银杏EST SSR引物开发

为了开发银杏SSR标记,从NCBI的dbEST数据库中共下载21 604条银杏EST序列,经过去冗余处理和SSR位点搜索,共得到2 122条EST SSR序列。比较发现,二核苷酸和三核苷酸重复基元所占比例较高。利用TRA1.5软件共成功设计1 926对引物,随机选取100对引物进行合成和筛选,共选出22对具有多态性扩增条带的引物。22对引物在50个银杏品种上共扩增出78个条带,其中多态性条带34条。     

桑树EST—SSR引物开发

【目的】利用桑科的EST数据库进行桑树EST—SSR引物开发,为丰富桑树SSR数据库提供参考。【方法】下载NCBI中桑科的EST数据库,进行序列处理及拼接后,用SSRIT搜索其中的SSR位点,以Primer Premier 5．0设计引物,选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选。【结果】下载的EST拼接后得到2008条拼接片段（contig）,共搜索到831个SSR位点,分布在799个contig中。二、三核苷酸重复基元是主导类型,分别占总SSR的66．06％和32．37％;TC／AG和CT／GA是二核苷酸优势重复基元,分别占二核苷酸总数的28．64％和25．87％。设计合成77对EST—SSR引物,其中46对能够扩增出有效条带;经多态性筛选,26对引物可扩增出多态性条带。【结论】利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST—SSR引物的开发是可行的;开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等。     

梅花杂种鉴定中SSR分子标记引物的筛选

利用SSR分子标记技术对以‘淡丰后’(或‘丰后’)为母本,分别与其他梅花品种及近缘种杂交的F1代及其亲本进行杂种鉴定。用47对从梅花近缘种(包括桃、李、杏、酸樱桃、甜樱桃)中已开发出的SSR引物和3对梅花EST-SSR引物对亲本进行SSR-PCR扩增,其中8对引物(aprigms18、BPPCT001、BPPCT002、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)对23个父本中的21个有稳定、特异扩增(相对于母本),包括12个梅花品种和9个近缘种,有效扩增率为91.3%。再用以上8对引物对10个杂交组合进行扩增,有6对引物(BPPCT001、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)能够初步鉴定出其中7个杂交组合中21个杂种F1代的真实性(父本分别为江梅、‘变绿萼’、‘白须朱砂’、‘小红朱砂’、‘辽梅’山杏、毛樱桃、‘寿红’桃),鉴别率为77.8%。证明梅花近缘种基因组SSR引物及梅花EST-SSR引物在梅花杂种鉴定中的适用性,拓宽了SSR分子标记技术在梅花杂交育种中的应用。     

荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

 【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene（惟一序列）中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC（16.82%）;其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对（81.33%）引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR 标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100 对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。     

玉米及近缘物种的起源

玉米的起源与进化问题使人非常感兴趣,其原因不仅是由于玉米在经济上的重要性,也由于在其进化过程中产生了非常丰富的变异,对于玉米的起源争进化途径的理解有助于育种工作者把握其进化趋势,更有成效地从事育种工作。     

小麦近缘物种通用标记的开发及应用

随着小麦远缘杂交和染色体工程的深入开展,小麦近缘物种的部分优异性状已被导入小麦,极大地丰富了普通小麦的遗传基础.然而,目前可用于检测小麦背景中近缘物种的通用分子标记还非常缺乏.本研究利用生物信息学手段筛选小麦A、B和D染色体组上相关基因,通过综合分析基因结构和不同内含子长度,在长度适宜的内含子上下游外显子保守序列处设计...     

甘蔗EST-SSR标记的开发和多样性分析

运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282 809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138 590条,发掘出分布于10 086条Unigene的10 505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26%,平均9.22 kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),二者占总数的90.27%。以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明,富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性。此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点。最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.49/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。     

云南松EST-SSR引物在其近缘种中通用性的研究

根据云南松EST序列设计了32对SSR引物,从中随机选取7对引物,对不同群体云南松及细叶云南松、马尾松等近缘种进行了PCR,研究云南松EST-SSR引物在近缘物种中的通用性。结果表明：所选择的7对引物对云南松不同群体及其近缘种的扩增成功率均为100%;且7对引物在云南松不同群体的多态性比例均为100%,在细叶云南松、马尾松、高山松、油松和思茅松等近缘种中分别为7143%、8571%、8571%、8571%和100%;云南松EST-SSR引物具有较高的通用性,且这些引物可用于分析云南松及其近缘种间的遗传关系。     

