草莓轻型黄边病毒的RT-PCR检测及其3'端序列分析

 利用RT-PCR技术对草莓植株中草莓轻型黄边病毒( SMYEV) 的外壳蛋白基因片段进行特异扩增, 扩增产物经测序证明为SMYEV的特异片段。建立了稳定的SMYEV的RT2PCR检测体系, 并对19个草莓品种和2种野生草莓进行检测, 其中12个品种和五叶草莓带有SMYEV。从SMYEV 的沈阳分离物SY01上扩增出了932 bp的基因组3'末端区域, 其核酸序列与国外分离物的序列同源性为86% ～96%。系统进化树显示SMYEV分为3个组群, 沈阳分离物SY01与欧美分离物位于同一组群内, 但独立形成1个小的分支。RNA二级结构分析显示SMYEV基因组3'末端形成3个茎环结构, 不同分离物的序列变化并未引起茎环结构的明显变化。     

北京地区不同品种草莓种苗中草莓轻型黄边病毒的检测与分析

以产自北京地区的36个品种的草莓种苗为试材,采用田间调查和RT-PCR方法,研究草莓轻型黄边病毒(SMYEV)在不同品种草莓种苗上的影响,以期为草莓品种选育和推广工作提供参考依据。结果表明：采集的431株草莓种苗中检出SMYEV阳性样品30份,病毒检出率为6.96%。其中,8个品种的草莓种苗中检出SMYEV,检出率为6.5%～23.1%,而其他28个品种均未检出。通过基因克隆、序列测定和比对分析,获得3个北京分离物的SMYEV外壳蛋白(CP)核苷酸序列,北京分离物BJHY253与美国草莓分离物WSU1988CP基因序列的同源性为98.63%;北京分离物BJHYZ83与阿根廷草莓分离物Berra-2CP基因序列的同源性为99.04%,北京分离物BJLYN与中国福建草莓分离物FJ2 CP基因序列的同源性为98.63%。通过对不同草莓品种中的SMYEV进行检测分析和序列测定,发现SMYEV在不同品种草莓种苗中的检出率存在差异,北京地区草莓种苗中SMYEV序列具有多样性,属于不同的株系,这些结果可以为草莓的田间生产和病毒防控提供数据支持。     

利用PCR技术检测草莓镶脉病毒

 采用特异引物的PCR 扩增方法, 对30 个草莓品种进行了草莓镶脉病毒的检测, 同时用指示植物小叶嫁接法对被检植株进行了病毒检测, 两种方法结果一致。回收、克隆PCR 扩增出的特异DNA 片段,获得了携有草莓镶脉病毒CP 基因片段的载体。测序结果表明, 得到的特异DNA 片段同美国草莓镶脉病毒的株系ATCC 45058 CP 基因片段相比, 同源性为90. 94 %。     

草莓病毒脱除方法的比较与评价

以感染病毒的草莓品种宝交早生为试材,利用多重RT-PCR同时检测SMoV和SMYEV技术,对茎尖培养、热处理、抗病毒药剂处理3种脱毒方法进行了比较和评价,以期为草莓脱毒苗培育提供重要参考.结果表明,0.2mn茎尖和0.5 mm茎尖都能够有效地脱除SMoV和SMYEV;热处理能够脱除草莓试管苗中的SMoV,但不能脱除SMYEv,39℃恒温处理30 d,SMoV脱除率达到63.0%;利巴韦林不能清除草莓植株体内的SMov和SMYEV.综合脱毒率和茎尖分化成苗率2个指标,认为0.5 mm茎尖培养是适宜的草莓病毒脱除方法.     

