鸡传染性支气管炎病毒SD060311株和GD080122(肾型)株的全基因组序列分析

通过对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株SD060311和GD080122(肾型)的基因组进行RT-PCR扩增和基因序列测定,结果表明其基因组大小分别为27 788 nt和27 407 nt,与已报道的IBV全基因组序列大小不完全一致,但基因组编码基因的顺序与已报道的IBV一致,均为5′cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly (A)3 ′.与已报道的IBV毒株和火鸡冠状病毒进行比较,绘制系统进化树,结果显示,SD060311和GD080122(肾型)分离株自成一支,与中国分离株BJ株和A2株的亲缘关系最近.本研究不仅丰富了冠状病毒的生物信息数据库,且为进一步研究IBV致病机理和变异机制等奠定了基础.     

1日龄病死弱太行雏鸡病原菌的分离鉴定与病原菌传播途径初探

为了解1日龄太行雏鸡感染病原菌种类和传播途径,试验选取41只1日龄病弱雏鸡进行剖检观察病变;从肝脏等器官分离细菌,结合菌体形态、菌落特征和序列比对,对分离菌株进行鉴定;并对孵化厂蛋壳细菌污染和消毒情况进行调查。结果表明:病死弱雏鸡皮下呈胶冻样水肿,卵黄吸收不良,肝脏肿大,呈土黄色。肝脏窦状隙充满红细胞,肝细胞胞质疏松;肺泡管内有大量红细胞。共分离到细菌67株,分离率为78.80%(36/41),共感染率为46.34%(19/41)。鉴定出7种菌,其中大肠杆菌21株(31.34%)、粪肠球菌19株(28.36%)、志贺氏菌8株(11.94%)、阴沟肠杆菌5株(7.46%)、沙门氏杆菌3株(4.48%)、Pseudomonas psychrotolerans 2株(2.99%)、Massilia alkalitolerans 1株(1.49%),新发现的菌株8株(11.94%)。来自两个孵化厂的种蛋蛋壳粪肠球菌污染率为94%、66%,用甲醛或戊二醛熏蒸消毒后分别降为84%、0。在孵化后期,粪肠球菌可穿过蛋壳,渗入蛋内。说明1日龄太行鸡病死雏的感染涉及多种病原菌,但以大肠杆菌和粪肠球菌为主,细菌可能通过污染蛋壳渗入蛋内引起雏鸡感染。     

2009-2017年广西地区鸡传染性支气管炎流行病学调查

2009-2017年从广西地区采集了556份发病鸡群气管、肺脏以及肾脏样本,利用RT-PCR和基因测序等方法分离鉴定出64份鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)阳性样品,从检出率、发病日龄、季节、地域、症状和病变、与H120疫苗株的同源性等方面进行详细统计分析。结果显示:(1)2009-2017年间IBV检出率为11.5%,IBV单一感染检出率为35.9%,IBV混合感染检出率为64.1%,其中IBV与细菌混合感染率高达39.1%;(2)2～4周龄发病鸡群IBV检出率最高;(3)IB的高发阶段是当年的10月份到次年的4月份,具有明显的季节性;(4)广西14个地区中IBV检出率较高的地区分别为南宁市、钦州市、玉林市,检出率分别为14.7%、13.0%和9.9%;(5)IB症状和病变分别以呼吸道症状和肾脏肿大为主;(6)大部分IBV毒株(89.1%,57/64,)S1基因序列与H120疫苗株的相似性很低。本试验通过对广西地区近10年IBV流行病学调查,为今后广西防控IB提供科学依据,对国内其他地区制定有效的IB防控措施也具有重要的参考价值。     

63株IBV分离株M基因的遗传变异与系统进化分析

对1993－2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IBV的分子流行病学特点和分子遗传变异规律。结果显示,所测毒株M基因具有6种不同长度的开放阅读框,这些长度的差异是由于5'端的核苷酸插入或缺失造成的;N端含有1~2个N-糖基化位点,其中1个糖基化位点"Asn-Cys-Thr"(NCT)是高度保守的。63个IBV分离株间氨基酸序列相似性为88.9%~100%,分离株与参考株间相似性为87.2%~100%。系统进化分析结果显示,本研究的63个IBV分离株可分为9个基因型,2005－2010年IBV中国流行株大部分与Mass型疫苗株处于不同的基因型,而且氨基酸序列相似性都小于94%。     

