大豆维生素E含量与农艺性状及品质性状的相关性分析

为筛选高维生素E或高α-生育酚含量大豆种质,提供群体改良的优质资源,采用大豆品种北丰9号和Freeborn作为亲本杂交后衍生的238份重组自交系群体(RIL)为试验材料,利用高压液相色谱法测定其维生素E及其组分含量,分析了6个环境下大豆籽粒维生素E及其组分含量、农艺性状、蛋白质和脂肪含量相互间的相关性。结果表明:大豆维生素E及其组分之间,除了大豆籽粒α-生育酚与δ-生育酚含量没有表现出稳定的相关性外,α-生育酚、γ-生育酚、δ-生育酚和维生素E总含量两两之间均表现为极显著正相关(P0.01);大豆籽粒α-生育酚含量与节数呈显著负相关(P0.05),与其它农艺性状无稳定相关性;其它组分(γ-生育酚、δ-生育酚和维生素E总含量)与农艺性状无稳定相关性;大豆籽粒α-生育酚和γ-生育酚含量分别与蛋白质和脂肪含量之间没有稳定的相关性。     

甘薯等7种植物NPR1基因的生物信息学分析

水杨酸介导的植物系统获得性抗性的正向关键调控基因NPR1功能上在许多植物中极其保守。本研究利用生物信息学相关软件对以甘薯NPR1基因为主要分析对象的7个NPR1基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的组成成分、氨基酸翻译后修饰、导肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能结构域等进行分析。结果表明:该类基因属于不具信号肽的疏水性蛋白,α-螺旋和无规则卷曲是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,具有BTB/POZ和ANK功能结构域。这一结果可为植物NPR1的结构与功能分析及利用研究提供进一步的信息与参考。     

大豆维生素E与主要农艺性状和品质性状的相关性分析

采用合丰25 × Bayfield衍生的144份F2:6重组自交系(RIL)群体和142份黑龙江省大豆品种(系),对大豆维生素E总含量,维生素E主要组分(α-生育酚、β-生育酚和γ-生育酚)含量、农艺性状、蛋白质和脂肪含量进行了相关性分析.结果表明:在重组自交系中,株高、单株粒重与维生素E总含量呈显著正相关;在142份...     

茶叶中维生素E及其与茶叶品质关系的研究

维生素E是指所有的生育酚以及具有生育酚生物活性的生育三烯酚类衍生物,生育酚(tocopherol)是指所有甲基化的母育酚,因此,生育酚与维生素E的内涵并不完全一致。目前,自然界中已发现8种生育酚,以α—、β—、y—、δ—生育酚为多,其中α—生育酚的生     

油棕C2H2基因家族鉴定及低温胁迫下的表达分析

C2H2型锌指蛋白是最常见的锌指蛋白之一，广泛存在于真核生物中，在植物的生长发育、盐、低温、干旱胁迫等非生物胁迫响应中扮演重要作用。本研究以拟南芥C2H2氨基酸序列作为探针，在油棕基因组数据库中进行本地BLASTP比对和保守结构域预测分析，筛选出油棕C2H2型锌指蛋白家族成员，利用生物信息学手段对基因家族成员的理化性质、进化关系、染色体位置、基因结构、保守基序和启动子顺式元件进行分析，并利用转录组数据和荧光定量PCR方法分析EgC2H2基因家族成员在低温胁迫下的表达情况。结果显示：从油棕基因组中共鉴定出73个C2H2型锌指蛋白家族成员，EgC2H2家族成员氨基酸的数目为128～556个，分子量为14176.73～58983.30Da，等电点为4.99～9.62，不稳定系数为38.84～86.01，亲水性为–1.154～-0.226，亚细胞定位显示C2H2基因家族所有成员均定位于细胞核；系统进化树分析显示EgC2H2家族成员可以分为4个亚家族，EgC2H2家族成员多数归类于第Ⅰ亚家族和第Ⅱ亚家族，且同一亚家族成员的结构域具有较高的一致性；染色体定位结果显示，EgC2H2家族成员不均匀地分...     

东北大豆与北美大豆维生素E含量的分析

采用超声波法从大豆籽粒中萃取维生素E,以DIKNA公司生产的反相柱作为固定相,以甲醇作为流动相,流速为1.5 mL·min-1,并采用荧光检测器(Ex=295 nm,Em=330 nm)的高效液相色谱技术,测定了我国东北与北美大豆品种(系)中的α-、γ-、δ-生育酚和维生素E(VE)总含量,并进行比较及聚类分析.结果表明:供试144份大豆材料基于α-、γ-、δ-生育酚和维生素E总含量均可聚成高、中、低3类,我国东北大豆维生索E含量明显高于北美大豆,是丰富的大豆维生素E资源,为大豆高维生素E育种提供参考.     

