应用非洲猪瘟病毒基因质粒标准物质评价荧光PCR试剂盒及核酸提取方法

为评价不同检测试剂盒对非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)的检测性能，以及不同提取方法对ASFV核酸的提取效率，本研究以国家标准物质“ASFV B646L基因质粒标准物质”作为模拟样品，通过荧光定量PCR检测，比较扩增曲线、Ct值等指标，分析了4个厂家的5种试剂盒的敏感性、重复性及反应耗时等检测性能，同时比较了磁珠法与柱式法等2种核酸提取方法的提取效率。结果显示：5种试剂盒均能有效检测出不同浓度的ASFV B646L基因质粒标准物质，不同的试剂盒最低检测限不同，最低的试剂盒为5.8×10^-1 copies/μL,线性关系最优的试剂盒R~2=0.997,各试剂盒实际反应时间与理论时间均有差异。2种提取方法均可有效提取ASFV B646L基因质粒标准物质，其中柱式法的提取效率高于磁珠法，但柱式法的离散度大于磁珠法。综上，4个厂家的5种试剂盒及柱式法与磁珠法均可使用ASFV B646L标准物质作为基准进行试剂盒性能及提取效率评价。在实际检测中，应根据具体情况选择合适的检测试剂盒及核酸提取方法。     

野生型非洲猪瘟病毒多重数字PCR方法的建立

为建立一种鉴别诊断野生株和基因缺失株非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)的方法,针对ASFV的B646L、EP402R、DP96R基因保守序列设计3套引物和探针,优化三重荧光定量PCR体系作为基础建立微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并对方法的特异性、灵敏性及重复性进行评估。结果显示,优化后的多重荧光定量PCR检测方法的标准曲线线性关系良好,对PRRSV、PEDV、PRV、VSV、PCV、RNase-free水、重组质粒标准品进行特异性检测,特异性良好;重复性试验结果显示,变异系数均小于2%;对3种重组质粒的最低检测下限均为10² copies/μL。参照上述多重荧光定量PCR方法优化后的条件,进行多重ddPCR检测方法的建立,并且对该方法进行评价。结果显示,ddPCR检测方法标准曲线的线性关系良好;特异性及重复性良好;最低检测下限B646L为11.6 copies/μL、EP402R为13.3 copies/μL、DP96R为16.9 copies/μL;ddPCR的检测灵...     

基于非洲猪瘟病毒标准物质的荧光PCR检测试剂盒初步评价

为探究非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)标准物质作为试剂盒评价体系的可行性,比较了市场上5种主流品牌ASFV荧光PCR检测试剂盒的检测性能。使用ASFV P72基因核酸标准物质作为模板,根据5种试剂盒说明书分别进行相应的荧光定量PCR检测,结合扩增曲线、Ct值,分析不同试剂盒的敏感性、可重复性以及所需反应时间。结果显示:5种试剂盒的阴性、阳性对照均成立,最低检测限均为5.9×10^-1拷贝/μL;4个厂家的试剂盒线性关系R2>0.98,其中最优的R²=0.994,离散度最小;各试剂盒的实际反应耗时与理论反应耗时均有一定差异(0.20~0.96 h)。结果表明,各生产厂家使用P72基因作为靶基因研制的ASFV荧光PCR检测试剂盒都可以使用ASFV标准物质作为评价体系,来评判试剂盒的检测性能。本试验为各实验室不同样品检测的ASFV荧光PCR检测试剂盒选择提供了一种可用的评价方法。     

微流控芯片法在非洲猪瘟病毒核酸快速检测中的性能分析

为评估微流控芯片法在非洲猪瘟病毒(ASFV)核酸快速检测中的各项性能,验证该方法的敏感性、特异性、重复性和临床效果,本研究将ASFV VP72质粒标准物质、猪瘟病毒(CSFV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和伪狂犬病病毒(PRV)培养物各1份以及临床样本43份进行核酸提取,用ASFV微流控芯片快速检测试剂盒进行测试研究,并与市场上某品牌ASFV荧光定量PCR检测试剂盒进行比对。结果表明:微流控芯片法可以在15～30 min内,实现2.5 copies/μL的最低检出限,与荧光定量PCR具有相同的敏感性和重复性;同时该方法对CSFV、PEDV、TGEV、PCV2和PRV病毒培养物均无交叉反应,特异性良好;通过对43份临床样本测试显示,微流控芯片法与荧光定量PCR的临床符合率为97.67%(42/43)。研究表明,微流控芯片法在ASFV核酸检测上性能良好。     

4种非洲猪瘟核酸检测试剂盒性能比较分析

目的：为猪场实验室提供科学的非洲猪瘟病毒核酸诊断试剂盒选择方案。方法：选择4种非洲猪瘟核酸检测试剂盒,通过对比梯度稀释后标准物质的线性扩增、对低含量时（20 copies/μL）的敏感性、对以纯水为样本时假阳性检出率。结果：线性扩增试验中,A试剂盒对20 copies/μL浓度的标准品检测率为100%（3/3）,其他试剂盒对该浓度下的标准品,均未达到100%;低含量敏感性试验中,A试剂盒阳性检出率为91.67%（44/48）,其他厂家试剂盒的检出率分别为85.42%（41/48）、79.17%（38/48）、58.33%（28/48）;假阳性试验中,A和B未出现阳性反应,而C、D试剂盒分别出现2、1个非特异性反应。结论：经过性能比较,A试剂盒更符合猪场实验室对于高敏感性和低假阳性的要求。     