利用NASBA技术检测草莓斑驳病毒

依赖核酸序列的扩增(Nucleic acid sequence based amplification,NASBA)技术是以cDNA为中介体在等温条件下直接扩增单链RNA特异序列的核酸扩增技术,研究探索利用NASBA技术检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)。在对14个SMoV分离物序列分析的基础上,设计和筛选出适于SMoV检测的NASBA引物。NASBA检测SMoV的适宜反应温度为40℃。在9份草莓样品上检测SMoV的结果显示,NASBA检测结果与RT-PCR的检测结果一致,这表明初步建立了利用NASBA技术检测SMoV的技术体系。这是利用NASBA检测SMoV的首次报道。     

利用原核表达的外壳蛋白制备草莓轻型黄边病毒抗血清

【目的】探索以原核表达的草莓轻型黄边病毒(SMYEV)外壳蛋白(CP)为抗原制备抗血清的方法,从而建立利用ELISA检测SMYEV的技术体系。【方法】利用IPTG诱导SMYEV CP重组蛋白在大肠杆菌中表达,分离纯化重组蛋白并以其为抗原对新西兰兔进行免疫。血清效价达到要求后,分离纯化抗血清并利用DAC-ELISA对草莓植株进行SMYEV检测,同时利用RT-PCR对DAC-ELISA检测结果进行验证。【结果】宿有SMYEV CP基因的大肠杆菌经IPTG诱导后出现一条52.0 ku左右的特异性重组蛋白谱带,以纯化的重组蛋白为抗原制备出专一性较强的针对SMYEV的抗血清,该抗血清稀释800倍后仍能有效检测草莓植株中的SMYEV。利用DAC-ELISA和RT-PCR对26份草莓试材分别进行SMYEV检测,2种检测方法的检测结果基本一致。【结论】以原核表达的SMYEV CP为抗原可以制备出专一性较强、效价较高的SMYEV的抗血清。     

RIP和TCS双价转基因草莓抗草莓镶脉病毒鉴定

用小叶嫁接法对农杆菌转化RIP和TCS双价抗病毒基因所获得的草莓品种森嘎拉和戈雷拉转基因植株接种草莓镶脉病毒,采用PCR方法检测嫁接成活后的转基因草莓苗草莓镶脉病毒。结果表明:这2个品种的转基因植株均有部分植株未扩增出草莓镶脉病毒特异条带,说明转入的外源基因具有一定的抗草莓镶脉病毒作用。     

草莓镶脉病毒的PCR检测及特异片段的序列分析

用CTAB法从感病的草莓叶片中提取总DNA,以其为模板经PCR扩增获得与预期片段大小一致长约600bp的扩增产物,同时优化PCR反应程序,获得单一特异条带;通过总DNA浓度梯度稀释,进行PCR扩增,结果表明能检测到2.5μg叶组织中病毒的存在。回收PCR特异扩增产物,与pMD18-T载体连接,并进行转化、重组克隆的筛选、重组质粒的酶切鉴定和序列测定。扩增片段序列与已报道SVBVCP基因序列(序列号:Nc_001725)的核苷酸同源性为89.2%,氨基酸同源性为96.3%。该特异片段序列在GenBank中的登记号为AY862389。     

通过玻璃化超低温处理脱除草莓轻型黄边病毒(SMYEV)研究

以草莓品种明宝为材料,取茎尖做初代培养,继代扩繁5次后,取2mm左右的茎尖,利用玻璃化超低温技术对SMYEV进行脱除,并利用结合内标的多重RT-PCR技术对再生植株进行病毒检测。结果表明,在病毒脱除过程中,预培养蔗糖浓度为0.5mol/L,处理3d;装载处理为25℃,60min;玻璃化处理为0℃,120min;液氮处理60min后,进行40℃水浴2min,草莓茎尖的存活率为76%,而草莓轻型黄边病毒的脱除率为95%。只有通过液氮处理才可以脱除该病毒,液氮处理前的玻璃化处理脱毒率为0。利用超低温脱毒法可以简便有效地脱除SMYEV。     

PCR检测草莓镶脉病毒的稳定性研究

利用改进的CTAB法提取了优质的草莓总DNA,可以稳定地进行草莓植株中SVBV的PCR检测。对PCR检测草莓植株中SVBV的反应体系进行了优化,结果表明,Promega公司的Taq酶与TaKaRa公司的PCR反应缓冲液配合使用效果较好,适宜引物浓度为0.5μmol/L,退火温度为53℃。20μLPCR反应液中包含0.001μL总DNA时能扩增出SVBV特异谱带,相当于能够从不足1μg的草莓新鲜叶片中检测出SVBV。基于对SVBV中国分离物外壳蛋白基因的序列分析比较,设计并筛选了检测SVBV的理想引物,提高了利用PCR检测草莓植株中SVBV方法的稳定性。     