葡萄EST-SSR标记的开发及其应用

从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%。二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性。50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%。其中,26对引物扩增条带具有多态性。利用16对经过验证的EST-SSR引物对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果。     

国槐不同器官转录组分析及EST−SSR引物开发应用

以国槐品种“青云1号”的根、茎、叶3种不同器官为材料,利用高通量测序技术分别对其进行转录组测序,筛选其根、茎、叶差异表达基因,进行生物信息学分析及EST−SSR分析。通过转录组两两对比筛选得到的根 vs. 茎、根 vs. 叶及茎 vs. 叶差异基因数分别为51937、52711和7193条,进一步对其进行GO及KEGG富集分析。结果表明：差异基因显著富集于代谢过程、催化活性、糖酵解和糖质新生等功能。EST−SSR分析表明,国槐根、茎、叶的SSR序列长度均在10～80 bp间变化,主要以10～22 bp的短序列为主,且主要以单核苷酸重复为主,从30对有效性引物中筛选出9对多态性较高的引物,并构建了11个不同国槐无性系的指纹图谱。     

我国古典梅花名园与梅文化研究

梅花是我国著名的传统名花之一,古典专类梅花名园有着悠久的造园历史和文化渊源。本文简要综述了前人对我国古典专类梅花名园胜地的起源、历史与梅花文化等研究进展。回顾和总结这些历史发展对我们传承梅花文化精神以及营建现代梅园具有重要的理论和实际意义。     

传统梅园美感生成机制对当代梅花专类园设计的启示

梅花是中国传统园林喜用的主题植物之一。传统梅园所追求的赏梅意境是一种以传统文人的赏梅意趣为导向的、浪漫的梅园境界。传统文人所追求的"物我交融"的梅花审美取向在当代梅花专类园设计中仍然起到指导梅花种植和造景的作用。通过解析传统梅园美感生成机制,并以现代环境美学观点研究传统梅园的美感生成机制,指出梅园的环境美感是由感觉价值、形式价值和综合价值构成,并据此启发当代梅花专类园设计。     

钟山梅及应用探讨

南京梅,尤以钟山梅,始盛于六朝。今日梅花山以"天下第一梅山"的面貌饮誉于世。钟山梅可应用于观赏、食用等方面。今后应进一步挖掘钟山梅资源,高度发展梅切花、微型盆景、梅食品等的生产,并选育优质的花果兼用型、行道树等品种,尽可能满足消费市场及城市绿化的需求。     

梅花快速实生选育新品种技术初探

从实生苗的变异植株中选育优良新品种是目前培育梅花新品种的主要方法,但存在周期长、效率低的弊端。拟通过多年育种实践,探索实生选育梅花新品种更为快捷、有效的技术,为今后相关工作提供借鉴。     

苦荞转录组EST-SSR发掘及多态性分析

利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描,共得到2 700个SSR位点,分布于2 624条EST序列中,SSR位点平均距离为1/1.73 kb。随着EST序列长度的增加,含SSR位点序列的比例也随之升高,800 bp以上EST序列含SSR的比例明显高于800 bp以下序列。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复是苦荞EST-SSR主导类型,分别占总SSR的52.11%、13.33%和30.63%,其中(A)n、(AG)n和(AAG)n是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基序,分别占总SSR的51.85%、7.11%和8.93%。设计合成了150对 EST-SSR 引物,其中91对引物（60.67%）在40份苦荞种质中获得有效扩增,30对引物（32.97%）具有多态性。平均每对引物能检测到3.53个等位变异;多态信息含量（PIC）在 0.10~0.71之间,平均达0.40。以上结果说明,从苦荞转录组EST序列中大规模开发SSR标记是一条简便而可行的途径。     

挪威云杉EST资源的SSR信息分析

对挪威云杉EST序列的SSR进行研究,结果表明:4 164条无冗余EST序列中,SSR的出现频率是7.39%,其平均分布频率为7.35 kb,平均长度为15.39 bp;三、四核苷酸是主要的重复类型,二者出现的频率占总SSR的73.29%;AG/CT、AGG/CCT、AAAG/CTTT分别是二、三、四核苷酸中的优势重复类型。