基于SSR标记的长柄扁桃种质遗传多样性分析

利用11对SSR分子标记对长柄扁桃10个野生群体遗传多样性和遗传结构进行分析,11对SSR引物共检测到157个等位基因(Na),各位点平均等位基因数(Na)和多态性信息含量(PIC)分别为14.27和0.50;物种水平上的Shannon's信息指数(I)和期望杂合度(He)分别为1.48和0.49。群体水平上的等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannon's信息指数(I)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为4.39、2.29、0.92、0.37和0.47;其中内蒙古喇嘛洞群体遗传多样性最丰富,而内蒙古湿壕乡群体遗传多样性最低。分子方差分析(AMOVA)显示长柄扁桃大部分遗传变异来自群体内93%,群体间的遗传变异只占7%。长柄扁桃群体遗传距离为0.03~0.35,平均为0.11;遗传相似度为0.72~0.96,平均为0.89;遗传相似度的聚类分析将供试10个群体划分为4组。研究结果表明,中国长柄扁桃资源具有丰富的遗传多样性,群体遗传分化程度适中,为长柄扁桃资源的合理保护与利用提供了科学依据。     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

板栗及其近缘种叶绿体SSR遗传多样性分析

为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。     

栽培肾茶遗传多样性的SRAP标记分析

应用SRAP分子标记技术对云南、广西、福建、海南等地收集的16个栽培肾茶种质进行遗传多样性分析。15对引物经PCR扩增后共检测到124个条带,其中多态性条带80个,多态性条带百分率(PPL)为66.7%;肾茶种质间的观测等位基因数(Na)为1.669 4、有效等位基因数(Ne)为1.434 0,Nei’s基因多样性指数(H)为0.252 9,Shannon信息指数(I)为0.374 7,遗传相似度介于0.566 9到0.991 7之间,说明肾茶的遗传多样性水平较低。UPGMA聚类结果将肾茶种质分为2类,与根据花冠颜色对肾茶类型进行划分的结果对应,而遗传特性与地理分布没有明显相关性。实验结果可为肾茶遗传研究、品种选育与资源保护提供科学依据。     

四川加工型辣椒种质资源遗传多样性分析

为了评估四川加工型辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系,本研究以24份辣椒种质资源为研究对象,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性和亲缘关系。结果表明,10条引物共扩增出171条谱带,多态性谱带103条,多态性比率为59.39%。对24份辣椒种质资源的遗传多样性进行分析,其遗传相似系数(GS)在0.713～0.901;根据果型将供试样本分为牛角椒、线椒、羊角椒和小椒4个群体,其中羊角椒群体的遗传多样性最高,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因指数(H)和Shannon’s信息指数(I),分别为1.473 7、1.340 9、0.189 2和0.275 2。牛角椒群体的遗传多样性最低,其Na、Ne、H和I分别为1.263 2、1.167 9、0.098 7和0.147 0;按非加权组平均法(UPGMA)构建24份辣椒种质资源的iPBS标记聚类树状图,在遗传相似系数0.82处,可将24份材料分为4个组,与形态学的分类结果存在较大差异。综合分析结果表明,多数供试材料间的亲缘关系较近,而不同组材料间的亲缘关系相对较远,鉴于组间辣椒品种间的亲缘关系以及在产量、成熟期...     

‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的三倍性杂交后代ISSR和AFLP分析

利用ISSR及AFLP分子标记技术研究了‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的7份三倍性后代及其亲本的遗传变异。结果表明ISSR扩增得到的遗传多样性指数中扩增多态性比率(PPB)为60.00%,观察等位基因数(Na)为1.600,有效等位基因数(Ne)为1.420,Nei’s基因多样性指数(H)为0.236,Shannon信息指数(I)为0.346;均小于AFLP扩增的遗传多样性指数66.54%、1.665、1.421、0.240和0.357。根据ISSR和AFLP得到的UPGMA聚类图显示这7份三倍性杂交后代倾向于母本‘寒富’。在三倍性苹果遗传多样性检测上AFLP优于ISSR,且这7份三倍性新种质在遗传上倾向于母本遗传。为三倍性苹果育种的亲本选择提供依据。     

