基于ISSR-PCR的长白落叶松种子园单株遗传多样性分析

以长白落叶松无性系种子园347个单株为试验材料,利用ISSR-PCR分子标记技术分析其遗传多样性的结果表明,长白落叶松种子园单株具有丰富的遗传多样性。11条引物共扩增出172条谱带,其中,多态性谱带169条,多态位点比率为98.26%,基因多样性指数0.285 5,Shannon多样性指数0.479 5～0.520 4,Nei's指数0.064 0～0.436 0。     

杜仲ISSR-PCR反应体系的建立与引物筛选及其在遗传多样性研究中的应用

为了探究杜仲多居群的遗传多样性,通过开展正交试验,建立了适合杜仲的ISSR-PCR反应体系,筛选出了14条多态性较高的有效引物,分析了杜仲的遗传多样性;共扩增出108个多态性位点,多态性位点的百分率为100%,有效等位基因数ne为1.505,Nei’s期望杂合度He为0.308,Shannon多态性的信息指数I为0.472。文中初步揭示出杜仲具有较高的遗传多样性,试验结果表明了ISSRs标记技术适用于杜仲的遗传多样性研究。     

绣球花品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

利用ISSR-PCR分子标记技术对23个绣球花品种进行遗传多样性研究,从100条引物中筛选出10条引物对供试材料基因组总DNA进行PCR扩增,共扩增出条带123条,其中多态性条带102条,占82.93%,具有较高的多态性。经Pop Gen32软件包分析,23个绣球花品种的平均有效等位基因数为1.493 7,平均Nei’s基因多样性指数为0.290 7,平均Shannon信息指数为0.435 7,遗传距离介于0~0.769 1之间,遗传一致度介于0.463 4~1.000 0之间,具有广泛的遗传多样性,梦幻蓝和史欧尼10条引物的扩增结果一致,二者可能为同一个品种。UPGMA聚类将23个品种分成2类,聚类结果与叶片特征一致。引物UBC855可以将23个绣球花品种完全区分,依此建立了23个绣球花品种的指纹图谱。研究结果为绣球花分类,品种鉴定、分子育种和子代鉴定提供了重要的依据。     

马尾松二代育种亲本遗传多样性分析

以贵州都匀马寨马尾松种子园33个家系优良单株的针叶为材料,利用ISSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,从100个引物中筛选出12个多态性引物进行扩增,建立了最适的PCR反应体系。结果表明:共获得169条清晰可辨的条带,平均每个引物扩增出14.08个条带,其中多态性带139条,多态位点百分率为82.25%;33份材料的平均观测等位基因数为1.822 5,有效等位基因为1.575 5,Nei’s遗传多样性指数为0.325 4,Shannon信息指数为0.475 8;利用UPGMA法将33份材料分为3类,遗传距离介于0.174 1~0.586 6之间,亲缘关系树状图从分子水平显示了33个家系个体间的亲缘关系,为马尾松亲本选配提供了理论指导。     

湖南桂阳马尾松种子园遗传多样性的ISSR分析

本研究从100条ISSR引物中筛选出11条多态性引物,对湖南桂阳马尾松第二代种子园共87份样品进行遗传多样性分析,共扩增得到246个多态位点。采用PAUP4.0软件分析,获得两个主要群体(广西群体和城步群体),在城步群体内,湖南和贵州两省的家系被分开。再对两个主要群体采用POPGEN32软件分析,结果表明:在桂阳第二代种子园内总的多态位点百分率达98.80%,总的Shannon信息指数为0.583 7,Nei's基因多样性指数为0.400 3,2个群体的多态位点百分率分别为93.57%、98.80%,各群体间的基因分化系数为0.036 3,基因流为13.258 6。这表明桂阳第二代马尾松种子园的遗传多样性水平高,个体间的基因多样性变异大,该种子园所采用的建园方式是可取的。     

利用SRAP标记分析日本落叶松2代优树的遗传多样性

为研究日本落叶松2代优树间的遗传多样性,该文利用SRAP分子标记的方法对选择的80个样本进行了遗传多样性分析。结果表明:筛选出的8对引物共扩增出235条DNA条带,其中多态性条带223条,多态性百分率为94.89%,每对引物可扩增出20~37条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带数为29.4条。利用UPGMA法进行聚类,当相似系数为0.824时将80个日本落叶松种质材料划分为4个类群。聚类基本与子一代的亲缘关系符合,类群间遗传基础较狭窄,亲缘关系较近,为日后建立日本落叶松2代种子园的工作提供了理论依据。     