花生栽培种γ-TMT基因的克隆和序列分析

生育酚甲基转移酶(γ-TMT)是生育酚生物合成过程中的关键酶,对生育酚组成及活性起着至关重要的作用。本研究从花生栽培种A、B两个基因组中克隆到2个γ-TMT基因,分别命名为Ahγ-TMT1和Ahγ-TMT2。Ahγ-TMT1编码区全长为3111bp,Ahγ-TMT2编码区全长为3124bp,都含有6个外显子和5个内含子,开放阅读框(ORF)长均为1059bp,编码352个氨基酸。利用相关软件或在线工具进行了蛋白质功能预测和系统发育分析。本研究为花生高维生素E分子育种提供了便利。     

高效液相色谱法测定大豆中的维生素E含量及其与粗脂肪含量的线性回归分析

利用高效液相色谱法测定1000份大豆资源中的维生素E含量,使用荧光检测器检测(Ex=295nm,Em=330nm),以α-、β-、γ-、δ-生育酚为标准品,加入母育酚为内标,计算大豆中维生素E各异构体的含量及总含量,α-、β-、γ-、δ-生育酚的加标回收率分别为101.10%、97.50%、96.94%和96.30%,测得野生大豆资源中维生素E含量范围0.05～0.34mg/g,栽培资源0.12～0.38mg/g.同时按国标方法测定粗脂肪含量,其中野生资源粗脂肪含量范围3.01%～20.60%,栽培资源12.00%～23.59%.通过线性回归分析,明确了大豆中维生素E与粗脂肪含量呈正相关的线性关系.     

艾纳香MYB转录因子家族生物信息学分析

MYB转录因子是植物中庞大的转录因子家族之一,在植物体内有着广泛的生物学功能。基于艾纳香全长转录组数据库,利用DNAMAN 6.0、MEGA 5.05软件以及ProtParam、WebLogo和SOPMA在线网站分析艾纳香MYB转录因子家族蛋白的分类、理化性质、氨基酸序列高级结构、保守结构域、系统进化等。结果表明,挖掘到127个BbMYB基因,预测47条具有MYB转录因子保守结构域的蛋白序列;根据结构域可分为1R-BbMYB和R2R3-MYB 2个亚类,其中R2-BbMYB与R3-BbMYB基序中都含有3个保守的色氨酸,而R1-BbMYB基序只有2个保守的色氨酸;艾纳香MYB家族蛋白均为亲水性蛋白,热稳定性较高且富含碱性氨基酸,大部分蛋白以无规则卷曲为主,其中R2R3-BbMYB3、R2R3-BbMYB4与1R-BbMYB15蛋白是以α-螺旋为主;与拟南芥MYB转录因子家族共同构建的进化树发现,艾纳香MYB家族在进化上包括2个大类,6个亚类,通过艾纳香与拟南芥MYB蛋白序列相邻或是进化关系近可以预测艾纳香MYB基因功能,为进一步对艾纳香MYB家族基因研究及其功能鉴定提供科学依据。     

赤桉α-微管蛋白家族基因的克隆与生物信息学分析

微管蛋白是真核生物中普遍存在的结构蛋白,在细胞的形态维持、分裂、迁移以及信号转导等方面发挥着重要的作用,同时也是荧光定量PCR技术中常见的一种内参基因。为深入了解α-微管蛋白(α-tubulin)对桉树生长发育的调节,本研究根据α-Tubulin基因的保守区段设计简并引物,从赤桉嫩叶中获得了3条tubulin基因的片段,并利用RACE技术得到了这些基因的全长cDNA,将其命名为EC-TUB1、EC-TUB2和EC-TUB3基因。此外,通过网上资源和生物信息学软件对这3条基因进行分析,发现这些基因编码的蛋白具有α-Tubulin蛋白特有的保守序列和活性结构域的相关特征,同时与其他植物的α-Tubulin蛋白具有较高的相似性,这为了解α-tubulin在桉树生长发育过程中的表达特性以及α-tubulin蛋白的功能,进一步揭示和利用桉树生长发育机理和树种间的差异性奠定了理论基础。     

大麦ARF基因家族的全基因组分析

生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族是植物特有的转录因子家族,在调控植物生长发育过程中起到重要作用。而关于大麦ARF基因家族全基因组分析的研究尚未见报道。为进一步探讨大麦ARF基因的功能,以公布的大麦栽培品种Morex的基因组数据为基础,采用生物信息学方法鉴定了大麦ARF基因,并对其结构、染色体分布、蛋白保守结构域、系统进化树及表达谱进行了分析。结果表明,共鉴定出了17个大麦ARF基因,除4号染色体外,其余6条染色体上均有分布,片段复制事件是大麦ARF基因家族的主要扩张方式;HvARF蛋白均具有保守的B3结构域和Auxin_resp结构域,而Aux/IAA结构域仅存在于12个HvARF蛋白中,且不同蛋白所含该结构域1~2个不等;不同植物中ARF基因在功能上具有保守性;不同组织器官中HvARF基因的表达存在明显的差异。     

