辣椒脉斑驳病毒文昌分离物基因组测序及分析

辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）近年来严重危害海南黄灯笼辣椒的产量,开展针对该病毒的研究以求达到对其有效防控迫在眉睫。本研究分7段克隆了ChiVMV文昌分离物（ChiVMV Wenchang isolate,ChiVMV-WC）的基因组。分段克隆的测序结果通过拼接,共获得ChiVMV-WC基因组9717个核苷酸（nt）序列（GenBank登录号：GQ981316）。在核苷酸序列的第164位～第9270位存在一个大的开放阅读框（ORF）,编码一个多聚蛋白（分子量为350.44kD）。近年来被证实的马铃薯Y病毒科的一个新的ORF（pretty interesting potyviridae ORF,PIPO）存在于ChiVMV-WC基因组核苷酸序列的第2892位～第3110位,编码一个由72个氨基酸聚合而成的多肽（分子量为8.26kD）。ChiVMV-WC与ChiVMV其它分离物的基因组核苷酸序列比较发现该病毒存在着较高的变异率。本研究通过与同属内病毒的同源性分析以及系统进化树分析,确定了ChiVMV-WC在生物进化史上的地位。     

从烟草上分离的中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA全基因组结构特征

本研究从具有典型曲叶病症状的广西靖西烟草病植株上分离到病毒分离物JX-2,全基因组序列测定结果表明,JX-2DNA．A全长2738个核苷酸,共编码6个开放阅读框架（openreadingframes,ORFs）,其中病毒链编码AV1（CP）和AV2两个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4共4个ORFs。BLAST结果表明,JX-2DNA—A与中国番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl Chinavirus,ToLCCNV）各分离物的相似性在93．0％-99．7％之间,其中与ToLCCNV广西番茄分离物ToLCCNV．G32的相似性最高,达99．7％,而与其它双生病毒的同源性均在88．0％以下,表明Jx-2是ToLCCNV的一个分离物。基于Jx-2和已报道的双生病毒属代表种DNA-A全基因组核苷酸序列构建的系统进化树显示,JX-2与ToLCCNV-G32分离物的亲缘关系最近,并与ToLCCNV其它分离物形成一个分支,而与其它10种双生病毒的亲缘关系均相对较远。利用双生病毒卫星DNAβ的特异性引物β01／β02在Jx-2样品中扩增到DNAβ分子（JX-2β）,全长为1341个核苷酸,其互补链编码1个ORF（即βC1）,并包含一个富含A序列和一个卫星病毒保守序列。序列分析表明,JX-2β与ToLCCNV伴随的DNAβ的相似性在91．0％～96．1％之间,其中与ToLCCNV-G61DNAβ和ToLCCNV—G18DNAβ的相似性最高（96．1％）,与其它卫星DNAβ的相似性均低于61．8％。基于JX-2β全基因组核苷酸序列构建的系统进化关系树显示,JX-29与ToLCCNVG61分离物伴随的DNAβ亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,再与ToLCCNV其余两个分离物伴随的DNAβ形成一个较大的分支。这是首次报道从烟草中分离到的中国番茄曲叶病毒及其伴随卫星DNA分子的全基因组结构特征。     

水稻瘤矮病毒基因组S8片段全序列测定及其结构分析

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）中国广东信宜分离物（RGDV-C）的基因组S8片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C基因组s8片段全长1578bp（GenBank登录No．AY216767），含有一个ORF，编码一个含有426个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为96．0％和99．1％，与植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的三叶草伤瘤病毒（Wound tumor virus，WTV）和水稻矮缩病毒（Rice dwarf virus,RDV）各分离物的核苷酸同源性分别为56．8％和55．3％～56．0％。从s8编码的外层衣壳蛋白亲缘关系、反向重复序列、病毒粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV与WTV比RGDV与RDV具有更近的亲缘关系。     

