犬冠状病毒核酸探针的制备及其基因序列的测定与比较

采用RT—PCR方法扩增犬冠状病毒(CCV)YSl、CI1和NL—18株5’端部分S基因序列，以随机插入DNA法对CCV YSl株纯化的PCR产物标记^32P同位素，制备核酸探针，并与3株CCV反转录产物杂交。用平端连接法将3株CCV PCR产物克隆于pUCl9 SmaI位点或pGEM—T载体中，经PCR鉴定为正确重组质粒。以双脱氧末端终止法测定了重组质粒的cDNA核苷酸序列，并用DNASIS计算机软件进行多重比较分析，绘制系统树。结果表明，所制备的核酸探针可与3株CCV反转录产物杂交，其核苷酸序列与多株CCV相应序列的同源性高达91．9％-99．1％，为CCV的保守区。由此说明，制备的酸破探针可用于犬CCV感染的分于流行病学研究。     

核酸探针检测犬冠状病毒方法的建立和初步应用

以^32P标记犬冠状病毒特异性RT—PCR及产物制成核酸探针，与CCV NL-18株、犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒、狂犬病病毒反转录产物、正常CRFK细胞以及做10～10000倍稀释的CCV NL-18株反转录产物杂交，进行核酸探针的敏感性和特异性试验。结果表明，该探针仅与CCV HLl8株反转录产物呈阳性杂交，与对照病毒和正常细胞反转录产物均呈阴性反应。初步应用试验结果，该探针可与国内CCV分离病毒YSl、CI1株杂交，且可从8份腹泻犬粪便中检出5份CCV阳性病料。本研究为在我国开展犬冠状病毒感染的分子流行病学调查和临床诊断提供了一种敏感、特异的检测方法。     

鹅细小病毒VP1-VP3非重叠序列地高辛探针的制备和应用

根据GPV H1株核苷酸序列，设计了扩增VP1-VP3基因非重叠序列的1对引物，对其结构蛋白VP1与VP3非重叠核苷酸序列进行PCR扩增，将PCR产物纯化、回收后制备出GPV VP1-VP3基因DIG标记核酸探针，其标记效率达到0．1pg／μl。特异性检测结果表明，该探针能与GPV不同毒株核酸发生特异性杂交，而与对照的DPV、GPMV等病毒的核酸杂交反应均为阴性；敏感性检测结果表明该探针对GPV的最低检出量为0．032ng。上述试验结果表明该探针可以用于GPV感染临床病料的检测。     

犬猫3种冠状病毒基因克隆的构建与芯片检测技术

蔗糖密度梯度离心纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)和猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)的细胞培养物,分别设计7、17、11对引物,对病毒RNA进行反转录和PCR扩增,回收PCR产物连接pGEM-T载体并转化大肠杆菌TGI,构建35个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段,每种病毒只选择其4对引物克隆的基因片段。将特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒样品PCR扩增产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于3种病毒的检测与区分。     

基因芯片检测5种动物冠状病毒的初步研究

采用蔗糖密度梯度离心,纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)、猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)的细胞培养物,分别设计7,17,11,10和4对引物,构建了49个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段。结果表明:克隆CCV1,CCV2,CCV5和CCV7可特异诊断CCV,克隆FCV6,FCV7,FCV8和FCV9可特异诊断FCV,克隆FIPV2,FIPV7,FIPV8和FIPV9可特异诊断FIPV,克隆PRCV1,PRCV2和PRCV3可特异诊断PRCV,克隆TGEV3,TGEV4,TGEV5和TGEV6可特异诊断TGEV。将这些特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒PCR产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于这5种动物冠状病毒的检测与区分。     

7种动物冠状病毒基因芯片同步检测的研究

根据发布的7种动物冠状病毒相关基因的序列,给每种病毒设计了4～17对引物,同时依据RNA聚合酶基因序列合成了l对兼并引物,利用TCV原毒和纯化浓缩的CCV、FCV、FIPV、TGEV、PRCV、BCV细胞毒,构建了89个基因片段的克隆.采用煮沸裂解法制备质粒DNA,进行特异引物PCR扩增,回收纯化产物,点制冠状病毒基因芯片.抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,同时对BCV、CCV利用Cy3-dCTP随机渗入反转录标记,与芯片进行杂交检测.结果显示,BCV和TCV基因克隆间未见交叉,CCV、FCV、FIPV、TGEV、PRCV则存在广泛交叉.选择无交叉的特异克隆片段点制最终基因芯片,并与病毒多重PCR扩增产物杂交,芯片信号未见交叉,结果判断明确.表明,基因芯片检测法比传统PCR法敏感1000倍.     

