犬瘟热病毒h基因克隆测序与原核表达

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒h基因序列设计一对引物,利用RT-PCR方法扩增出犬瘟热病毒弱毒疫苗株的h基因,将其插入到克隆载体pMD18-T中,经蓝白斑筛选及SalⅠ和XhoⅠ双酶切鉴定挑出阳性克隆进行序列测定,序列分析结果表明,该基因与GenBank上标准代表毒株序列完全同源;与扬州分离株、长春分离株、新疆分离株、日本分离株D85755同源性分别为90.6%、91.3%、90.5%、91%;与Onderstepoort、Convac株、美国分离株98-2666-2同源性较高,分别为97.7%、97.2%、98.1%。再将其定向克隆于原核表达载体pET-32a(+)中,转化感受态E.coli BL21细胞,经IPTG诱导表达分子质量约64 ku的重组H蛋白。     

犬瘟热病毒贵州分离株N基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株N蛋白基因序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的N基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株N基因的ORF全长1572 bp,其编码氨基酸序列与国外Shuskiy株和01-2689株的同源性分别为98.9%和97.1%,与部分国内分离株同源性在95%以上,说明N蛋白是保守性较强的结构蛋白。     

犬瘟热病毒贵州株(CDV-GZ1)F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株融合蛋白基因(F)序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的F基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株F基因的ORF全长1989 bp,氨基酸序列中具有5个潜在N-糖基化位点,氨基酸同源性与美国00-2601株和国内HL株较高,分别为91.6%和91.1%,表明该分离株与00-2601株和HL株具有较近的亲缘关系。     

胞外区基因的克隆、可溶性表达和纯化

 从鸡脾脏中提取总 RNA,以总RNA为模板,5’-ATC TAG AGG TAC CGG ATC C-(T)₁₅-3’为反转录引物,采用TaKaRa AMV反转录酶合成First-strand cDNA (fcDNA)。根据GenBank中登录的鸡的BF2基因胞外区序列,设计了含EcoRⅠ和 HindⅢ 酶切位点的2对引物,分别扩增鸡BF2的胞外区基因。PCR产物经纯化回收后,插入到含LacZ基因的原核克隆载体pGEM-T Easy中,转化至大肠杆菌JM109感受态细胞,经EcoRⅠ和Hind Ⅲ双酶切及PCR鉴定,筛选出阳性克隆。再把所克隆的片段亚克隆到表达载体pMAL-p2X vector,构建重组质粒p2X/BF2（1-5）。将重组表达质粒转化入大肠杆菌TB1感受态细胞,筛选阳性克隆,经IPTG诱导表达后,进行聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析。结果表明,本研究克隆了5类鸡BF2的胞外区基因序列,试验结果证明本研究已成功克隆并可溶性表达了5类BF2胞外区蛋白质分子,全长约807~819 bp,编码约269~273个氨基酸。采用淀粉树脂柱亲和层析和DEAE凝胶过滤方法对表达产物进行了纯化,并对纯化的表达产物进行了western blot鉴定。本研究为进一步利用BF2的胞外区在体外构建MHC Ⅰ类分子结合筛选抗原表位肽平台奠定了基础。     

基因重组山羊痘病毒的构建及鉴定

 将口蹄疫病毒（FMDV）衣壳蛋白前体P1-2A基因和蛋白酶3C基因与启动绿色荧光蛋白双向串连痘苗病毒启动子相连,以KpnⅠ为插入位点,将整体基因片段插入山羊痘病毒转移载体骨架pUC119-TK之中,构建共表达重组山羊痘病毒转移载体pTK-P7.5-GFP-P12A3C。与疫苗弱毒株山羊痘病毒共转染BHK21细胞,经绿色荧光筛选,RT-PCR检测,成功获得能正确表达目的蛋白的重组山羊痘病毒株vTK-3CP1-GFP。     

小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列的克隆及序列分析

本研究对军事兽医研究所病毒二室分离驯化后的小熊猫源犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)基因组进行全序列测定,并对其基因组特征及H基因遗传稳定性进行比较分析。根据GenBank公布的犬瘟热病毒全长基因组序列设计合成17对特异性引物,以小熊猫源犬瘟热病毒总RNA为模板,RT-PCR进行分段扩增,并克隆到pEASY-Blunt Simple载体中,经测序、拼接获得全长cDNA序列。结果显示,小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列与GenBank登录号分别为AF014953、AY445077、AY542312、AY466011、AY386316、AF164967、EU716337、EU726268、AY443350、AB474397、GU138403和AY649446的12个不同毒株全基因序列的同源性分别为86.6%、92.4%、92.5%、92.5%、94.3%、96.3%、95.9%、87.1%、94.5%、92.3%、87.4%和94.6%,与标准强毒株A75/17株(AF164967)的亲缘关系最近,全基因同源性达96.3%,但与疫苗株Onderstepoort(AF014953)亲缘关系相对较远,同源性为86.6%。小熊猫源犬瘟热病毒H基因与其他不同地区具有代表性的30株CDV进化树分析显示,小熊猫源犬瘟热病毒属于Asia Ⅰ型,H蛋白中309－311位氨基酸残基所形成的潜在糖基化位点,为疫苗株没有而野毒株所共有的,并且可能与病毒的免疫原性有关。因此,致弱的小熊猫源CDV在预防免疫的针对性上可能强于已有的疫苗株。     

