中国羊驼种群MC1R基因的PCR-SSCP分析

探究黑素皮质素受体1(melanocortin 1-receptor,MC1R)基因型与羊驼毛色形成之间的关系,研究采用PCR-SSCP结合DNA测序方法,对60头羊驼个体(51头白色被毛,9头有色被毛)的MC1R基因的多态性进行检测,并分析了MC1R基因位点突变与羊驼不同毛色之间的相关性.结果表明,羊驼MC1R基因存在SSCP多态性,初步判定为AB和AA两种基因型,其中A基因的基因频率为55.0%,B基因的基因频率为45.0%,AB型的基因型频率为90.0%,AA型的基因型频率为10.0%,6个AA基因型均在有色被毛羊驼个体中检出;测序检测显示,AA型羊驼MC1R基因的第801号碱基发生突变,该碱基突变导致编码的氨基酸由异亮氨酸(I)突变为缬氨酸(V).     

羊驼MC1R基因克隆及其在不同毛色个体中表达水平研究

为了获取羊驼MC1R基因序列,探索MC1R基因表达水平与羊驼毛色之间的相关性,根据GenBank已发表序列(EU1358800)设计1对引物,以羊驼皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并成功获得了中华白色羊驼MC1R基因cDNA序列,长度为1 081 bp,编码317个氨基酸,与已发表序列进行对比,同源性为99%,发现7处突变.根据所克隆序列设计引物,采用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MC1R基因在白色和棕色羊驼皮肤中的基因表达量,并对结果进行统计分析.结果表明:经过内参基因校正后,棕色羊驼皮肤中MC1R基因的相对表达量是白色羊驼相对表达量的4.32倍(P<0.01).MC1R基因表达量的差异与羊驼毛色表型之间可能存在一定的相关性.     

马MC1R基因多态位点与毛色相关性分析

旨在研究马MC1R基因多态位点与马毛色的关联性,为马的毛色育种提供重要的理论参考依据。本研究采集了10种不同毛色共132匹马的颈静脉血,提取基因组并应用PCR技术克隆MC1R基因编码序列,通过限制性长度多态性(RFLP)分析和测序分析,对马MC1R基因多态性与毛色进行关联分析,并预测了SNPs对其编码蛋白结构的影响。构建和分析了MC1R基因的系统发育树。结果发现,马MC1R基因存在3个多态位点,其中c.G102A为同义突变,c.C248T和c.G250A为错义突变。c.C248T造成MC1R蛋白的第83个氨基酸由极性亲水丝氨酸变为非极性疏水苯丙氨酸,预测突变后该位点氨基酸与第三跨膜区的第127个氨基酸(丝氨酸)之间的氢键消失而改变了MC1R的蛋白构象,该突变导致MC1R基因出现EE、Ee和ee 3种基因型。错义突变c.G250A导致其翻译的氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺,该位点突变后与邻近氨基酸及跨膜域作用力复杂,推测比只出现c.C248T突变对MC1R蛋白功能的影响要小,该位点突变导致出现基因型ee~a。综合NCBI中的马MC1R基因型数据(共571匹)与其毛色性状进行相关性分析发现,在骝毛马和黑毛马群体中存在EE和Ee两种基因型,青毛马群体中存在EE、Ee、ee和ee~a基因型,栗毛中存在ee和ee~a两种基因型。黑毛和骝毛马的基因型分布差异极显著(P0.01),呈现Hardy-Weinberg不平衡,等位基因E为优势等位基因;在栗色马中未检测到E等位基因,e为优势等位基因。MC1R基因系统发育树分析显示,EE基因型个体与家马、普氏野马相似性最高。本研究结果显示,马MC1R多态位点产生的不同基因型与马的骝毛、黑毛、栗毛及以这3种毛色为基础毛色的花马毛色存在相关性,骝毛马与黑毛马中不存在基因型ee,栗毛马中则不存在等位基因E。为应用基因型对马的毛色进行定向选择育种奠定了基础。     

黑素皮质激素受体1基因与牛的毛色

简述了牛毛色形成的机制,并介绍了牛MC1R基因的定位、突变、多态检测及对毛色的影响。最后对牛毛色形成的调控机制提出了一个假设模型,并对MC1R基因进一步研究提出了一些看法。     

吐鲁番黑羊MC1R基因序列分析研究

为研究黑皮质素受体1（MC1R）基因对吐鲁番黑山羊毛色的影响,试验采用PCR扩增和测序技术,对吐鲁番黑羊MC1R基因编码区核苷酸序列及其与毛色的相关性进行了研究。结果表明：MC1R基因编码区核苷酸序列954 bp,编码317个氨基酸,编码区存在2个错义突变（c.218 T〉A,p.73 Met〉Lys;c.361 G〉A,p.121 Asp〉Asn）和3个同义突变（c.429 C〉T,p.143 Tyr〉Tyr;c.600 T〉G,p.200 Leu〉Leu;c.735 C〉T,p.245 Ile〉Ile）。SNPs分析表明,单倍型AATGT数量占62%。初步认为MC1R基因可以作为吐鲁番黑羊黑色被毛调控的候选基因。     

黑素皮质激素受体1基因与牛的毛色

简述了牛毛色形成的机制,并介绍了牛MC1R基因的定位、突变、多态检测及对毛色的影响.最后对牛毛色形成的调控机制提出了一个假设模型,并对MC1R基因进一步研究提出了一些看法.     

