基于rDNA ITS-1序列酿酒酵母的系统分类学研究

为了准确快速地为酵母生产提供优良菌株,采用核糖体DNA ITS-1(Internal transcribed spacer 1)序列分析法,对27株酵母菌(其中24株为酿酒酵母属中的酿酒酵母(S.cerevisiae),其他3株分别为汉逊酵母属中的多形酵母(H.polymorph)、克鲁维酵母属中的乳清酵母(K.marxianus)和红酵母属中的粘质酵母(R.mucilaginosa))进行了系统分类学研究,提取这27株酵母菌的基因组DNA并进行PCR扩增,采用琼脂糖和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,能将酵母菌株鉴定到属的水平;对PCR扩增序列进行克隆和测序,结果表明大多数酿酒酵母菌株之间的ITS-1序列有差异,主要表现在序列中的一段Ploy-T上,最少的有7个T,最多的有13个T。研究还用Phylip 3.6等DNA序列分析软件对不同ITS-1序列的菌株进行了系统发育分析,确定出不同菌株之间的亲缘关系,并纠正了长期认为是酿酒酵母的两株酵母菌。     

海南沼虾ITS-1序列分析

为了了解海南沼虾遗传方面信息,利用ITS-1分子标记技术对珠江海南沼虾群体作了研究.研究结果表明:①其ITS-1片段在1700～1900 bp之间,较日本沼虾短;②其碱基含量变化范围为:27%～30%(A),27%～31%(G),14%～16%(C),43%～46%(G+C);③其ITS-1序列中包含着非常丰富的SSR序列信息,具体为(AG)n,(GA)n,(AGT)n,(AGC)n,GCA)n重复,在个体中出现的比例分别为100%,100%,25%,12.5%,12.5%.(AG)n,(GA)n是多态位点;④BLAST比对结果表明,海南沼虾同日本沼虾和刀额新对虾都有较高的同源性.此研究结果在一定程度上填补了海南沼虾ITS-1方面研究的空白,同时也为海南沼虾后续研究提供了理论参考.     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

贵州地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT l基因在贵州地方鸡品种中作用,分析ONECUT l基因在5个贵州地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明,4个多态位点均位于内含子上,分别是16369位（C→A）,16517位（C→T）,16587位（C→G）和16639位（C→T）。16517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16587位置和16639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异.结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92％、T33.41％、G 1...     

细胞核rDNA序列分析5种罗非鱼的亲缘关系

[目的]探索五种罗非鱼的亲缘关系。[方法]从尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、杂交种尼奥罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和红罗非鱼基因组中提取DNA,通过PcR扩增其ITS1基因序列及18S、5．8S部分序列并进行序列分析。[结果]扩增片段大小约700bp。测序结果显示获得的序列包括完整的ITSI区以及18S和5．8S部分序列。序列长度变异主要在ITS1区,18S和5．8S片段的序列长度没有发生变化。罗非鱼5个种的ITS1序列的碱基组成差别不大。从UPGMA聚类结果上看,尼罗罗非鱼与尼奥罗非鱼聚为一支;莫桑比克罗非鱼与奥利亚罗非鱼聚为一支,红罗非鱼再与莫-奥聚合。[结论]五种罗非鱼的ITS1及18S、5．8S部分序列分析结果表明,尼罗和尼奥罗非鱼亲缘关系较近,奥利亚与莫桑比克罗非鱼亲缘关系较近,红罗非鱼可能与奥利亚和莫桑比克罗非鱼有一定的亲缘关系。     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.     

