基于RAD-seq的大口黑鲈选育群体快长SNP挖掘及其与生长性状的关联分析

大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状是衡量品质与产量的重要标准, 开发快长SNP 标记与挖掘优势基因型及生长主效基因, 有助于进一步解析其生长发育遗传机制, 为选育优质高产新品系奠定基础。基于简化基因组测序技术(restriction-site associated DNA sequencing, RAD-seq), 在大口黑鲈美国北方亚种F0 生长性状极端群体(体重极大前1%和极小后1%)中, 筛选了与生长性状存在潜在关联的SNP 位点, 利用一般线性模型(generalized linearmodel, GLM)将SNP 位点基因型与230 尾F0 个体的体重、体长、体高和体厚进行相关性分析, 此外通过基因注释信息预测生长候选基因, 并结合优势基因型加性效应分析优势基因型聚合效果。在大口黑鲈23 条染色体上发现了4196486 个高质量SNPs, 基于种群特异基因型频率阈值0.7, 初步筛选出100 个与生长性状潜在相关的SNP 位点。关联性分析显示, 有12 个SNP 标记存在显著关联, 包括5 个标记与体重显著关联, 10 个与体长显著关联, 4 个与体高显著关联, 5 个与体厚显著关联。其中标记SNP19140160、SNP24406191、SNP3355498 和SNP9244620 分别定位至生长候选基因fam174b、diaph2、kiaa1549lb 和ppip5k1b 上。富集6~10 个优势基因型的群体较富集0~5 个优势基因型的群体在平均体重、体长、体高和体厚上分别提高了32.07%、9.63%、9.96%和10.58%。本研究所鉴定的12 个快长SNP 标记和4 个生长候选基因可助力大口黑鲈生长性状改良。     

鲤低氧适应性状的全基因组关联分析

低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育.在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘.本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验,选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究...     

日本囊对虾耐热性状及其与凡纳滨对虾、脊尾白虾的比较

为构建日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)耐高温性状的评价体系,全面了解日本囊对虾的耐热性状,本研究首先采用耐热性(upper thermal tolerance,UTT)作为评定指标,开展不同规格日本囊对虾耐热性状的分析;进一步结合临界温度法(critical thermal methodology,CTM)将日本囊对虾与脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)、凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)进行了耐热性状的种间比较。结果显示:(1)不同大小的日本囊对虾个体之间耐热性(UTT)存在差异,其体重与耐热性之间呈负相关,相关系数为-0.142(P0.05),特别是日本囊对虾仔虾(0.01 g)耐热性显著高于较大规格(1~5 g)的日本囊对虾(P0.05);(2)受高温刺激,3种虾表现出不同的应激行为,凡纳滨对虾的开始死亡温度与死亡高峰温度最高,日本囊对虾次之,脊尾白虾最低;(3)3种虾的耐热性状存在明显差异,凡纳滨对虾的平均UTT值最高,日本囊对虾次之,脊尾白虾的最低(P0.01);(4)凡纳滨对虾的临界高温(critical thermal maximum,CTMax)最高,日本囊对虾次之,脊尾白虾最低(P0.05),即与UTT的比较结果一致。本研究为日本囊对虾耐高温品系选育提供了基础科学依据。     

畜禽全基因组关联分析概述

全基因组关联分析(GWAS),这一方法基于常见疾病(性状)、常见变异(common disease,common variant)的假设,也就是认为常见的疾病或者性状主要由少数常见(这里指等位基因频率在群体中不低于1%)突变引起的,GWAS分析是利用遍布于整个基因组范围的SNP分子标记,并借助统计学工具对影响复杂性状的遗传变异进行鉴定和分析的方法 ~([1])。与以往的候选基因研究策略明显不同的是,GWAS不再受预先设定的候选基因的限制,使得众多功能不明的基因及大量基因间区域的SNP都为复杂性状的研究提供了线索。概述全基因组关联分析的特点方法、局限性及在畜禽中的作用。     

