应用TaqMan荧光定量PCR检测H3N8亚型马流感病毒

为建立马流感病毒(ETV)的检测方法,本试验针对H3N8亚型ETV血凝素(HA)基因高度保守序列设计并合成了2对引物和1条TaqMan荧光探针,建立了TaqMan荧光定量PCR方法.经用TaqMan荧光定量PCR、RT-PCR和病毒分离方法分别检测新疆等省135份疑似EIV马鼻拭子样品,其结果表明:3种方法的马流感检出率分别为54.07%、37.78%、0.89%;TaqMan荧光定量PCR可检出马流感病毒基因组RNA的灵敏度可达10拷贝/反应.而且与其他马呼吸道病毒均无交叉反应,具有良好的特异性、敏感性和重复性.该方法为H3N8亚型马流感的早期诊断及分子流行病学调查等提供了一种新的快速、准确的定量检测技术.     

H3亚型猪流感病毒荧光定量PCR检测方法的建立

通过RT-PCR方法克隆了H3亚型猪流感病毒HA基因一段靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板.根据GenBank中的H3亚型猪流感病毒HA基因保守序列设计了用于FQ-PCR的1对引物和1条TaqMan探针.通过条件优化,以10倍系列稀释的质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,并制作标准曲线,建立了检测H3亚型猪流感的荧光定量PCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,线性范围为109～100,达10个数量级;对起始浓度为1.0×109、1.0×108、1.0×107拷贝/μL的标准品的最终实际测得值(Ct)分别为13.68,18.21和20.57;变异系数分别为0.31%、0.17%和0.12%,均小于5%,说明此方法具有良好的准确性和重现性.对阳性组织病料的检测表明,该方法的检测灵敏度高出常规PCR,与套式PCR具有相近的灵敏度.     

H3亚型猪流感病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快捷、可行的检测H3亚型猪流感病毒(SIV)的方法,本研究根据GenBank中登录的H3亚型SIV HA基因的保守序列,设计合成一对特异性引物,建立了一种检测H3亚型SIV的SYBR Green Ⅰ荧光定量检测方法,并进行灵敏度、稳定性和特异性试验,与普通PCR进行比较.研究结果表明,标准曲线的循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系,R2为0.994,CV在0.17％～1.41％之间,具有良好稳定性.除H3亚型SIV外,对H1、H4、H6、H9亚型SIV以及猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒和猪圆环病毒2型的检测均为阴性,与普通PCR相比更灵敏.该方法特异性好,准确率高,适于临床分离鉴别H3亚型SIV.     

H1亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究旨在建立一种检测H1亚型禽流感病毒(AIV)的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法.根据对GenBank中H1亚型AIV HA基因序列的分析,设计针对H1亚型AIV的HA基因特异性引物,并以H1亚型AIV的cDNA为模版,构建重组阳性质粒.采用梯度稀释重组标准品阳性质粒DNA的方法,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(real-time PCR)标准曲线.敏感性试验结果显示,扩增效率和标准误差分别为100.9％和0.011 7,熔解曲线呈单一熔解峰.在35个Ct值内该方法可检测到100个拷贝的标准品DNA;特异性试验结果显示,该方法对于其他亚型AIV和禽呼吸道病原体不能检出;重复性试验结果显示,组内变异系数小于1％.建立的Real-time PCR具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于临床上H1亚型AIV的检测.     

分子信标荧光定量PCR检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

利用新型荧光探针—分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒（SIV）的HA和NA基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用实时荧光定量PCR技术检测H3N2亚型SIV。构建重组质粒pSK-H3和pSK-N2并绘制标准曲线。结果显示,该检测方法的敏感性达到102拷贝/μL;与其它主要相关病毒均不发生交叉反应,批内和批间试验的重复性变异系数（CV）均小于3％,表明该方法灵敏度强、特异性好。此方法的建立将为流感病毒H3N2亚型定型检测提供一种快速有效的方法。     

H3N2亚型犬流感病毒的分离鉴定

为了解广州地区犬流感的流行情况,本研究采集107份犬鼻咽拭子样品和58份血清样品,SPF鸡胚分离病毒并进行抗体检测。结果显示:分离获得3株H3N2亚型犬流感病毒。分离株的EID50为10-2.42/0.1 mL～10-3.5/0.1 mL;MDT为177.6 h～192 h;对乙醚、氯仿、酸和温度均敏感;对血凝素为热不稳定型;能够凝集公鸡、豚鼠、猪和牛的红细胞。     

广东1株H3N2亚型犬流感病毒全基因组遗传进化分析

本试验对1株犬源H3N2亚型流感病毒(A/Canine/Guangdong/10/2014)进行了遗传进化分析。结果显示,本毒株8个基因片段与在中国和泰国分离的H3N2亚型犬流感的关系最近,与当前亚洲分离的毒株高度相似(99%)。基因亚型分析显示8个基因片段和目前流行的H3N2CIVs有相同的基因型(K,G,E,3B,F,2D,F,1E)。本毒株为低致病性的禽源H3N2亚型犬流感,从而证实了禽源犬流感亚型在中国的存在,对流感病毒实施广泛的血清学和流行病学检测,以及对该病的防控具有重要意义。     