卡氏住白细胞虫rDNA ITS-2的POR扩增与测序

运用PCR方法扩增了卡氏住白细胞虫rDNA的ITS-2及部分5．8S和28S序列(ITS2 )，并对该序列进行了克隆和测序。采用巨型裂殖体为材料，并根据Saccharomyces cerevisiae rDNA中的5．8S、28S保守序列所设计的通用引物ITS3、ITS4，进行了虫体ITS2 的PCR扩增，将所扩增片段纯化后成功地克隆于pGEM-T easy和PMDl8-T载体的T-T窗口。经双向自动测序显示，该ITS2 片段的大小为270bp；经NCBI Blast联机检索，结果显示，所扩片段中5．8S序列与S．cerevisiae的5．8S序列有部分相同，而ITS-2序列为虫体所特有；同时经wDNA-SIS软件分析，显示该ITS-2序列与S．cerevisiae间同源性相对较远，而与柔嫩艾美耳球虫间同源性相对较近，故而本试验中所测序列为卡氏住白细胞虫的ITS-2特有序列。     

广东淇澳岛3种红树 rDNA ITS 序列分析

为红树林植物引进优良种质资源,用改良 CTAB 法分别提取生长于广东珠海淇澳岛红树林湿地公园的3种红树基因组 DNA,以真核生物 rDNA ITS 序列的通用引物分别对其 ITS 区进行 PCR 扩增后测序,对测序结果进行比对、分析。结果表明,不同来源红树的 rDNA ITS 序列存在扩增碱基差异,无瓣海桑、尖叶卤蕨和猫尾木的 rDNA ITS 序列长度分别为731 bp、615 bp 和707 bp,将3种红树植物 ITS 序列测定结果提交到 GenBank,获得了登录号分别为 KJ161168,KJ161166,KJ161167。     

3株刺激隐核虫的ITS-1序列与部分HSP70序列分析

经形态学观察,初步判断从福建长乐、福鼎和宁德三都澳三地患"白点病"的牙鲆、青石斑鱼、大黄鱼鱼鳃和体表上分离收集的寄生虫为刺激隐核虫CryptocaryonirritansBrown。提取基因组DNA,对ITS-1序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,结果显示:3株刺激隐核虫的ITS-1序列完全一致,与广东番禺PYH4.12株(DQ270010)、日本Wakayama分离株(AB608054)、台湾嘉义Chiayi株(AF490381)等序列同源性为100%,与NCBI数据库中其他刺激隐核虫分离株的ITS-1序列的同源性为90.62%~99.22%,可以鉴定3株虫均为刺激隐核虫。进一步对刺隐核虫HSP70基因部分序列进行PCR扩增和序列分析,结果显示:3株虫间序列差异很小,说明福建省不同养殖模式、不同宿主得到的刺激隐核虫高度同源。     

贵州草海鲫鱼HIF-1α和HIF-2α基因克隆与表达分析

为研究鲫鱼中HIF不同亚型基因的结构与生物学功能,克隆获得鲫鱼中HIF同源基因的2种亚型,分别命名为Ca-HIF1α和Ca-HIF2α。其中,Ca-HIF1α cDNA全长共3 867 bp,开放阅读框2 322 bp,编码774个氨基酸。Ca-HIF2α cDNA全长共4 647 bp,开放阅读框2 460 bp,编码820个氨基酸。预测蛋白质的分子质量分别为85.844、91.228 ku,等电点分别为5.12和6.20。SMART分析结果可知,二者具有HLH、PAS和PAC结构域,此外,多序列比对结果显示二者还具有ODD、N-TAD和C-TAD功能域。进化树结构表明,Ca-HIF2α比Ca-HIF1α进化得要快。实时荧光定量PCR结果显示,Ca-HIF2α mRNA在所检测组织中的相对表达量均高于Ca-HIF1α mRNA的表达量。此外,Ca-HIF1α和Ca-HIF2α mRNA在肝脏和鳃的相对表达量最高。     

药用石斛rDNA ITS序列分析

为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据.     

