25S rDNA和5S rDNA在大白菜中期染色体上的FISH定位

【目的】确定rDNA在中国大白菜基因组中的位点数目和分布位置，并建立识别大白菜不同染色体的特异标记。【方法】用荧光原位杂交技术对25S rDNA和5S rDNA在大白菜有丝分裂中期染色体进行了定位研究。【结果】在大白菜中期染色体上，分别检出了5对25S rDNA杂交信号和3对5S rDNA杂交信号。对应于大白菜中期染色体形态图，确定5对25S rDNA信号分别分布在大白菜1号染色体长臂（1L）的近末端，2号染色体长臂（2L）的近中部，3号和4号染色体长臂（3L、4L）的近着丝点处和10号染色体的随体上，信号强度为10号>2号>3号和4号>1号；而5S rDNA的3对信号分别位于2号染色体的长臂（2L）和9号、10号染色体的短臂（9S、10S）。【结论】在分子水平上为大白菜部分染色体提供了识别标记。     

鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinuscarpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位。结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程。     

鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinus carpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位.结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程.     

砂梨45 S rDNA和5 S rDNA的染色体定位研究

45 S rDNA和5 S rDNA是砂梨中与核糖体RNA合成有关的2个功能片段.通过双色FISH(fluorescence in situ hybridization)确定了45 S rDNA序列和5 S rDNA在砂梨中期染色体上的分布,其中45 S rDNA位于砂梨的第4号,第11号和第15号染色体的短臂末端.5 S rDNA序列位于第12号染色体上着丝粒附近,而在第6和第13号染色体上则分布在长臂上.     

砂梨45 S rDNA和5 S rDNA的染色体定位研究

45 S rDNA和5 S rDNA是砂梨中与核糖体RNA合成有关的2个功能片段.通过双色FISH（fluorescence in situ hybridlzation）确定了45 S rDNA序列和5 S rDNA在砂梨中期染色体上的分布,其中45 S rDNA位于砂梨的第4号,第11号和第15号染色体的短臂末端.5 S rDNA序列位于第12号染色体上着丝粒附近,而在第6和第13号染色体上则分布在长臂上.     

芸薹属基本种45S rDNA重复序列的染色体定位

用45S rDNA作探针,对芸薹属3个二倍体种(白菜型油菜、甘蓝和黑芥)进行有丝分裂和减数分裂的原位杂交分析,发现在白菜型油菜的20条染色体中有10条、黑芥16条染色体中有6条、甘蓝18条染色体中有4条染色体上存在杂交信号.其中白菜型油菜和黑芥的减数分裂为首次报道,研究结果对研究芸薹属二倍体基因组A、B或C的亲缘关系以...     

甘蓝2号染色体的高分辨率5S rDNA荧光原位杂交

 【目的】羽衣甘蓝5S rDNA 的染色体定位和拷贝数分析,为进一步利用FISH进行2号染色体基因定位和细胞遗传图谱构建奠定基础。【方法】以羽衣甘蓝为材料,采用荧光原位杂交技术将DIG标记的5S rDNA探针定位于不同分辨率的绒毡层细胞中期染色体、粗线期染色体以及伸长DNA纤维上。【结果】在中期染色体和粗线期染色体上,都同时获得3个杂交信号位点（a、b、c）,且位于2号染色体的长臂近着丝粒区域,其信号强度为b＞a＞c;而在伸长DNA纤维上,出现了3种不同长度的念珠状长链（a、b、c）, 其物理大小分别为257、359和134 kb,这3种长链分别与3个信号位点形成一一对应关系。【结论】在羽衣甘蓝2号染色体上存在3个串联重复位点,粗略估算出3个5S rDNA位点的拷贝数分别为510、712和266。     

现代月季45S rDNA的荧光原位杂交分析

以45S rDNA为探针对和平、粉和平、奇异玫瑰、红双喜、蜜糖等5个现代月季品种进行了荧光原位杂交研究。结果表明,5个品种的45S rDNA杂交位点数量均为3个,杂交位点的大小和荧光强度比较一致。在细胞分裂间期的核中,5个品种的45S rD-NA杂交位点都位于核仁内,均表现为较小且荧光较弱的杂交点,呈圆形,相互间在大小和荧光强度上比较接近。基于研究结果对现代月季品种45S rDNA的特点及演化过程进行了初步探讨。     