芒果MiCOL6基因的克隆及其生物信息学和表达分析

CONSTANS（CO）是光周期途径的核心调控因子,其可以整合光质和生物钟输出的信号调控植物成花。在前期转录组研究的基础上,设计基因特异性引物,通过RT-PCR扩增得到芒果的1个CO基因的cDNA全长,序列长度为678 bp,根据与拟南芥CO家族基因的相似性,将其命名为MiCOL6。生物信息学分析显示,该基因编码226个氨基酸,分子量为26.88 kDa,等电点为4.85,属于亲水性的非分泌蛋白。保守结构域和进化树分析显示,该基因仅含1个CCT结构域,属于CO基因家族的第4组;二级结构分析表明,该蛋白主要以无规卷曲和α-螺旋为主;亚细胞定位预测显示该蛋白定位在细胞质膜上的概率最大;不同花发育时期表达模式分析表明,MiCOL6基因在杧果的花芽分化期表达量最高。本研究结果为进一步研究芒果MiCOL6基因在芒果中的功能提供理论基础。     

茶树儿茶素合成相关MYB转录因子生物信息学分析

从茶树（Camellia sinensis）转录组数据库中获得6个与儿茶素合成相关的MYB转录因子,对其进行蛋白理化性质与结构功能预测、核定位信号和蛋白保守结构域分析,通过同源分析构建系统发育树。结果表明,与儿茶素合成相关的6个MYB蛋白都属于亲水性的非分泌蛋白,定位在叶绿体、线粒体和细胞核上,其空间结构主要是α-螺旋和β-转角;保守结构域的分析发现除了comp159173_c0基因,其余5个都属于SANT超家族基因成员。系统进化树显示6个MYB蛋白形成4个分支,显示出各自间较远的亲缘关系。差异表达分析的结果进一步证实了6个MYB转录因子与儿茶素合成代谢的相关性。     

一个玉米Mlo基因的电子克隆与生物信息学分析

Mlo基因家族在植物抗病方面有极大的优势,但有些Mlo基因的功能还未知。经序列拼接电子克隆得到1个玉米的Mlo基因,采用生物信息学方法预测分析了编码蛋白的一、二、三级结构,并对其功能进行了预测。结果表明:玉米Mlo基因编码的蛋白有一个保守的DUF1084结构域,此结构域功能在植物中尚未知。生物信息学分析表明,此蛋白很可能是一种类似于G蛋白偶联受体的膜结合转运蛋白而参与到信号传递过程中。     

超声波萃取番橄榄挥发油化学成分的GC-MS分析

采用超声波法萃取番橄榄不同时期的果实和叶片挥发油,用气相色谱-质谱法对挥发油中各种化学成分进行分析和鉴定。共鉴定出48个化合物,其中37个成分为在该植物中首次报道。其果实挥发油主要成分有:1R-α-蒎烯,22,23-二氢豆甾醇,β-蒎烯,2,2'-亚甲基双-(4-甲基-6-叔丁基苯酚),维生素E;叶片挥发油主要成分有:维生素E,22,23-二氢豆甾醇,1R-α-蒎烯,三十一烷,植醇,β-石竹烯。黄熟的果实中萃取的挥发油的总量明显高于青果,而不同时期的绿叶中萃取的挥发油总量则较为接近。     

玉米C4型PEPC蛋白的生物信息学分析

利用生物信息学分析软件对GeneBank上注册的玉米C4型PEPC蛋白质序列进行氨基酸组成成分、功能域、二级结构、疏水性、亚细胞定位、导肽及进化树分析和预测.结果表明:玉米PEPC蛋白是等电点5.77的亲水性不稳定蛋白,包含一个CYTH保守结构域,定位于细胞质中,具有中央中间代谢功能,属于连接酶类.α螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,β折叠和伸展链散布其中;玉米PEPC与高粱、水稻等植物的PEPC亲缘关系较远,不属于同一分支.     