大口黑鲈肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性位点的筛选及其与生长性状关联性分析

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8 box和Octamer(＋)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均高于其它双倍型,而双倍型D5在体重、体长、体高、体宽和眼间距的均值均低于其它双倍型,双倍型D2与D5之间在5个主要生长性状均存在差异显著(P＜0.05),推测双倍型D2对生长性状起正相关,而双倍型D5与大口黑鲈的生长性状呈负相关,因此推断MSTN基因突变位点双倍型D2与D5可作为大口黑鲈生长性状的两个标记位点,用其分子标记位点来辅助大口黑鲈育种工作以期加快育种进程。     

缢蛏新品种“申浙1号”ScHsc70 基因SNPs筛查与耐高温性状的关联性分析

为获取缢蛏ScHsc70基因单核苷酸多态性位点与耐高温性状的相关性,通过直接测序方法克隆了ScHsc70基因全长序列,长度为4 048 bp,包括6个内含子和7个外显子,编码区1 950 bp,从其外显子区域筛查到6个潜在的SNPs,分别命名为Rs1(g. 588 CT)、Rs2(g. 840 CT)、Rs3(g. 885 TA)、Rs4(g. 1233 AG)、Rs5(g. 1467 TG)、Rs6(g. 1482TC)。利用Sanger测序方法,对缢蛏新品种"申浙1号"耐高温群体和对照组群体潜在SNPs进行基因分型,遗传多样性分析结果显示,两个群体的多态信息含量(PIC)值在0.111 2～0.371 8之间,对照组群体的平均多态信息含量(0.267 0)高于耐高温群体的平均多态信息含量(0.236 5)。ScHSc70基因SNPs与耐热性状关联分析结果显示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型频率和等位基因频率在对照组和耐高温群体之间存在显著性差异;单倍型连锁不平衡分析结果显示,ScHsc70基因SNPs可形成2个单倍体块,7种单倍型,其中CCT单倍型与耐高温性状显著相关;本实验发现,Rs2和Rs3处于连锁状态(r~2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作为缢蛏与耐高温遗传育种的SNP标签。综上所述,Rs1、Rs3、Rs4和单倍型CCT均可作为缢蛏耐高温遗传育种的候选辅助分子标记,为后续的抗逆性相关SNPs筛选与功能验证奠定了理论基础。     

利用EST-SSR分子标记研究鲤的饲料转化率性状

饲料转化率是重要的经济性状,通过QTL定位获得的紧密连锁标记以及相关基因,是遗传育种的重要工具。本文利用70个鲤的EST-SSR,对鲤全同胞家系92个体的基因组DNA进行扫描,得到符合1∶1孟德尔分离类型的位点48个,3∶1孟德尔分离类型的位点22个。采用拟回交策略对符合1∶1分离的标记与鲤饲料转化率性状进行单标记回归分析。结果表明：HLJE335、HLJE253、HLE547、HLJE92、HLJE203、HLJE231等6个标记与饲料转化率性状相关（P<0.05）。其中,HLJE547和HLJE203两个标记与饲料转化率相关性达极显著水平（P<0.001）,分别解释了表型变异的11.00%、11.00%。应用NCBI数据库,分别对与性状极显著相关的2个ESTSSR标记进行同源性比对,发现标记HLJE547与斑马鱼基因组中编码ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的核酸序列同源（同源性为74%）,与斑马鱼编码的ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的蛋白序列同源（同源性为92%）。推测ATPase可能通过影响鲤消化与吸收等生物学机制,从而影响鲤的饲料转化效率。     

