体COI基因711 bp序列中,共检测到26个变异位点,18个单倍型,总体呈现出高单倍型多样性( Hd=0.8080.040)和低核苷酸多样性(=0.004 00.000 6)的特点。邻接树上出现了3个分支, 分支间Fst为0.811～0.833且P0.001,Nm为0.1～0.117;AMOVA分析显示分支间遗传变异占82.61%。表明3个分支间分化程度高,推测分歧时间为(89～22.67)万年前中更新世时期,可能原因是受到更新世冰期和间冰期交替的影响。但分支内与分支间都有不同地理来源的个体,没有出现明显的地理聚群;不同地理群体间Fst为-0.027～0.066,Nm均大于4或小于0;群体内个体间变异为96.34%。均表明群体间基因交流频繁,遗传分化程度并不高。3个分支中Clade A分支经历过种群快速扩张事件,可能是末次冰期期间康氏马鲛进入外海并受洋流及生存空间改变的影响。     

基于线粒体COI基因的部分鲇形目鱼类系统发育研究

本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究。应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与Gen Bank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析。结果显示:鲇形目鱼类COΙ基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pterocryptis cochinchinensis)、丝尾鳠(Hemibagrus wyckioides)和黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5%)显著高于G+C(44.5%)。利用Kimura’s 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006。系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9%以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71%;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近。     

2种虾虎鱼细胞色素b基因全序列克隆与分析

测定了矛尾刺虾虎鱼（Acanthogobius hasta）和红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）的线粒体细胞色素b（Cytb）基因全序列。2种虾虎鱼Cytb基因序列全长均为1141bp,通过序列比对,检测到266个变异位点,序列中碱基转换频率高于颠换,碱基替换主要发生在密码子第3位。结合GenBank中的虾虎鱼科其他物种的细胞色素b基因全序列,利用Kimura-双参数模型分析遗传距离表明,10种虾虎鱼科鱼类的遗传差异在0.118~0.330之间,大头新虾虎鱼（Neogobius kessleri）与同属的裸喉新虾虎鱼（N.gymnotrachelus）遗传距离最小,为0.118;大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大,为0.330。以Cytb基因全序列构建的NJ进化树分析表明,10种虾虎鱼分为3个主要类群,红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼聚为1支,且与其余8种虾虎鱼类遗传距离较远。     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析

克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cyt b基因1 141 bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cyt b基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0.096 7~0.227 5之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0.096 7,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0.227 5;序列变异的转换/颠换比值在2.293 0~7.358 7之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

北部湾3种金线鱼属鱼类CO I基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus,japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(C0Ⅰ)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系.在所分析的48条COⅠ同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点.单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流.序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化.利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支.研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远.本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据.     

基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系

鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。     

基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化

为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。     

广东沿海3个斜带石斑鱼养殖群体的RAPD和线粒体Cyt b基因序列变异分析

斜带石斑鱼（Epinephelus coioides）为中国南方重要的海水增养殖经济鱼类,但过度捕捞和人工养殖的快速扩张导致了其自然资源衰退和遗传多样性降低。文章采用随机扩增多态DNA（RAPD）和线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列分析方法,对惠州、深圳和湛江3个斜带石斑鱼养殖群体进行了遗传多样性状况和遗传差异的研究。结果表明：1）相比较于线粒体Cyt b基因序列分析,RAPD技术在研究斜带石斑鱼种内遗传变异方面具有更高的灵敏性和多态性;2）相比较于其他已经报道的石斑鱼类,斜带石斑鱼的遗传多样性较低,RAPD检测到的多态位点百分率（P）为40.57%,究其原因,可能是受过度捕捞和人工养殖的影响;3）RAPD检测到的群体间遗传相似度（Ⅰ）高达0.967 1～0.980 8,而Cyt b的核苷酸多样性仅为0.003 8;斜带石斑鱼养殖群体间的遗传差异显然很小,具有相似的遗传背景。文章还探讨了斜带石斑鱼线粒体Cyt b基因的特点,并针对目前斜带石斑鱼的养殖现状提出了相应保护遗传多样性的对策与建议。     

金鱼线粒体DNA Cyt b基因序列分析及与鲫鱼亲缘关系探讨

通过对金鱼(Carassius auratus var.)的5个代表品种草金(grass goldfish)、红龙睛(red dragoneye goldfish)、鹤顶红(red-head wen goldfish)、水泡(blisters-eyegoldfish)、黑寿(white-head oval goldfish)线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行测定,结果发现金鱼Cytb基因全序列1141bp,其中T、C、A、G4种碱基含量分别为29.1%,27.8%,28.4%,14.5%,A T的含量(57.8%)高于C G的含量(42.2%)。草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿Cytb基因全序列一样。结果表明,细胞色素b基因在金鱼种内是相当保守的,草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿起源于同一祖先。将鲫鱼和金鱼线粒体Cytb基因序列比较分析,同源性达97.9%,应该还在同一种的水平上。