H3N2亚型犬流感病毒RT-LAMP快速检测方法的建立及应用

为了快速诊断H3N2亚型犬流感病毒(CIV)感染,根据H3N2亚型CIV的M和HA基因序列,设计了3组LAMP引物,优化反应条件,建立了H3N2亚型CIV的RT-LAMP检测方法。结果表明,RT-LAMP方法能在63℃恒温条件下,在45min内完成扩增,通过反应管中预加的荧光染料颜色的变化实现目视化判定。该方法对犬的常见病原无交叉反应,具有较好特异性;灵敏度是常规RT-PCR方法的100倍。该方法操作简单、快速灵敏、特异性强,适合现场应用,对H3N2亚型CIV的检测具有实际的应用价值。     

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR法检测猪流感H3N2亚型病毒方法的建立

本试验针对H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因建立SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR检测方法.根据GenBank上的SIV N2基因序列设计一对引物,扩增片段406bp.纯化扩增目的片段后连接pMD18 T载体中,命名为pMD18-TN2,转化入E.coli DH5α,测序正确作为阳性模板,优化反应条件建立方法.此荧光PCR方法所能检测最低病毒含量为75 copies/μL,拥有良好的特异性和重复性.此方法的建立将为流感病毒N2亚型神经氨酸酶基因定型检测提供一种有效方法.     

H7和N9亚型及A型流感病毒多重荧光定量RT-RCR检测方法的建立

为同时检测H7亚型、N9亚型和A型流感病毒,本研究根据流感病毒H7 HA、N9 NA以及M基因序列分别合成3对引物和3种荧光素标记的探针,建立了多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法.特异性试验结果显示,仅H7亚型和N9亚型病毒分别在FAM和JOE通道监测到荧光信号,而所有A型参考流感病毒株均可获得Cy5荧光信号,此外其他相关的禽源病毒检测结果均为阴性.同时,以H7N9亚型病毒RNA为模板建立了标准曲线,检测H7 HA、N9 NA以及M基因的R2值均为0.999,最低检出量均为35.4 EID50/mL.批内和批间试验的变异系数均小于1.48％.利用该方法对1 072份临床样品(咽喉和泄殖腔拭子)检测,H7N9亚型和A型流感病毒分别检出7份和23份.该方法可以有助于H7N9亚型和A型流感病毒的快速检测及鉴定.     

H6亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究旨在建立一种快速、特异、敏感的H6亚型禽流感病毒(AIV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。针对H6亚型AIV的血凝素(HA)基因序列保守区设计1对引物,并优化反应条件。结果表明,该方法的最低检测限为1.07×101拷贝质粒DNA,与常规PCR相比,灵敏度高出1 000倍;扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(80.81±0.08)℃,组内变异系数为0.08%～0.99%,组间变异系数为1.85%,可重复性好;对H1、H3、H5、H7、H9亚型禽流感病毒及新城疫病毒等其他呼吸道病原体无扩增;检测快速,从样本处理到报告结果仅需3.5 h。     

H3亚型猪流感病毒抗原捕捉ELISA检测方法的建立

为快速检测H3亚型猪流感病毒(SIV),本研究将一株H3N2亚型SIV特异性单克隆抗体(MAb)进行纯化,建立了以多抗作为包被抗体,MAb作为检测抗体的H3亚型SIV抗原捕捉ELISA (AC-ELISA)方法.并对该方法的特异性和敏感性进行了分析,其敏感性是血凝试验的4倍,与猪繁殖与综合征病毒、猪圆环病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒以及H1、H5、H9亚型SIV均没有明显的交叉性反应,批间和批内重复试验变异系数均小于10％.应用建立的AC-ELISA方法对84份H3亚型SIV实验室感染样品进行检测与鸡胚滴定病毒结果符合率达90.47％.本实验建立的AC-ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,可用于H3亚型SIV的临床检测.     

H3亚型禽流感病毒血凝素特异性单克隆抗体的制备

以H3亚型禽流感病毒(AIV)免疫BALB/c小鼠,取其脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,用血凝抑制试验(HI)筛选阳性杂交瘤细胞并克隆化。结果获得了4株针对H3亚型禽流感病毒血凝素的单克隆抗体,分别命名为1D7、1F9、5A4、5F5。这些单克隆抗体小鼠腹水HI效价为212～214。用H1、H6、H10亚型禽流感病毒各2株,H4、H5、H9和新城疫病毒(NDV)各1株进行特异性试验。结果表明:所有这些单抗仅与H3亚型AIV发生特异性HI反应,而不与其他亚型AIV及NDV反应。用28株H3亚型禽流感病毒进行排谱试验,结果证明:4株单抗均具有广谱性,其中1F9、5A4、5F5与受试的28株H3亚型AIV均反应,而1D7只与其中的26株反应。以上单抗将为控制畜禽及人类的流感提供必需的诊断试剂。     