大菱鲆家系生长和耐热性状对比分析

利用40个大菱鲆(Scophthalmus maximus)家系进行耐热性实验,测定相应生长和耐热性状指标,对耐热性状进行方差分析,并分析生长与耐热性状的相关情况。结果表明:在各家系生长前期,快速生长家系6个,生长较快家系26个,生长速度一般家系8个。在生长后期阶段,快速生长家系9个,生长较快家系28个,生长速度一般家系3个,仅有8号家系一直为快速生长家系。在耐热性状方面,各家系耐热性平均值在1 367.30～836.30℃.h之间,总体平均值为1 113.00℃.h。高耐高温家系为8号、33号和37号家系,其中33号家系耐热性数值最高,其耐热性平均值为1 367.30℃.h,不耐高温家系为3号、9号、16号、38号和40号家系,其中38号家系耐热性数值最低,其耐热性平均值为836.30℃.h。方差分析结果显示,不同家系间耐热性存在极显著差异(P<0.01),相关分析结果表明,各家系不同生长阶段与耐热性呈现不同的相关性。旨在探明生长性状与耐热性状的相关性,为大菱鲆的耐热家系选育奠定研究基础。     

牙鲆遗传作图及生长性状QTL定位

采用牙鲆日本群体和韩国群体杂交的92个F₁个体作为分离群体, 利用微卫星标记和Joinmap 4.0作图软件构建了牙鲆遗传连锁图谱。共有221个SSR标记用于连锁图谱构建, 雌性图谱中, 共178个微卫星标记定位到22个连锁群上, 观测总长度为(G _oa )599.0 cM, 覆盖率(C _oa )达76.27%。雄性图谱中, 共194个微卫星标记定位到23个连锁群上, G _oa 为693.4 cM, C _oa 为78.82%。对全长、体质量、体高3组数据进行主成分分析处理, 得到可解释3个性状的89.6%特征的一组数据, 命名为牙鲆生长性状GT。用WinQTLCart 2.5软件的复合区间作图,在已构建的遗传连锁图谱上对牙鲆生长性状GT进行QTL定位, 取LOD经验值2.5为QTL存在的阈值; 对微卫星标记进行性状—标记之间的回归分析。本研究共定位3个与牙鲆生长性状GT相关的QTLs, qGT-f4 qGT-m20 qGT-f20,可解释表型变异率分别为27.60%, 13.74%, 10.27%。在性状—标记之间的回归分析中, 得到22个与生长性状GT相关(P<0.05)的微卫星标记, 单个标记可解释表型变异率介于3.70%~10.42%, 其中6个微卫星标记scaffold558_51720、scaffold558_26183、scaffold903_69232、scaffold485_47120 、scaffold1262_77386、scaffold809_65154与生长性状GT之间呈极显著相关(P><0.01), 可解释表型变异率分别为10.42%、7.31%、10.07%、10.07%、8.39%和11.26%。     

鳙bmi1b基因单核苷酸多态性及其与生长和体型性状的关联性

bmi1b 基因作为转录抑制因子, 在维持多种干细胞的自我更新和增殖活性方面起重要作用。本研究对鳙 (Hypophthalmichthys nobilis) bmi1b 基因进行了单核苷酸多态性发掘及其与生长和体型性状的关联性分析。鳙 bmi1b 全长 5800 bp, 包含 9 个外显子、8 个内含子, 其氨基酸序列在进化上较为保守。bmi1b 在鳙下丘脑和肝脏中的表达量较高, 胚胎发育阶段从未受精卵至囊胚期都有极高的表达, 原肠期后表达量显著降低, 具有母源基因的表达特征。采用 PCR 扩增产物直接测序的方法, 在鳙 bmi1b 3′ UTR 获得 2 个 SNPs g.5224 T＞A 和 g.5550 C＞T。利用来源于 1 个鳙混合群体的 169 尾鱼进行 SNP 基因分型及其与生长和体型性状的相关性分析, 结果表明: g.5224 T＞A 与体重和头高呈显著相关(P＜0.05), 与体高和头长呈极显著相关(P＜0.01); g.5550 C＞T 与体重和体型性状的相关性未达到显著水平。2 个 SNP 位点等位基因间的组合分析显示, 双倍型 D2 (AT CC)为优势基因型组合, 其体重和体型性状的平均值显著高于其他双倍型。这些结果为进一步研究鱼类 bmi1b 基因的功能提供了参考; 同时鳙 bmi1b 基因 SNP 标记在生长和体型性状的分子育种研究中也具有良好的应用潜力。     