柠檬桉群体遗传多样性和遗传结构的SSR分析

本研究对柠檬桉的遗传多样性和遗传结构进行分析,揭示柠檬桉的遗传多样性水平和群体分化程度,为以后柠檬桉群体资源的保存和育种潜力评估提供理论指导。利用13对SSR引物对5个柠檬桉群体进行PCR检测,分析柠檬桉的遗传多样性和遗传结构。结果表明:13对SSR引物在5个柠檬桉群体97个单株中共检测到114个等位片段,平均每对引物所检测到的等位片段为9个。群体位点平均等位片段数为5.600,Shannon's指数(I)平均值为1.123,平均期望杂合度(HE)与平均观测杂合度(HO)均为0.520,位点多态性较高。群体多样性水平都较高,其中N群体的多样性水平最高,而S群体的多样性水平最低。群体间分化水平中等,13个中性位点平均Fst为0.089,分子方差分析中群体间方差分量仅占6.9%,表明柠檬桉遗传变异主要存在于群体内。聚类结果表明W、Q和N三个群体各为一类,S和G群体的遗传距离最近(0.101 2)。柠檬桉属于遗传多样性丰富,育种利用的潜力大,种质资源管理应重视多样性较高和特有等位片段较多的群体,遗传分化中等。     

基于SRAP分子标记的黑龙江紫苏种质资源遗传多样性分析

为研究紫苏遗传多样性,后续选育紫苏新品种,本研究运用SRAP分子标记方法,通过使用21对SRAP引物对100份紫苏种质资源进行SRAP分子标记遗传多样性分析。结果显示100份紫苏样品,紫苏种质遗传多样性单群体观察等位基因(Na)为1.976 6,有效等位基因数(Ne)为1.685 9,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.388 3,Shannon信息指数(I)为0.567 6,表明紫苏种质遗传多样性较为丰富。紫苏种质遗传多样性多群体观察等位基因(Na)为2.500,有效等位基因数(Ne)为1.980,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.495,Shannon信息指数(I)为0.711。组间显著性为0.03,差异性较大,说明各群体之间遗传差异性大;组内差异不显著,说明组内群体遗传纯合度高。试验结果为紫苏种质资源的精准评价、核心种质的构建和紫苏品种的选育提供数据支撑。     

基于ISSR技术的白木香奇楠种质遗传多样性分析

本研究采用ISSR分子标记技术分析白木香奇楠种质的遗传多样性和亲缘关系。以4种常见的奇楠种质的16个居群为试验材料,普通白木香为对照,利用筛选出的10条ISSR引物进行PCR扩增,利用PopGene 32软件对不同居群的ISSR标记结果进行多态性分析,通过NTsys 2.1软件的UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。研究结果显示:(1) 10条ISSR引物共扩增出93条DNA条带,其中多态性条带77条,多态性程度达82.8%;(2)奇楠种质居群内的多态性位点百分率(PPB)、有效等位基因数(Ne)和Shannon's指数(I)等均显著低于普通白木香;奇楠居群间遗传分化系数(Gst)为0.815 4,居群间每代个体的基因流系数(Nm)为0.113 2;(3)除种质T41外,其他奇楠种质不同居群间的遗传一致性高、遗传距离小,在聚类图上各自聚为一支。白木香奇楠种质在物种水平上具有较高的遗传多样性,而在居群水平上的遗传多样性水平偏低,遗传变异较少。居群间(种质间)存在较大的遗传变异,且居群间基因流动性水平低。从特异性、一致性和稳定性来看,A11、R21和B31更符合林木新品种审定的要求。本研究的开展为白木香奇楠品种的引种栽培及良种选育提供了一定的分子生物学依据。     

黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析

利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。     

基于SSR标记的钱塘江中下游三角鲂4个放流苗种群体遗传多样性和遗传结构检测

为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2)～(24±2),有效等位基因数Ne均值为(10.76±1.51)～(13.66±1.33),其中余杭群体等位基因数Na和有效等位基因数Ne最大,建德和桐庐群体的这2项指标大体相当;4个群体Shannon’s信息指数I均值为(2.55±0.13)～(2.83±0.09);4个群体观测杂合度Ho均值为(0.83±0.08)～(0.94±0.03),期望杂合度He均值为(0.88±0.02)～(0.92±0.01),绝大多数位点表现出杂合子过剩;余杭、建德、桐庐、富阳各群体的私有等位基因数依次为54、9、15、17个;4个放流三角鲂苗种群体遗传多样性处于较高水平,部分群体出现了杂合子过剩和等位基因丢失现象。分子方差分析显示,98.7%的遗传变异来自群体内的个体间,1.3%遗传变异来自群体间,4个放流群体间遗传分化指数为0.013～0.017,遗传分化很小(0&...     

