正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

鸭梨Hc ISSR-PCR反应体系的优化

应用正交设计的方法对影响鸭梨Hc ISSR-PCR反应的4个因素(模板DNA、引物、dNTPs、TaqDNA聚合酶)进行5个水平的优化试验,以DPS 7.55软件分析。结果表明:鸭梨HcISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:模板DNA 60 ng、引物浓度0.4μmol/L、dNTPs浓度0.1mmol/L、TaqDNA聚合酶2 U。     

石榴ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

现利用正交设计L16(45)探讨DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶对石榴ISSR-PCR反应体系的影响,首次应用加权平均法及百分制对正交实验结果进行评分,并应用DPS数据处理系统进行数据分析;同时对石榴ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验。结果表明:适合石榴的ISSR-PCR最优反应体系(25μL)为:Mg2+1.75 mmol/L、dNTPs0.15 mmol/L、TaqDNA聚合酶1 U、引物0.8 mmol/L、DNA模板20 ng;引物UBC 811的最适退火温度为51.2℃,且最适退火温度因引物而异。     

国兰ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交设计与单因素结合法,对国兰ISSR-PCR反应体系中的4个因素(dNTPs、引物浓度、Mg2+、Taq DNA聚合酶)进行优化试验,结果用DPS软件进行分析.结果表明:各因素对PCR结果均有显著影响,其中Taq DNA聚合酶对反应的影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立国兰ISSR-PCR的最佳反应体系(25μL)为:dNTPs 0.2mmol/L、引物1.0 μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶1U.     

玉树地区独一味ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立玉树地区独一味的简单重复序列区间聚合酶链式反应(ISSR-PCR)体系并筛选出引物,采用M2+、DNA Taq酶、dNTP、模板DNA和引物进行5因素4水平正交实验,对独一味ISSR-PCR反应体系进行筛选.结果表明:最佳反应体系(25μL)为:10×PCR Buffer,75 ng模板DNA,0.75 μmol/L引物,0.5 UTaq DNA聚合酶,1.25 mmol/L MgCl2,0.05 mmol/LdNTP.然后确定了引物的最佳退火温度,并筛选出811、818、825、826、834、835、836、840这8条丰富多态稳定扩增的引物.该研究建立的玉树地区独一味ISSR反应体系具有稳定、清晰以及重复性好等特点,可为该区独一味的繁育系统和遗传多样性的进一步研究提供参考.     

云南松ISSR-PCR反应体系建立及优化

为建立和优化云南松ISSR-PCR反应体系,运用正交实验分析了模板DNA、TagDNA聚合酶、引物、Mg~(2+)和dNTPs 5个因子对云南松ISSR-PCR反应的影响。结果表明:云南松ISSR-PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平为:DNA模板为3.6 ng、TagDNA聚合酶为2.0 U、引物浓度为0.8 mmol/L、dNTPs浓度为0.20 mmol/L、Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L。     

金线莲ISSR-PCR反应体系建立

利用正交设计L16(45)对金线莲ISSR-PCR反应体系的5因素(模板DNA、Taq酶、引物、Mg2+和dNTP)在4个水平上进行优化试验,采用直观分析法获得影响因素最佳反应水平。结果表明:最终建立的金线莲ISSR-PCR的最佳反应体系为,在25μL的反应体系中,DNA模板为40ng、Taq酶为1.60U、引物浓度为0.80mmol/L、dNTP浓度为0.96mmol/L、Mg2+浓度为2.40mmol/L。该反应体系的建立为金线莲种质资源分类、遗传多样性分析提供了更客观可靠的方法。     

应用正交设计优化江南牡丹RAPD-PCR反应体系

以牡丹品种"云芳"基因组DNA为模板,采用正交实验设计L25(55)对影响牡丹RAPD-PCR反应的5因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs、Taq酶)在5个水平上进行优化试验。结果表明:最佳的RAPD-PCR的反应体系为:20μL体系中含有25 ng的模板DNA,0.2μmol/L的引物,Mg2+1.0 mmol/L,1×buffer反应缓冲液,DNTPs各为0.2 mmol/L,1.0 U的TaqDNA聚合酶。     