广西某鸡群呼吸道综合征的病原学分析

本研究对临床上患呼吸道感染的病鸡进行病原检测,分离到1株传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)和1株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV),此外还从病鸡肝脏等组织中分离到金黄色葡萄球菌和大肠杆菌。对IBDV分离株NN160401的VP1-b、v VP2基因以及IBV分离株GX160421的S1基因分别进行扩增、测序以及序列的相似性比较和遗传进化树分析。结果发现,分离株NN160401为基因重排毒株,其VP1-b与HLJ-0504株的序列相似,v VP2则具有IBDV超强毒株特征;分离株GX160421的S1基因序列与广西分离株亲缘关系较近,属于近年报道的New-typeⅡ,但与其他参考株及疫苗株H120的核苷酸相似性仅为58.8%~67.2%。综合分析表明,该病鸡群为早期感染IBDV造成了机体的免疫抑制,后来继发IBV的感染并伴发了细菌感染。     

鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/LHB/100801株的分离鉴定及分子特征研究

本研究于2010年8月从河北省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行电子显微镜观察、鸡胚致病性试验、血凝特性试验等生物学特性及鸡传染性支气管炎病毒(IBV)核蛋白基因RT-PCR方法鉴定,结果表明分离株为IBV,命名为ck/CH/LHB/100801.根据GenBank中登录的IBV基因组序列,设计扩增病毒全基因组的19对引物,并扩增病毒基因组,采用3-RACE和5-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列.通过与已发表的参考病毒株全基因组序列比较表明,该分离株基因组全长为27 675bp,共有10个开放阅读框,其基因排序为:5'-cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly(A)-3',纤突蛋白裂解位点为534RRFRR538.序列分析表明ck/CH/LHB/100801与台湾分离株TW2296/95的结构蛋白序列相似性高达99.8%,进化亲缘关系最近,推测两分离株间可能具有相同的进化来源.     

鸡腺胃型传染性支气管炎病毒山东分离株S基因的克隆及序列分析

为研究3株鸡腺胃型传染性支气管炎病毒(IBV)山东分离株(青岛腺胃株QX株、东营腺胃株DY株、肥城腺胃株FC株)病毒纤突蛋白基因(S基因)的核苷酸特征,与呼吸型M41标准株及肾型IBV进行S基因核苷酸进行同源性比较。采用RT-PCR技术方法,对IBV分离株(QX、DY、FC)及标准毒株M41株S基因进行克隆和序列测定,对其中QX和DY株S基因核苷酸分别用3种方法(Clustal V method、Jotun Hein method和Clustal W method)对获得的基因核苷酸序列进行分析。结果显示,QX株和DY株的S基因核苷酸与标准毒株M41株S基因核苷酸的同源性最高为79.3%和79.2%,最小差异性为24.5%和22.3%。QX株和DY株与肾型IB分离株HD同源性最高为78.4%和78.9%,最小差异性均为22.7%。HD株与M41株的同源性最高达到80.8%。通过对S基因进化关系分析,说明腺胃型IBV山东分离株(QX、DY株)与呼吸型和肾型IBV是引起不同组织嗜性的IBV变异株,与呼吸型IBV和肾型IBV有明显的差异,是在IBV遗传变异进化过程中具有重要地位的进化阶段。     

台湾基因Ⅰ型鸡传染性支气管炎病毒SCTW株的分离鉴定及致病性研究

为分离鉴定鸡传染性支气管炎病毒(IBV)及其致病性,本研究通过病料鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR检测,从四川某养鸡场的发病鸡群中分离出一株IBV.其S1基因测序分析表明,该病毒分离株属于台湾基因Ⅰ型(TWⅠ)IBV,命名为SCTW株,这是中国大陆地区首次分离的TWⅠ型IBV.将该分离株与禽源致病性大肠杆菌(E.coli)分别或混合感染15日龄白羽肉鸡以鉴定其致病性,结果显示:SCTW分离株具有较强的致病性;而且E.coli的混合感染可明显增加SCTW的发病率和病死率,使其组织病理变化更加严重.因此,加强IBV的流行病学调查,做好E.coli的防治,对鸡传染性支气管炎(IB)的防制有重要的意义.     