RT-PCR检测犬粪便中的冠状病毒

根据犬冠状病毒(caninecoronavirus, CCV) 的S基因序列, 用计算机设计并合成了1对引物P1、P2, 以此引物及以从美国进口的CCV疫苗的反转录产物为模板, 初步建立了检测CCV的RT PCR。将纯化的PCR产物成功地克隆到pGEM T easy载体中, 鉴定、测序并进行同源性分析。结果表明, 与1 71和UCD 1株同源性分别为91 5%和94 3%。该RT PCR能对疫苗中CCV及CCV参考株USCV B1的S基因进行特异性地扩增,长度为575bp, 对犬的其他病毒及CRFK细胞未能扩增出任何片段, 该RT PCR能检测出0 5μLCCV培养液/2g粪便。用建立的RT PCR在上海对50条犬粪便进行检测, 结果表明CCV阳性6例。本研究建立了检测犬粪便中的CCV的RT PCR, 能用于犬冠状病毒流行病学调查。     

大熊猫犬冠状病毒部分S基因的克隆与全S基因序列分析

从重庆某动物园死亡的大熊猫肝脏中分离到一株病毒，经鉴定为犬冠状病毒（命名为CCV DXMV）。本实验根据CCV K378和CCV Insavc-1株基因序列设计合成了普通PCR引物SF1-SR1和SF2-SR2，以及半套式引物SF3-SR3、SR13、SF13、SF4-SR4和SF14，分段扩增了CCVDXMV株部分S基因，得到了368bp、792bp、737bp、1178bp和985bp5个基因片段。将纯化的RCR产物分别克隆到pGEM—T载体中，通过筛选和鉴定，获得了5个阳性重组质粒。将重组质粒送生物公司测序，将测得的基因序列与先前测定的该株病毒部分S基因序列，拼接成全S基因序列，并与其它株CCV及TGEV HN2002和FIPV79—1146株的S基因序列进行分析比较，绘制进化树。结果表明，该株病毒与CCV K378株的同源性最高，达到99．4％；而与CCV 23／03株的同源性最低，为56．9％；与FIPV和TGEV分别有90．4％和82．1％的同源性。     

应用反转录—聚合酶链反应技术检测免疫后犬体内的犬冠状病毒

早在 8 0年代中期 ,国外就已研制出弱毒苗和灭活苗对犬进行免疫研究 [1,2 ] ,国内开展犬冠状病毒( CCV)的研究起步较晚 ,但发生 CCV性肠炎的报道很多 ,且远比国外报道的严重。 1 997年 ,胡桂学等 [3 ]利用犬胎原代细胞从一肠炎犬病料中成功分离获得 1株 CCV强毒 YS1株 ,随后我们采用静水压和 BEI灭活病毒的方法对该株强毒进行灭活 ,研制出两种新型的犬冠状病毒灭活苗 ,并对犬进行了免疫试验 ,同时我们还应用反转录 -聚合酶链反应( RT- PCR)技术对免疫后犬组织中的犬冠状病毒进行检测 ,并设立了传统的犬冠状病毒福尔马林灭活苗免疫犬…     

新城疫病毒B_(95)株HN蛋白基因的克隆及序列分析

根据 NDV　 HN蛋白已知基因序列设计一对引物 ,以提取的澳大利亚布里斯班 NDV分离株 B95基因组 RNA为模板 ,利用 RT- PCR技术扩增得到一条约 1.9kb的条带。将扩增产物克隆到 PGEM- T- easy载体中 ,并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,结果证明我们得到了 HN基因的阳性重组子 ,随后采用 Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定 ,获得该基因全长序列 ,并进行同源性分析。 B95株与其他毒株核苷酸同源性为 95 .1%～ 87% ,氨基酸同源性为96 .1%～ 92 .1%。     

