Chelex-100法快速提取白粉菌基因组DNA及ITS2序列的克隆

[目的]建立快速提取及克隆白粉病菌基因组DNA的方法。[方法]以豌豆白粉菌分生孢子为材料,用Chlex-100法快速提取白粉菌基因组DNA,并以此为模板对内转录间隔区Ⅱ（ITS2）序列进行了巢式PCR扩增、克隆、测序及分析。[结果]Chlex-100法可高效的提取白粉病菌基因组DNA,适用于PCR扩增及相关分析。[结论]为快速有效地对白粉病资源进行大规模分子分类鉴定奠定了基础。     

中国白粉菌目分类学研究现状

鉴定和分析苦荞白粉病病原菌,并确定其在白粉菌系谱中的位置。

通过孢子形态观察、致病性测定及核糖体基因内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和核糖体大亚基(ribosomal large subunit,LSU)序列系统发育树分析对苦荞白粉病病原菌进行鉴定,并进行多序列比对和聚类分析。

苦荞白粉病病原菌鉴定为蓼白粉菌(Erysiphe polygoni);经ITS多序列比对和聚类分析发现该白粉菌(607 bp,MW494930.1)与甜荞上的白粉菌(E. polygoni,KP076437.1)相似性为100.00%,与大黄、酸模、蓼、竹节蓼、珊瑚藤等蓼科植物上的16个菌株ITS扩增片段相似性均高于98.83%;基于LSU序列扩增获得1条长度为910 bp的片段(OK490143),与酸模上的白粉菌(E. polygoni,MT361769.1)序列相似性为99.89%。

本研究将侵染苦荞的白粉菌鉴定为子囊菌门(Ascomycota)白粉菌目(Erysiphales)白粉菌属(Erysiphe)蓼白粉菌(E. polygoni)。研究结果可为苦荞白粉病的防治提供依据。

     

河南省几种白粉菌的ITS序列分析

采用改良CTAB法提取河南省5种植物白粉菌DNA,扩增其rDNA内转录间隔区(ITS)序列,并进行亲缘关系分析。结果表明:寄生于凤仙、豇豆和菊芋的叉丝单囊壳属白粉菌,其ITS序列聚在一支,遗传距离小,亲缘关系近;寄生在大叶黄杨上的冬青卫矛白粉菌和番茄上的新番茄粉孢菌,其ITS序列聚在另外一支。此分析结果与5种白粉菌的形态学分类结果相一致,说明ITS序列分析技术可以为病原菌的分类鉴定及系统发育等研究提供依据。     

内蒙古4种白粉菌的ITS序列分析

采用chelex-100法提取内蒙古地区4种白粉菌的基因组DNA,扩增其r DNA内转录间隔区序列ITS,连接载体测序,并基于ITS序列进行亲缘关系分析。结果表明,4种白粉菌形成3个进化距离较远的分支;寄生在豌豆和田旋花上的豌豆白粉菌和旋花白粉菌的ITS序列紧密聚在1支,其亲缘关系较近,同属白粉菌属;寄生在紫花苜蓿上的托罗斯内丝白粉菌和寄生在山桃上的三指单囊白粉菌各自成1支,与形态学分类结果相一致。ITS序列可用于内蒙古地区白粉菌分类鉴定研究。     

杨树白粉病病原菌鉴定

对河南商丘地区的毛白杨白粉病菌进行了形态学和分子生物学鉴定。显微观察该病原菌无性和有性世代特征,初步鉴定为杨球针壳白粉菌(Phyllactinia populi);对该病原菌r DNA内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和序列测定,该序列与Gen Bank中杨球针壳白粉菌的同源性为99%。     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

河南省商丘地区棉花枯萎病菌的分子鉴定与致病力

以河南省民权县花园镇棉花枯萎病病株为材料,采用连续稀释法和单孢分离法得到枯萎菌单孢菌株,对该菌株进行形态学和显微形态学分析。采用真菌通用引物对所分离的菌株r DNA内转录间隔区(ITS)PCR扩增得到544 bp大小的片段(Gen Bank登录号为FJ715505),BLASTn分析结果显示,该序列与其他枯萎菌的ITS序列具有很高的同源性,将该ITS序列与Gen Bank中搜索到的同源性序列构建系统进化树,确定商丘地区棉花枯萎菌为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),对该分离棉花枯萎菌菌株进一步进行致病力生物学鉴定。     

番茄白粉菌的PCR分子检测

根据番茄白粉菌核糖体DNA的ITS(internal transcribed spacer)序列的特异性,设计2对引物OidF1/R1、OidF2/R2,对番茄白粉菌进行了PCR特异性扩增试验。结果表明:2对引物都可以从番茄白粉菌基因组DNA中扩增出350 bp左右的特异性扩增产物,并具有专一性,只在白粉菌和接种感病组织DNA中有扩增条带,而番茄早疫病菌、叶霉菌以及健康组织DNA中均无特异性扩增片段;引物具有高度的灵敏度,可以检测含有1 ng的番茄白粉菌DNA。由此证明,该方法可快速、准确和灵敏地鉴定和检测番茄白粉病的发生。     