基于SRAP标记的哈尼梯田红米遗传多样性及群体结构分析

著名的哈尼梯田核心区位于云南省元阳县,至今仍以种植水稻地方品种为主,梯田红米是其中的主要类型。本研究利用筛选的20对SRAP标记分析60份哈尼梯田红米品种的遗传多样性和群体结构。20对SRAP标记共扩增出182个条带,其中165个具有多态性,多态性比率达90.66%,平均每对引物可扩增9.10个条带;观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样度(H)和Shannon信息指数(I)分别为1.907、1.404、0.239和0.366,表明云南哈尼梯田水稻红米品种具有较丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析均将60份红米品种分为两大类,即57个籼稻品种聚为第一类,3个粳稻品种聚为第二类,表明哈尼梯田红米以籼稻为主,在籼稻亚群中有部分品种存在遗传分化现象,这一结果与STRUCTURE软件分析的群体结构类型一致。本研究为哈尼梯田红米资源的保护和利用提供了科学依据。     

基于SSR标记的文冠果遗传多样性分析及核心种质构建

评价种质的遗传多样性对种质的筛选及开发具有关键的作用,分子标记在研究种质遗传变异及种质鉴定方面有很大的价值。文冠果作为中国北方重要的油料能源树种,研究其遗传多样性具有很重要的意义。本研究运用SSR标记的方法,研究了来自全国14个地区的具有代表性的138份文冠果种质资源的遗传多样性,并逐步构建出了25份文冠果核心种质。结果表明,选用的23对引物都表现出多态性,共检测出80个等位变异,平均每个位点的等位基因数(Na)为3.48;平均有效等位基因数(Ne)为2.46;平均多态性信息含量(PIC)为0.51。可见文冠果种质之间存在大量的遗传变异,遗传多样性很丰富。以聚类分析结果为基础,逐步构建了文冠果的核心种质25份,为原始种质的20%。其遗传多样性指标与原始种质的差异不显著,说明核心种质能充分的代表原始种质资源。这些研究结果为文冠果种质资源的保护、筛选及利用提供了宝贵的理论依据和种质材料。     

基于SSR标记的苔草种质遗传多样性分析

苔草属(Carex L.)植物为莎草科多年生草本,在园林绿化、畜牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用。为了了解新西兰苔草品种间的遗传多样性及与国内苔草的地域差异,对其进行分子标记分析。本研究利用筛选得到的10对SSR引物对12份苔草材料(包括10份新西兰引进品种)进行遗传多样性分析,结合聚类分析等揭示苔草材料之间的遗传多样性。结果显示,10对SSR引物最终扩增出91条多态性条带,据此建立的指纹图谱显示Ctcp016引物可以一次性鉴别12份苔草样品;多态性比率为97.8%,平均每条引物扩增出8.27条,多态性信息含量(PIC)在0.140~0.260之间,平均多态性信息含量为0.220,平均遗传距离值为0.428;12份参试苔草资源的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因多样性指数(H)以及Shannon信息指数(I)平均值分别为1.976、1.350、0.226、0.368,表明各苔草样品之间的遗传多样性处于较高水平;非加权组平均(UPGMA)聚类系统发生树在遗传距离为0.428时可将12份苔草分为3类,地域对苔草遗传信息无明显影响。本研究表明利用SSR标记可以有效地对苔草遗传多样性及群体结构进行分析,并可构建苔草遗传图谱,为以后的研究提供丰富的标记来源,有助于推动苔草分子标记辅助育种工作,为进一步开发利用苔草资源提供帮助。     

22种石斛兰遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

为合理利用收集保存的石斛兰种质资源,采用ISSR分子标记方法对22种石斛兰的亲缘关系及遗传多样性进行分析。从100条引物中共筛选出6条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对22种石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出241条谱带,其中多态性谱带241条,多态性条带比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算22种石斛兰的平均观测等位基因数(Na)为1.983,平均有效等位基因数(Ne)为1.167,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.133,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.247,22种石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算22种石斛兰的遗传相似系数为0.698 4～0.878 7;基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.795处,可将22种石斛兰划分为10个类群,UPGMA聚类结果与传统的形态学分类结果一致。利用3对引物构建的DNA指纹图谱均可单独鉴别出22种石斛兰。该研究为石斛兰种质资源鉴定、杂交育种亲本选择等提供了理论基础。     