大熊猫犬冠状病毒部分纤突蛋白基因的扩增与序列分析

大熊猫是我国特有的濒危物种，近年来人们在研究其生态环境、生理特点、繁殖性能、人工繁育等方面取得了显著成绩。然而，大熊猫疾病，特别是传染性疾病对大熊猫的生存构成了严重的威胁。     

犬冠状病毒YS1株细胞培养弱毒的实验免疫研究

应用纯化后的犬冠状病毒 (CCV)YS1株细胞培养致弱的弱毒 (CCVYS1V60 ) ,经口鼻和肌肉接种CCV ,SN抗体小于 1∶2的易感犬作安全试验 ,结果未见任何CCV临床症状与病理解剖学改变 ;用不同剂量的该CCV弱毒分组免疫CCV易感犬 ,经SN抗体测定与用CCV强毒攻毒试验 ,结果SN抗体达 1∶60以上的犬 90 %以上可获得免疫保护 ;应用该CCV弱毒分别免疫母源抗体达 1∶4和 1∶8的 2组试验犬 ,第 1次免疫 1 4d后SN抗体均未见升高 ,追加 2～ 3次免疫后 ,SN抗体才逐渐上升至 1∶60以上的免疫保护水平 ;用CCV易感犬和猫肾传代细胞 (CRFK)分别将该CCV细胞培养弱毒连续传 5代和 2 0代 ,结果对犬仍然安全 ,免疫原性也未见下降 ;与犬瘟热病毒 (CDV)、犬传染性肝炎病毒 (ICHV)和犬细小病毒(CPV)弱毒作免疫互扰试验 ,结果与各弱毒的单独免疫结果未见差异 ;该毒的免疫期在 1年以上 ,- 2 0℃冻结保存的保存期为 9个月。     

犬冠状病毒YS1株人工感染犬试验

使用从腹泻犬体内分离获得的犬冠状病毒ＹＳ１第５代ＣＲＦＫ细胞培养物,以不同剂量人工感染５０只２￣３月龄健康幼犬 ,１４ｄ内计有１６只犬发病,其中１４只耐过,２只死亡,发病率为３２％,死亡率为１２．５％,患犬粪便经电镜检查和ＲＴ－ＰＣＲ检测,前者见有ＣＣＶ样病毒,后者扩增出ＣＣＶ特异核酸片段。４８只试验犬血清对该病毒的ＳＮ抗体效价随接毒量的不同分别平均为１：３１０、１：２４５、１：１８５、１：１１５     

核酸探针检测犬瘟热病毒方法的建立和初步应用

根据犬瘟热病毒（CDV）基因序列的结构特点,在其编码核衣壳蛋白的高度保守基因区内,设计合成一对特异性引物.以RT-PCR技术从CDV基因中扩增出了一段长度为430 bp的核苷酸cDNA,并制备出地高辛标记的CDV核酸探针.特异性检测结果表明,该探针能与CDV标准株和地方分离株核酸发生特异性杂交,而与对照的NDV、MV等病毒的核酸杂交反应均为阴性.敏感性检测结果表明,该探针对CDV的检出量可达到0.1 pg.用所制备的核酸探针对某宠物诊所疑似犬瘟热病例进行临床诊断初步应用试验,表明该标记探针完全可用于CDV的临床检测.     

鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析

用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国52／70株的序列设计引物，用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）进行cDNA扩增，获得1558bp和1590bp两个部分重叠的片段。结果表明，所克隆片段为3099的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现，核苷酸同源性介于97.4%-99.8%之间，推导的氨基酸同源性介于98.1%-99.5%。     