鸡传染性支气管炎病毒GZ株的分离鉴定及3CL~(pro)基因片段序列分析

从福建某鸡场发病鸡的气管和肾脏组织中分离到1株病毒,通过病毒对SPF鸡胚的致病性特征、血凝特性、电镜观察及RT-PCR鉴定等方面的研究,证实该病毒为鸡传染性支气管炎病毒(IBV),并命名为GZ毒株。通过RT-PCR对该毒株的3CLpro基因片段进行扩增,随后进行克隆与测序。该序列与参考毒株的核苷酸序列分析显示,GZ株的3CLpro基因片段与参考毒株的同源性为85.9%~98.5%,与Beaudette毒株核苷酸序列同源性最高(98.5%),而与H120株同源性为89.7%,与LX4株同源性最低(85.9%)。遗传演化分析显示,GZ分离株与参考株可以划分为3个群,GZ分离株与Beaudette毒株处于同一分支,而与LX4、BJ及Massachusetts毒株亲缘关系较远。     

几种病毒与禽病原性大肠杆菌的人工联合感染

以2种剂量的低致病性禽流感病毒(lowly pathogenic avian influenza virus,LPAIV)，传染性支气管炎病毒（infectious bronchitis virus,IBV)疫苗株H120和H52，新城疫病毒（Newcastle disese viurs,NDV)Lasota株分别于气管内注射10日龄易感鸡，2d后，气管注射禽病原性大肠杆菌O37株（O78），连续观察5d，结果，除LPAIV单独感染组有6．25％的死亡率外，其余各病毒单独接种组均健活；大肠杆菌O37株单独接种组的死亡率为62．50％，较高剂量的LPAIV，IBV H120和H52，NDV Lasota株与大肠杆菌O37株有效强的协同致病作用，死亡率分别达到81.25%,100.00%,93.75%和87.50%，而较低剂量的上述病毒则无明显的协同作用，IBV，NDV疫苗株与大肠杆菌联合接种组的多数死亡鸡病程推迟。     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N基因的克隆与序列分析

参照Gen Bank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核酸序列设计了1对引物,利用RT-PCR扩增了1个广西分离株的N基因cDNA片段,并将其克隆到p MDl8-T载体中。序列分析结果表明,N基因序列全长为1 230 bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;分离株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%;分离株与LX4株、BJ株关系较近,与疫苗株处于不同的进化分支,亲缘关系较远,是新的IBV变异株。     

免疫鸡群IBV的分离鉴定及其S1基因序列研究

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)变异情况,对2018—2019年多次发生疑似鸡传染性支气管炎(IB)的广西某公司发病鸡群进行IBV的分离鉴定,并对分离株进行S1基因序列测定、同源性、系统进化树和重组分析。结果显示:共分离到5株IBV,其S1基因核苷酸相似性为85.2%～99.9%;5株IBV中3株S蛋白裂解位点为HRRRR,2株为RRFRR;2018年分离的2株IBV属于LX4型中的QXⅡ亚型,与疫苗株QXL87处于同一个分支;2019年分离的3株IBV为LDT3-A型,且均为重组毒株,来源于分离株GX-YL161022(QXⅡ亚型,主亲本)与参考株CK/CH/LSC/99I(次亲本)的重组。研究表明这5株IBV主要为LX4型毒株及其参与的重组株,未及时免疫与流行株基因型相同的疫苗以及重组导致的变异可能是造成该养殖场免疫失败的主要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒基因型与血清型相关性初步研究

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)基因型与血清型之间的相关性,本研究以国内不同地区的17株IBV分离株、2株疫苗株(M41、W93)和1株强毒株(X株)为研究对象,经RT-PCR扩增获得20株IBV的S1基因并进行测序.将其分别与GenBank中的20株国内外参考IBV株的S1基因进行序列比较,绘制S1基因系统进化树...     