枸杞白粉病的病原菌鉴定

为了鉴定河南省商丘地区感染枸杞的白粉菌,采用形态学鉴定、致病性鉴定、分子生物学鉴定方法对该地区感染枸杞的白粉菌病原菌及系统进化关系进行研究。结果表明,分生孢子梗直立,大小为(82~172)μm×(10~25)μm,分生孢子串生,呈圆柱形、长椭圆形,大小为(20~36)μm×(10~18)μm,附着胞呈乳头形;病原菌接种叶片病症与自然状态一致,形成薄而边缘不明显的白色斑片;对其核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序获得594 bp序列(Gen Bank登录号:JX546296.1),经BLAST比对分析发现,该序列与ITS序列同源性100%;用MEGA5.1软件分析其与来自穆氏节丝壳(Arthrocladiella mougeotii)的AB022380.1、AF455748.1、AB329690.1、AF073358.1白粉菌的系统关系,结果表明,河南省商丘地区感染枸杞的白粉菌为穆氏节丝壳。     

百日菊白粉菌的分子检测与鉴定

对百日上的白粉菌进行分子生物学分析,采用试剂盒法提取病原菌总基因组DNA,PCR扩增其rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,简称ITS)的保守序列并测序,并通过Clustal与MEAG软件构建系统发育树推演系统进化关系,在分子水平鉴定该菌种并比较与其他白粉菌菌种的亲缘关系。结果表明,本研究测序的百日菊白粉菌BC180623的ITS序列与发生在土耳其菊芋上的Erysiphe cichoracearum(KF453969.1)相似度达到99%,与其具有比较近的亲缘关系。以百日菊白粉菌为研究对象,在分子水平鉴定该菌种并分析其进化亲缘关系为本试验的创新之处。     

鬼针草白粉病的病原菌鉴定

采用形态学鉴定、致病性鉴定和分子系统学鉴定方法对中国广东地区首次发现的鬼针草白粉病进行病原鉴定研究.结果表明,该病原菌分生孢子梗直立,圆柱形,没有分支,大小为100～160 μm×11～13 μm,包含1个足细胞,2～4个短细胞;分生孢子串生,圆柱形,大小为20～50 μm×10～20 μm(长/宽为1.25～3.0);病原菌接种叶片病症与自然状态一样,形成薄而边缘不明显的白色斑;对其核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行扩增、测序获得528 bp序列(GenBank登录号:KJ920100),经MECA 3.1软件分析,其与来自二孢白粉菌(Golovinomycescichoracearum)的KF453969序列聚为一枝,与其相似度达到99％.本研究表明,广州地区的鬼针草白粉菌为二孢白粉菌(G.cichoracearum).     

酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析

实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定.     

香蕉染病植株的病原真菌分离及分子鉴定

香蕉枯萎病是一种毁灭性真菌病害,对香蕉的种植和产业发展危害严重,其病原为尖孢镰孢菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f.sp.cubense).为了研究该病原菌的致病机理和香蕉的枯萎病抗性机制,对病原菌进行分离.通过组织分离法,分离纯化真菌菌株,提取真菌DNA、PCR扩增ITS序列、测序及生物信息学分析等手段,对病原菌进行分子鉴定,确定引起香蕉枯萎病的致病菌.结果分离得到了8个真菌菌株,提取了各菌株的DNA;PCR扩增了8个菌株的ITS序列,并测序和生物信息学分析,根据8个菌株的ITS序列,进行了序列的多重比较分析,建立了各个菌株的分子进化树.通过形态观察、ITS序列的分析及病原接种致病实验,确认1、7、8号菌株为尖孢镰刀菌,能引起香蕉发生枯萎病症状,是香蕉枯萎病的致病真菌.     

利用PCR-RFLP技术鉴别异尖线虫

应用PCR-RFLP技术对福建沿海海鱼中常见的简单异尖线虫、典型异尖线虫、对盲囊线虫和针蛔线虫幼虫进行鉴定.采用通用引物扩增上述4种异尖线虫幼虫的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列,对PCR产物进行回收、克隆和测序.根据序列分析结果,选用限制性内切酶HinfⅠ和RsaⅠ进行酶切,酶切产物经琼脂糖电泳分析.结果表明:同时使用HinfⅠ和RsaⅠ酶,可以将4种异尖线虫进行分类;应用特异性引物扩增这4种异尖线虫,获得了预期扩增片段.可见,根据4种线虫ITS序列建立的PCR-RFLP技术能够对这4种异尖线虫进行准确、特异和快速的鉴定.     

