家蚕线粒体基因组EcoRⅠ2.0kb片段的克降及序列分析

对家蚕线粒体基因组ＥｃｏＲⅠ２．０ｋｂ片段进行了克隆和序列分析，结果表明该片段包含完整的丝氨酸转移ＲＮＡ基因、ＮＡＤＨ氧化还原酶亚基Ⅰ基因、细胞色素氧化酶ｂ亚基基因的部分序列。与果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）的ｍｔＤＮＡ进行了同源性比较，并根据无脊椎动物线粒体基因组密码子表，推定氨基酸序列。     

家蚕蛹线粒体DNA EcoRⅠ 1.9kb片段的克隆及序列分析

克隆了二化性家蚕蛹体的线粒体DNAEcoRⅠ酶解 1 .9kb片段 ,并进行了序列测定。结果表明 :克隆片段中包含完整的线粒体赖氨酸转移RNA(tRNA Lys)基因、天冬氨酸转移RNA(tRNA Asp)基因、ATP合酶亚基Ⅷ基因和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ、ATP合酶亚基Ⅵ基因的部分序列。并与果蝇线粒体DNA的同源性和参照果蝇线粒体DNA密码子翻译的氨基酸顺序进行了比较 ,由tRNA的一级结构推断出可能的二级结构模型     

家养山鸡线粒体基因组全序列测定及其结构分析

采用PCR方法测定家养山鸡线粒体基因组全序列并进行数据分析。结果显示,家养山鸡线粒体基因组序列全长16 694 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-Loop区。基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近。家养山鸡线粒体基因组碱基组成分别为A 30.62%、T 25.27%、C 30.87%、G 13.24%,总(A+T)含量为55.89%。除COⅠ基因的起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG。tRNA基因核苷酸长度为65~78 nt,12 S rRNA和16 S rRNA基因分别为966 nt和1 621 nt。     

家蚕蛹线粒体DNA EcoRI 1.9kb片段的克隆及序列分析

克隆了二化性家蚕蛹体的线粒体ＤＮＡ ＥｃｏＲ Ｉ酶解１．９ｋｂ片段，并进行了序列测定。结果表明：克隆片段中包含完整的线位体赖氨酸转移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ－Ｌｙｓ）基因、天冬氨酸转移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ－Ａｓｐ）基因、ＡＴＰ合酶亚基Ⅷ基因和细胞色素Ｃ氧化酶亚基Ⅱ、ＡＴＰ合酶亚基Ⅵ基因的部分序列。并与果蝇线粒体ＤＮＡ的同源性和参照果蝇线粒体ＤＮＡ密码子翻译的氨基酸顺序进行了比较，由ｔＲＮＡ的一级结构推断出可能     

捻转血矛线虫线粒体COXⅠ基因序列测定及进化分析

为了对捻转血矛线虫进行分子鉴定,并且探寻其与毛圆科内不同属线虫存在差异的分子水平关联性,对采自牦牛体内的捻转血矛线虫线粒体COXⅠ基因部分序列进行扩增与进化分析,扩增出的序列登录到GenBank,登录号:KU314701。进化分析结果显示,捻转血矛线虫H-yak线粒体COXⅠ基因与毛圆科不同属线虫的线粒体COXⅠ基因同源性在85.5%~97.4%之间,其中与KJ724363.1的同源性最高,达到97.4%;其编码的蛋白氨基酸序列与血矛属线虫的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ蛋白的氨基酸序列完全相同,同源性为100%,且与长刺属线虫的同源性极高,同为100%,但与古柏属和奥斯特属的线虫蛋白同源性均为98.7%。该研究在基因和蛋白两个层面间接印证了毛圆科内不同属线虫在形态和生活史方面有较多相似和不同之处。     

海南白唇竹叶青线粒体基因组结构与特征分析

白唇竹叶青蛇(Trimeresurus albolabris)是亚洲竹叶青毒蛇之一,主要分布在东亚和东南亚。为研究海南岛产白唇竹叶青蛇线粒体基因,测定了采自海南文昌的个体线粒体基因组全序列,并与近缘物种进行比较。结果显示,其环状基因组全长17222 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个转移RNA基因、2个核糖体RNA基因、2个控制区和1个L-链复制起源。总碱基组成为33.4%A,27.0%T,27.3%C,12.3%G,除8个tRNA基因和ND 6亚基基因在轻链上编码的外,其余基因均分布在重链上。此序列与其他产地的白唇竹叶青蛇相似度为99.61%,与其他竹叶青蛇相似度大于88%,与原矛头蝮蛇相似度大于85%。     

