昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析.从38个10 bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47.11%、58.40%;两群体内个体间平均遗传距离分别为0.174 5、0.1963,群体间遗传距离为0.250 3.研究表明:因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大.     

长江三角洲白山羊群体遗传结构研究

应用结构基因座和微卫星DNA两种遗传标记探讨长江三角洲白山羊群体遗传结构。结果表明,检测的9个结构基因座位上7个存在多态性,座位的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0．1767、0．1457和1．2837;7个微卫星位点上共检测到110个等位基因,位点的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0．8867、0．8774和11．2907。群体内的遗传变异程度相对较高,反映出丰富的遗传多样性,而且微卫星DNA标记揭示的遗传变异高于结构基因座。     

甘肃现代肉羊新品种群遗传结构及遗传变异的生化遗传学研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)研究了甘肃现代肉羊新品种群及其两个父本(波德代、陶赛特)与母本(蒙古羊)血红蛋白(Hb)、血液转铁蛋白(Tf)、后转铁蛋白(PTf)、白蛋白(Alb)、脂酶(Es)5个基因座的遗传多态性,运用群体遗传学方法统计分析了9个群体内的遗传变异,并计算了这9个羊群体间的遗传距离.结果表明这9个群体在所检测的5个蛋白(酶)位点上均存在丰富的多态;各群体的平均基因杂合度、群体的多态基因座百分数、有效等位基因数、以及Shannon信息量比较高,群体基因均质度、平均纯合度比较低.9个群体内都有较大变异,群体多样性高.B与BMF1的遗传距离最远,与BMF3遗传距离最近,遗传距离分别为0.129 7、0.044 2.D与DMF1的遗传距离最远,与DMF3遗传距离最近,遗传距离分别为0.083 0、0.043 7,B、D与蒙古羊之间的遗传距离分别为0.123 3、0.137 1,遗传距离较远.     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

平湖浆蜂与苏王1号遗传多样性的微卫星DNA分析

利用6对微卫星DNA标记对平湖浆蜂与苏王1号两个蜜蜂品种进行遗传多样性分析，评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。结果表明：共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数从4~10不等，所有位点平均的期望杂合度和多态信息含量值分别为0.5078和0.4708。平湖浆蜂和苏王1号6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.67和5.17，平均基因杂合度为0.4981和0.5007，群体分化系数为3.7％，2个品种间的Reynolds’遗传距离和Nm分别为0.03770和6.507。2个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

Romilly Hills羊遗传多样性的微卫星分析

利用 1 0个微卫星标记对新疆兵团农七师从南非引进的罗米丽 (RomillyHills)绵羊和中国美利奴羊 (新疆军垦型 )遗传多样性进行了检测。统计了两群体的等位基因组成、平均有效等位基因数 (E)和平均基因纯合率 ,利用等位基因频率计算出两群体的平均遗传杂合度 (h)、多态信息含量 (PIC)。结果表明 1 0个微卫星位点在RomillyHills羊、中国美利奴羊群体中的平均多态信息含量分别为 0 5952和 0 5859,除BM1 82 4、MAF65外均为高度多态 ,可作为有效的遗传标记用于两品种绵羊遗传多样性分析 ;RomillyHills羊的群体遗传变异大于中国美利奴羊 ,其遗传多样性相对丰富 ,有较大的选育潜力。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

用RAPD标记分析部分柞蚕二化性品种资源的遗传多样性

采用RAPD标记技术,对36份柞蚕(Antheraea pernyi)二化性品种资源的遗传多样性进行分析。PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳结果表明:利用筛选出的19个随机引物在供试材料中共检测到123个信息位点,其中多态性位点114个,多态性比率92.68%;每一个引物可检测出3～9个位点,其多态性比率不尽相同,平均扩增出6.47条带;各品种具有不同数量的特异性带型。供试品种资源的Nei氏遗传多样性指数(h)为0.324 3±0.151 5,Shannon信息指数(I)为0.487 1±0.197 5,表明长期同地保存的二化性柞蚕品种资源同样具有丰富的遗传多样性;供试品种的Nei氏遗传一致性范围在0.495 9～0.837 4之间,达0.6以上的占96.59%,表明多数品种资源的相似程度较高。36份品种资源分别以辽宁省蚕业科学研究所育成种为主和以国内外引进种为主聚为两大类群。     

20份马蹄金种质资源遗传多样性RAPD和SRAP分析

以1份美国进口马蹄金(Dichondra repens)品种为对照,用RAPD和SRAP两种分子标记方法研究20份野生马蹄金种质资源的遗传多样性。结果发现,20条RAPD引物扩增出多态性条带130条,多态性比率为68.78％;22对SRAP引物扩增出175条多态性条带,多态性比率为72.31％,表明20份野生马蹄金之间具有较丰富的遗传多样性。聚类结果表明,RAPD标记将供试材料聚为两大类群,SRAP标记也将材料划分为两大类。两种标记下,供试材料呈现出较好的地域性分布规律,地理来源相近的材料能大致聚为一类,部分同聚为一类的材料在形态上也具有相似性。两种标记方法相关系数r0.01=0.910,二者存在极显著正相关,表明应用这两种技术对马蹄金遗传多样性与亲缘关系的分析具有较高的一致性和可信度。     

野生马蹄金种质资源的RAPD鉴别

采用RAPD分子标记技术,从100个随机引物中筛选出多态性强、重复性好且稳定性高的引物22个,对西南区16份抗性较强、坪用价值较高的马蹄金Dichondra repens材料进行扩增,共扩增出269条带,其中多态性带246条,多态性比率为91.45%,表明野生马蹄金植物种间有丰富的遗传多态性。采用UPGMA法聚类分析,在遗传距离0.73处把马蹄金材料分为4类,部分地理上相近的马蹄金种质资源被聚在了不同的大类中,分类结果能将优异马蹄金材料区分开来,与景观价值评定较吻合。     