番木瓜棕榈疫霉核糖体DNA-ITS序列分析

采用真菌核糖体转录间隔区通用引物ITS1和ITS4,PCR扩增了2株分离自广州的番木瓜疫霉菌(Phytoph-thorasp.)的核糖体基因ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序.供试菌株C0506071、C0506072分别克隆出814 bp、830 bp的序列,两菌株ITS序列间的相似同源率为99.62%.将供试菌株的ITS序列与GenBank中登陆的20株疫霉菌株的ITS序列进行聚类分析,结果表明,供试菌株与GenBank注册的AF467093、AJ517463聚在同一分枝上,均为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora),其他不同的疫霉种聚在不同的分支上,系统学关系较远.这表明分离自广州的2株番木瓜疫霉菌为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora).     

棉花黄萎病菌ITS序列的获得及系统进化分析

为探明从河南安阳棉区分离的棉花黄萎病菌的系统进化关系,利用真菌内转录间隔区通用引物ITS1和ITS4对来自安阳地区的棉花黄萎病菌内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增,得到542bp大小的片段,经过克隆、测序和在GenBank中进行BLASTN分析,证明了该片段来自大丽轮枝菌的ITS区,也进一步证明该棉花黄萎病菌是大丽轮枝菌。同时,对该序列在NCBI的GenBank进行了登记,登记号为EU835817。利用该ITS序列与GenBank中搜索到的黄萎病菌ITS序列一起构建了相应黄萎病菌的系统进化树,在进化树上所搜索到的13个大丽轮枝菌都聚类到一个进化枝上,而且中国报道的植物黄萎病菌,包括安阳地区黄萎病菌在内的3个大丽轮枝菌在进化树上处于相邻的位置,表明:这3个菌可能具有相同的起源。这些结果有助于理解棉花黄萎病安阳菌株的进化地位,该ITS序列还可以应用于棉花黄萎病安阳菌株的特异分子鉴定。     

白粉菌重寄生真菌的分离鉴定

从采自陕西关中西部地区238份白粉病植株标样中分离出白粉菌重寄生真菌17个菌株,通过采用形态学鉴定和r DNA ITS分子鉴定相结合的方法,鉴定出白粉菌重寄生真菌3种,它们分别是Ampelomyces quisqualis、Ampelomyces humuli和Phoma glomerata。     

泾阳茯茶生产环境中冠突散囊菌多样性检测

为阐明陕西省泾阳县茯茶生产环境中冠突散囊菌是否为同一克隆系,分别从泾阳县2个代表不同生产方式的茯茶厂的不同生产工段采集原料茶叶、茯茶半成品及成品、生产环境涂抹拭子、空气沉降样和土壤等样品,采用平板划线和涂布法分离得到26株疑似冠突散囊菌,并对其进行分类鉴定。结果表明:基于菌落形态特征鉴定后,初步确定26株菌为"冠突散囊菌"。对26株"冠突散囊菌"26SrDNA D1/D2区及其内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer;ITS)序列进行PCR扩增、序列测定并提交基因库比对,使用Mega 6.0软件构建进化树分析鉴定后,确认得到的菌株均为冠突散囊菌,且菌株的26SrDNA D1/D2区及ITS序列均具有高度的同源性。研究初步阐明存在于陕西省泾阳县茯茶生产环境的冠突散囊菌相似度极高,为同一克隆系。     

利用ITS和SRAP分子标记对中国白灵菇和欧洲侧耳属菌株进行亲缘关系鉴定

为了评价白灵菇的分类地位,采用内转录间隔区(ITS)序列分析和相关序列扩增多态性(SRAP)两种分子标记技术,系统分析了包括中国白灵菇商业菌株和欧洲Pleurotus nebrodensis菌株在内的34株侧耳属菌株的DNA多态性.ITS序列分析结果显示:供试菌株的ITS序列变异不仅表现在碱基的变异,也表现在区域长度的变异.利用7对扩增条带清晰、多态性较丰富、稳定性较好的引物对34个供试菌株进行SRAP扩增,共得到420条条带,且均为多态性条带.ITS序列分析和SRAP分析结果均显示:白灵菇和Pleurotus nebrodensis具有很近的遗传关系.将ITS和SRAP两种标记联合使用能得到更好的结果.     

1株拟盘多毛孢菌的培养·纯化及其ITS区的克隆测序

[目的]为拟盘多毛孢菌分离、纯化及ITS区克隆测序相关研究提供依据。[方法]对鸡枞菌内生拟盘多毛孢菌进行分离、纯化,并通过形态学及分子生物学的方法进行鉴定,对其ITS区进行PCR扩增和克隆测序分析。[结果]形态学鉴定结果显示没有已报道的拟盘多毛孢菌与其相似,系统发育树结果也表明其属于一单独分支中。[结论]建立拟盘多毛孢菌的ITS序列数据库是十分必要的。