蕨麻猪生长激素基因的克隆及多态性分析

[目的]探索蕨麻猪生长激素基因与其生理学和生物学特性的关系。[方法]从蕨麻猪血液细胞中提取基因组DNA,通过PCR技术扩增出蕨麻猪生长激素基因序列,进行碱基组成多态性和突变分析。[结果]蕨麻猪生长激素（pGH）基因序列全长1671bp,有5个外显子和4个内含子。外显子1、2、3、4和5的碱基数依次是10、161、117、162和201bp,内含子1、2、3和4的碱基数分别是244、210、192和277bp。除第1外显子和第1内含子碱基剪切有明显的例外,其余全部符合GT-AG规则;蕨麻猪生长激素基因4种碱基含量依次为G〉C〉T〉A。（G＋C）含量和（A＋T）含量分别在62%和37%以上。蕨麻猪编码区第4外显子在＋1046位处A→G,为错义突变,其余均为同义突变。蕨麻猪生长激素基因编码的前体蛋白含216个氨基酸,成熟蛋白是由190个氨基酸残基组成的一个分泌性蛋白;二级结构中含有6个α螺旋结构,三级结构是结构松散的球状蛋白,含有6个α螺旋前区。[结论]为蕨麻猪生长激素基因序列的研究提供了参考依据和借鉴。     

猪Tetherin基因的克隆及序列分析

为研究猪Tetherin基因的功能,应用RT-PCR手段从感染猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒的猪肺脏组织扩增得到猪源Tetherin基因,将其克隆到p MD19-T载体并进行测序,采用分子生物学软件将其编码的蛋白质序列与其他来源的Tetherin蛋白序列进行比对分析,采用真核转染的方法研究其在MARC-145细胞中的定位情况。结果显示,克隆得到的猪源Tetherin基因全长534 bp;猪源Tetherin蛋白与牛、绵羊、猫、人、黑猩猩、猫头鹰、猕猴Tetherin蛋白同源性分别为41.5%、44.1%、42.3%、43.7%、45.4%、35.6%、42.1%;猪源Tetherin蛋白为跨膜蛋白,该蛋白定位在MARC-145细胞的细胞膜中。     

荣昌猪TYP基因克隆及其序列分析

实验根据人、牛的酪氨酸酶(TYR，tyrosinase)基因序列设计了3对引物，扩增出猪的酪氨酸酶基因外显子2，3，4序列，其长度分别为210，135，182bp。对其进行了克隆测序，序列被GenBank收录，登录号分别为：AY236997，AY279998，AY242973。与人、牛、鼠的酪氨酸酶基因序列比对结果显示，TYR基因该区段在人、牛、鼠、猪上极其保守。     

猪LPL基因多态性及其部分DNA片段的测序

脂蛋白脂肪酶是影响动物脂肪沉积的关键酶之一。本利用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ法,对猪的ＬＰＬ基因进行了多态性分析,发现其５端区域存在ＤＮＡ多态性。脂肪型猪种梅山猪和通城猪表现出３种等位基因型（ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ）,其等位基因Ａ和Ｂ的频率分别为０．７６、０．２４和０．７７、０．２３;而瘦肉型猪种长白猪和大白猪表现出另外不同的３种等侠基因型（ＣＣ、ＣＤ、ＤＤ）,其等位基因Ｃ和Ｄ的频率分别为０．７６、０．２４和７     

猪Myl1基因启动子克隆及多态性研究

肌球蛋白轻链1基因(Myl1)编码的不同剪切体(主要是MLC1f和MLC3f)与哺乳动物骨骼肌肌纤维类型相关.通过猪BAC文库筛选及引物步行法测序获得Myl1基因的启动子序列,采用PCR-RFLP技术分析蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种Myl1基因启动子区的多态性.结果表明,Myl1基因-678C/T位点在蓝塘和大花白等本地猪种中多态性丰富,而在杜洛克、长白和大白等外来猪种中几乎只有CC基因型.     

