羊传染性脓疱病毒NZ2毒株CBP蛋白结构分析与表位预测

本研究应用生物信息学方法,以ORFV NZ2毒株的CBP蛋白氨基酸序列为研究对象,对CBP蛋白的理化特性、亲水性、跨膜区、信号肽、二级结构、三级结构、B细胞表位和T细胞表位进行了预测分析。结果显示,CBP蛋白的相对分子质量为31.179 89 kDa,理论等电点为4.68,半衰期为30 h,稳定系数为43.06,脂肪族指数为81.78,总平均亲水性为-0.383。CBP蛋白为亲水性蛋白,无跨膜区,不属于跨膜蛋白,存在信号肽;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占38.11%、33.91%、5.94%和10.48%,三级结构形似倒立的哑铃,上下对称。筛选出了6个优势B细胞表位、3个CTL细胞表位,无Th细胞表位。CBP蛋白为亲水性膜外蛋白,细胞表位较少,在细胞膜外为ORFV逃避宿主免疫反应发挥作用。本研究为CBP蛋白的功能研究与ORFV的致病机制研究提供了理论依据。     

羊传染性脓疱病毒湖北分离株CBP二级结构及其细胞表位的预测

参照GenBank中羊传染性脓疱病毒（Orf virus,ORFV）的毒力因子趋化因子结合蛋白（chemokine-binding protein,CBP）基因的核苷酸序列设计合成1对特异性引物,以羊传染性脓疱病毒湖北分离毒株的DNA为模板,提取总DNA。采用PCR方法特异扩增该基因片段,得到CBP基因序列。通过网络平台的SOPMA服务器和DNAStar软件预测ORFV CBP蛋白的二级结构;综合利用DNAStar软件、二级结构预测及ABCpred方案预测羊ORFV CBP蛋白的B细胞表位;分别采用人工神经网络法（ANNA）和在线程序预测ORFV CBP蛋白的细胞毒性T细胞和辅助T细胞的抗原表位。结果显示,ORFV CBP蛋白的二级结构主要包括α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和β-片层4种类型,分别为α-螺旋占24.64%、β-片层占22.14%、β-转角占3.39%、无规则卷曲占49.29%;有7个优势B细胞表位,7个细胞毒性T细胞表位和3个辅助T细胞表位。本研究为ORFV诊断方法的建立、单克隆抗体的制备及表位疫苗的研制提供了理论依据。     

羊传染性脓疱皮炎病毒的细胞培养

在确定内蒙古白音锡勒牧场羊传染性脓疱皮炎的基础上,我们利用犊牛睾丸细胞培养白音锡勒牧场传染性脓疱皮炎病毒(Orf virus)获得成功,现将培养方法介绍如下。     

羊传染性脓疱病毒的分离与鉴定

对采自松原市的疑似羊接触传染性脓疱性皮炎的羔羊病料,用犊牛睾丸原代细胞进行病毒分离培养,观察细胞病变;将出现病变的病毒细胞培养液接种家免和羔羊后,出现典型羊接触传染性脓疱性皮炎的临床症状;对病毒细胞培养液的电镜观察,发现了副痘病毒,证明确为羊传染性脓疤性病毒。     

羊传染性脓疱病毒的分离鉴定

为了对羊传染性脓疱病毒的分离株ORF027基因、ORF059部分基因进行克隆、序列分析以及构建系统进化树,本研究应用犊牛睾丸细胞从病羊痂皮病料中分离获得了1株羊传染性脓疱病毒,命名为Orf-ys,在电镜下观察到了典型的病毒粒子。应用PCR方法扩增获得了2条基因片段,PCR产物克隆至pMD18-T载体,鉴定后测序。序列分析结果表明Orf-ys的2个基因分别与参考毒株的相关基因核苷酸同源性高达97.6%～98.6%和96.9%～98.4%。基因进化树比较显示,与美国OV-IA82株和意大利OV/C2、OV/mi-90株的进化关系最近。     

羊传染性脓疱皮炎病毒培养及免疫试验

羊传染性脓疱皮炎 (ORF)是羊的一种急性传染病 ,主要危害羔羊口腔 ,以口腔粘膜出现红肿、水泡、溃烂为其特征。该病传染性强 ,发病率高。自从Aynaud( 1 92 3)确定羊传染性脓疱皮炎是病毒性疾病以来 ,许多学者对该病进行了研究。在国外 ,2 0世纪 50年代Greig ( 1 957)、Webstes( 1 958)用羊胚胎皮肤细胞培养该病毒获得成功 ,随后在该病的防治等方面均有所突破。我国一些学者从2 0世纪 50年代开始对此病从病原学、流行病学、病毒培养、弱毒苗研制均作了大量工作 ,我所培育出免疫效果良好的弱毒疫苗。但是 ,近年来随着很多新品种的引进 ,全…     

