石榴品种SSR指纹图谱构建及杂种父本鉴定

以枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的168个石榴品种为材料，利用SSR分子标记技术构建了石榴品种资源指纹图谱，并基于指纹图谱信息，应用最大似然值法(LOD)对品种‘秋艳’和‘会理青皮软籽’的自然授粉实生苗进行了杂种筛选及父本初步鉴定。22对SSR引物从168个石榴品种样品中共扩增到76个等位标记位点，其中多态性位点58个，多态性为76.3%。平均等位位点数(N_a)、有效等位位点数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)分别为3.455、2.269、0.362、0.538,Shannon’s信息指数(I)平均值为0.897，多态性信息含量(PIC)介于0.330～0.692之间，平均PIC值为0.462。利用22对SSR引物可将166个石榴品种区分开，另有‘大满天红甜’和‘小满天红甜’2个品种未有效区分，有同物异名的可能；在此基础上构建了166个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码。基于指纹图谱信息，利用SSR标记从‘秋艳’的30个自然授粉子代实生苗中筛选到1个真杂种Q-1，疑似父本为‘峄城丰...     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

新疆哈密瓜永久遗传图谱构建及比较分析

 新疆哈密瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. ameri ( Pang. ) Greb. 〕是我国特有的栽培甜瓜种质资源, 具有不同于网纹甜瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. cantalupa ( Pang. ) Greb. 〕的独立遗传背景。以新疆哈密瓜和网纹甜瓜为亲本构建F₂ S₆作图群体, 采用SSR标记技术获得同时具有哈密瓜和网纹甜瓜遗传背景的永久遗传图谱。图谱由22个连锁群组成, 包括201个SSR标记, 1个白粉病抗性基因标记, 覆盖基因组长度977.153 cM, 标记间的平均距离4.837 cM。本图谱中的17个连锁群与Fernandez- Silva 等构建的网纹甜瓜遗传背景图谱具有线性关系, 两张图谱共有46个相同SSR标记。     

不同栽培地芍药品种资源遗传多样性的SSR分析比较

依据33对SSR荧光引物的扩增结果，从遗传变异和遗传距离角度对中国4个主要栽培区的386个观赏芍药品种的遗传多样性进行评价。结果显示：(1)中国观赏芍药品种资源具有较高遗传多样性，所用SSR引物的多态信息含量(PIC)值介于0.62～0.84，平均观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)为0.73、0.78，香农信息指数(I)介于1.35～2.08。(2)各栽培地芍药品种的遗传多样性从高到低依次为山东菏泽、河南洛阳、江苏扬州和甘肃临洮。(3)方差分析显示变异主要来自栽培地内个体间，不同栽培地品种遗传分化系数(FST)为0.031，基因流(Nm)为7.795。(4)各栽培地品种间的遗传距离介于0.032～0.123，遗传一致性介于0.884～0.969；主坐标分析和聚类结果显示品种遗传分化情况与栽培地不完全相关。研究表明，中国观赏芍药品种遗传信息丰富，但4个栽培地间遗传分化小，各栽培地间的基因交流强。     

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

中国石榴居群遗传结构的ISSR分析

为了更有效地保护、利用石榴种质资源,采用PopGen32软件,利用ISSR标记对中国7个石榴主产区46个石榴品种进行了研究分析。结果表明:7个石榴种群遗传多样性依次为:山东种群>陕西种群>云南种群>河南种群>安徽种群>四川种群>新疆种群;7个种群间的基因分化系数(Gst)为0.1911,表明分布在种群间的遗传变异占总遗传变异的19.11%,种群内遗传变异占81.89%,种群间表现出低水平的遗传分化;群间基因流的估测值(Nm)为2.1169,种群间的遗传相似性(I)变化范围为0.9218～0.9759,表明种群间存在较强的基因流,遗传相似性很高,石榴品种间的遗传多样性能够得以维持。     

利用SSR荧光标记构建七十二个莲属荷花品种指纹图谱

以72个荷花品种为试材,采用荧光标记SSR结合毛细管电泳的方法,研究了不同荷花品种的遗传多样性,并构建了指纹图谱,以期为荷花种质资源的收集和分类鉴定提供依据。结果表明:利用9对SSR荧光引物,通过毛细管电泳技术对72个荷花品种进行检测,共检测到51个多态位点,多态位点数平均为5.67;多态性信息含量PIC值变化范围为0.34～0.76,平均值为0.56。利用其中6对引物CL04、SSR449、SSR412、CL01、CL16和CL10可区分72份供试品种。利用引物扩增带型组合法,构建了72个荷花品种的指纹图谱并进行聚类分析,在遗传相似系数0.535处供试荷花材料可分为三大类群。该研究结果可为荷花种质资源鉴定和分子育种提供参考依据。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

珙桐遗传多样性的AFLP 分析

 采用7对AFLP引物对中国珍稀濒危植物珙桐（Davidia involucrata Baill.）的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行扩增,共检测到100 ~ 500 bp的位点506个,其中多态性位点488个,多态性位点百分率96.44%;各居群多态位点百分率为52.77% ~ 79.25%,平均为67.00%。在物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性H_s = 0.3429,Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.5107。而居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.2229 ~ 0.3389,各居群的平均Nei’s基因多样性H_s = 0.2748,各居群Shannon’s遗传多样性信息指数（I）介于0.3219 ~ 0.4877,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.3995。居群间基因间分化度（G_st）为21.60%,基因流N_m为1.8。说明珙桐的遗传多样性较高,这8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。在珙桐与其变种光叶珙桐之间未找到差异标记。     