H5、H9亚型禽流感病毒快速鉴别诊断方法的建立

为了快速、敏感、特异地鉴别诊断我国目前流行的禽流感，根据H5、H9亚型禽流感病毒HA基因序列的保守区域设计并合成2对特异性引物，利用这2对引物对H5、H9亚型禽流感病毒的HA基因片段进行二联RT—PCR扩增，并对二联RT—PCR检测方法进行了敏感性及特异性试验。结果表明，这2对引物能特异地扩增H5、H9亚型禽流感病毒HA基因片段，大小分别为490bp和686bp；该检测方法敏感性高，特异性强；初步建立起快速、敏感、特异地鉴别检测H5、H9亚型禽流感病毒的分子诊断方法。     

H9亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据H9亚型禽流感病毒HA基因上的保守序列,设计合成引物,以阳性H9亚型禽流感病毒HA基因重组质粒为标准品做标准曲线,建立了荧光定量逆转录聚合酶链反应检测方法。结果表明:本试验建立的标准曲线循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.997,灵敏度约为6拷贝/μL,对新城疫病毒和其他禽病病毒无交叉反应,特异性好,重复性佳,对193份临床泄殖腔棉拭样品的检测,其结果与经典病毒分离方法符合率大于90.0%。该方法为H9亚型禽流感病毒检测提供了一种特异、敏感、快速、较便宜、高通量、生物安全性好的定量检测手段,将在禽流感病毒临床样品快速筛检、流行病学监测等方面显示良好的应用前景。     

H10亚型和N8亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据基因库中H10亚型禽流感病毒(AIV)HA基因、N8亚型AIV NA基因和所有亚型AIV M基因序列,分别设计筛选出3对特异性引物,优化引物之间的浓度,建立了H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法。该法对含有H10和N8亚型AIV的模板可特异性扩增出267 bp(H10亚型AIV)、464 bp(N8亚型AIV)和693 bp(AIV)目的条带,对H10亚型AIV扩增出267、693 bp目的条带,对N8亚型AIV扩增出464、693 bp目的条带,对其他亚型AIV仅扩增出693 bp目的条带,对常见禽病病原体均未扩增出任何条带。该法对H10亚型和N8亚型AIV检测下限为10~3拷贝/μL。120份临床样品检测结果与病毒分离鉴定一致。研究建立的H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高,为同时快速鉴别检测H10亚型和N8亚型AIV提供一种简便、快速和有效的方法。     

实时荧光PCR技术快速定量检测H5亚型禽流感病毒

选取H5亚型禽流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)基因保守序列,使用Primer Express 2.0软件设计出特异性引物和TaqMan MGB探针,利用实时荧光PCR技术来定量检测禽流感病毒。使用含有选定检测序列的RNA标准品做标准曲线,结果表明该方法的灵敏度为10拷贝/反应,标准曲线的相关系数为0.998003,对H9亚型禽流感病毒和其他禽病病毒无交叉反应,特异性好、重复性佳。为禽流感病毒检测提供了一种特异、敏感、快速的定量检测方法。     

H5、H9亚型禽流感分子鉴别诊断方法的建立

为了快速、敏感、特异地鉴别诊断禽流感,根据H5、H9亚型禽流感病毒HA基因序列的保守区域设计出并合成两对特异性引物,扩增出H5、H9亚型禽流感病毒HA基因片段、大小分别为490 bp和686 bp;该检测方法敏感性高,特异性强,初步建立起快速,敏感特异地鉴别检测H5、H9亚型禽流感病毒的分子诊断方法。     

表达H3N2亚型猪流感病毒HA的重组伪狂犬病病毒对仔猪的免疫效力评价

利用猪流感病毒(Swineinfluenza virus,SIV)与伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)血清学阴性的4周龄断奶仔猪,对此前构建的表达SIVA/Swine/Inner Mogolian/547/2001(H3N2)血凝素(HA)基因的重组伪狂犬病病毒(rPRV-HA)进行了免疫效力评价。按每头105.0PFU rPRV-HA肌肉注射断奶仔猪(n=12),同时设Bartha-K61免疫对照组(n=5)和非免疫攻毒对照组(n=5)。免疫后35d用2×105.0TCID50的SIVA/Swine/Heilongjiang/74/2000(H3N2)进行强毒攻击。rPRV-HA免疫组免疫后7d均可检测到高滴度针对SIV的血凝抑制(HI)抗体,而所有对照组小猪仅在攻毒后7d才开始产生针对SIV的HI抗体;rPRV-HA免疫组在病理学保护方面明显优于对照组,支气管和肺泡冲洗液病毒分离结果显示,攻毒后7d rPRV-HA免疫组没有检测到病毒,而两个对照组可检测到病毒。以上试验结果表明,rPRV-HA免疫猪对同亚型SIV的攻击具有很好的保护作用。