速效碘杀灭羊传染性脓疱病毒试验

应用新药速效碘Ｉ型，采用０．１％，ＳＩ－Ｉ溶液与等量羊传染性脓疱病毒混合置３７℃温箱内进行了不同时间的孵育后，随及用凝胶柱离心过滤除去有毒物质，滤液除菌后，接种淤已生长单层的犊牛睾细胞瓶内，置３７℃恒温培养箱内培养至７２ｈ，观察ＣＰＤＶ在细胞内生长情况，试验结果０．１％ＳＩ－Ｉ溶液能在１０－１４ｍｉｎ内杀灭ＣＰＤＶ。     

羊传染性脓疱病的防治

羊传染性脓疱病(CE)是由传染性脓疱病毒(CEV)引起的一种接触性、急性人畜共患传染病,笔者结合多年临床诊治体会,从病原、流行特点、临床症状以及诊断等方面对本病进行概述,同时提出了做好饲养管理工作、谨慎引种、定期消毒等防治措施。     

羊口疮病毒VIR蛋白生物活性鉴定及表位预测

为研究羊口疮病毒(ORFV)VIR蛋白的生物活性,扩增了绿色荧光蛋白基因EGFP和ORFV的VIR基因,构建了真核表达载体pVAX1-EGFP和pVAX1-VIR-EGFP,转染至BHK-21细胞,在荧光显微镜下进行了EGFP和VIR与EGFP融合蛋白的绿色荧光检测,用ORFV的全病毒血清作一抗,进行了Western ...     

禽波氏杆菌外膜蛋白A的克隆测序与生物信息分析

本文旨在克隆禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA的编码基因,并预测OmpA蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA在免疫保护中所起的作用。作者对禽波氏杆菌的外膜蛋白ompA基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对禽波氏杆菌OmpA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。禽波氏杆菌ompA基因全长597bp,编码199个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角;推测OmpA蛋白有5个B细胞优势抗原表位区域、2个糖基化位点。本研究为进一步分析禽波氏杆菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。     

鸭肝炎病毒VP1蛋白B细胞抗原表位预测及变异分析

以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位.结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1 B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大.     

鹅细小病毒非结构蛋白和结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定

鹅细小病毒是小鹅瘟的病原体,其基因组含有2个主要开放阅读框（ORF）,分别编码非结构蛋白（NS）和结构蛋白（VP）。为了对这2种蛋白进行抗原表位作图,设计了34个覆盖非结构蛋白NS和结构蛋白VP的50-60个氨基酸残基的重叠短肽,并进行了融合表达。用攻毒10周龄鹅血清对这34个融合蛋白进行蛋白质印迹分析,结果鉴定出NS蛋白线性抗原表位位于C末端的453-627氨基酸区域;VP蛋白线性抗原表位位于35—198、423—491、531—595、616—669和678—732氨基酸区域。     

羊口疮病毒ORFV114蛋白生物信息学分析、真核表达及亚细胞定位

【目的】对羊口疮病毒(Orf virus, ORFV)ORFV114蛋白进行生物信息学分析、转录动力学、真核表达及亚细胞定位研究。【方法】使用DNAStar软件对ORFV-JS株ORFV114基因进行序列比对分析;分别使用在线网站ExPASy、TMHMM-2.0、SignalP-5.0、SOPMA、SWISS-MODEL对ORFV114蛋白进行理化性质分析,以及跨膜区、信号肽、结构预测;在阿糖胞苷(cytarabine, Arac)存在或不存在的情况下,于ORFV感染HeLa细胞后多个时间点收获细胞,RT-PCR扩增ORFV114基因,确定ORFV114蛋白的动态转录水平;PCR扩增ORFV114基因,将其亚克隆到真核表达载体pEGFP-N1中,构建pEGFP-ORFV114重组质粒,经酶切、测序鉴定正确后,经脂质体Lipofectamine 3000瞬时转染HEK293细胞,通过Western blotting鉴定ORFV114-EGFP融合蛋白的表达;将pEGFP-N1质粒和pEGFP-ORFV114重组质粒瞬时转染HeLa细胞,24 h后使用Hoechst 33342对细胞核染色...     

