猪240日龄GLU和GSP含量的全基因组关联分析

试验采集了435头240日龄苏太猪和760头240日龄白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪的血清以检测其血糖和糖基化血清蛋白指标,并利用Illumina porcine 60 K SNP芯片判定个体的基因型,同时进行了全基因组SNP与2个性状关联性分析,以及定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪个体240日龄血糖和糖基化血清蛋白的QTL。结果表明,试验共定位到5个影响血糖和糖基化血清蛋白的QTL,且均为5%染色体显著水平,但其中2个可能是假阳性结果,这些QTL位于不同染色体区域,解释表型变异为3.719%和3.724%。     

采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL

为研究影响猪后腿质量的QTL,采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记,对白色杜洛克(♂)×二花脸(♀)资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测,利用最小二乘线性回归分析,通过置换试验确定显著性域值,对影响猪后腿质量的数量性状位点(QTL)进行了定位分析.共检测到10个QTL位点,其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs,在5和7号染色体上检测到2个5%基因组显著水平QTLs.影响效应最大的QTL位于7号染色体58 cM处,置信区间仅为5 cM,这些结果为下一步的精细定位和位置候选基因的分离奠定了基础.     

猪IRS4基因多态性、表达差异及其与脂肪沉积性状的关联分析

本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96CG,外显子上的同义突变g.1829TC和错义突变g.1794TC(p.Phe432Leu)。RT-PCR检测后发现,IRS4基因在垂体、下丘脑中高度表达,在其他组织中弱表达或不表达。在白色杜洛克×二花脸F2资源家系、苏太猪群体、二花脸群体、杜长大三元杂商品猪及中国地方野猪中,用PCR-RFLP方法对IRS4的3个SNPs位点进行判型,然后分析它们的基因频率及其与4点(肩、胸、腰、臀部)背膘厚、腹脂重、肌内脂肪含量和眼肌面积的相关性。结果发现,g.96CG位点在F2家系(含有SSCX QTL)中分离程度很低,被首先排除作为潜在因果突变(QTN)的可能性。g.1794TC和g.1829TC位点在所有检测的西方猪种(白色杜洛克和杜长大)是均为TT基因型,而它们的CC基因型频率在二花脸猪中分别为65%和100%。在不同群体中标记关联分析结果显示,g.1794TC与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),但它在苏太猪中仅与IMF显著相关(P0.05),且与二花脸猪表型关联不显著(P0.05);g.1829TC则不仅与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),而且与苏太猪的4点膘厚和眼肌面积呈显著或极显著相关。此外,生物信息学分析发现,g.1794TC错义突变可能对IRS4蛋白的功能影响不大。结果提示,该错义突变也不太可能是影响脂肪沉积的QTN,而g.1829TC与F2和苏太猪的脂肪沉积性状都显著关联,故其可作为这些性状选育的分子标记,并值得深入研究。     

猪SLC6A14g.21063G>T多态性与脂肪和生长性状相关性研究

SLC6A14是影响人肥胖症的功能基因之一。利用白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池,通过直接测序方法在猪SLC6A14基因第21063号核苷酸处搜寻到1个G→T突变(SLC6A14g.21063G>T)。使用PacIPCR-RFLP技术检测了白色杜洛克×二花脸资源家系3代637个个体在此突变位点的多态性,并分析了与脂肪和生长性状的相关性。结果表明:该突变位点与腹脂重和46日龄个体重存在极显著相关性。     

利用大规模F_2及F_3群体研究猪小肠长度及其生长发育性状的相关性

小肠是猪的主要消化吸收器官,对个体的生长发育非常重要,但到目前为止,国内外对猪小肠的研究还很少。为探讨其长度与生长发育性状之间的关系,本试验测定了白色杜洛克×二花脸资源家系F2和F3群体共计1 508头个体的240日龄小肠长度、出生重、21日龄体重、46日龄体重、0~46日龄平均日增重、46~240日龄平均日增重、240日龄平均日增重、240日龄宰前活重及屠宰后胴体直长、胴体斜长等10项生长性状指标,并对其与小肠长度的相关性进行了分析。结果显示猪240日龄小肠长度与这些生长性状都存在极显著相关(P0.001),表明小肠可能通过影响个体对营养成分的消化吸收而影响个体的生长发育。据我们所知,本试验是首次在大规模样本群体中研究猪小肠长度与生长发育性状的相关性,其结果为小肠和个体发育研究提供了重要参考。     