利用45S rDNA探针对宽叶野生稻和高秆野生稻基因组的FISH分析

利用45S rDNA作为探针,通过荧光原位杂交(FISH)技术对同样含有CCDD基因组的高秆野生稻(Oryza alta)和宽叶野生稻(O.latifolia)进行rDNA的荧光原位杂交定位分析和核型分析。结果显示:宽叶野生稻中45S rDNA信号分布于多条染色体上,位点数目为10~16;高秆野生稻中有6个信号点,分布于3对同源染色体上,其中2对信号位点位于染色体短臂,1对位于染色体长臂。研究结果表明,高秆野生稻45S rDNA在基因组中位点数目稳定,宽叶野生稻中45S rDNA位点数在不同个体中呈现一定的动态变化,显示这2种野生稻基因组存在一定差异;核型分析结果也表明二者基因组存在较大的差异。由此推测,高秆野生稻分化较早而趋向稳定,宽叶野生稻可能形成较晚,还处于进化过程之中。鉴于二者在基因组结构上的明显差异和进化上的不平衡性,建议把这2种野生稻划分为不同野生稻种,可能会更加符合二者的进化特性。同时,讨论了45S rDNA在染色体中分布特点与机制。     

45SrDNA在百萨偃麦草染色体上的分布

百萨偃麦草是小麦亲缘物种之一,对环境胁迫和生物胁迫具有很强的抗性,是小麦遗传改良的重要资源。为了对导入的百萨偃麦草染色体及片段进行有效鉴定,创造新种质。利用顺序分子原位杂交方法,研究了45SrDNA在百萨偃麦草染色体上的分布情况。结果发现45SrDNA在百萨偃麦草上有1对主位点,但在百萨偃麦草1J染色体上没有观察到45SrDNA位点的存在。     

Chromosomal Localization of the 5S and 45S rDNA Sites and 5S rDNA Sequence Analysis in Nelumbo Species

The physical location of 45S and 5S rDNA sites by double-target fluorescence in situ hybridization (FISH) and 5S rDNA non-transcribed spacer (NTS) sequences was studied in five accessions of Nelumbo nucifera Gaertn. and one accession of N. nucifera subsp. lutea (Willd.). The chromosome number of all tested materials was 2n=16. The loci ofSS rDNA were close to the centromere regions of chromosome 3, and the loci of 45S rDNA were found on chromosomes 7 and 8 in all the six tested accessions, respectively. Similarly, 45S rDNAs were also located on chromosome 4 in four tested aocessions.The 5S rRNA gene sequences were conserved and the NTS sequences were variable among the samples. N. nucifera subsp. Iutea was the longest branch in the phylogenetic tree and clustered with N. nucifera cv. Liangzihu. N. nucifera cv.Heilongjiang and N. nucifera cv. Weishanhu showed a close relationship with each other. N. nucifera cv. Dahe Lian was closer to N. nucifera cv. Nihelu Lian than to other tested accessions. Analysis of the molecular karyotype and the 5S rRNA gene spacer sequence suggested the genetic diversity was limited within Nelumbo species and it seems suitable that American lotus was considered as the subspecies of N. nucifera.     

5种七彩神仙鱼5S rDNA序列的比较

采集鳍条,设计引物,提取了5种(黑格尔、盖子红、鸽子红、天子蓝、红点绿)七彩神仙鱼(Symphysodon)的5S r DNA,分析了其序列。结果表明:5种七彩神仙鱼均具有201 bp和401 bp 5S r DNA结构单元,而黑格尔(野生)、盖子红和鸽子红分别具有300,299,338 bp 5S r DNA结构单元。其编码区高度保守,而非转录间隔区差异显著,特别是黑格尔(野生)300 bp、盖子红299 bp和鸽子红338 bp的非转录间隔区。5种七彩神仙鱼G+C碱基的含量很高。红点绿、盖子红、鸽子红和天子蓝4个人工品种与野生品种黑格尔的亲缘关系分别为97.53%、90.12%、88.89%和85.19%,其中红点绿与黑格尔的亲缘关系最近。     

甘蔗近缘属种23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100％,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出-定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。     

基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V 、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树.序列差异和同源性分析结果显示:由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100％;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7％;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9％.由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6％;R1与S1同源性最高、为98.7％.由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7％,R1与S1为99.4％.采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近.     

安徽地方枣种质枣疯病植原体16S rDNA序列分析

为研究安徽地方枣种质枣疯病16S rDNA序列特性,以健康及表现枣疯病症状的繁昌长枣叶片DNA为模板,克隆枣疯病植原体16S rDNA序列,获得1条1 248 bp的片段,命名为JWB-FJP1。同源性分析结果表明,JWB-FJP1属于16Sr V-B组,与重庆地方枣枣疯病植原体JWB-Xch(JQ675716)同源性最高,达到99.92%;与河北枣枣疯病植原体JWB-Hebei(GU184186)同源性最低,为67.06%,说明不同地区枣疯病植原体存在一定的生物学特异性。本研究结果为安徽地方枣种质枣疯病病原分类及其快速鉴定提供了理论依据。     

基于18S rDNA V4区序列的16种蚜茧蜂系统发育关系(昆虫纲,膜翅目)

利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.