综合生物防控烟草青枯病及其对土壤微生物群落结构的影响

利用生物有机肥结合相应的农艺措施进行生物防控是近年来的研究热点。分别采用常规施肥(T1)、常规施肥+生石灰(T2)、常规施肥+L-25生物有机肥(T3)、常规施肥+生石灰+L-25生物有机肥(T4)四个处理来探究生物防控烟草青枯病的效果。结果表明:2014年T4处理在烟草全生育期的防控效果显著高于T2和T3处理,在90d后防控效果分别是T2和T3的6.26倍和1.99倍。经过三年修复,青枯病综合防控效果高达61.3%。2013年和2014年T4处理产量显著高于其他各处理。2013年生物有机肥各处理的拮抗菌在70 d之前均显著高于各自对应的病原菌数量,2014年T4病原菌数量则始终处于106 cfu g-1数量级以下,其他处理在烟草移栽90 d后病原菌数量均增长至107 cfu g-1以上。T4处理的根际土壤微生物物种丰度水平、运算分类单位(OTU)、香农多样性指数(Shannonindex)均高于T1处理,主成分与聚类分析表明T3和T4处理的微生物区系结构相似,明显不同于T1处理。综合的生物防控措施可以有效防控重病区青枯病,对烤烟产量产值具有明显的提高作用,并能有效改良土壤微生物区系,具有良好的推广应用前景。     

不同改良剂对酸性烟田的改良效果及其对烤烟生长的影响

为比较碱渣、牡蛎粉和石灰对酸性烟田的改良效果及其对烤烟生长影响，本研究通过田间试验探究了三种改良剂对酸性烟田土壤酸度、烤烟产量与品质及经济效益影响。结果表明，三种改良剂施用均有效提高土壤pH，降低交换性酸和可溶性铝（Al）的含量，提升土壤交换性盐基阳离子含量。碱渣对土壤酸度的改良效果最佳，可使土壤pH提高0.38个单位，交换性酸和可溶性Al含量降低90.9%和39.8%。同时，碱渣处理中土壤交换性Ca2+和Mg2+含量分别增加了72.8%和91.9%。随着土壤性质的改善，三种改良剂均促进了烤烟的生长，提升了烟叶产量与内在品质。三种改良剂使烟叶产量增加6.0%~9.5%，上等烟比例提高4.0%~16.9%，产值增加11.7%~19.5%，净增收益增加4593.00~9270.30元/hm2，其中碱渣的增产增收幅度最大。此外，改良剂的施用优化了烤烟化学成分组成，其中牡蛎粉处理烟叶的品质最佳。总体看，利用碱渣改良酸性烟田具有广泛的应用前景，但在实际应用中，需注意控制碱渣Na和Cl元素含量。     

抗青枯病转群体感应猝灭基因烟草的培育

利用具有猝灭青枯菌群体感应信号分子功能的aac基因构建高效植物表达载体,通过农杆菌介导的方法转化烟草,获得了卡那霉素抗性植株57株。经PCR及RT-PCR检测,筛选得到30株阳性转基因再生苗,并证实了目的基因已经整合到烟草基因组中,且在转录水平上得到表达。转基因植株苗期抗青枯病试验表明,16天后转基因烟草较对照植株病情指数降低了51,相对病情指数为56.5％。     

重庆市烟区土壤-烤烟氯素含量及其变化研究

采用调查研究、田间试验和室内分析相结合的方法,对重庆市烟区土壤、烟叶含氯量进行了研究;根据调查结果,于2002～2003年进行了不同施氯量的田间试验,研究了氯在土壤中的残留及动态变化。结果表明:重庆植烟土壤含氯量低,平均为13.4mg/kg,变幅大(为痕量～99.7mg/kg),有90%的土壤含氯量在烟草种植区划规定的最适宜植烟的土壤含氯量(≤30mg/kg)范围内,土壤含氯量>45mg/kg不适宜烟草种植的土壤样本仅占3.7%,土壤含氯量≤2mg/kg的缺氯土壤样本占19.2%。重庆植烟土壤类型主要是黄壤,占植烟土壤的75.6%。重庆市烟叶含氯量很低,平均为0.70g/kg,变幅0.11～9.19g/kg,有99%的烟叶含氯量低于优质烟叶要求的含氯下限(3.0g/kg),烟叶含氯量低已成为影响烟叶质量的限制因素。2003年的调查结果与1988年相比,15年后烟区土壤含氯量降低了5mg/kg,烟叶含氯量下降60.0%。在一定的施氯量范围内,氯在土壤中的残留量及其动态变化主要受降雨量和降雨强度的影响。     