安徽地方枣种质枣疯病植原体16S rDNA序列分析

为研究安徽地方枣种质枣疯病16S rDNA序列特性,以健康及表现枣疯病症状的繁昌长枣叶片DNA为模板,克隆枣疯病植原体16S rDNA序列,获得1条1 248 bp的片段,命名为JWB-FJP1。同源性分析结果表明,JWB-FJP1属于16Sr V-B组,与重庆地方枣枣疯病植原体JWB-Xch(JQ675716)同源性最高,达到99.92%;与河北枣枣疯病植原体JWB-Hebei(GU184186)同源性最低,为67.06%,说明不同地区枣疯病植原体存在一定的生物学特异性。本研究结果为安徽地方枣种质枣疯病病原分类及其快速鉴定提供了理论依据。     

肠艾美尔球虫单卵囊分离及ITS-1序列测定

[目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18s和5.8srDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1（ITS-1）,PCR产物直接测序。[结果]成功地分离出肠艾美尔球虫,其卵囊扩增出434bp清晰条带,且最低能检测出27孢子化卵囊。[结论]该研究结果为球虫虫种及虫株的准确鉴定奠定了基础。     

黄艾美耳球虫纯种分离及ITS-1序列测定

为建立一种有效鉴定兔球虫的分子生物学方法,采用单卵囊分离技术,分离纯化黄艾美耳球虫.根据GenBank中发表的艾美耳属球虫18S rDNA和5.8S rDNA序列,设计特异性引物,建立PCR方法并针对黄艾美耳球虫第一内转录间隔区进行扩增,PCR产物直接测序.结果分离出黄艾美耳球虫,并扩增出包含黄艾美耳球虫第一内转录间隔...     

肠艾美尔球虫单卵囊分离及ITS-1序列测定

[目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1（ITS-1）,PCR产物直接测序。[结果]成功分离出肠艾美尔球虫,PCR扩增出434bp清晰条带,且最低能检测出27个孢子化卵囊。[结论]该研究结果为球虫虫种及虫株的准确鉴定奠定了基础。     

4个群体鲫鱼形态差异分析

本研究对异育银鲫中科3号、彭泽鲫、钱塘江鲫鱼、新疆鲫鱼4个群体鲫鱼进行了可数性状、可量性状、形态框架数据进行了测定比较分析。结果表明,4个群体鲫鱼在可数性状、可量性状及框架形态上存在一定的差异。异育银鲫中科3号与彭泽鲫的背鳍、臀鳍各具2根硬棘,而钱塘江鲫鱼与新疆鲫鱼背鳍、臀鳍各具3根硬棘;钱塘江鲫鱼侧线鳞数为28,其余3个群体侧线鳞数均不少于29;钱塘江鲫鱼侧线上、下鳞数均为5,而其余3个群体侧线上、下鳞数均为6;异育银鲫中科3号、新疆鲫鱼与彭泽鲫、钱塘江鲫鱼体高/体长差异显著,彭泽鲫与异育银鲫中科3号、钱塘江鲫鱼和新疆鲫鱼之间头长/体长差异显著;形态框架分析结果表明,钱塘江鲫鱼与彭泽鲫形态遗传距离最近,其次为新疆鲫鱼,与异育银鲫中科3号形态遗传距离最远。     

镰刀菌rDNA ITS序列的克隆及序列分析

[研究目的]为了利用rDNA ITS区的遗传变异的特点,为镰刀菌种内及种间的分类鉴定提供一定的分子技术辅助手段,[方法]试验以PMD18-T为栽体,对10个不同镰刀菌菌株的rDNA的ITS区及28S部分片段进行了克隆、测序,用DNAMAN4.0软件进行序列分析,分析了菌株间的同源性及遗传距离,并建立了分子系统进化树.[结果]试验结果表明:所测各菌种间的亲缘关系在92.2%～99.9%之间,反映了种间较大的遗传差异,这与形态学上把它们鉴定为不同的种相吻合,而从不同地区、不同寄主上分离的同一菌种的不同专化型,其同源性高达96.6%～100%,说明同一菌种的不同专化型,在rDNA基因序列上碱基差异甚微,同源性很高.[结论]利用ITS对镰刀菌进行种间的分类鉴定是稳定可行的,但对于种内及专化型的鉴定存在困难.     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。