鸡传染性支气管炎病毒SX-H09株膜蛋白基因的克隆及序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)陕西分离株SX-H09株膜蛋白(M)基因进行克隆和序列分析.根据GenBank发表的IBV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增IBV M基因片段,并进行克隆、序列测定和分析.结果表明,SX-H09株M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸.同源性比较可知,SX-H09株M基因...     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N、M基因的克隆与序列分析

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。     

禽冠状病毒分离株的系统命名法及其种属地位

目前,还没有针对家鸡(Gallus gallus domesticus)传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的统一命名系统。为IBV分离株建立统一的、能反映多方面信息的命名体系是很有用的。此外,由于最近发现从火鸡(Meleagris galloopavo)和雉鸡(Pheasianus colchicus)体内分离到的冠状病毒具有和IBV的非     

河南不同临床型鸡支气管炎病毒流行毒株的分离鉴定及其S1基因变异分析

经鸡胚接种、RT-PCR、气管环培养等方法从河南地区发病鸡群中分离、鉴定出2株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitic virus,IBV),分别命名为HN/HL株和HN/SG株。应用RT-PCR方法对尿囊液中HN/HL株和HN/SG株以及本室保存的H120株的S1基因全序列进行了扩增,并对其进行克隆测序。结果显示,3株IBV目的片段全长分别为1828、1825、1819bp,3个序列相互之间存在多位点的变异,同时存在插入和缺失现象;对推导的氨基酸序列进行分析表明,HN/HL株S蛋白裂解识别位点序列为HRRRR,而HN/SG株和H120株S蛋白裂解识别位点同为RRFRR。将测序结果同GenBank上登录的其他IBVS1基因相比较,发现本试验的HN/HL株与疫苗H120株的同源性仅为78.1%,HN/SG株与H120株的同源性仅为81.1%,而HN/HL株与HN/SG株的同源性为87.9%。同源性及遗传进化分析还发现,已报道的腺胃型ZJ971株和QX株在分子水平上应该分别属于呼吸型和肾型IBV。     

IBV广西分离株GX-YL5在鸡体内动态分布和排毒规律及组织嗜性研究

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西分离株GX-YL5通过滴鼻点眼人工感染14日龄健康非免疫雏鸡,对接毒后1、3、5、7、10、14、21、28、35和42 d试验鸡的气管、肺脏、肾脏、胸腺、腺胃、盲肠扁桃体和肝脏等组织及泄殖腔棉拭子进行IBV的反转录巢式PCR检测,同时对接毒后不同时间的气管、肺脏、肾脏、胸腺、腺胃、法氏囊、脾脏和肝脏进行组织病理学观察。结果表明接毒后的3～21 d,气管、肺脏、肾脏、胸腺、腺胃、盲肠扁桃体和肝脏的病毒检测均为阳性,接毒后42 d肾脏和气管检测结果仍为阳性;接毒后3～42 d泄殖腔棉拭子检测结果为阳性。组织病理学观察见到气管黏液,气管和细支气管纤毛脱落,炎症细胞浸润,肺充血,淋巴细胞浸润,肾脏间质性肾炎以及法氏囊水肿。研究结果表明,GX-YL5株对雏鸡具有广泛的组织嗜性,主要脏器带毒时间21 d或更长,泄殖腔排毒持续至少39 d。     

实验性鸡大肠杆菌病试验鸡细菌的动态分布

用致病性大肠杆菌O18分离株和或低致病性禽流感病毒（mildly pathogenic avian influenza virus,MPAIV)接种10－12日龄SPF鸡，细菌接种后1－96小时鸡鸡的血液、气管、肺、脾、肝和肾进行细菌学检查，发现大肠杆菌接种组、MPAIV与大肠杆菌混合接种组的气管、肺在整个试验过程均分离到细菌，血液、脾、肝、肾中细菌数随接种时间延长而减少，直至消失，MPAV与大肠杆菌混合接种组比大肠杆菌接种组从气管、肺中分离到细菌的频率更高，数量更多，表明气管、肺是鸡大肠杆菌定居的场所，MPAIV可延长细菌在气管、肺中定居的时间。