胡枝子属植物野生居群遗传多样性RAPD分析

利用RAPD标记分析胡枝子属14个野生居群遗传多样性,对其60个10碱基随机引物进行筛选,选择能产生多态性谱带的20个引物,共获得209个RAPD标记,182个显多态性,占总谱带数的87.08%。居群间观测等位基因数Aa和有效等位基因数Ae分别为1.8708和1.5868,Nei's基因多样性指数H和Shannon's信息指数I分别为0.3344和0.4921,揭示了居群间存在较高的遗传多样性。遗传距离介于0.1006-0.651之间,14个材料的聚类结果与形态学分类结果有相同的趋势。本研究对胡枝子属植物种质资源的保存和育种利用有一定参考价值。     

利用叶片形态学性状和RAPD分子标记检测湖北板栗资源遗传多样性

调查31份湖北板栗种质资源叶片的13个形态特征和6个相对特征,用非加权配对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,同时用RAPD分子标记方法进行检测,综合研究湖北板栗种质资源的遗传多样性。叶片形态研究结果表明：不同板栗资源之间叶片形态差异显著,其中叶尖基部宽、叶尖长和叶柄长等3个指标变异幅度较大。RAPD检测结果显示10个引物共扩增出70个条带,其中61个条带具有多样性,多态条带比率（PPL）为87.1%,根据资源间遗传相似性系数的UPGMA法聚类,可将湖北板栗资源分为4类。     

16个天然冰草种群遗传多样性RAPD分析

采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron cristatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测。结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shan-non多样性指数量化的遗传多态度为2.19,种群内和种群间遗传变异比例分别为60%和40%,种群间的遗传相似度在0.7702~0.9776之间,遗传距离的变化范围为0.0226~0.2611;聚类分析结果表明:16个种群大致可分为4类,生境和表型相近的种群基本聚为一类,和形态学研究的结果基本一致,证明物种变异与生境密切相关。     

Use of RAPD-PCR for genetic analysis of Nicobari fowl of Andamans

1. The present study was conducted to estimate genetic relatedness among Nicobari fowls (Brown, Black and White) and an exotic bird (White Leghorn) using random amplified polymorphic DNA (RAPD) polymorphism. 2. A total of 25 decamer primers were screened among all the breeds of which 24 primers amplified the genomic DNA, generating 2000 to 200 bp bands. Ten primers generated reproducible and distinct RAPD profiles and were used for further analysis. 3. A total of 94 bands were amplified and 30 polymorphic bands (32%) were produced. The number of polymorphic loci ranged from 1 to 5 with an average of 3.0. 4. Among the native breeds Brown Nicobari showed higher genetic similarity (0.85) than Black Nicobari (0.80) and White Nicobari fowl (0.82). 5. Brown Nicobari showed high genetic similarity with Black Nicobari (0.87 +/- 0.029); least similarity was between White Nicobari and White Leghorn (0.77 +/- 0.028). 6. The RAPD profile of all Nicobari fowls on amplification with the primers PBG5 and PBA12 showed specific bands of molecular size 1050 and 785 bp, respectively. 7. The native breeds showed the least genetic distance with each other while White Leghorn appeared to be most distant from the native breeds.     

4个绵羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究利用RAPD技术研究了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊 4个绵羊品种的亲缘关系。从 10 0条引物中筛选出的 16条引物 ,共扩增出 14 6条带 ,其中 94条表现出多态性 ,占 6 4 .4 %。它们间遗传距离较小 ,小尾寒羊与大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊的遗传距离分别为 0 .0 6 4 9、0 .0 6 73和 0 .10 2 8,用UPGMA法构建了树状聚类图。结果显示 ,小尾寒羊、大尾寒羊和洼地绵羊首先聚一起 ,说明它们亲缘关系较近 ,起源于共同的原始祖先。据推测滩羊也起源于蒙古羊 ,但它生活在陕西、宁夏等省 ,与山东环境条件差别较大 ,在自然选择的作用下发生了变异 ,这可能是滩羊与其它绵羊间遗传距离大的主要原因。在本研究过程中还发现了各品种的分子标记     

苜蓿属种质资源遗传多样性RAPD分析

本文用RAPD标记分析10份苜蓿属(Medicago L.)种质的遗传多样性和亲缘关系,为苜蓿优秀种质资源开发保护和杂交育种提供基础信息。结果表明:33个引物在这10份材料间共扩增出353条带,其中263条带为多态性带,多态位点百分率为74.5%,各引物扩增的条带数为5～17条不等;遗传距离范围为:0.488～0.686,平均值0.592。聚类分析结果表明:10份材料大体划分为3类:草原1号、草原3号、美国苜蓿王和达菲成为第1类;雅酷、呼盟、蒙古和锡盟是第2类;秋柳独自成为1类。     

青藏高原东缘鹅绒委陵菜种群克隆结构的研究

本研究采用RAPD标记对不同海拔下分布的鹅绒委陵菜6个种群进行了克隆结构、克隆多样性以及克隆多样性与海拔因子之间相关性的研究。研究结果表明,13条随机引物对120个个体进行PCR扩增,扩增到132条带,其中多态性条带117,多态位点比率(PPL)为88.64%,共检测到68个基因型,且克隆多样性水平较高,Simpson指数平均为0.875,基因型比率PD平均为0.527。鹅绒委陵菜种群内克隆之间的镶嵌明显,这可能与它的克隆构型有关。采用SPSS软件对鹅绒委陵菜种群的克隆多样性与海拔进行相关性分析,结果显示,它们之间并无显著的相关性。