云南蚕区新入侵桑树害虫双钩巢粉虱的初步鉴定

在云南蚕区受害桑树的叶片背部采集到一种新的粉虱类害虫,在实验室观察其成虫和卵的形态特征,并结合线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtDNA COⅠ)分子标记技术进行分类鉴定。观察采集粉虱样本的成虫及卵粒四周有粉状物和蜡丝包覆,雄成虫阳茎具有一个双钩结构;提取粉虱样本的基因组DNA,以mtDNA COⅠ基因的通用引物扩增、测序,将拼接序列提交NCBI数据库比对,与数据库中双钩巢粉虱同源序列(GenBank登录号:HM150635.1)的相似度为99%,截取657 bp片段序列比对,二者仅存在1个碱基差异。经过对该粉虱样本的形态识别与mtDNA COⅠ基因分子标记鉴别,初步鉴定其为入侵桑树的双钩巢粉虱(Paraleyrodes pseudonaranjae)。     

我国3个地方品种鸭线粒体DNA COⅠ基因的DNA条形码初步分析

以我国3个地方品种鸭为研究对象,测定线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,序列用Clustal X软件对准,用DNAsp软件分析SNP位点。结果表明:3个地方品种鸭线粒体COⅠ基因序列共发现12个突变位点,产生13种单倍型,其中9种单倍型为3个鸭品种所特有;品种平均多态性与核苷酸多态分别为0.68%和2.15%,3个鸭品种均有其特异位点。     

家蚕线粒体基因组1.8kb片段的克隆及序列分析

克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性约为 81 85 % ,16SrRNA基因 3′端序列同源性约为 74 5 %。在家蚕、果蝇、蜜蜂、蝗虫、卤虫和人 6个物种中 ,线粒体ND1编码的疏水性氨基酸比例较稳定 ,显示了ND1基因的保守性。对上述 6个物种ND1基因序列和 16SrRNA基因 3′端序列进行系统进化分析 ,构建了系统进化树。     

带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析

通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。     

猪核线粒体假基因的分布特征研究

核线粒体假基因(NUMT)是线粒体DNA插入到核基因组中的DNA片段。目前,已经发现越来越多的真核生物基因组存在线粒体假基因现象。猪线粒体假基因在核基因组中的分布尚未见报道。研究通过猪线粒体基因组全序列与核基因组全序列进行比对,由BLAST程序鉴别出132个NUMT。结果表明:这些NUMT的大小在37～4 453bp,其中90%的NUMT长度处于40～1 000 bp的范围内,NUMT与相应的线粒体DNA片段之间的同源性数值范围为66%～100%。此外,鉴定出的NUMT序列几乎涵盖了包括线粒体DNA控制区在内的全部线粒体基因组,包括30个完整的线粒体基因,分布于猪的1、4、5、7、11、13、14、15、17号染色体上,近50%的NUMT定位在14号染色体上。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。     

獭兔线粒体基因组全序列的测定与分析

通过PCR扩增和TA克隆技术,获得獭兔线粒体基因组全序列,序列全长17 361 bp,碱基组成分别为31.48%A、26.66%C、13.58%G、28.28%T。獭兔线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop)。在这37个编码的基因中,由轻链(L链)编码的基因9个,它们是ND6基因和8个tRNA基因,其余28个均由重链(H链)编码。其线粒体基因组成与其他兔属动物线粒体全基因组的排列顺序一致,表明兔属动物线粒体DNA进化上有较高的保守性。     

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COI和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系.采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COI)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育.结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647 bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661 bp.长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%.以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类.因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位.     

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。     

DNA条形码在柞树主要鳞翅目害虫种类鉴定中的应用

鳞翅目昆虫是柞树的重要害虫类群。为了提高柞园鳞翅目害虫早期测报效率和准确度,建立了以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)为标准基因的DNA条形码物种快速鉴定技术。应用该技术对从柞园采集的11种鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA样品进行PCR及产物测序,得到了供试鳞翅目昆虫卵和蛹594~708 bp长的DNA条形码标准基因。同一种昆虫卵和蛹的DNA条形码序列存在0~2个碱基差异,序列一致度在99.7%~100%之间。供试鳞翅目昆虫DNA条形码序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为30.7%、38.5%、14.9%和15.9%。获得的DNA条形码序列与Gen Bank数据库中同源序列相似度性最高物种的DNA条形码序列一致度在91.4%~100%之间,差异度在0~8.6%之间,其中有10种鳞翅目昆虫的卵和蛹的样品(编号1~20)与Gen Bank数据库中同源序列的一致度在99%~100%之间,差异度为0~1.0%,只有1种鳞翅目昆虫的卵和蛹样品(编号21、22)与Gen Bank数据库中同源序列的差异度较大,为8.6%。结果表明:应用建立的DNA条形码技术,可以根据天幕毛虫等鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA快速、准确地对害虫进行种类鉴定。     