特种獭兔毛色相关基因多态性的研究

目的:研究影响特种獭兔毛色的相关基因,讨论其与毛色的相关性。方法:本次研究通过比对NCBI数据库中不同兔种的MC1R,以突变位点为基础设计引物,采用PCR技术对MC1R基因的不同片段进行扩增,然后将扩增产物进行测序,再对MC1R片段进行序列比对从而找出其突变位点,并分析其毛色性状的相关性。结论:通过扩增产物序列之间的对比和产物序列与NCBI数据库碱基序列的对比,得到以下结论:MC1R扩增片段序列的第40位点存在T→C的突变,为獭兔特有突变位点;第50位点存在A→G碱基突变,发生突变序列所对应的毛色性状为白色、海狸色和褐色;第45位点后缺失一段长度为23bp的碱基序列,该缺失可能与兔种有关;第507位点存在T→C的碱基突变,发生突变的序列对应的毛色性状为海狸色。     

猪毛色基因黑色素受体1的基因型分析

为检测黑色素受体1(melanocortin receptor 1,MC1R)基因型在不同毛色猪种中的分布,研究该基因在猪毛色决定中的地位和作用,本试验使用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪的MC1R基因型进行了检测。结果显示,长白猪、大白猪存在nt894insCC和G1197A突变;杜洛克猪存在G668C、C1318T和G1554A突变;西藏小型猪存在C1318T和G1554A突变,而在nt894insCC位点则表现出其他基因型。通过对4个猪种的MC1R基因型的检测,为研究MC1R基因对毛色的作用机理奠定了基础。     

狐狸MC1R基因编码区c. 40A>C和c. 41C>T相邻变异研究

为了检测狐狸MC1R基因多态性及其与毛色表型的相关性,本研究采集两个狐属12种毛色共计163只狐狸的皮肤组织样,利用PCR扩增和产物直接测序的方法获得狐狸MC1R基因1 054bp长的核苷酸序列,并进行了SNPs筛查。用PopGen32和SHEsis软件对突变位点进行了群体遗传学分析,用PANTHER软件评估了突变对基因产生的功能影响,用SPSS二元变量相关统计方法分析了多态位点与毛色表型间的相关性。结果表明,狐狸MC1R基因编码区40(c.40AC)和41位点(c.41CT)存在2个相邻错义突变,导致其编码的第14位氨基酸发生了变异:当第40位点为A时,氨基酸由苏氨酸(Thr)转变为异亮氨酸(Ile);当第40位点为C时,氨基酸由脯氨酸(Pro)转变为亮氨酸(Leu)。北极狐属狐在41位点基因型全部为TT型,而狐属狐大部分个体均为CC型,不存在TT型,推测该位点可能是区分狐狸属间的一个重要功能位点。PANTHER预测获知第41位点突变导致的氨基酸替换(p.Pro14Leu)对MC1R功能有显著影响。SPSS二元变量相关分析结果表明,41位点多态性与狐狸毛色表型存在显著低度相关性,推测狐狸MC1R基因编码区第41位点可能是参与其毛色形成的一个相对重要功能位点。     

贵州白水牛ASIP、MC1R和TYR基因多态及其与白毛性状的关联分析

ASIP、MC1R和TYR是与动物毛色性状相关的重要候选基因，为了探究ASIP、MC1R、TYR基因多态性及其与贵州白水牛白色被毛之间的关系。本研究以贵州白水牛（20头）和其他毛色水牛（60头）为试验材料，针对3个基因的外显子和部分非编码序列设计引物，利用DNA池作为模板进行扩增测序，对ASIP、MC1R和TYR基因多态性与贵州白水牛被毛之间的关系做了初步探讨。结果发现，在这3个基因中均没有发现特异性的插入/缺失突变，在贵州白水牛ASIP基因的启动子中发现了突变位点：Promoter-A147T和Promoter-A235G；在MC1R基因中筛选到1个错义突变exon1-T843C，TYR基因中筛选出2个错义突变exon1-G826A、exon5-T70C，以及1个同义突变exon3-A83G。这3个基因的SNP位点在扩大样本验证时发现不具有毛色特异性，研究初步表明，ASIP、MC1R、TYR基因的多态性位点不能解释贵州白水牛毛色的特殊变异，为以后对贵州白水牛的毛色的进一步研究奠定了基础。     