母猪杀婴行为的全基因组关联分析

本研究测定了288头来自白色杜洛克×二花脸F2群体的母猪杀婴行为表型,旨在定位出影响母猪杀婴行为的QTL。基于整个家系及已经扫描个体的60KSNP芯片信息推测出本试验288头个体60K的基因型。随后,我们利用R语言GenABEL软件包的广义混合线性模型对母猪杀婴行为表型进行全基因组关联分析,定位影响母猪杀婴行为的显著关联SNP位点。结果,在SSC2和SSC8上共发现50个与母猪杀婴显著关联的SNPs位点,其中有21个SNPs位于SSC8:35.05~47.54 Mb区域达到基因组显著水平,在SSC2上只有1个SNP位点达到染色体显著水平。通过搜寻显著相关SNP所在区域内的注释基因,发现了12个可能影响母猪杀婴行为的重要位置候选基因。该研究为进一步鉴别影响母猪杀婴行为的主效基因和因果突变位点提供了研究基础。     

MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析

采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。     

利用白色杜洛克×二花脸资源家系定位影响猪肉硬实度的QTL

为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座(QTL),本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F_2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度,检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型,并据此进行了QTL定位分析.共检测到9个QTLs,包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs,分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10,其中SSC1和SSC7的QTLs达到1%基因组显著水平;影响半膜肌硬实度的5个QTLs分别位于SSC1、SSC7、SSC10、SSC12和SSC14,其中SSC7和SSC14的QTLs分别达到5%和1%基因组显著水平.     

杜洛克与二花脸杂交猪群体SNP偏分离分析

偏分离（TRD）是生物中普遍存在的现象,本研究拟在高密度基因芯片判断基因型的大规模群体中挖掘猪基因组标记位点的偏分离位点并探究其潜在的遗传机制。本研究用60K Illumina Porcine SNP芯片对1 020头F2资源家系（杜洛克与二花脸杂交F0-F2群体）进行基因型分型,用偏分离分析软件TRDscan （BF>100）和TDT （P<0.01）方法在单个位点上检测偏分离信号,并对二者共有的显著信号位点附近100 kb窗口的基因进行功能分析。此外,本研究还利用单倍型分型的软件包PHASEBOOK采用多位点连锁分析的策略分析了父源和母源配子中的偏分离区域,并在该区域内搜寻潜在的QTLs。结果表明：1）在单位点的偏分离分析中共鉴定到44个显著的偏分离位点,筛选到23个相关基因;对父本和母本特异性偏分离效应进行分析时,分别鉴定到27和35个显著偏分离位点,其中,分别有11和25个位点的100 kb附近有已注释的功能基因。2）基于单倍型多位点连锁的偏分离结果显示,父本显著偏分离位点位于5和13号染色体上,在该偏分离区域内搜寻功能相关的QTL,共搜寻到3个与繁殖性状（木乃伊数、产活仔数、黄体数）有关的QTLs;分析母本偏分离位点时,在4、6和12号染色体上定位到显著偏分离区域,结合已知的猪QTL数据库,共找到了5个与繁殖性状相关的QTLs。本研究利用大规模猪家系数据系统地鉴别了猪基因组的偏分离位点,为解析猪中的偏分离现象和进一步探究其生物学机制提供了一定的参考作用。     

使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1 256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1 256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示：共检测到32个与TG含量相关的SNP位点,其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10^-5),二花脸猪中有8个(P<1.8×10^-5),DLY中有18个(P<1.8×10^-5);Meta-GWAS分析结果显示：发现2个与TG含量相关的新SNP位点;并利用Ensembl数据库,在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定,一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因,其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP;在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5;在DLY中发现的基因为DM...     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性.结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型.在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因.     

猪腹脂脂肪细胞大小、数量及其与脂肪沉积能力和脂肪酸组成的相关性研究

为探讨猪腹脂脂肪细胞的数量与大小对猪腹部脂肪沉积能力以及腹脂脂肪酸组成的影响,研究选取了白色杜洛克×二花脸资源家系中343头240日龄F2代个体,测定了每个个体的腹部脂肪重、板油重、花油重及背膘厚度等脂肪沉积性状,通过HE染色技术对腹脂脂肪细胞切片染色后进行图像分析,测定脂肪细胞的大小和数量。结果表明:性别对腹脂重影响极显著(P0.001),阉公猪饱和脂肪酸含量极显著高于育肥母猪(P0.001),其他类型脂肪酸低于母猪。脂肪细胞的大小和数量在不同性别间差异显著(P0.05),且与多数脂肪沉积能力及脂肪酸组成性状呈显著正相关。个体脂肪细胞的增大是造成肥胖的主要原因,多不饱和脂肪酸含量与脂肪细胞大小有显著负相关。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究

为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。     

香×苏F2代杂交猪屠宰性状、肉质性状及脏器系数的测定

为了研究香×苏F2代杂交猪的杂交性能,试验随机选取6月龄的香×苏F2代杂交猪15头,以纯种苏太猪和纯种从江香猪为对照,进行屠宰性状、肉质性能及脏器系数的测定。结果表明:香×苏F2代杂交猪屠宰性状与从江香猪差异极显著(P0. 01),优于从江香猪而劣于苏太猪;香×苏F2代杂交猪肌肉失水率、肌内脂肪含量与从江香猪、苏太猪差异极显著(P0. 01);香×苏F2代杂交猪肝脏、脾脏和肾脏系数与从江香猪和苏太猪均差异显著(P0. 05)。说明香×苏F2代杂交猪既发挥了苏太猪生长速度快、瘦肉率高的特性,又基本上保持了从江香猪的优良肉质特性。     