一种基于CP204L基因的非洲猪瘟病毒Taq Man-MGB实时荧光PCR检测方法的建立

基于非洲猪瘟病毒(ASFV)CP204L基因序列设计1对特异性引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种检测ASFV的TaqMan-MGB实时荧光PCR方法。结果显示,该方法仅对ASFVDNA呈现特异性扩增,不与猪的其他常见病毒发生交叉反应,具有良好的特异性。该方法对标准对照质粒(PCR2.1-CP204L)的线性检测范围为4.2×10~1~4.2×10~9copies/μL,标准曲线方程为Y=-3.452 3X+39.014,相关系数(R~2)为0.998 8,检测下线为4.2个拷贝。对5个不同浓度(4.2×10~3~4.2×10~7copies/μL)的质粒标准品进行4次双份样品的重复检测,Ct值变异系数均小于1.5%,表明该方法具有良好的重现性。用该方法对总计164份的进口猪临床样品和生猪肌肉样品进行ASFV检测,结果均为阴性。该方法的建立为活猪临床样品和生猪肌肉样品中ASFV检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。     

非洲猪瘟病毒MGF-505R基因缺失株双重荧光RPA检测方法的建立及应用

旨在建立一种快速现场筛查非洲猪瘟病毒(ASFV)基因缺失株的方法，以便鉴别我国复杂的ASFV感染情况。通过分析国内ASFV流行态势，选择MGF-505R基因及B646L基因，设计特异性引物及exo探针，对其进行敏感性、特异性分析，并进行临床应用。利用双重-重组酶聚合酶扩增(RPA)方法检测ASFV MGF-505R及B646L基因，结果显示：检测时间在15 min内，最低检测限均为10 copies/反应，且与猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型等均无交叉反应；利用所建立方法对266份临床样品进行检测，结果与世界动物卫生组织(WOAH)推荐荧光PCR检测方法的符合率为100%。建立的ASFV MGF-505R基因缺失株的荧光RPA检测方法适配可移动式荧光RPA检测仪，具有快速、灵敏度高、特异性强的优点，适用于ASFV现场快速临床检测，为非洲猪瘟疫情防控提供一种新的筛查手段。     

猪瘟病毒与非洲猪瘟病毒双重荧光定量PCR方法的建立与应用

为了建立能够猪瘟病毒(Classical swine fever virus, CSFV)和非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)双重荧光定量PCR方法,试验比对了CSFV与ASFV的基因组序列,针对CSFV 5′-UTR和ASFV B646L保守靶序列,分别设计2条特异性引物及1条TaqMan探针,通过优化扩增体系和程序,建立可同时检测CSFV和ASFV的双重荧光定量PCR方法,并建立该方法的标准曲线,同时用敏感性试验、特异性试验和重复性试验对该方法进行评价,最后检验该方法的应用效果。结果表明：CSFV和ASFV标准曲线的相关系数(R²)分别为0.999和1,线性关系良好;CSFV与ASFV的最低检测浓度分别为1.3×10⁰ copies/μL和2.4×10⁰ copies/μL;与其他常见猪只病原检测无交叉反应;批间与批内变异系数均小于2%,稳定性良好。试验建立的方法对44份临床样本的检测结果与《猪瘟病毒实时荧光RT-PCR检测方法》(GB/T 27540—2011)和《非洲猪...     

两种H7N9流感病毒荧光RT-PCR试剂盒的敏感性和特异性评价

为评价两种（A、B）H7N9流感病毒荧光RT-PCR试剂盒的检测性能，对50份疑似感染H7N9流感病毒的禽拭子样品进行H7N9流感病毒核酸检测，使用TG-ROC分析方法筛选荧光RT-PCR最适Ct值（阈值），通过2×2列联表分析两种试剂盒的敏感性和特异性，并用Kappa检验评估其一致性。结果显示：以国家禽流感参考实验室的鸡胚病毒分离鉴定结果为“金标准”，A和B两种试剂盒的敏感性、特异性分别为90.9%（10/11）、56.4%（22/39）和54.5%（6/11）、94.9%（37/39）；两种试剂盒检测结果差异较大，Kappa值为0.28。TG-ROC分析得出：A试剂盒的检测阳性最适阈值为33，对应的敏感性和特异性为90.91%和92.31%；B试剂盒的检测阳性最佳阈值为37，对应的敏感性和特异性分别为81.82%和87.18%。通过调整阈值，A试剂盒的敏感性和特异性均达到90%以上，B试剂盒均达到81%以上，Kappa值为0.85，检测结果一致。结果表明，虽然不同H7N9流感病毒荧光RT-PCR试剂盒的检测性能有差别，但通过调整阈值，可以达到检测所需的最适敏感性和特异性，从而增加临床检测结果的可靠性。本研究为H7N9流感病毒检测试剂盒的应用提供了指导。     

应用猪繁殖与呼吸综合征核酸标准物质比较5种核酸提取试剂盒

为比较不同核酸提取试剂盒对猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）核酸的提取效率,使用国家标准物质“猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲经典株核酸标准物质”作为模拟样品,分别使用试剂盒A、B、C（磁珠法）以及试剂盒D、E（柱式法）等5种核酸提取试剂盒进行核酸提取,然后通过荧光RT-PCR和数字RT-PCR方法评估提取效率,并分析不同基质对提取效率的影响。结果显示：5种试剂盒均能有效提取PRRSV RNA,其中磁珠法的提取效率高于柱式法;试剂盒B和C对PRRSV RNA的提取效率较高;基质会对提取效率造成影响,精液和抗凝血对试剂盒提取效率的影响较大。综上,试剂盒B、C均可适用于猪繁殖与呼吸综合征临床样品的核酸提取。实际操作中,应根据实验室条件、样品数量、样品类型和时间要求等因素,选择应用合适的提取试剂盒。