猪HK2基因的克隆及序列分析

为克隆猪己糖激酶2基因,分析其生物功能,采用已报道的人及小鼠HK2的cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,扩增新的猪HK2基因cDNA序列。将PCR产物克隆测序,分析获得的核苷酸序列及其编码蛋白的特性,分离的开放阅读框全长2754bp,编码917个氨基酸,与人和小鼠的核苷酸序列同源率分别为90%和87%,与人和小鼠的氨基酸序列同源率分别为96%和94%,利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其蛋白结构,为进一步开展猪HK2基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

荣昌猪TYP基因克隆及其序列分析

实验根据人、牛的酪氨酸酶(TYR,tyrosinase)基因序列设计了3对引物,扩增出猪的酪氨酸酶基因外显子2,3,4序列,其长度分别为210,135,182 bp.对其进行了克隆测序,序列被GenBank收录,登录号分别为:AY 236997,AY279998,AY 242973.与人、牛、鼠的酪氨酸酶基因序列比对结果显示,TYR基因该区段在人、牛、鼠、猪上极其保守.     

猪心脏脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析

 根据GeneBank发表的猪心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因序列,设计合成一对引物,从杜长大三元杂交猪的腰大肌中提取总RNA,对H-FABP基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约124 bp的条带,回收纯化后,将其克隆至pMD18-T质粒载体中,然后进行核苷酸序列分析。与GeneBank中报道的H-FABP基因比较后发现,该基因片段与其它的核苷酸的同源性为94%～100%,推导的氨基酸的同源性为100%.     

猪Ob-Rb基因的克隆与分析

[目的]采用RT-PCR法克隆与分析瘦素受体06-Rb cDNA序列。[方法]从160日龄初情期的苏姜猪的下丘脑中提取组织总RNA．根据GenBank中猪06．RbmRNA全序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）进行cDNA扩增,获得1条343bp的片段,将PCR产物克隆于pGEM—Teasy载体后进行测序分析。[结果]用紫外分光光度计检测所提取的RNA质量,0D260／OD280=1.9,证明所提RNA的质量较好,无降解和蛋白质污染;用1％的琼脂糖检测所提RNA,有3条清晰的条带,分别是28S、18S、5S,28S与18S浓度比约为2：1．说明所提的RNA的完整性较好。所获D6-RbcDNA序列用Blast程序与在GenBank中发表的猪06-Rb cDNA序列（AF092422）比较表明,其同源性为100％,说明所扩增的序列是正确的。[结论]该研究为进一步探索Ob-Rb基因组织表达和作用机理奠定了理论基础。     

猪CAST基因多态性与生物信息学分析

本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0...     

民猪群体氟烷基因频率检测及序列多态性分析

重新确定现有民猪(原称东北民猪)群体中氟烷基因(Haln)的基因型,采用PCR-RFLP方法对48头民猪进行了氟烷(Haln)基因检测,并测定了其中5头民猪的Haln基因序列.结果表明,48头民猪中HalNHalN(NN)型占70.83％,HalNHaln(Nn)型占25％,HalnHaln(nn)型占4.17％;N基...     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).     

合作猪、迪庆藏猪和成华猪的血清运铁蛋白多型性

采用水平板淀粉凝胶电泳法测定了55头合作猪、52头迪庆藏猪和40头成华猪的皿清运铁蛋白座位的多型性,将所测结果与其它39个亚欧非地方猪群体相比较发现,TfB基因在所有地方猪群体中都存在,TfA基因在中国地方猪群体中常见,TfC基因在亚洲地方猪群体中有从北到南逐渐增多的趋势。     

猪PILRB基因的克隆及多态性分析

Ⅱ型配对免疫球蛋白样受体(Paired immunoglobulin-like type 2 receptors,PILRs)是近年发现的免疫球蛋白超家族成员之一,含有两个亚型,PILRα和PILRβ。在机体天然免疫反应中发挥重要作用,目前猪PILRB基因基因组序列尚未得到克隆、测序。研究利用PCR方法克隆猪PILRB基因部分基因组序列并分析该区域多态性。结果表明,获得猪PILRB基因序列长1 127 bp,包含完整外显子1、内含子1、外显子2、内含子2、外显子3和部分内含子3。猪PILRB基因内含子1和内含子2为研究首次克隆,全长分别为9和314 bp。在该区域共检测到15个SNPs,其中6个为中度多态位点,共形成5种单倍体型,ACACCG为优势单倍体型。研究结果为进一步揭示这些SNPs对PILRβ功能的影响及其在猪抗病育种中的作用提供基础。     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