基于SRAP 分子标记的安祖花遗传连锁图谱的构建

 以安祖花（Anthurium andraeanum）抗逆性较强的品种‘Pink Champion’为母本,主栽品种‘Dakota’为父本,杂交得到F₁代,从该杂种F₁代中随机选出94个单株为作图群体,利用SRAP分子标记技术并运用JoinMap4.0^®软件的CP作图模型构建了遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组长1 689.5 cM,共254个标记,定位于19个连锁群上,标记间平均距离为6.65 cM。各连锁群长度在7.6 ~ 187.2 cM范围内,每个连锁群包含3 ~ 43个标记。     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

SSR标记在果树遗传育种中的应用

每个SSR序列的基本重复单元次数在不同基因型间的差异,从而形成其座位的多态性.SSR技术在果树育种中,主要应用在构建遗传图谱、DNA指纹图谱的建立种质资源的遗传多样性等.本文主要简述了SSR标志的原理和特点,并从亲缘关系和遗传多样性、遗传连锁图谱构建及基因定位、DNA指纹和品种鉴定、分子标记辅助育种等方面介绍了近年来SSR技术作为一种新的DNA分子标记技术在果树上的应用现状及前景.     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

29个梨品种SSR特征指纹数据表的构建

【目的】为便于果树种质区分鉴定,资源交换、管理和利用,新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试,以29个梨品种SSR指纹数据作为基础数据,演示了一种二倍体果树品种SSR特征指纹数据表的构建方法。【方法】经过SSR位点基因型数目统计,SSR位点排序,供试品种排序区分和数据标示,表格优化等数据整合处理步骤,构建了29个梨品种SSR特征指纹数据表。【结果】12对SSR引物中,CH04h02和NAUpy65d 2对引物能将供试的29个梨品种全部区分开,可作为鉴定这29个梨品种时的核心引物加以利用。【结论】该方法简便易行,特征指纹数据表数据信息展示全面直观,品种区分关系一目了然,便于交流共享和指纹图谱数据库共建。     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

SSR标记在植物种质资源鉴定的应用进展

简单重复序列标记(Simple Sequence Repeat,SSR)是一种基于串联重复序列两侧的保守序列设计引物进行PCR扩增,电泳分析扩增产物长度多态性的分子标记。该标记重复性好、多态性丰富、通用性高,近年来在植物种质资源鉴定方面的应用深入而广泛。本研究综述了SSR标记在遗传多样性与亲缘关系评价、品种鉴定与纯度分析、遗传连锁图谱及指纹图谱构建等方面的应用进展,以期为SSR分子标记进一步的研究与应用提供参考。     

核用银杏品种遗传关系的AFLP分析

采用AFLP技术对34份核用银杏品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：8对AFLP引物组合共扩增出1 337条谱带,多态带百分率为99.63%;品种间的遗传相似系数在0.2915 ~ 0.6812之间,平均值为0.4911;在相似系数为0.50时供试品种可分为4大类;依据AFLP结果建立了核用银杏品种指纹图谱。核用银杏4个类型的Nei’s遗传多样性指数范围为0.1392 ~ 0.2014,总体为0.2112,Shannon’s信息指数范围为0.2138 ~ 0.3165,总体为0.3417;4个类型品种间的遗传分化系数为0.0871,基因流为5.4230。结合特异位点、相似系数、聚类结果等筛选出8份核用银杏优质品种。     

基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究

【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记，分析其遗传变异，了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构，为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料，利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上，进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据，平均Q₃₀值94.99%，包含172 513个多态性SLAF标签，筛选到高质量SNP标记4 133 595个，均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系，反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著，供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生，但野生种到栽培种存在单向的基因流；栽培品种类群存在明显的亚群结构，亚群间存在普遍的基因交流；半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类，矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品...     

利用SSR技术对十七份枸杞材料进行遗传多样性分析及标准指纹图谱构建

以17个枸杞资源为试材,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)技术,研究宁夏枸杞系列品种和其它枸杞种/品种及野生类型的遗传多样性和指纹图谱。结果表明:以15对SSR引物对17份枸杞种质扩增获得109个位点,其中91个多态性位点,多态性比例83.4%;17个种质平均多样性指数H为0.1943,Shannon信息指数I为0.3108;10个宁夏枸杞栽培品种的Nei’s多样性指数H为0.0962,Shannon信息指数I为0.1537;7个野生种质的Nei’s多样性指数H为0.2004,Shannon信息指数I为0.3130,说明非栽培枸杞的多样性比栽培品种的多样性更丰富。以其中4对引物构建了17个枸杞种质的DNA指纹图谱。该研究结果为枸杞品种鉴定、遗传图谱构建等奠定了技术基础。     

梨果实相关性状QTL定位分析

以‘红茄梨’（Pyrus communis L.‘Red Clapp Favorite’）和‘晚秀梨’（P. pyrifolia Nakai‘Mansoo’）杂交F₁代中已结果的81株单株为试材,利用81株单株的SSR分型数据进行连锁分析,构建了包含187个SSR标记,分布在18个连锁群上的遗传连锁图谱。图谱总长964.82 cM,标记平均间距5.16 cM,与之前利用该群体165株单株为材料构建的双亲整合图谱比较,86.59%的标记在连锁群中的排列顺序一致。利用MapQTL5.0软件,对果实表型性状进行QTL定位和分析,最终检测到与果实单果质量、纵径和横径连锁的4个QTL位点,都位于LG11,离最近分子标记的遗传距离为1.00 ~ 2.00 cM。进一步对检测出的果实大小QTL位点距离最近的标记基因型与表型比对分析,发现其符合度在72.5% ~ 82.5%。