地方晒烟种质资源SRAP标记的遗传多样性分析

解析地方晒烟种质资源的遗传背景,为晒烟种质的高效利用提供依据。本研究筛选多态性丰富的14对SRAP引物组合,对贵州省内广泛地理来源的136份地方性晒烟资源进行遗传多样性分析,根据Model-base和NJ聚类进行遗传结构分析。结果表明:参试材料具有较高的遗传多样性,共扩增出250个稳定的多态性位点,多态性位点比率为97.6%,有效等位基因数(Ne)为1.22,Nei's基因多样性指数(H)为0.15,Shannon's信息指数(I)为0.26,材料间平均遗传距离为0.778,多数材料间亲缘关系较远。Model-base遗传结构分析和NJ聚类结果一致,将总材料划分为三大亚群,亚群Ⅰ包含46份资源,亚群Ⅱ包含47份资源,亚群Ⅲ包含43份资源,划分结果与材料的地理来源关系不大,三个亚群多样性依次为:亚群Ⅱ亚群Ⅰ亚群Ⅲ。     

基于ISSR及SSR标记的苜蓿遗传多样性分析

探究苜蓿种质资源亲缘关系,为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带,多态性条带117条,多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带,多态性条带144条,多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明,材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类,与其他材料亲缘关系较远;清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类,其品种间遗传相似系数较大,亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。     

黄山地区马尾松和黄山松基于SSR标记的基因渐渗研究

本研究以采自黄山地区海拔350~1 850 m的马尾松群体、黄山松群体及其渐渗群体的416个个体为材料,利用筛选的10对SSR引物研究了群体遗传多样性、遗传结构及群体间的渐渗。结果表明:10对SSR引物检测到的等位基因共37个,各位点等位基因数(A)的范围为2~7个,Shannon指数(I)平均为1.0301;按16组海拔高度来分析,10对SSR引物扩增的平均等位基因数为3.1个,平均有效等位基因数(Ne)约为2.4个,Shannon指数(I)平均为0.849 5。根据16组海拔高度内松树群体的等位基因频率变化及16组海拔区间群体的遗传距离和海拔差进行Mantel检测分析,发现黄山松基因向渐渗群体渐渗的强度高于马尾松。以上结果显示黄山松群体与采集的416个个体中大部分个体亲缘关系较近,这说明黄山松在不同海拔松树群体的基因渐渗中起主导作用。     

82份瓠瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

为了明确不同瓠瓜种质资源之间的遗传关系,本研究采用SSR分子标记对82份瓠瓜种质材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,21对SSR引物共扩增出73条多态性位点,多态性比率为93.59%,说明引物的多态性丰富;等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)的均值分别为3.71、3.09、0.63,表明份瓠瓜种质资源的遗传多样性十分丰富;通过聚类分析,当遗传距离在0.66处时,可将82份瓠瓜材料分为三大类群,并且这些材料在分子水平上的分类结果与农艺性状(瓜型)、地理分布存在一定相关性。研究结果可为瓠瓜种质资源的创新利用提供依据。     

伊犁野生郁金香和栽培郁金香的ISSR分析

本研究利用9条引物对11个郁金香栽培种及1个伊犁郁金香野生种进行ISSR分析,共扩增出89条谱带,其中多态性谱带为83条,多态性率为93.26%。利用分析软件得到12个供试材料间的检测等位基因数(Na*)=1.932 6,有效等位基因数(Ne*)=1.564 8,Nei's基因多样性指数((H*)=0.330 2,Shannon's信息指数(I*)=0.493 1。聚类结果显示:12个材料在阈值0.56处被聚为两大类型,与传统的形态学分类结果并不一致,伊犁郁金香与其他栽培种之间亲缘关系较远,在阈值0.637处被单独聚为一小类。本研究证实郁金香的遗传多样性水平较高,这为利用中国特有的郁金香野生资源来进行品种选育保证了前提条件,获得的遗传背景信息为后期利用分子标记辅助郁金香育种提供了理论帮助。