绿竹等30个竹种ISSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

为了研究30个竹种的遗传多样性和亲缘关系,建立其DNA指纹图谱,为竹亚科部分植物的分类及种质鉴定提供参考,利用优化的ISSR-PCR体系,筛选出18个多态性较好的的引物,对30个竹种的DNA进行PCR扩增。结果显示,18条引物扩增出的多态性位点占100%,平均每个引物扩增出14个位点,且DNA片段长度在200—3 000bp之间;30个竹种间的平均遗传距离为0.441 4,平均遗传相似度为0.644 44;在遗传距离0.51处进行ISSR聚类分析,可以将竹种分成6组,这与传统的分类大多比较吻合。说明30个竹种具有相当丰富的遗传多样性和基因库,各竹种间有一定的遗传差异和亲缘关系;ISSR技术分析竹种间亲缘关系和遗传多样性具有较高的精确性,可作为竹种分类的参考技术。     

枫香优良观赏种质的遗传多样性分析

利用ISSR标记技术对12份枫香观赏种质进行遗传多样性分析,通过正交实验优化枫香的ISSR-PCR扩增体系,即在20μL体系中加入PCR反应缓冲液2μL、镁离子1.5 mmol.L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U、dNTP 0.15 mmol.L-1、引物0.4mmol.L-1、DNA模板80 ng。筛选出的19条ISSR引物共得到131条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为71.75%。12份种质的有效等位基因数是1.482,基因多样性0.3012,Shannon信息指数0.4674,表明遗传多样性水平相对较高。进一步的聚类将这些种质分成3类,其中4号样本和11号样本的遗传相似度最高。     

利用RAPD和ISSR分析百日草自交系间的种质遗传多样性

首次运用RAPD与ISSR技术分析了百日草20个自交系的种质遗传多样性.结果表明：从供试材料中147条RAPD引物和44条ISSR引物筛选到具有多态性的RAPD引物12条,ISSR引物9条.RAPD引物共扩增出147条带,多态性位点数为100,多态性位点比率为68.03%,平均多样性指数为0.3559,有效等位基因数为1.4169;ISSR引物共扩增出128条带,多态性位点数为97,多态性位点比率为76.38%,平均多样性指数为0.4013和有效等位基因数为1.4728.试验表明,RAPD、ISSR及两种分子标记整合后的结果较为相似,呈极显著的正相关.聚类结果将20个自交系基本分为2类：一类群来源虹越种子集团公司;另一类群来源甘肃酒泉种子集团公司,分类与原产地相关.RAPD与ISSR标记是研究百日草种质遗传多样性有效的工具,在分析百日草的亲缘关系特别是系谱关系时,ISSR是一种多态性和重复性优于RAPD的分子标记.两种分子标记整合后既能鉴定出自交系的系谱先后关系,也能反应来源相同自交系的亲缘关系.     

基于SRAP分子标记的广宁红花油茶种质资源遗传多样性研究

利用SRAP分子标记建立广东省4个种群153个单株的广宁红花油茶种质资源遗传多样性评价体系,从594对引物组合中最终选出13对引物,结果表明:13对引物组合共扩增出206条带,平均每对引物组合获得15.85条,多态性条带为187条,多态性条带比率(PPB)为90.78%。种群Nei's基因多样度(h)、Shannon多样性指数(I)、多态性位点百分比(PPL)变化范围分别为0.217 9~0.356 3,0.321 7~0.524 8及58.25%~92.72%,平均值分别为0.307 8,0.456 3及83.62%,表明广宁红花油茶具有丰富的遗传多样性。聚类分析表明,当阈值为0.93时,可将广宁红花油茶4个种群分为2大类,广东清远单独成为一类,第二类包括广东广宁县,广东增城,广东云浮。广东云浮与广东增城遗传距离为0.019 3,遗传距离最小,说明二者的亲缘关系最近。AMOVA分子变异方差分析显示,在广宁红花油茶总的遗传变异中,种群内占95%,而种群间仅占5%。     

桂花优良品种‘珍珠彩桂’遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对44个桂花品种进行遗传多样性研究,从100条引物中筛选出10条引物对供试材料基因组总DNA进行PCR扩增,共扩增出条带122条,其中多态性条带112条,多态性比例为91.8%。经Pop Gen32软件包分析,44个桂花品种的平均有效等位基因数为1.592 8,平均Nei’s基因多样性指数为0.341 9,平均Shannon信息指数为0.506 3,遗传一致度介于0.475 4~0.926 2之间,说明桂花品种间遗传多样性较高。UPGMA聚类将44个品种分成7类。建立了新品种‘珍珠彩桂’和其它43个桂花品种的DNA指纹图谱,可从分子水平将‘珍珠彩桂’与现有其它桂花栽培品种进行鉴别。研究结果为桂花分类、品种鉴定、分子育种和子代鉴定提供了重要依据。     