犬瘟热病毒蓝狐株的分离鉴定

为了对狐犬瘟热的防治提供参考依据,试验通过观察接种分离病毒细胞的细胞病变(CPE)情况,结合反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、核苷酸序列同源性分析对从疑似犬瘟热死亡的蓝狐脾脏中分离出的病毒进行了鉴定。结果表明:该毒株可使培养细胞出现明显的细胞病变。提取感染细胞的总RNA进行RT-PCR,扩增出1 044 bp的融合蛋白基因片段,大小与预期值相符;分离毒株与GenBank中已发表的10株犬瘟热毒株核苷酸序列同源性为92.9%～97.1%,氨基酸序列同源性为96.3%～97.7%。说明分离株为犬瘟热病毒。     

猪瘟病毒山东惠民分离株E2基因的克隆及表达

从山东惠民某猪场病料中经RT-PCR扩增了猪瘟病毒（CSFV）E2基因,并将其克隆到pMD18-T载体。经序列测定,E2基因核苷酸序列长度为1 065bp,与GenBank中CSFV石门毒株（SHIMEN）、猪瘟兔化弱毒疫苗株（HCLV）、猪瘟ZJ7分离株E2基因核苷酸序列同源性分别为85.1%,84.2%,98.8%;氨基酸序列同源性分别为91.5%,91.5%,98.6%。将E2基因插入到大肠杆菌原核表达载体pGEX-KG,获得重组质粒pKG-E2,再转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导,受体菌能表达大小约为65 000的蛋白。Western blot显示表达的蛋白具有反应原性。     

犬瘟热病毒上海株N蛋白编码基因的克隆与序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒(canine distemper virus，CDV)核蛋白（N）基因序列，设计合成1对特异性引物，以CDV上海（SH）株的总RNA为模板，RT-PCR扩增N蛋白基因，并进行克隆与序列分析。结果显示：CDV SH株N蛋白基因序列与CDV TN株、 A75/17 株、2544/Han95株、98-2654 株、5804株、Onderstepoort疫苗株的同源性分别为98.9%、97.6%、96.7%、96.9%、96.6%、93.9%；编码氨基酸的同源性分别为99.0%、98.7%、98.1%、97.9%、97.9%、96.9%。推测N蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达

根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

犬瘟热病毒H基因的序列分析与表达

以临床疑似犬瘟热病犬外周血总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒(CDV)血凝素(H)基因。序列测定和分析表明该病料犬瘟热病毒H基因序列与国内其他地区分离到的毒株同源性较高(94.6%~99.2%),而与Onderstepoort株、Convac株等疫苗毒株的同源性较低(90.4%~91.2%)。分子遗传进化分析显示所有毒株可分为7个大的分支,且各分支间具有一定的地域性,其中待检病料中CDV与大多数中国分离株一样处于Ⅰ型。进一步以H全基因为模板,截短表达其3′端816 bp、459 bp两个片段,并克隆入原核表达载体pET30 a进行表达。结果显示它们分别能表达大小约为36.4 ku和22.2 ku的融合蛋白。免疫转印表明该纯化蛋白均可与犬瘟热病毒抗血清发生阳性反应,说明重组蛋白具备抗原性,可用于进一步的血清学研究。     

犬瘟热病毒贵州分离株H基因的克隆及其序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒Onderstepoort株序列设计特异性引物,以犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)RNA为模板,应用RT-PCR对病毒H蛋白编码基因进行了扩增、克隆及序列分析.测序结果表明,CDV-GZ1 H基因ORF由1 824 bp组成,可编码607个氨基酸;与已发表23株其它CDV H基因核苷...     