鸡、鹅肌肉生成抑制因子基因的克隆及序列分析

采用反转录．聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从鸡胚、鹅胚中扩增得到肌肉生成抑制因子基因,分别克隆到pGEM-T Easy载体中进行序列测定．结果表明,克隆得到的MSTN基因序列均由1128个核苷酸组成,MSTN基因序列同源性为94．6％,推导相应氨基酸序列的同源性达97．9％．     

瓯江彩鲤酪氨酸酶基因的克隆与序列分析

瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)是分布在我国瓯江流域的一种鲤科鱼类,色彩艳丽,体形优美,深受人们喜爱。瓯江彩鲤有5种基本体色:"全红"、"大花"、"麻花"、"粉玉"和"粉花",是研究鱼类体色遗传的良好材料和理想模型。酪氨酸酶(tyrosinase)是影响黑色素合成的关键酶,其转录的提前终止会导致黑色素无法合成。采用RACE技术从瓯江彩鲤皮肤转录本中克隆5种体色酪氨酸酶基因全序列,并对序列进行分析。发现在瓯江彩鲤的5种体色中,酪氨酸酶基因cDNA序列长度存在差异:"全红"为2 100 bp,"麻花"为2 107 bp,"大花"为2 073 bp,"粉玉"为1 976 bp,"粉花"为2 111 bp;且每种体色都存在两种类型酪氨酸酶基因(TYR-1,TYR-2)的转录。这两种酪氨酸酶基因mRNA所翻译成的氨基酸序列仅在一二级结构上有所差异,而在结构域和三级结构上不存在差异。但酪氨酸酶基因的这些差异是否与瓯江彩鲤体色相关还有待后续的证明。研究亮点:在国内外首次克隆了鲤的酪氨酸酶基因,发现不同体色瓯江彩鲤均转录完整的酪氨酸酶基因,且每种体色都存在两种酪氨酸酶的mRNA转录。揭示了5种体色瓯江彩鲤酪氨酸酶基因的序列差异,对进一步研究该基因与体色的关系提供了依据。     

民猪NUMB基因克隆与组织表达分析

研究采用RT-PCR技术结合克隆测序方法,克隆出全长2 004 bp NUMB基因序列,其中包括1 782 bp开放读码框,该基因编码592个氨基酸。利用生物信息学分析软件对该基因氨基酸序列预测与分析发现:NUMB蛋白二级结构中,转角占很大比例,且蛋白亲水性较强,结构功能域分析发现该蛋白多肽链存在一个N端磷酸酪氨酸结构域(PTB),位于第37~162氨基酸之间。基于不同物种NUMB蛋白序列所构建分子进化树表明,猪与牛、骆驼亲缘关系最近,而与斑马鱼最远。在m RNA水平上,NUMB基因肺中表达量最高,大肠中表达量最低。     

广西德保猪抵抗素基因的克隆与分析

[目的]克隆广西德保猪抵抗素（Resistin,RENT）基因并进行系统生物信息学分析,阐明德保猪脂肪细胞分化与脂肪生成的分子机制.[方法]根据NCBI已公布的猪RENT基因序列（NM 213783.2）设计特异性引物,以从德保猪血液中提取的总RNA为模板,PCR扩增RENT基因序列,T-A克隆至pEASY-T1载体后进行测序分析,并将所得测序结果用BLAST程序、MEGA 5.0软件、EXPASY服务器、SMART程序、SignIP程序、Softberry服务器和DNASTAR软件进行生物信息学分析.[结果]扩增获得468 bp的RENT基因序列片段,包含全长的德保猪RENT基因编码区和部分非编码区序列.多重序列比较分析结果显示,德保猪RENT基因编码区核酸序列与猪、牛、山羊、绵羊、人、兔、猕猴和豚鼠的同源性分别为100.0％、85.5％、85.5％、84.5％、81.2％、80.3％、80.0％和77.3％.德保猪RENT蛋白结构预测结果显示,其理论分子质量11.69 ku,等电点7.82,为弱碱性蛋白;N-末端存在信号肽,定位于胞质外,仅具有1个低复杂度结构域,包含1个α-螺旋、8个β-折叠、7个T-转角及两个无规则卷曲.[结论]RENT基因在德保猪中呈高度保守特征,是其脂肪细胞分化中的重要调控基因.