H6亚型禽流感病毒血凝素蛋白线性表位的预测与鉴定

应用生物信息学方法预测H6亚型禽流感病毒血凝素蛋白(HA)线性抗原表位,并对所获表位的免疫原性进行初步鉴定,为流感病毒表位疫苗研制和H6亚型特异性ELISA检测方法奠定基础。依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H6、H5、H7和H9亚型禽流感病毒血凝素蛋白的氨基酸序列。利用DNA Star软件进行H6同亚型间氨基酸序列保守性分析,再将H6与H5、H7、H9不同亚型之间氨基酸同源性进行比较,然后借助在线服务器ExPASy和IEDB对序列进行抗原性、亲水性、柔韧性、二级结构和表面可及性预测。最后去除H6与H5、H7、H9亚型氨基酸同源区域,选择H6亚型氨基酸相对保守区域并且抗原表位综合预测结果较优的几个片段,所选择表位长度为15个氨基酸。合成所获得的优势线性表位,并用间接ELISA方法对所获表位的免疫原性进行鉴定。预测后获得4个线性抗原表位,经鉴定免疫原性最好的为表位A,最差的为表位B。     

口蹄疫病毒O型泛亚株VP1蛋白的二级结构及抗原表位预测

为获得口蹄疫病毒（FMDV）O/PanAsia毒株VPl蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM Server、ProScale和SignaIP 等在线工具,分析VP1蛋白氨基酸序列,运用计算机技术和分子生物学软件,分析预测VP1蛋白的基本理化性质、结构功能以及可能的B细胞和T细胞抗原表位,筛选B细胞表位肽段并对VP1的两个主要T细胞表位CTL和Th细胞表位进行预测。结果显示：O/PanAsia毒株VP1 蛋白的等电点为9.49,相对分子质量为23 520.83;VP1蛋白的B细胞表位为8~23、135~149和193~205位氨基酸。预测该VP1有10个CTL和10个Th细胞抗原表位,表明其具有较好的免疫原性;最终筛选出VP1蛋白的5个CTL和5个Th优势表位。用生物信息学方法预测O/PanAsia毒株VPl蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位。本研究为FMDV的进一步研究和疫苗制备奠定了基础。     

抗羊口疮病毒蛋白ORFV086多克隆抗体的制备及其应用

本试验旨在克隆表达羊口疮病毒(ORFV)蛋白ORFV086,制备兔抗ORFV086蛋白多克隆抗体并检测ORFV086蛋白的表达。以ORFV基因组DNA为模板,利用PCR方法扩增ORFV086的基因片段,将其克隆入原核表达载体pET-33b(+)。将构建的pET33b-086重组表达质粒转化大肠杆菌BL21(DE3) pLys 感受态细胞,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE鉴定融合蛋白的表达,以纯化蛋白作为免疫原,免疫新西兰大耳白兔制备多克隆抗体。应用ELISA和Western blotting方法对所得抗体进行检测。结果显示,重组蛋白pET33b-086主要以包涵体形式存在,分子质量约为100 ku;目的蛋白经切胶纯化回收后作为免疫原制备的多克隆抗体效价达1:128000;纯化的多克隆抗体可用于检测重组及天然ORFV086蛋白,特异性好。本试验制备了ORFV086多克隆抗体,为深入研究ORFV086蛋白在羊口疮病毒感染过程中的作用奠定了基础。     

羊口疮病毒的分离与鉴定

本试验利用犊牛睾丸细胞、羔羊睾丸细胞、MDBK、BHK-21细胞对采自内蒙古赤峰的疑似羊口疮发病羊群的唇部痂皮组织进行接种传代,分离出1株病毒,通过透射电镜负染观察和PCR检测对该分离株进行鉴定。参照GenBank中羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)ORF059 (F1L)基因的核苷酸序列,设计并合成1对特异性引物,成功地对分离株的F1L基因进行克隆、测序,并与多株参考毒株进行了同源性比对分析,结果显示经透射电镜负染观察到典型的副痘病毒粒子,与参考毒株序列相比均具有较高的同源性,均为96%以上,结果表明该分离株为ORFV,命名为OV/nm-hd。     

猪流行性腹泻病毒流行毒株S基因的遗传变异和B细胞线性抗原表位分析

为了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异规律,应用连续RT-PCR方法扩增分离的4株PEDV流行毒株的S基因,并对S基因进行测序、同源进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4个流行毒株S基因长4 161(4 158)个碱基,在59-62位(GENQ)和140(N)位的插入突变和163-164位(NI)缺失突变,属于与CV777、DR13和KPEDV-9等参考疫苗毒株不同的进化分支G2群,与参考疫苗毒株之间的氨基酸同源性为92.4%~93.3%;B细胞线性抗原表位分析显示,流行毒株52-62、360-365、752-781位抗原表位显著高于疫苗毒株,提示可能与流行毒株的致病性、受体结合能力和侵染性等相关。