广东韶关马尾松种子园遗传多样性分析

从210个随机引物中筛选出的16个引物,共检测到118条带,其中多态性带95个,总多态位点比率为80.37%,充分说明了马尾松无性系间遗传背景的复杂性和多样性。采用Nei指数计算的建园无性系马尾松有效等位基因数平均值为1.3447,总基因多样性为0.2445,遗传多样度(h)平均值为0.2445,Shannon′s信息指数(I)平均值为0.3558,与一些松柏纲植物的RAPD数据资料相比,马尾松的遗传多样性处于较高水平,显示出该无性系马尾松种子园内各马尾松的遗传基础较宽,具备营建出遗传品质好、遗传多样性高、稳定性好的马尾松人工造林的能力,能满足林木育种的需要。     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

云南主要核桃品种的ISSR分子鉴别

以核桃当年萌发的新叶为材料,在建立了良好的反应体系基础上,筛选出8条引物对云南省11个主要栽培和推广的核桃品种进行了ISSR分子标记研究。结果表明:8个ISSR引物共检测出位点102个,其中多态性位点62个,占60.78%,参试样品具有较高的多态比率;用其中的两条引物建立了11个品种的指纹图谱,并可用之鉴别参试品种;POPGENE 32软件的计算结果有效等位基因数、基因的多样性和Shannon信息指数分别为1.370 7,0.214 3和0.321 6,供试的云南核桃品种在分子水平上存在比较丰富的遗传变异。     

湖北麻城杜鹃古群落遗传多样性研究

湖北麻城杜鹃是迄今发现的我国最大的古杜鹃原始群落,它不但具有重要的经济观赏价值,而且具有重要的研究价值。利用ISSR分子标记技术对湖北麻城龟山景区的杜鹃古群落遗传多样性进行了初步分析。14个多态引物共检测到182个位点,其中多态位点144个,多态位点百分率为79.12%;平均有效等位基因数为1.470 8个,平均Nei's基因多样性为0.289 3,平均Shannon信息指数为0.447 5,表明该景区杜鹃的遗传多样性较高。     

不同种源印楝遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对印楝进行遗传多样性分析,用9条引物进行扩增,共检测出81条清晰的位点,其中79条具有多态性,多态位点百分率为97．53％,Nei＇s基因多样性指数为0．3803,Shannon信息指数为0．5537,表明印楝遗传多样性很丰富。种源间遗传分化系数为0．4702,Shannon’s居群分化系数为0．4677,表明印楝种源内的遗传分化大于种源间的分化。聚类分析将13个种源分为2大类,来自缅甸的11个种源聚成一类,来自澳大利亚和印度的种源聚成另外一类。结果表明,ISSR分子标记技术适合于印楝的遗传多样性分析。     

利用ISSR标记对12种五针松亲缘关系的研究

采用ISSR 标记技术,对12 种五针松的亲缘关系进行分析。利用筛选出的12 个ISSR 引物共检测到117 个位点,多态条带比率(PPB)在9.40%～33.33 %之间,遗传分化最高的是偃松,最低的是柔枝松。12 种五针松的基因多样性(Ht)为26.21%,其中种内基因多样性(Hs)为7.66%,种间基因多样性(Dst)为18.55%,五针松种间变异占总变异的70.78%。遗传距离聚类,将12 种五针松分为2 个类群,第一类群包括乔松、华山松、海南五针松、华南五针松、北美乔松、山白松和云南五针松;第二类群包括美国白皮松、偃松、、柔枝松、西伯利亚红松和红松。图1 表3 参6。     

珙桐天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

利用ISSR分子标记分析来自11个天然珙桐种群的遗传多样性。从100条引物中筛选出5条引物能扩增出稳定、清晰且具多态性的条带,共扩增出77个条带。其中74个为多态,多态条带百分率(PPB)为96.10%;各种群PPB值为37.66%～63.64%,平均为54.07%。种内Shannon多样性指数(HSP)为0.4849,种群内Shannon多样性指数(HPOP)为0.1886～0.3274,平均为0.2774。这表明珙桐在物种和种群水平上均维持较高的遗传多样性。分子方差分析显示,种群间与种群内遗传变异分别占总遗传变异的46.22%,53.78%,种群间呈高度遗传分化。种群间遗传距离与对应的地理距离呈显著正相关(r=0.546,P<0.01)。UPGMA法聚类分析将11个珙桐种群分为3组。研究结果为珙桐遗传资源保护策略制定提供有价值的种群遗传学信息。     

北五味子遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(Inter Simple Sequence R epeat)标记技术,分析了东北三省16个产地北五味子的遗传多样性.6个ISSR引物共检测到83个位点,多态位点的百分率在9.64%～42.17%之间.ISSR的Shannon指数变化范围在0.0583～0.1966之间,Nei指数的变化范围在0.0399～0.1254之间.16个产地的北五味子的基因多样性为24.05%,产地间变异占总变异的66.81%.各产地的地理气候因子与遗传变异指数相关分析表明,影响遗传多样性的地理气候因子为经度和温度,表现为分布区西部、生长季节温度较低的产地变异丰富的特点.