PCR-DGGE法分析健康奶牛和乳房炎患牛肠道微生物菌群的多样性

为了探究健康牛和乳房炎患牛肠道微生物多样性及其差异性,本试验采用PCR-DGGE技术对采自内蒙古的10头健康牛及10头患病牛粪便中的细菌、乳杆菌属及纤毛虫进行分析。通过聚类分析、相似性分析及PLS-DA分析可知,健康牛和患乳房炎牛肠道微生物菌群存在明显的差异性,与健康牛相比,乳房炎患牛肠道中乳杆菌和纤毛虫多样性明显较低。PCR-DGGE技术直观全面地分析了肠道微生物菌群的多样性,为后续益生菌治疗疾病试验提供理论依据。     

南美白对虾无公害养殖

南美白对虾无公害养殖是将可能发生的食品安全问题控制、消除在养殖过程中,商品虾达到无公害食品质量标准的养殖模式。综合论述了目前国内南美白对虾无公害养殖技术的现状。     

南美白对虾的养殖技术

南美白对虾(Penaeus vannamei),又称万氏对虾、白肢虾、白对虾、白虾,过去国内曾译为凡纳对虾,原产于南美太平洋沿岸的水域,以厄瓜多尔沿岸分布最为集中,为热带型种类,分类上隶属于节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、游泳亚目(Natantia)、对虾科(Penaeidae)、对虾属(Penaeus)、Lito-penaeus亚属.     

应用PCR-DGGE分析肉鸡呼吸道中细菌多样性

从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以及对条带的测序鉴定,发现样品的优势菌群明显。结果表明,PCR-DGGE是研究动物呼吸道微生物多样性的可行方法。     

南美白对虾健康养殖关键技术

南美白对虾的养殖价值较高,而要保障健康养殖,需要养殖户了解南美白对虾的关键养殖技术。为促进南美白对虾养殖,分析了选苗、控制池塘条件、防控病害等关键养殖技术,期望促进南美白对虾养殖的模式优化。     

南美白对虾淡水养殖技术

南美白对虾(Penaeus vannamei),亦称凡纳对虾,英文名白脚虾,原产中南美洲太平洋沿岸水域,是世界上养殖产量最高的三大虾种之一。其产量占世界虾产量的27％,仅次于产量60％的斑节对虾。中国大陆最早由中科院海洋所张伟权教授引进,近年来随着淡化技术的逐步发展,在珠江三角洲地区养殖面积迅速扩大,并且正在向北方地区推进。     

南美白对虾的营养需要

南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ），学名凡纳对虾，又称万氏对虾，是当今世界养殖产量最高的三大对虾品种之一。具有生长速度快、抗病抗逆能力和环境适应能力强、营养需要水平低等特点，是一种广温、广盐性的优良的热带养殖种类。本文就目前国内外对南美白对虾营养需求的研究情况作一简单介绍，供饲料厂家设计饲料配方时参考。 １ 蛋白质与氨基酸 在各类营养素中，蛋白质具有特别重要的地位，它不仅是各组织器官不可缺少的构成物质，而且也是生物活性物质如酶、激素、抗体等的组成成分。因此，国内外研究鱼虾类营养的学者都把…     

南美白对虾淡化养殖新技术

南美白对虾又称凡纳对虾，万氏对虾，是１９８７年才从南美洲引入进行成功人工养殖的新虾种。该虾具有对饲料粗蛋白要求低（２５％～３０％），生长速度快，产量高，甲壳薄，出肉率高，群体生长均匀度较好，离水存活时间较长等特点，深受养殖户的欢迎。１池塘的选择虾池选点要求水源充足、水质好、无污染、池底为坚实的沙质土及排灌方便。养殖池水溶解氧量为５ml／l，pH值７．８～８．５，透明度３５cm～６０cm，氨氮含量小于０．２g／l。用水应选择无污染的江河水，水库水或井水，严禁使用农田排灌水，以防农药中毒。２虾池建造每池面积在…     

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性.选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kg BW喂服枯草芽孢杆菌悬液(10°CFU/mL).每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序.结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主.结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR.     

Microbial diversity in the large intestine of pigs born and reared in different environments

Pigs born outdoors and reared on deep litter (straw) have been reported to experience less of a growth check after weaning and have a higher dressing percentage than counterparts born and reared under conventional (indoor) systems. The reason(s) for this difference is/are presently unknown, but differences in the gut environment might contribute to these observations. PCR-DGGE techniques were used in this study to examine microbial diversity and banding patterns in the large intestine of piglets that were reared under different rearing conditions. Six piglets per treatment were euthanised at weaning (21 days) and at 7 days and 21 days after weaning from two extreme treatments [indoor-born: conventionally-raised after weaning (‘Indoor’) or outdoor-born, deep-litter raised after weaning (‘Outdoor’)]. The Shannon diversity index was calculated, and multivariate analysis of banding patterns was performed. Indoor pigs had a more diverse bacterial population at weaning and 21 days after weaning than Outdoor pigs. However at the end of the first week after weaning, outdoor-born and deep-litter pigs had a more diverse microbiota. The Shannon diversity index continued to increase with time after weaning in Outdoor pigs, which did not occur in Indoor pigs. Multivariate analysis of banding patterns showed there was a trend (P = 0.109) for a difference in microbial structure depending on housing type. There was also a significant (P < 0.001) effect of sampling time after weaning and a significant interaction (P < 0.001) between housing and time after weaning.     