香蕉NPR1E基因的克隆及表达分析

NPR1基因可参与调节植物对病原菌的广谱抗性,在植物系统抗性中起着关键的调控作用。通过RACE(rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系中获得NPR1E基因,命名为MaNPR1E(GenBank登录号分别为：KF582550)。MaNPR1E是香蕉NPR1基因编码框全长cDNA,包含一个1 755 bp的最大开放阅读框,编码一个含584个氨基酸的蛋白质。经蛋白质序列同源比对发现,其含有完整的BTB/POZ结构域、锚蛋白重复ANK序列和NPR1-like-C结构域,属于典型的NPR1蛋白。系统进化树比对分析表明,MaNPR1E与海枣PdNPR3(XP_008808341.1)和油棕EgNPR3(XP_010914123.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明,该基因组成型表达于香蕉各组织。实时荧光定量PCR分析表明,接种枯萎病菌后MaNPR1E的表达在感病品种中被抑制,而在抗病品种中被激活;MaNPR1E的表达受乙烯利和水杨酸的诱导。上述结果表明,MaNPR1E可能在香蕉抗枯萎病过程中扮演重要的调控角色。     

茶树MADS-box转录因子基因的克隆与非生物胁迫响应分析

本研究基于茶树转录组数据库,以茶树龙井43为试验材料,通过RT-PCR方法从该茶树的cDNA中克隆得到1个CsMADS1基因。序列分析表明:茶树CsMADS1基因开放阅读框长度为657 bp,编码218个氨基酸,是典型的植物MADS-box家族转录因子。序列多重比对显示,该序列与多个相关物种的MADS-box序列一致性为65.65%,含有高度保守的MADS结构域和半保守的K结构域。氨基酸理化性质、亲疏水性、亚细胞定位预测、无序化分析,以及二级和三级结构分析显示,CsMADS1转录因子是亲水性蛋白,可能定位于细胞核中,无序化程度明显,以α-螺旋结构为主,并与人MEF2蛋白具有相似的三级结构。利用实时荧光定量PCR方法分析了茶树龙井43中CsMADS1基因在非生物胁迫下的表达。结果表明,茶树中CsMADS1基因对高温、低温、干旱和高盐等不同非生物胁迫有响应,且表达存在差异。     

油棕Δ9硬脂酰-ACP脱氢酶EgSAD基因的克隆及表达分析

^Δ9硬脂酰-ACP脱氢酶（^Δ9 stearoyl-ACP dehydrogenase,SAD）是植物中重要的脂肪酸脱氢酶,在调控不饱和脂肪酸合成中发挥着重要作用。本研究以非洲油棕和杂交油棕为材料,在油棕果实油脂积累期,分别测定花后120、140、160 d 3个时期的脂肪酸组分;从油棕中克隆SAD基因,并对其理化性质、进化关系、启动子顺式作用元件进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测SAD在2个油棕品种果实成熟期的表达特征。结果表明：非洲油棕中总不饱和脂肪酸（棕榈酸和硬脂酸）比例（55.76%~60.27%）显著高于杂交油棕（37.2%~45.43%）,杂交油棕中不饱和脂肪酸（油酸和亚油酸）比例（51.61%~56.92%）显著高于非洲油棕（35.54%~38.64%）;鉴定了7个基因命名为：EgSAD1~EgSAD4和OeSAD1~OeSAD3;EgSAD基因编码的肽链平均为413个氨基酸,分子量为43.41~45.92 kDa,等电点为5.99~7.13,蛋白不稳定指数为44.07~53.25,总平均亲水性为-0.496~-0.405。OeSAD基因编码的肽链平均为405个氨基酸,分子量为44.94~49.39 kDa,等电点为6.05~7.14,蛋白不稳定指数为43.44~44.61,总平均亲水性为-0.554~-0.489。多序列比对分析,油棕SAD基因氨基酸序列中存在典型SAD特征的保守组氨酸富集区：EENRHG和DEKRHE。在SAD的启动子上鉴定出植物激素响应、逆境胁迫响应、光响应和逆境响应顺式作用元件。EgSADs在油棕果实成熟过程中呈上调表达趋势,EgSAD1和EgSAD2在杂交油棕中表达量显著高于非洲油棕,OeSADs在杂交油棕果实花后140 d中表达量最高,在杂交油棕的3个时期中均呈现先升高后下降的趋势,且在花后120 d的表达量显著高于花后120 d和160 d。本研究结果为进一步研究SAD调控油棕不饱和脂肪酸合成的机制奠定基础。     

多环境大豆种子维生素E含量遗传分析

利用高效液相色谱测定了三个地点的大豆品种合丰25与Bayfield及其衍生的144个重组自交系种子中的维生素E含量,运用主基因+多基因混合遗传模型,对三个地点的大豆种子的维生素E进行了遗传分析。结果表明：在哈尔滨地区α-生育酚为 2对主基因+多基因遗传模型;γ-生育酚为1对主基因+多基因遗传模型;δ-生育酚为 2对主基因+ 多基因遗传模型;在呼兰地区α-生育酚为3对主基因+多基因遗传模型;γ-生育酚为2对主基因+多基因遗传模型;δ-生育酚为 2对主基因+多基因遗传模型;在绥化地区α-生育酚为无主基因+多基因遗传模型;γ-生育酚为3对主基因+多基因遗传模型;δ-生育酚为 2对主基因+多基因遗传模型。