小麦SRAP-PCR体系的正交设计优化

[目的]优化小麦SRAP-PCR技术体系。[方法]以小麦丰优68为试材,利用正交设计L16（4^5）对小麦SRAP．PCR反应体系中的5因素（细聚合酶、Mg^2、模板DNA、dNTPs、引物）在4个水平上进行优化试验。[结果]不同因素对小麦SRAP反应体系的影响为：Mg^2〉Taq聚合酶〉dNTPs〉模板DNA〉引物;优化的小麦SRAP—PCR体系为：在20山反应体系中,包括10×PCRBuffer2．0山、Mg^2 2．0mmol／L、砌聚合酶2．0U、dNTPs0．2mmol／L、模板DNA40ng、引物0．6μmolVL。[结论]该优化体系为小麦资源SRAP遗传分析奠定了技术基础。     

利用正交设计优化亚麻SRAP-PCR反应体系

为亚麻分子标记及分子育种提供可靠的理论依据,利用正交试验设计对亚麻SRAP-PCR反应体系中的4因素(模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度)在3个水平上进行正交优化,确立了适合亚麻SRAP-PCR反应的20μL体系:75ng模板DNA、0.75μmol.L-1引物、1.5mmol.L-1 Mg2+、0.40mmol.L-1dNTPs和1.5UTaqDNA聚合酶。     

利用正交设计优化桃SRAP-PCR反应体系

以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mg2+、Taq酶、dNTP、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP反应体系进行优化,建立了适合于桃的SRAP-PCR优化反应体系,该25μL反应体系:模板DNA50 ng,MgCl22.5 mmol/L,dNTP200μmol/L,上下引物各0.4μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,以灭菌双蒸水补齐至25μL。PCR反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,50℃复性1 min,72℃延伸1 min,35个循环,72℃延伸10 min。     

正交设计优化芒果SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以芒果基因组DNA为模板,采用正交试验对模板DNA含量、引物浓度、2×Taq PCR Master Mix含量进行3因素5水平正交试验优化。结果表明,相关序列扩增多态性PCR(sequence related amplified polymorphism,SRAPPCR)最佳反应体系为:30 ng模板DNA、0.3μmol/L引物、10μL 2×Taq PCR Master Mix,总体积为25μL。运用该体系对10份芒果种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36对引物组合。     

正交设计优化秋海棠属植物SRAP-PCR反应体系及引物筛选

相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymophism,SRAP)是2001年由Li和Quiros开发的一种基于PCR的新型分子标记技术[1].与RAPD、AFLP、SSR等标记方法相比,SRAP具有简单、高效、高共显性、重复性好、易测序等优点,已经用于许多植物的种子纯度检测、杂种鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱及遗传连锁图的构建等[2-8].     

麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化

采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

用正交设计法优化臭椿SRAP-PCR反应体系

[目的]确定臭椿SRAP-PCR反应条件,为进一步研究臭椿SRAP分子标记提供依据。[方法]以新疆吐鲁番3号和江西臭椿叶片DNA为材料,利用引物组合EM1-EM8进行SRAP-PCR反应的L16(45)正交试验,建立了臭椿SRAP-PCR反应体系,新复极差法对体系进行方差分析,并对体系的稳定性进行检测。[结果]确定臭椿SRAP-PCR反应体系为:模板DNA 2.5 ng/μl、Mg2+1.75 mmol/μl、dNTPs0.3 mmol/μl、Taq酶0.3 U/μl、引物0.6μmol/μl、10×PCR Buffer 2.5μl;该体系稳定,适用于臭椿的SRAP反应。[结论]该试验优化的SRAP反应体系,将为臭椿种质资源多样性评价、分子标记,以及遗传连锁图谱构建奠定基础。     

人参SRAP-PCR体系优化条件的建立（摘要）

[目的]研究人参基因组SRAP-PCR的扩增条件,建立其优化扩增体系。[方法]采用单因子实验方法探讨模板DNA、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2＋浓度等因素对PCR结果的影响。[结果]优化后的扩增程序为：94℃预变性2min;94℃变性30s,48℃复性30s,72℃延伸1min,共40次循环;72℃延伸7min。最佳反应体系为：DNA模板30ng,上下游引物浓度2.0μmol/L,dNTP浓度0.3mmol/L,Mg^2＋2.5mmol/L,总体积25μl。[结论]建立了满足人参SRAP-PCR的优化扩增体系,为人参亲缘关系和遗传多样性SRAP分析提供快速、简便、重复性好的实验方法。     

正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据.     