Estimation of variation of virulence of Renibacterium salmoninarum by survival analysis of experimental infection of salmonid fish

The variation of virulence of Renibacterium salmoninarum , the causative agent of bacterial kidney disease (BKD) in salmonid fish, was studied by infecting rainbow trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), with two isolates (strains 325 and 932) from diseased Atlantic salmon, Salmo salar L., and one isolate (strain 4366) from an apparently healthy Atlantic salmon. Coho salmon, Oncorhynchus kisutch (Walbaum), were injected with the strain 932 to estimate difference in fish species resistance. Fish were removed by random sampling for other study purposes, a study design possible with analysis of lifetime distributions incorporating both sampling-, death- and survival-times. At the end of the experiment, the rainbow trout infected with strains 325, 932 and 4366 had a survival probability of 33%, 51% and 72%, respectively. The coho salmon infected with strain 932 had a 26% survival probability. The strain differences were significant according to the log-rank test, and the risk ratio between the strains ranged from 1·8 to 5·4. The strain from the apparently healthy fish was least virulent. The survival of the fish species was different over time. Rainbow trout were more likely to die early in the time course, but high numbers of coho died later, resulting in an overall risk of mortality of 1·4 in favour of rainbow trout. Differences in virulence may reflect changed selective pressure on R. salmoninarum when introduced from feral stocks into the environment of fish farms.     

水硬度对七彩神仙鱼幼鱼发育的影响

采用不同硬度的水对七彩神仙鱼幼鱼进行饲养。6周龄幼鱼在硬度为7.94°dH±0.30°dH时饲养84d后,比在硬度为14.71°dH±0.23°dH水中的幼鱼个体大,生长速度快。表明较高硬度的水有利于七彩神仙鱼幼鱼的生长发育。     

Characterization of protease inhibitors of seminal plasma of cyprinids

Anti-proteinase activity was demonstrated in the seminal plasma of cyprinid fish species (bream, chub, ide, dace, asp, goldfish, roach, common carp) using electrophoretic techniques combined with a detection method based on inhibition of bovine trypsin. We found species-specific protease inhibitors in the seminal plasma of cyprinids. At least three bands of protease inhibitors with different migration rates could be identified by native PAGE. Higher variability was characterized for bands with slower migration rates. Visualization of inhibitors after SDS-PAGE under non-reducing conditions allowed estimation of their molecular weights. Apparent molecular weights were within the range of 51–59 and 47–54 kDa for the bands with slower and moderate migration rates, respectively. The molecular weight of fast migration bands for roach and common carp were estimated to 23 and 30 kDa, respectively. Inhibitors of common carp seminal plasma differed in their affinity toward serine proteases. Three inhibitors in common carp seminal plasma could be visualized using cod and bovine trypsin, but only two inhibitors (of high molecular weight) were recognized with chymotrypsin. There were differences in anti-proteinase activity and seminal plasma protein concentration in relation to the origin of common carp seminal plasma (breeding lines) and time of milt collection (spawning vs. post-spawning season).     

浅谈船舶干舷的作用

近几年．在唐山沿海发生的渔船海难、海损事故经统计表明呈增多趋势。这与出海作业渔民的安全意识不强有很大关系．渔民为了挣取更多的效益,在海上,超抗风浪等级作业且人为地增加船的不规范载荷．造成船的储备浮力损失,酿成恶果。笔者认为．在渔船设计建造中,留取的干舷对渔船作业的安全性起相当重要的作用,必不可少。 一、储备浮力的重要性 所谓储备浮力就是自船舶设计水线至水密甲板的水密部分体积,其大小与干舷相关．于舷大则储备浮力大,干舷的重要性就在于能够使船在海中保持正常的浮性和安全。再者,在设计建造渔船时,为了改善…     

牙鲆刺激隐核虫病的防治

2005年七、八月份,乐亭、滦南一带多家工厂化牙鲆养殖场发生刺激隐核虫病,此种病虫害发病急、传染快、死亡率高。发生过该病的养殖场牙鲆死亡率一般都在50％～80％之间,这种病害给牙鲆养殖业带来很大损失。     

