基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据。利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较。结果表明:(1) 12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678。(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源。由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性。     

基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据。利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较。结果表明:(1) 12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678。(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源。由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性。     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

169份辣椒种质资源的遗传多样性分析

基于辣椒全基因组编码区序列设计覆盖辣椒12条染色体的152对SSR引物,经过不同材料的筛选,从中挑选出条带清晰、多态性好、稳定性好的17对SSR引物,利用其对来源不同的169份辣椒材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE32和Phylip软件分析试验数据。结果表明:17对SSR引物共扩增出46个多态性位点,平均每对引物扩增出2.71个位点。等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、香农指数(I)和多态信息含量(PIC)的均值分别为2.176 5、1.629 1、0.360 2、0.834 7、0.549 6、0.310 6,表明辣椒遗传信息非常丰富。利用UPGMA方法对169份辣椒材料进行聚类分析,结果将材料聚为7类。     

基于SSR分子标记的油棕遗传多样性分析

[目的]应用SSR分子标记对8个油棕品种进行遗传结构及多样性分析,以期通过分析具有高杂合度油棕品种的遗传结构来辅助育种.[方法]利用SSR分子标记及PCR银染显色技术筛选多态性引物,分析8个油棕品种的等位基因频率(P)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He),计算每个转座子的平均等位基因(Na)、每个多态转座子的平均等位基因数(Na/pl)及有效等位基因数(Ne),计算固定指数(Fis)和F-统计量值(Fit和Fst),并基于遗传距离对8个油棕品种进行聚类分析.[结果]开发出27对多态性SSR引物,从中选取15对结果较好的多态性引物对油棕大样本进行检测,挖掘出57个等位基因(Na),平均每个转座子的Na为3.8个,表明8个油棕品种的遗传变异较明显.平均有效等位基因数(Na)和期望杂合度(He)分别为0.6248和0.5902.此外,发现一个高水平的种群分化,F-统计量值(Fst)变化范围为0.1029~0.6010,平均为0.3664.利用多态性SSR分析8个油棕品种的遗传距离,结果发现品种1和品种3的遗传距离最远(1.674),品种3和品种5的遗传距离最近(0.065).[结论]8个油棕品种的多态性相对丰富,物种间杂交程度较小,物种亲缘关系较远,遗传多样性良好.     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

基于SSR分子标记的68份柚类种质资源亲缘关系分析

[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选.     

杭白芷种质资源遗传多样性的SSR分析

[目的]分析杭白芷种质资源的遗传多样性,为其可持续利用及品种选育研究提供理论依据.[方法]从已发表的18对白芷同属植物当归(Angelica sinensis)SSR引物中,筛选出6对具有较高多态性的引物,对3个杭白芷种群[KZ (昆明)、NZ(南京)和XY(咸阳)]的53份种质材料进行PCR扩增,根据其基因型数据,分别采用Genepop 4.0、GenALEx 6.4.1和Structure 2.2进行遗传多样性、遗传差异及聚类分析.[结果]6个SSR位点共扩增出37.0个等位基因,平均每个位点的等位基因数(Na)6.2个、有效等位基因数(Ne)1.798个,Shanon信息指数(I)1.802,观测杂合度(Ho)0.245,期望杂合度(He)0.304,基因流(Nm)为1.340.3个种群的遗传多样性存在一定差异,其中KZ种群遗传多样性最高(Na 3.8个,Ho 0.481,He 0.508).3个杭白芷种群可聚类分成两组,KZ种群独成一组,NZ种群和XY种群聚为一组,表明XY种群与NZ种群亲缘关系较近.XY种群与NZ种群间的遗传分化指数(FST)较低(0.208),表明二者遗传分化程度较低,遗传差异较小;KZ种群与NZ种群和XY种群间的FST均较高(0.510和0.506),表明KZ种群与NZ种群和XY种群遗传分化程度较高,遗传差异较大.[结论]同属不同种的SSR引物具有一定通用性.不同来源地的杭白芷种群间存在一定程度的遗传分化,但总体遗传多样性较低,应加大力度寻找其近缘野生资源,保障白芷种质资源的可持续利用.     

应用微卫星标记分析一个日本锦鲤人工养殖群体的遗传多样性

采用12对微卫星引物,对一个日本锦鲤(Japanese koi)人工养殖群体的遗传多样性进行了检测.结果表明:该日本锦鲤群体在12个微卫星位点的平均等位基因数(Na)为4.916;群体的平均观测杂合度(Ho)为0.177 8;平均期望杂合度(He)为0.636 6;平均多态信息含量为0.554 9,表明其遗传多样性呈中等水平.     

刺葡萄的物候期观察及扦插生根特性

以16个不同类型的刺葡萄(12个引自湖南,1个引自福建,3个引自江西)为试材,以华东葡萄(CK1)、腺枝葡萄(CK2)为双对照,进行物候期、农艺性状观察以及扦插试验。结果表明:16份不同类型的刺葡萄的物候期各不相同,除福建刺葡萄的果实着色期(07?18)比CK1的果实着色期(07?15)略晚,各类型刺葡萄的其他物候期均比对照(CK1和CK2)早,其中湖南浏阳刺葡萄雄株的萌芽期、新梢生长始期、花蕾分离期、盛花期和落叶期最早,各刺葡萄类型的生理落果始期、终期以及果实变软期相差不大;不同的刺葡萄类型的农艺性状没有明显的区别,叶片均为心形,单叶,浅裂或全缘,卷须着生不规则,花序呈圆锥形,嫩梢为黄绿或浅紫色,新梢呈褐色。扦插试验结果表明,江西–9刺葡萄的各项相关指标较好,其扦插成活率为38.67%,平均生根条数为5.9,平均根粗为4.57 mm。     