芫花ISSR-PCR扩增反应体系的优化

以芫花(Daphne genkwa)DNA为模版,利用单因素试验,分析DNA模版、Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶和引物对ISSR-PCR反应的影响,适合芫花的ISSR-PCR的反应体系:20μl反应体系中含2.5mmol/L Mg2+,0.2mmol/L dNTPs,1.0u TaqDNA聚合酶,0.8μmol/L引物,40ng模板DNA。     

铁线莲园艺品种ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

以铁线莲的园艺品种Clematis‘Gravetye Beauty’为试材,采用改良CTAB法提取其基因组DNA为模板,采用单因子试验设计,研究模板DNA含量、引物浓度、Master Mix对ISSR-PCR反应的影响,以期构建基于ISSR分子标记技术的铁线莲园艺品种遗传图谱。结果表明:25μL C.‘Gravetye Beauty’ISSR-PCR最佳反应体系的模板DNA用量5ng、引物浓度0.8μmol/L、Master Mix 12μL;利用该体系从38条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好的11条引物。     

锦带花ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以锦带花幼叶为试材,提取锦带花基因组的DNA,并对其纯度、浓度进行检测,建立适合锦带花的ISSR-RCR反应体系.结果表明:DNA扩增效果良好,完全能满足进一步试验的需要.同时对锦带花ISSR-PCR反应体系中各个影响因素进行优化,建立了适合锦带花ISSR分子标记的最佳反应体系,即在20μL的反应体系中,含稀释浓度为3倍的DNA模板,0.20 mmol/LdNTP,稀释10倍体积高保真PCR缓冲液含(Mg2+)3.0 μL;1.00 μmol/L引物,1.25 U Taq酶.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52.0℃退火45 s,72℃延伸1.50 min,45个循环;最后72℃延伸5 min,4℃保存.应用该ISSR体系对3份锦带花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

平菇ISSR-PCR反应体系影响因素研究

为提高ISSR分析结果的可靠性和可重复性,以平菇黑丰268为材料对反应体系进行优化,建立平菇ISSR-PCR反应体系.实验结果表明,平菇ISSR-PCR最优体系为体积20 μL,其中Mg<'2+>浓度为1.2 mmol·L-1,模板浓度为50 ng,引物浓度为0.6μmol·L-1,dNTPs浓度为200μmol·L-1,Taq酶浓度为1.2 U·20-1·μL-1,1×PCR Buffer.     

番茄SRAP-PCR反应体系建立与优化

利用正交实验设计L16(45)对番茄SRAP-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)在4个水平上进行优化试验研究。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:Mg2+dNTPs引物Taq DNA聚合酶模板DNA;建立的番茄SRAP-PCR最佳体系(25μL)为:Mg2+2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、dNTPs0.25mmol/L、引物0.4μmol/L、模板DNA 80ng。     

内蒙古红干椒RAPD反应体系的正交优化

以内蒙古开鲁县12个红干椒品种为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,通过采用正交优化设计方法,对红干椒RAPD反应条件进行了优化。试验结果表明,最佳红干椒RAPD的反应体系(25μL)为:PCR染料2.0μL,MgCl22.0 mmol·L-1,dNTPs0.6 mmol·L-1,引物0.5μmol·L-1,DNA模板125ng,Taq酶1.25U,超纯水14.9μL;适宜扩增条件为:94℃预变性4min,40个PCR循环94℃变性1min,37℃退火1min,72℃延伸1.5min,72℃复延伸5min,4℃保存。     

利用正交设计优化甘蔗SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16（45）对甘蔗SRAP-PCR反应体系的五大因素（Mg2＋、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶）在4个水平上进行优化,得到如下结论：各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次是：Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA;通过对各因素进行筛选,建立甘蔗SRAP-PCR反应的最佳体系（20μL）为：dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.1μmol/L、Mg^2＋2.5 mmol/L、Taq酶0.25U和模板DNA 60 ng。     

利用ISSR分子标记对39份莲藕种质资源的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对39份莲藕品种进行遗传多样性分析。结果表明:8个ISSR引物共扩增出89条带,其中有55条多态带,平均每个引物扩增的多态性带数为6.88条,多态性比率平均为61.8%;通过遗传相似系数和聚类分析,能将39份莲藕品种完全区分开;说明ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出莲藕品种的遗传多样性。