利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道细菌菌群

利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。     

应用PCR-DGGE技术比较绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性

本研究采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合DGGE图谱条带的克隆和测序比较了绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性,同时对菌群进行了聚类分析和主成分分析。结果表明:绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃内容物DGGE图谱的平均条带数分别为18、13、16和15条;瘤胃和瓣胃内菌群的多样性指数、均匀度和丰富度均较高,分别为2.83、0.79、17.00和2.82、0.79、16.80,而网胃和皱胃内容物较低,分别为2.52、0.70、12.60和2.73、0.76、15.40;聚类分析结果显示不同胃的内容物菌群具有一定差异,但不同动物个体相同胃的内容物相似性系数均高于0.63;PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)细菌、拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌、未培养瘤胃细菌(uncultured rumen bacterium)、未培养细菌(uncultured bacterium)和韦荣球菌科(Veillonellaceae)细菌,特异性细菌为不动杆菌属(Acinetobacter sp.)细菌和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)细菌。结果提示,绵羊4个胃中均含有种类丰富和数量巨大的细菌,且随着消化道部位由前往后的顺序,菌群的多样性呈现先高后降低再升高的趋势。     

利用分子生物学技术研究瘤胃微生物多样性的进展

在反刍动物瘤胃内栖息着复杂、多样、非致病的各种微生物．包括瘤胃细菌、厌氧真菌和纤毛虫等原生动物．还有少量噬菌体。幼畜出生前,其消化道内并无微生物．出生后从母体和环境中接触各种微生物．但是经过选择,只有少数微生物能在消化道定植、存活和繁殖．并随着幼畜的生长和发育,形成特定的微生物区系。因此,反刍动物瘤胃选择了其特定的微生物区系．这些微生物选择了瘤胃的环境,这种选择最典型的例子是只有反刍动物和单胃草食动物消化道才有厌氧真菌。     

蜡样芽孢杆菌对断奶犊牛生长及肠道菌群的影响

梯度饲喂蜡样芽孢杆菌90 d,检验外源性微生物对断奶犊牛生长和消化道内微生物区系形成的影响。结果显示:试验中期Ⅰ组(3×109 CFU/头.d)和Ⅱ组(6×109 CFU/头.d)的草颗粒日采食量分别比对照组减少50.79%和32.28%,干草日采食量则分别提高35.14%和16.76%,试验末期Ⅰ组和Ⅱ组的干草日采食量分别提高21.99%和13.75%,但对照组、试验Ⅰ组和Ⅱ组间犊牛试验末体重和试验期增重无显著性差异(P>0.05);PCR-DGGE图谱分析显示,试验末犊牛肠道微生物区系整体相似性系数为0.45,低于试验初的0.58,试验组聚为一簇(除15),但各组间肠道微生物区系多样性指数无显著性差异。由此,外源性蜡样芽孢杆菌可影响幼龄反刍动物对粗饲料种类的选择性,改变犊牛肠道微生物区系的相似性,但短期内对增重和肠道微生物区系多样性影响有限。     

利用PCR-DGGE技术分析肉牛阴道菌群结构

利用PCR-DGGE技术明确肉牛阴道菌群结构并比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构差异。选择7头肉牛,分别采集黄体期和卵泡期阴道分泌物,提取细菌总DNA,采用巢式PCR分别对细菌16SrDNA的V3区进行扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)。对DNA指纹图谱特异性条带切胶回收并进行克隆测序,通过BLAST与已知序列对比,鉴定细菌菌种,分析比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构。结果显示:健康肉牛阴道内存在阴道气球菌(Aerococcus vaginalis str.)、绿色气球菌(Aerococcusviridans str.)、睡眠嗜血杆菌(Haemophilussomnus str.)、多动物链球菌(Streptococcus pluranimalium str.)、嗜冷杆菌(Psychrobactermarincolastr.)、大肠杆菌(Escherichia coli O157:H7str.)和鞘氨醇单胞菌(Sphingomonasroseiflavastr.)等。     

Characterization of bovine ruminal epithelial bacterial communities using 16S rRNA sequencing, PCR-DGGE, and qRT-PCR analysis

Currently, knowledge regarding the ecology and function of bacteria attached to the epithelial tissue of the rumen wall is limited. In this study, the diversity of the bacterial community attached to the rumen epithelial tissue was compared to the rumen content bacterial community using 16S rRNA gene sequencing, PCR-DGGE, and qRT-PCR analysis. Sequence analysis of 2785 randomly selected clones from six 16S rDNA (～1.4kb) libraries showed that the community structures of three rumen content libraries clustered together and were separated from the rumen tissue libraries. The diversity index of each library revealed that ruminal content bacterial communities (4.12/4.42/4.88) were higher than ruminal tissue communities (2.90/2.73/3.23), based on 97% similarity. The phylum Firmicutes was predominant in the ruminal tissue communities, while the phylum Bacteroidetes was predominant in the ruminal content communities. The phyla Fibrobacteres, Planctomycetes, and Verrucomicrobia were only detected in the ruminal content communities. PCR-DGGE analysis of the bacterial profiles of the rumen content and ruminal epithelial tissue samples from 22 steers further confirmed that there is a distinct bacterial community that inhibits the rumen epithelium. The distinctive epimural bacterial communities suggest that Firmicutes, together with other epithelial-specific species, may have additional functions other than food digestion.