广西邕宁普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)种群遗传多样性及核心种质构建研究

[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用     

利用SSR分子标记研究苦瓜资源的遗传多样性

【目的】研究苦瓜育种资源的亲缘关系和遗传多样性,为苦瓜品种的创新和选育提供理论依据。【方法】利用16对SSR引物、SSR分子标记技术对50个苦瓜基因组进行遗传多样性和聚类分析。【结果】16对苦瓜SSR引物共扩增出90条等位基因,多态性位点百分率P、基因杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）、Shannon-Wiener指数（H’）、多态信息含量（PIC）和遗传相似系数的均值分别为：97.78%、0.853、7.728、2.087、0.834和0.706。UPGMA聚类分析可将50份苦瓜聚为6大类,第2类包括18份材料、2个亚类组成的遗传多样性,是最为丰富、数量最大的一个群体,包含了3种类型的苦瓜。【结论】50份苦瓜材料的基因组遗传较为复杂,遗传信息较为丰富,采用定向连续性选育对苦瓜性状的累积具有重要作用。     

山葡萄核心种质初步构建

采用扩增稳定且谱带清晰的18对SSR引物,对360份山葡萄资源进行遗传多样性分析.用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的5个核心样本群的等位基因数、等位基因频率、有效等位基因数、Nei's 遗传多样性和Shannor's信息指数等参数,最终选择了79个样本组成的样本群作为核心种质.用DPS软件对初始种质和核心种质...     

基于高通量测序的福安刺葡萄基因组初步研究

为进一步了解福建福安刺葡萄的遗传背景,寻找刺葡萄与欧亚种葡萄之间的遗传差异,本研究基于高通量测序技术展开对福安刺葡萄基因组的分析,共得到测序数据8.4Gb,鉴定出3 192 484处非冗余遗传差异。差异位点分布位置结果显示,30.34%的差异位于基因间区,3.67%的差异位于基因外显子区。通过对比葡萄参考基因组序列,共鉴定出刺葡萄基因组上存在1 863 237个同源SNP、1 244 590个异源SNP位点,表明本次测序所用的福安刺葡萄有可能是异源二倍体。     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

应用微卫星标记分析云南、西藏4个地方特色鸡种的遗传多样性

利用18对微卫星引物测定云南省、西藏自治区4个地方特色鸡种(‘藏鸡’、‘勐腊茶花鸡'、‘贡山土鸡'、‘武定鸡’)的遗传多样性,对等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数进行了统计分析,并依据Nei氏DA遗传距离,采用NJ法和UPGMA法构建了系统聚类树.结果表明:18个微卫星座...     

利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性

【目的】从分子水平研究国内外黍稷种质资源的遗传多样性差异,为黍稷种质资源的研究、保护和利用提供依据。【方法】用不同地理来源且性状差异显著的6份黍稷种质资源对来自高通量测序技术开发的黍稷基因组SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰,稳定性好的63对SSR黍稷基因组引物,利用这63对SSR多态性引物对来自国内外的192份黍稷地方品种和野生种质进行遗传多样性分析。统计各试材在同一引物中的条带情况,并以此来分析试材的遗传多样性与所在群体间的亲缘关系。【结果】63对SSR引物共检测出161个等位变异位点,平均每个SSR位点2.56个;平均Shannon-Weaver指数(I)为0.6275,平均基因多样度(Nei)为0.3874,平均PIC值为0.4855。10个不同地理来源群体间表现出显著的遗传多样性差异,各群体的有效等位变异变化范围较窄,最小的是南方群体,为1.2407±0.4315;最大的是内蒙古高原群体,为1.8846±0.4892。国内群体Shannon-Weaver指数为内蒙古高原东北地区黄土高原西北地区南方地区,而国外Shannon-Weaver指数排序依次为前苏联欧洲蒙古印度美国。从Nei’s基因杂合度分析,观察杂合度(Ho)最小的是印度群体,为0.2372±0.2962,最大的是内蒙古高原群体,为0.3966±0.3250。期望杂合度(He)最小的是美国群体,为0.3114±0.2203;最大的是内蒙古高原群体,为0.4622±0.1862。从国外种、国内栽培种和国内野生种3个大群体来看,野生种质资源有效等位基因数(1.9285±0.5101)、Shannon-Weaver指数(0.6948±0.2852)、Nei基因多样性指数(0.4373±0.1773)远大于国外种和国内栽培种。而对国内外两大群体而言,国内资源的有效等位基因数(1.8145±0.4519)、Shannon-Weaver指数(0.6657±0.2413)和Nei基因多样性指数(0.412±0.1574)均大于国外资源(1.6862±0.4527、0.5897±0.2469、0.3652±0.1655)。UPGMA聚类分析结果显示,10个地理群聚为三大类,内蒙古高原地区、黄土高原地区、东北地区、西北地区、蒙古地区聚为一类,前苏联、美国、印度、欧洲地区聚为一类,南方地区单独聚为一类。其中,来自东北黑龙江齐齐哈尔的泰来小野糜(34号)在截距0.37处被独立分为一支,来自甘肃的野黍子(19号)在截距0.34处被分为独立个体,表明这两个材料与其他材料遗传差异较大。但从整体遗传多样性上来看192份材料国内外群体遗传分化不明显,群体间的亲缘关系较近,且不同群体间材料存在着互相渗透。【结论】内蒙地区、东北地区、黄土高原地区种质资源遗传多样性最丰富,是遗传关系最为复杂的地区,进一步印证了中国是黍稷起源的中心。