重庆地区犬圆环病毒检测及序列分析

本试验旨在调查近年来新发的犬圆环病毒（canine circovirus,CCV）在重庆地区的流行情况,探索重庆流行毒株的特性。本研究利用PCR方法对2017年采集于重庆地区的100份犬血清样品进行CCV核酸检测,对所得CCV阳性样品进行全基因组扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 6.0和RDP4等软件对分离到的重庆CCV毒株进行分析。结果显示,重庆地区100份犬血清中共有4份为CCV阳性,阳性率为4%,从4份阳性样品中共获得3株不同的CCV基因组（CQ76、CQ79和CQ82）,全长基因组序列均为2 062 nt,与此前报道长度为2 063 nt的CCV基因组相比缺少了一个碱基,该碱基位于5'-基因间隔区内茎环结构的下游。3个毒株的两个ORF之间5'末端间隔区和3'末端间隔区长度分别为134（1 929-2 062 nt）和203 nt（913-1 115 nt）。CQ76、CQ79和CQ82的同源性在99.8%~100%之间,其中CQ76与CQ82仅在第2 019位点存在同义突变;所获得的3个重庆毒株与国内外报道的其他CCV基因组序列同源性为82.7%~97.1%,其中,ORF2的变异程度大于ORF1。基于病毒ORF2序列和全基因组分别构建NJ进化树中,CQ76、CQ79和CQ82均属于同一亚群,与属于基因Ⅱ型的中国毒株204株遗传距离较近,同源性为96.5%~96.7%。RDP4重组分析发现,CQ76、CQ79和CQ82毒株基因组均为广西毒株204株和388株的重组序列,重组区域坐落于ORF2。本研究为丰富CCV流行病学和遗传进化信息,以及进一步防控研究提供基础数据。     

Detection and Sequence Analysis of Canine Circovirus in Chongqing

The aim of this study was to investigate the prevalence of canine circovirus (CCV) in Chongqing in recent years,and to explore the characteristics of the field strains in Chongqing.In this study,100 dog serum samples collected in Chongqing in 2017 were tested for CCV nucleic acid by PCR,and the obtained CCV positive samples were amplified and sequenced with the full length genome,and the Chongqing CCV strain isolated was analyzed by MegAlign,Mega 6.0 and RDP4 software.Four positive sample were found,with a positive rate of 4%,and three full length CCV genomes (CQ76,CQ79,and CQ82) were obtained,with a total length of 2 062 nt.Compared with the previously reported genome of CCV with a length of 2 063 nt,one base was missing,which was located downstream of the stem ring structure in the 5'-intergenic region.The length of the 5'-intergenic region and 3'-intergenic region between the two ORFs of the three strains were 134 (1 929-2 062 nt) and 203 nt (913-1 115 nt),respectively.The homology of CQ76,CQ79,and CQ82 ranged from 99.8% to 100%,among which,CQ76 and CQ82 only had synonymous mutations at the 2 019 locus.The homology of genome sequences of the three Chongqing strains and other strains was 82.7% to 97.1%,among which,the degree of variation of ORF2 was greater than that of ORF1.Based on virus ORF2 sequences and genome-wide respectively build Neighbor-Joining in the evolutionary tree,CQ76,CQ79 and CQ82 all belonged to the same subgroup,which was close to the Chinese strain 204,which belonged to genotype Ⅱ,and the homology was 96.5% to 96.7%.RDP4 recombinant analysis indicated that the genomes of CQ76,CQ79 and CQ82 strains were all the recombinant sequences of 204 and 388 strains from Guangxi,and the recombinant region was located in ORF2.Above results enriched the epidemiological and genetic evolution information of CCV and provided further basic data for prevention and control research.     

检测和鉴别犬瘟热病毒强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)的建立及初步应用

根据GenBank上登录的犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）基因组全序列，选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4，并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3，用引物P1／P4进行RT—PCR，然后用引物P2／P3／P4进行复合套式PCR，建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应（RT—nPCR）的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段，从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段，与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT—nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明，有15份类似CDV强毒，5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT—nPCR可以有效检测CDV感染，能够将强、弱毒株区分开，可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。     

动物冠状病毒通用PCR方法的建立及基因序列分析

参考GenBank中公布的冠状病毒相关序列,根据动物冠状病毒聚合酶基因的保守区段设计一对通用引物。用这对引物对犬冠状病毒、猫冠状病毒等8种动物冠状病毒的cDNA模板进行通用PCR扩增和通用PCR反应条件的优化,结果均得到与试验设计相符的449 bp条带;特异性试验结果表明犬冠状病毒、猫冠状病毒等均扩增出449 bp目的条带,而阴性对照没有。敏感性试验结果表明,其敏感程度与常规PCR方法相同。将扩增的聚合酶基因与冠状病毒的参考毒株进行同源性比对,同源率在56.69%～99.55%之间。进化树分析结果与文献中对冠状病毒根据血清学与基因学角度分类报道相一致。