沙地葡萄茎痘相关病毒RT-PCR检测

为建立快速、灵敏、可靠的沙地葡萄茎痘相关病毒(GRSPaV)检测方法,以总RNA为模板,采用2组GRSPaV特异性引物对29个品种52株葡萄样品进行RT-PCR检测,并对扩增产物进行了测序和分析。结果表明,从20个品种25株葡萄样品中检测到GRSPaV,平均带毒株率为48.1%。外壳蛋白基因片段引物F1/R1从25个样品中扩增到905bp的特异片段,复制酶基因片段引物F2/R2从20个样品中扩增到498bp的特异片段,表明GRSPaV外壳蛋白基因比复制酶基因更加保守,RT-PCR检测时采用F1/R1则更为适宜。PCR产物测序结果与GenBank中登录的GRSPaV序列比较,同源性为97.90%～98.11%。     

草莓病毒1山东分离物全基因组分析

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%～88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。     

草莓疫霉病病原菌鉴定

采集新疆生产建设兵团第十二师农业科学研究所草莓育苗网室内典型疫霉病症状的发病草莓短缩茎,进行组织培养、病原菌分离及纯化,并进行病原菌形态学及分子生物学鉴定。结果表明:发病草莓短缩茎分离得到的培养物在PDA培养基上的形态正反面无差异,分离纯化获得P1菌株;致病性结果表明,P1菌株在接种病原物的健康草莓短缩茎部位产生了病原菌菌丝;利用通用引物ITS1和ITS4对P1菌株DNA进行PCR扩增,得到大小约800bp的条带,获得片段与Phytophthora cactorumstrainGL1、BT1、TARI20179菌株的ITS序列同源性均为100%;结合形态学和分子生物学鉴定结果,确定致病病原菌为恶疫霉菌(Phytophthora cactorum)。     

草莓病毒病研究进展

综述了草莓皱缩病毒(SCV)、草莓斑驳病毒(SMV)、草莓镶脉病毒(SVBV)、草莓轻型黄边伴随病毒(SMYEaV)、草莓轻型黄边病毒(SMYEV)和草莓潜隐环斑病毒(SLRSV)等6种主要草莓病毒的分类地位、地理分布、传播途径、理化及分子生物学特性,介绍了23种草莓病毒病检测方法、控制手段。应用指示植物小叶嫁接法检测草莓病毒病仍是特异、灵敏的标准方法,但更快捷、准确、灵敏的血清学检测(ELISA)和分子生物学检测(PCR)近年来取得了很大进展。目前,草莓病毒病的控制方法主要有培育无病毒苗木、选育抗蚜虫、抗病毒品种和应用转基因技术获得抗病毒植株。     

应用多重RT - PCR检测草莓斑驳病毒和草莓轻型黄边病毒

 建立了多重RT - PCR同时检测草莓斑驳病毒( SMoV) 和草莓轻型黄边病毒( SMYEV) 的技术体系, 对草莓田间植株和试管苗都可以有效进行检测。多重PCR引物根据引物之间的互补性及引物的Tm值进行筛选。适宜的PCR缓冲液的浓度为2 ×, 退火温度为57℃, 延伸温度为66℃。分别利用单一PCR和多重PCR对微茎尖培养获得的草莓品种宝交早生的11个株系进行了脱毒效果鉴定。     

番茄黄化曲叶病毒石家庄分离物的分子鉴定及序列分析

根据番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）基因组序列的复制酶保守区设计1对引物JC1,对石家庄具有典型番茄黄化曲叶病毒症状的番茄样品进行检测,经PCR扩增得到626 bp的片段,序列分析比对表明其为TYLCV的一部分。根据上述序列设计1对特异引物QC,通过PCR分离石家庄的TYLCV全长序列并进行测序。同时利用已报道的DNA-B的通用引物CR01/CR02进行PCR扩增。结果表明石家庄分离物只含有DNA-A组分,全长为2 781 bp（GenBank登录号：KF612971）,命名为TYLCV-Shijiazhuang。基因组序列比较发现,该分离物与TYLCV-Israel株系相似性为99.0%。基因组序列系统进化分析表明,石家庄病毒分离物与北京分离物TYLCV-Beijing3（GenBank登录号：GU983859）、山东分离物TYLCV-SDSG-XC（GenBank登录号：KC999851）序列相似性很高,均属于TYLCV-Israel分支。     