斑节对虾虾苗活力检测方法

该研究通过肉眼观察、镜检,进行干露、饥饿、盐度突降、福尔马林等抗性试验,并采用病毒检测等方法,以期建立评估斑节对虾（Penaeus monodon）虾苗活力和质量标准。结果表明,斑节对虾健康虾苗具有趋光性、集群性,体表光洁,肌肉透亮,肠胃食物充盈等特性。测试虾苗干露时间以15min为宜,健康虾苗干露后能立即恢复活力,而病弱虾苗多出现死亡、昏迷现象;虾苗的成活率随饥饿时间的延长而降低,随福尔马林浓度升高和时间延长而降低,随盐度突降幅度增加而降低。健康虾苗能忍受100～200μL·L^-1福尔马林溶液30min,成活率近100％;在盐度20～30下虾苗的成活情况较好,而其在淡水中仅能存活1h。对虾苗进行病毒检测,可以避免养殖中因虾苗携带病毒而可能导致的病毒性疾病的暴发。     

金鳟、虹鳟苗种长途运输实例

鳟鱼发眼卵和旨种运输是养鳟生产的重要环节。发眼卵多在冬季和早春运输,苗种多在晚春和夏季运输。苗种运输大多以鱼篓充氧进行短距离汽车运输,长途运输冷水性鱼苗种的实例很少。本文总结了金鳟和虹鳟苗种长途运输方法,以期与养鳟业界共同交流提高。一、包装材料和方法内包装材料是苗种运输专用塑料袋,规格54×104cm,外包装是泡沫塑料箱,规格63.5×45.5×30．5cm,纸箱规格64×46×32．5cm。塑料袋采取双层式,内装苗种和水共12.5kg,其中苗种0.5-1．3kg,100－2000尾。起运前苗种停食1－2天。运鱼用水水温调至6℃,鱼、水入袋后袋内…     

合浦珠母贝选育家系的遗传多样性分析

该研究选取具有多态性的6对微卫星引物对构建的2批合浦珠母贝(Pinctada fucata)完全双列杂交家系的遗传多样性进行了分析。6个微卫星标记在9个家系360个个体中共检测到32个等位基因,有效等位基因(Ne)为1.758 7~3.586 5,观测杂合度(Ho)为0.144 4~0.488 9,期望杂合度(He)为0.432 0~0.722 2,Shannon指数(I)为0.691 9~1.507 4。9个家系都有单态位点,平均Ho为0.129 2~0.466 7,平均He为0.155 0~0.439 6,平均I为0.248 5~0.712 2。有19个位点(占35.19%)极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡。各家系之间的遗传距离为0.109 0~1.137 2,遗传相似性系数为0.320 7~0.896 8。家系L4B46与L4B48的遗传距离最大,与D3D313的遗传距离最小。UPGMA法聚类分析显示,9个家系分为3支,L4B48单独成一支,B4D426、B4D427与D4B445聚成一支,其余家系聚成一支。该研究结果为合浦珠母贝家系选择育种的亲本选择与交配设计提供了科学依据。     

同工酶(Isozyme)分析技术及其在紫菜(Porphyra)研究中的应用

同工酶是基因表达的直接产物,反映了编码蛋白质的DNA序列信息。利用同工酶分析技术不仅能区分紫菜叶状体的不同同工酶特征,而且能表现微型孢子体（丝状体）同工酶特征,利用不同种类和不同品系的紫菜丝状体的同工酶谱进行遗传多样性分析,对紫菜种质鉴定、遗传图谱的构建、寻找紫菜遗传多样性中心地区、筛选优良品种、进行种质改良研究都具有特别重要的意义。     

母猪胎衣不下的病因与防治要点

猪的胎盘属于弥散型胎盘,这种胎盘的结构特点和饲养管理的不当,常常导致母猪胎衣不下发生,给生猪的生产繁殖带来极大损失。本文针对母猪胎衣不下发生病因、综合防治进行详细阐述,旨在对预防和治疗胎衣不下能有所帮助。