梨SRAP体系的正交优化研究

SRAP是一种基于PCR的新型分子标记,本试验利用正交试验设计对梨SRAP—PCR反应体系中的Mg^2＋、dNTPs、Taq DNA聚合酶、模板DNA、引物5个组分浓度进行优化。确定优化的反应体系为：Mg^2＋浓度2．4mmol／L,dNTPs 200μmol／L,Taq DNA聚合酶1U,模板DNA 80ng,引物浓度0．2μmol／L,反应总体积25μl,同时对该优化体系的稳定性及在梨种间的多态性进行了检测。     

正交设计优化日本落叶松SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对日本落叶松SRAP-PCR反应体系的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度五因素在四个水平上进行优化试验,PCR结果采用统计软件SPSS13.0进行分析,结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中模板DNA影响最大;筛选得到日本落叶松SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为模板DNA浓度为120ng·20μL-1,dNTPs的浓度为0.15mmol·L-1,引物浓度为0.3μmol·L-1,Mg2+浓度为1.5mmol·L-1,Taq酶浓度为0.SU·2μL-1.这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对日本落叶松遗传多样性的研究奠定基础.     

暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化

以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20 μL的PCR体系中含有Mg2+ 1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2 μmol·L-1.利用30个暗纹东方纯样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠.     

苍耳SRAP-PCR体系优化设计方案比较

采用正交设计和均匀设计对苍耳SRAP-PCR反应体系进行优化,并对2种设计方案优化出的最佳反应体系的可靠性和稳定性进行比较,结果表明:2种设计均可用于苍耳SRAP-PCR体系的优化,但与正交设计相比较,均匀设计可以使试验次数大大减少,避免盲目性,在多因素多水平条件下,快速得到条带清晰、稳定性好的最优SRAP-PCR体系.通过试验比较筛选出苍耳的SRAP-PCR最佳反应体系为:2.5μL 10×PCRbuffer,30 ng模板DNA,Mg2+2.5 mmol/L,dNTP 1.5 mmol/L,引物0.3μmol/L,Taq DNA聚合酶1U,总体积25μL.     

牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

利用正交设计优化芦笋SRAP反应体系

以芦笋（Asparagus offinalis L．）为材料,对影响SRAP—PCR扩增结果的因素dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2＋、引物、模板DNA进行了正交优化设计的研究。结果表明,适合芦笋SRAP—vcR析的最佳反应体系：20μL的反应体积中包括0．2mmol／LdNTPs0．4gL;1UTaqDNA酶1．0gL;1．5mmol／LMg2 1．2μg;上下引物各30ng,每个引物O．5此;60ng模板DNA1．1.0μL;10Buffer2．0凼无菌双蒸水13．4此。为今后利用SRAP标记技术研究芦笋的遗传多样性奠定基础。     

大白菜SRAP-PCR反应体系的优化

对大白菜DNA的SRAP-PCR扩增体系进行优化,为大白菜抗软腐病基因图谱的构建和分子标记奠定基础。以大白菜基因组DNA为模板,对PCR反应体系的各影响因子进行梯度试验,筛选可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳体系。该体系(25μL)为:Mg2+3.0 mmol·L-1、dNTPs 0.3 mmol·L-1、Taq酶1.5 U、引物0.2μmol·L-1、模板DNA 60 ng。该体系能很好地满足大白菜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于大白菜遗传研究是可行的。     

利用正交设计优化芦笋SRAP反应体系

以芦笋(Asparagus officinalis L.)为材料,对影响SRAP-PCR扩增结果的因素dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2+、引物、模板DNA进行了正交优化设计的研究。结果表明,适合芦笋SRAP-PCR分析的最佳反应体系:20μL的反应体积中包括0.2mmol/LdNTPs0.4μL;1UTaqDNA酶1.0μL;1.5mmol/LMg2+1.2μL;上下引物各30ng,每个引物0.5μL;60ng模板DNA1.0μL;10×Buffer2.0μL;无菌双蒸水13.4μL。为今后利用SRAP标记技术研究芦笋的遗传多样性奠定基础。     

正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究

以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对.     

籽粒苋SRAP-PCR反应体系的确立与优化

以籽粒苋叶片为材料,采用L9（4^5）正交设计方法,对sRAP—PCR反应体系中的Mg^2＋、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物浓度和DNA用量等5因素进行了筛选。建立了适于籽粒苋的SRAP—PCR最佳反应体系。籽粒苋的SRAP—PCR最佳反应体系为：反应总体积为10μL．2．0mlil01·L^-1 Mg^2＋、300μmol·L^-1 dNTPs、0．5UTaqDNA聚合酶、4μmol·L^-1上下游引物、50ngDNA及10xPCRbuffer;各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为：Mg^2＋、dNTPs、模板DNA、TaqDNA聚合酶、引物。     

花生SRAP-PCR技术体系的优化

对花生基因组DNA的SRAP-PCR体系中MgCl2、dNTP、Taq和引物浓度进行了优化,结果表明,反应体系各因子适宜浓度为MgCl22.500~3.250 mmol/L,dNTP 0.1875~0.2500 mmol/L,引物130 ng,Taq酶2 U(反应体系20μl)。