鹧鸪线粒体COII、ATPase8和3个tRNA基因序列分析及物种鉴别研究

线粒体DNA是真核生物核外遗传物质,其结构简单,发生变异的机率相对稳定,被广泛用于系统起源、进化、亲缘关系及物种鉴别的研究中。为了挖掘禽类(源性成分)鉴别的分子生物学数据,探讨线粒体不同基因发育信息及鉴别的可信度和灵敏度。本研究扩增鹧鸪线粒体基因组中COⅡ、ATPase8区域,克隆出1138 bp片段,测序结果分析表明,在所克隆的片段中,含有COⅠ基因部分序列、tRNASer基因、tRNAAsp基因、COⅡ基因、tRNALeu基因、ATPase8基因全序列和ATPase6基因部分序列。分析COⅡ、ATPase8和tRNA基因显示其与鹌鹑、鸡、火鸡、鹅、鸵鸟5种禽类的序列均具有较高的同源性,基于它们用MEGA3.1构建系统进化树,探讨了它们所含的信息量及在鹧鸪和其它禽类鉴别方面的应用潜力,发现COⅡ比AT-Pase8和tRNA基因含有更多的鉴别信息。     

辽宁地区柞园新记录害虫多斑柞跳象的初步鉴定

近期在辽宁柞蚕区发现了一种新的柞树潜叶性害虫。将昆虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtD NA COⅠ)序列作为DNA条形码,结合形态特征对害虫进行分类鉴定。以单头试虫的基因组DNA为模板,用mtD NA COⅠ通用引物PCR扩增得到了试虫的mtD NA COⅠ基因片段(GenB ank登录号:KX657707~KX657709)。将获得的基因片段序列在NCBI数据库进行BLAST同源性搜索,在GenB ank中未搜索到该试虫的相关序列信息,但与鞘翅目Coleoptera象甲科Curculionidae象甲亚科Curculioninae的Orchestes jota mtD NA COⅠ同源片段序列(GenB ank登录号:KJ963227.1)的相似度最高,为86%。室内观察其成虫、幼虫和蛹的形态特征:成虫体长3.7~4.0 mm,喙长0.8~1.0 mm,鞘翅,后足发达,腿节粗壮;老熟幼虫5~7 mm,体节12节,无足,具步泡突;蛹为裸蛹。基于试虫的mtD NA COⅠ分子鉴定标记,结合试虫与原有记录形态特征的比较结果,初步鉴定新发现的柞树潜叶性害虫为跳象亚科Rhynchaeninae跳象属Rhynchaenus的多斑柞跳象Rhynchaenus(Orchestes)maculosus。     

也木勒羊抑制素α亚基基因克隆及其真核表达

为了克隆也木勒白羊抑制素α(inhibin α,INHα)亚基基因和表达其重组蛋白质,本试验采集发情期也木勒白羊卵巢组织,并从中快速抽提总RNA,以此作为模板并根据白羊INHα亚基基因编码区序列(GenBank登录号:XM_004004955.1)设计合成1对引物,经反转录扩增获得了也木勒白羊INHα亚基基因编码区全长序列.并将扩增产物克隆到表达载体(pEGFP-N1)的Scal Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切位点之间,构建重组质粒pEGFP-INHα并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,后进行鉴定、测序,证明成功构建了INHα亚基基因的真核表达载体.将也木勒白羊INHα亚基基因与人、大猩猩、牛等动物的INHα亚基基因序列进行同源性比对分析,相似度都在50%以上,说明了抑制素基因具有高度保守性.用RT-PCR和Western blotting方法验证了INHα亚基基因的真核表达载体在BHK细胞中的成功表达及蛋白表达.     

基于线粒体基因组序列对羊蛔虫的种系发育分析

为了明确羊蛔虫的分类学地位,本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析,并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明,羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14 288bp,编码36个基因,包括12个蛋白质编码基因(cox1-3、nad1-6、nad4L、atp6和cytb)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区,其与人蛔虫和猪蛔虫的线粒体基因组核苷酸序列的相似性分别为98.7%和98.2%,种系发育树显示,羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫位于同一进化支,亲缘关系很近。这些研究结果提示羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫可能属于同一物种。本研究为羊蛔虫在分类、演化、分子流行病学和控制等方面的基础研究提供了基本数据。