基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因

【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。     

猪表皮生长因子基因的遗传变异及其与产仔性状的相关性分析

本研究通过建立两次PCR扩增分型法,分析猪表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)基因第3内含子上的875bp插入片段在13个中外不同繁殖性能的猪种中的遗传变异,以及EGF基因在白色杜洛克×二花脸资源家系180头F2母猪中与繁殖性状的相关性。结果表明,不同类型中国地方猪种与西方商业猪种在EGF基因位点上存在偏态分布。在资源家系中该位点对总产仔数、产活仔数和断奶活仔数无显著影响(P0.05);尽管BB基因型的产活仔数和断奶活仔数分别比AA型多1.74和0.46头,但BB型的个体太少,各基因型间的均值差异不显著(P0.05);虽然产活仔数的a值和d值分别达到0.87和1.24头,但该基因位点的加性效应和显性效应并不明显。因此,需要利用更多的SNP位点和更多样本进一步了解EGF基因与繁殖性状的关联性。     

FosB基因在白色杜洛克×二花脸资源家系中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性

本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基凶同源物B(FosB)在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性.采用PCR产物直接测序法搜寻了FosB基因488、806 bp 2个片段的单核苷酸多态位点(SNPs),鉴别到FosB-EU163403-g.187A>T,FosB-EU163403-g.188A>C和FosB-EU163403-g.297C>G 3个SNPs.采用PCR-Mbi I-RFLP法分析了G297C位点在资源群体中的多态及与母猪母性行为的相关性.传递不平衡检测(TDT)表明该多态位点与母猪杀婴行为、衔草做窝、哺乳、踩仔猪、压仔猪等母性行为均无显著相关性(P>0.364).FBAT分析结果也证实了,这一点(P>0.236).考虑到母件行为属于复杂性状,可能由微效多基因控制,因此有必要在更大规模群体进行分析或搜寻其他候选基冈的突变位点.     

太湖流域地方猪种遗传结构评估和体重体尺性状差异相关选择位点鉴定

旨在解析太湖流域地方猪品种内部遗传结构,鉴定梅山猪亚群间、二花脸群体间和米猪群体间体重体尺性状差异的候选基因。试验采集440头猪样本(代表太湖流域地方猪最全面血统)进行基因芯片分型,并使用该基因分型数据集进行多种群体遗传学分析,明确太湖流域地方猪品种内部的遗传结构,并鉴定梅山猪亚群间、以及二花脸和米猪群体间体重体尺性状差异的候选SNP位点和候选基因。结果显示:在太湖流域地方猪种内部,二花脸猪与米猪间的亲缘关系最接近,其遗传距离小于梅山猪两个亚群间的遗传距离,并且拥有最为一致的进化路线。太湖流域地方猪各品种及梅山猪品种内两个亚群间都达到高度分化水平,Fst值均大于0.25,ADMIXTURE分析表明,包括梅山猪两个亚群在内的8个群体的群体结构不完全一致,在K=8时,各自展现出完全不同的祖先血统组成。通过梅山猪亚群间Fst分析、以及米猪和二花脸猪间Fst分析,在猪1、3和6号等染色体上,共鉴定到24个位点在两个分析中都表现出受选择状态,并在这些位点上下游50 kb范围注释到20个基因,其中有8个基因被报道与体重体尺性状相关。此外,受选择位点形成的选择区域与多个猪体重体尺相关QTLs重叠。试...     

利用24个微卫星进行猪数量性状座位定位及其遗传效应分析

以 3头英系大白公猪与 7头梅山母猪杂交产生的三代资源家系用来检测猪重要经济性状的数量性状座位(QTL) ,2 0 0 0年下半年随机选留 140头F2代个体 ,进行屠宰测定 ,记录了包括生长、胴体组成等 43个性状 ;从已定位于家猪 3、4和 7号染色体上的遗传标记中选用 2 4个微卫星标记对所有个体进行基因型检测。采用最小二乘回归区间定位法进行QTL检测 ,通过置换实验来确定显著性阈值。在所研究的 32个生长和胴体性状中 ,3条染色体总共 16个QTL达到染色体显著水平 (P <0 0 5 ) ,其中 4个达到染色体极显著性水平 (P <0 0 1) ;同时在 4号和 7号染色体上还检测到了影响器官重性状的 3个QTL ,达到了染色体显著水平 (P <0 0 5 )。在某些QTL座位 ,其有利等位基因来源于具有较低性状平均值的品种。 2QTL模型分析下 ,在 4号染色体上检测到影响板油重的 2个QTL ,并且它们的效应方向相反。