基因外显子2的克隆与序列分析

 本研究对高繁殖力的山羊品种济宁青山羊和低繁殖力的山羊品种内蒙古绒山羊共20只母羊的骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15, BMP15）基因第2外显子的扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明：BMP15基因第2外显子的第3对引物扩增片段存在多态。济宁青山羊与内蒙古绒山羊相比，其BMP15基因外显子2差异由2个核苷酸和2个氨基酸改变组成，核苷酸同源性为99%。济宁青山羊与鸡、小鼠、人、猪、牛、绵羊之间BMP15基因外显子2的核苷酸序列同源性为71%～99%，氨基酸序列同源性为43%～99%。     

水貂犬瘟热病毒分离鉴定及其H基因序列分析

为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%和97%~99%;WX-1型与国内犬源HL001株的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.6%和99.5%;WX2与疫苗株同属于一个分支,与疫苗毒Lederle株核苷酸和氨基酸序列同源性高达99.5%和98.8%。结果表明,水貂养殖场存在多株犬瘟热病毒混合感染的情况,提醒养殖场应注意防控,该结果也为犬瘟热病毒分子流行病学积累了资料。     

7株猪2型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

为了研究分离的猪圆环病毒2型基因序列,根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计1对引物,通过PCR方法从采自不同地区的7份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PM-WS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV2的ORF2基因,并将获得的ORF2基因片段分别克隆入pMD18-T载体,通过筛选获得重组质粒,分别命名为pMD-PCV2-HN01、pMD-PCV2-DY01、pMD-PCV2-HM01、pMD-PCV2-SDqd01、pMD-PCV2-SDqd02、pMD-PCV2-SDqd03、pMD-PCV2-PD01,并进行测序及序列分析。结果表明:HN01株ORF2基因全长为705 bp,另外6株ORF2基因全长均为702 bp;7株分离株的ORF2基因核苷酸序列同源性较高,为94.0%～99.9%,氨基酸序列同源性达93.6%以上;7株分离株与GenBank中登录的德国株和台湾株的核苷酸序列同源性较低,分别为91.7%～93.2%和89.0%～90.5%,而与丹麦、法国、中国株的核苷酸序列同源性较高,达94.0%以上,氨基酸序列同源性均达89.3%以上。     

IBRV内蒙古分离株NM06gE基因的克隆与序列分析

参考GenBank发表的牛疱疹病毒Ⅰ型全基因序列设计gE基因PCR扩增引物,以牛传染性鼻气管炎病毒内蒙古分离株NM06提取的DNA为模板,运用PCR的方法扩增gE基因,扩增产物经克隆、序列测定和拼接,结果表明:测定序列全长为2086 bp,包含gE基因1793 bp,其中有1728 bp组成的完整开放阅读框,编码576个氨基酸.将NM06株gE基因序列与GenBank发表的参考毒株核苷酸序列相比,与4株BHV-1病毒的同源性在99.3%～99.9%;与2株BHV-1.1型分离株同源性高达99.5%、99.6%;与BHV-1.2型分离株同源性为93.4%.从进化树中也可以看出:NM06株与BHV-1.1型分离株属于同一个进化分支,而BHV-1.2 BH83株属于另一个进化分支,可以推测IBRV NM06分离株属于BHV-1.1型.NM06株与牛疱疹病毒5型N569病毒的同源性为82.9%,与鹿疱疹病毒2型Norway4病毒的同源性为72.6%.     

鹅细小病毒QY分离株NS2基因的克隆及序列分析

参照GenBank中收录的鹅细小病毒(GPV)B株基因序列设计并合成了扩增广东清远分离株(QY株)NS2基因的一对引物,利用PCR技术扩增出来长约1.5kb的目的片断,将其克隆到PMD18-T载体上,筛选重组质粒并进行了序列测定及分析,测序结果表明,GPV分离株NS2基因由1356个核苷酸组成,编码451个氨基酸。经与B株、DN株、FS株进行同源性比较,核苷酸的同源性分别为99.1%、99%和99%;推导的氨基酸同源性分别为98.7%、98.7%和987%。     

鸭肝炎病毒A66株部分cDNA文库的构建与序列分析

本研究根据已发表的小核糖核酸病毒（picornavirus）核苷酸序列设计4对引物。以RNAiso Reagent试剂抽提含DHV A₆₆鸡胚尿囊液总RNA ，用TakaRa RNA PCR Kit（AMV）Ver3.0试剂盒进行RT-PCR扩增，将所得PCR产物回收并克隆于pMD18-T 载体、转化感受态细菌DH5а，利用氨苄青霉素筛选阳性克隆子, 经EcoRⅠ和SalⅠ双酶切鉴定重组质粒。取重组阳性质粒进行测序，测序结果与近期GenBank登录的3株Ⅰ型DHV核苷酸序列比对，结果显示与03D株、H株、5886株鸭肝炎病毒的核酸序列同源性分别为96.8%、96.3%、96.2%，表明成功构建了DHV A₆₆ 株部分cDNA文库。     

犬瘟热病毒上海分离株M蛋白编码基因的克隆与序列分析

本研究以犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)上海分离株的总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV M蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,RT PCR扩增M蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV上海分离株M蛋白基因序列与CDV A75/17 株、Onderstepoort疫苗株等其它7株的同源性在95%以上;编码氨基酸的同源性也高于97%。推测M蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。