马立克氏病病毒CVI988株病毒囊膜糖蛋白B启动子的克隆及活性分析

为了选择适宜的启动子调控外源基因的表达,以改善马立克氏病毒对载体的重组病毒的免疫保护力,克隆了马立克氏病病毒(MDV)CVI988株病毒囊膜糖蛋白B(gB)启动子,通过测序分析发现克隆的gB启动子与GenBank上发表的MDVGA株序列的同源性为99.5%。分别以β-半乳糖苷酶(β-galactosidase)和虫荧光素酶(luciferase)为报告基因,构建pSK-gB-LacZ和pgB-Luc真核表达载体。将pSK-gB-LacZ转染的中国地鼠卵巢(Chinesehamsterovary,CHO)细胞进行染色,出现蓝色,说明在CHO细胞中,MDVgB启动子可以有效地调控lacZ基因的转录。在CEF细胞中,利用虫荧光素酶系统将gB启动子与SV40及hCMV启动子进行活性比较,发现hCMV启动子的活性为gB启动子的31倍,SV40启动子为gB启动子的27倍。     

黄腐酸对植烟土壤改良及烟叶品质的影响研究

以云烟97为研究对象,通过大田试验,于2014年研究了不同黄腐酸施用量对植烟土壤改良及烟叶品质的影响。结果表明:施用黄腐酸提高了土壤速效磷、速效钾、碱解氮、有机质、土壤微生物生物量碳、土壤微生物生物量氮含量,并促进土壤中三大菌落的繁殖,但施用黄腐酸对土壤微生物多样性促进效果不明显;黄腐酸促进了烟株根系发育,提高了烟株根系体积,干、鲜重;烟株根系有随黄腐酸施用量增加而增加的趋势;施用黄腐酸降低了烤后烟叶两糖含量,适当提高了烟叶氯离子含量和钾离子含量,但有增加烟叶烟碱含量的趋势;施用化肥配施1200 kg hm-2黄腐酸的处理提升土壤微生物量碳、量氮的效果最好,烟叶协调性相对较好;施用化肥配施1800 kg hm-2黄腐酸的处理对土壤肥力的提升效果最好。     

凉山烟区主要气候因素与烤烟质量特点分析

本文分析了四川省凉山烟区适宜种植烤烟的基本条件、主要气候因素及所产烟叶的质量特点，结果表明：（1）该烟区具有无霜期长、≥10℃积温高，日均温≥20℃持续天数多，0—60cm土壤含氯量较低等特点，具备了生产优质烟叶的基本条件。（2）凉山烟区烟叶大田生长期平均温度在20℃左右，日照时数均在800h以上，中、南部日照百分率较高，降雨充沛，雨量分布合理，对烤烟生长发育十分有利。（3）凉山烟区烟叶整体上外观品质较优，烟碱、总氮含量适宜，中、上部叶还原糖含量稍高，中部叶氮碱比、糖碱比基本协调，清香型风格突出，香气质好量足、配伍性好，利用价值较高。     

基于机器学习和土壤关键要素的烤烟品质数字制图-以云南玉溪烟区为例

准确高效地预测烤烟品质对烤烟种植管理至关重要。本研究以中国典型烟区云南玉溪烟区作为研究对象,基于156个土壤-烤烟品质等级配对数据集,通过主成分分析法筛选土壤关键要素,应用反向神经网络(back propagation neural network,BPNN)、随机森林(random forest,RF)和支持向量机(support vector machine,SVM)三种机器学习方法,构建基于土壤关键要素的烤烟品质等级预测模型,实现玉溪市烤烟品质等级空间预测与制图。研究结果表明：基于17个土壤指标筛选出土壤砂粒含量、粉粒含量等11个指标作为土壤关键要素,其中土壤黏粒含量对烤烟品质等级的贡献率最大,为18.5%。独立验证结果显示,RF模型的Accuracy和Kappa系数最高,分别为0.78和0.76,预测效果最好,其次是SVM模型,BPNN模型最差。从Recall和Precision来看,RF模型对烤烟品质等级正确分级效果的程度为五档>一档>二档。一档、五档烤烟主要集中分布在玉溪市东部,最东部的华宁县是玉溪市最优质的烤烟作物产地。本研究可为区域烤烟品质等级收购与烤烟种植布局提供新的理论和技术支撑。