猕猴桃病毒A和B的RT-PCR检测及分子变异初步研究

为明确猕猴桃病毒A（Actinidia virus A,AcVA）和猕猴桃病毒B（Actinidia virus B,AcVB）在中国猕猴桃（Actinidia sp.）上的侵染状况和分子特性,采用RT-PCR技术对151份猕猴桃样品的AcVA和AcVB进行检测,检出率分别为15.2%和17.9%,所收集的6种猕猴桃样品中均检测到一种或两种病毒。发现AcVA的ORF1、ORF4和ORF5扩增片段序列存在较大分子变异,不同分离物的269 bp片段（ORF1）核苷酸序列相似性为77.3% ~ 99.3%。在基于各扩增片段核苷酸序列的系统进化树中,AcVA分离物聚为2 ~ 3组。采用引物AcVB5F/5R扩增获得20个AcVB分离物的342 bp或338 bp的ORF5片段,核苷酸序列相似性为81% ~ 100%,与新西兰AcVB分离物TP7-93B相应片段的核苷酸序列相似性为83.9% ~ 99.7%,在系统进化树中聚为3组。     

雪花梨及其亲缘品种S基因型的确定

梨是典型的自交不亲和性果树,自然授粉结实率低,品质差。通过确定梨品种S基因型可寻找简便快速克服自交不亲和性,提高产量,改良品质的方法。根据梨S基因的一级结构特点,利用S基因的保守序列设计特异引物,并对雪花梨及其亲缘品种的基因组DNA进行PCR扩增。将基因组特异扩增电泳只显示一条S基因带雪花梨的特异扩增片段回收并与T载体连接,转化至大肠杆菌中。取其中1个阳性克隆进行测序,并通过生物信息学软件分析确定其核苷酸序列,推导出氨基酸序列,经网上Blast比较,确定该雪花梨S基因片段的S基因型,然后就该S基因进行酶切系统分析,有针对性地挑取另一个阳性克隆测序分析。另外,通过品种间的亲缘关系并经过酶切检测以分析雪花梨亲缘品种的S基因型,并确定各品种的S基因型分别为:雪花S4S16、冀蜜S1S16、雪青S3S16、雪峰S4S16、雪英S3S16、雪芳S4S16。     

草莓镶脉病毒检测方法研究

以携带草莓镶脉病毒的植株为试材,运用一种新的信息生物学算法-Insignia设计特异性扩增引物,以现行技术标准为对照验证其准确性和可行性。通过RNA反转录扩增内标基因、病毒特异性序列和技术标准特异性序列,扩增产物大小分别为295、289、600 bp,与设计一致。结果表明:该算法得到的特异性引物能较好地满足草莓病毒检测的标准,从而为草莓病毒的准确、快速检测方法提供了一条新途径。     

苹果茎痘病毒RT-PCR检测及分子变异分析

利用RT-PCR技术对采自6个苹果品种和7个梨品种的33个样本中的苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 进行了检测, ASPV感染率为63% ( 19 /33) 。对6个ASPV中国分离物外壳蛋白(Coat protein, CP) 基因进行了扩增、克隆和测序, 测序结果显示CP基因全长为1 191 nt, 编码397个氨基酸。中国分离物与GenBank中其他分离物核苷酸序列同源性为70.2% ～91.7%。系统进化分析显示不同ASPV分离物分为3个大的类群, 呈现一定的寄主相关性, 并未呈现明显的地理相关性。第一和第三大类群的寄主皆为苹果, 第二大类群包含6个梨分离物和2个苹果分离物。不同ASPV分离物的抗原指数差异较大, 推断可能由于序列变异引起抗原表位变异, 从而引起血清型差异。