MC1R基因与朝鲜鹌鹑羽色关系的研究

黑素皮质素受体1(MC1R)又称促黑素细胞激素受体(MSH-R),由毛色扩展位点编码而成,对动物体色的形成起重要作用,本研究分析了MC1R基因突变与朝鲜鹌鹑羽色之间的关系。通过混合样品DNA测序方法寻找MC1R基因的突变位点,采用PCR-SSCP的方法对突变位点在4种羽色鹌鹑(栗羽、黄羽、白羽、黑羽)群体中的分布情况进行了研究,以揭示MC1R基因与鹌鹑羽色性状之间的关系。结果表明,在鹌鹑MC1R基因上存在一个A/G突变位点,导致编码蛋白发生Ile58Val突变,通过PCR-SSCP分析发现,该突变位点在4种羽色鹌鹑群体间没有显著差异(P>0.05)。本研究没有发现与日本鹌鹑报道相同的Glu92Lys突变位点,表明朝鲜鹌鹑的黑羽突变与报道的日本鹌鹑黑羽突变的机制不同,而且朝鲜鹌鹑的黑羽突变可能还与其它基因突变有关。     

陆川猪MC1R和KIT基因型鉴定

为了检测陆川猪种群的纯度,本研究以4个华南地方猪种（莆田黑猪、粤东黑猪、大花白猪、巴马香猪）和3个外来猪种（杜洛克猪、大白猪、长白猪）作为对照,利用PCR测序法对陆川猪群体56个样本的MC1R和KIT基因进行基因型鉴定。测序结果表明,大白猪和长白猪KIT基因内含子17的第1个碱基发生G>A剪接突变,而陆川猪和4个华南地方猪种,以及杜洛克猪中KIT基因型一样,均为野生型的GG基因型;MC1R基因编码区分析表明,以海南野猪MC1R基因型作为参考序列,陆川猪和4个华南地方猪种在MC1R基因编码区存在95Val > Met和102Leu > Pro两个错义突变;MC1R基因非编码区分析表明,与大白猪、长白猪和杜洛克猪相比,陆川猪和4个华南地方猪种MC1R基因的5'UTR分别存在5~6个SNPs,3'UTR存在1个A碱基的缺失。另外,试验对一窝毛色异常的陆川猪仔猪及其亲本的KIT和MC1R基因进行测序分析,结果表明,仔猪及其亲本的KIT基因型均为GG野生型,仔猪和母本的MC1R基因均存在E^D1和E^p两种不同的基因型,父本的MC1R基因型为E^D1,因E^p对应于皮特兰猪的斑块表型,所以初步判定母本渗入了外来猪种的血统。本研究通过检测陆川猪等8个猪种的毛色相关基因KIT和MC1R基因的基因型,证实了中外猪种间在毛色遗传上的分子差异,为今后深入研究猪毛色遗传的分子调控机理提供参考。     

黑色素皮质激素受体1基因248位点多态性与中国马品种毛色的相关性分析

在欧洲马品种中,黑色素皮质激素受体1(melanocortin receptor 1,MC1R)基因第248位碱基有C/T多态性,纯合的T248位点决定欧洲马的栗毛色。针对MC1R基因的248位点设计了2对特异性引物,采用等位基因特异性PCR技术,研究3个中国马品种MC1R基因型与栗色毛之间的关系。经扩增获得两种DNA片段,克隆测序后证明,扩增片段确为MC1R基因,两种DNA片段序列在基因的248位点的确呈现C/T多态性,但检测126份贵州矮马、西南马和新疆伊犁马血液样本,全部为杂合基因型(Ee),其中包括栗毛、黑毛、骝毛3种单毛色及3种复毛色。这些研究结果提示,MC1R基因中248位点的多态性与国内3个马品种的栗色毛之间没有直接的相关性。     

4个家兔群体MC1R基因外显子的遗传多样性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对4个家兔群体MC1R基因外显子序列进行分析,结果显示:MC1R基因外显子出现2个等位基因(A、B)、3种基因型(AA、AB、BB),103～108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、彩色獭兔和九疑山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔表现为优势等位基因;A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。本研究为判断MC1R基因是否能作为家兔毛色性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

猪毛色基因MC1R的SNPs位点研究与应用

本研究旨在鉴定MC1R基因中与猪毛色紧密相关的SNP位点，明确不同SNP位点不同基因型与毛色的关系，并用于后代毛色的快速、高效预测和精准选育。通过采集不同猪种及杂交组合个体的耳组织样本共257个，提取耳组织DNA，采用Snapshot技术检测MC1R基因708bp、730bp、788bp位点SNP基因型。结果表明，在所研究群体中，可将MC1R基因708 bp、730 bp和788 bp位点作为黑毛色的分子标记，任一亲本在这3个位点基因型为AA、GG或CC时，子代(F₁代)毛色均为黑色。将鉴定的毛色相关SNPs应用于川乡黑猪世代选育，实现了川乡黑猪黑毛基因型的纯合。通过对MC1R基因的708 bp、730 bp和788 bp 3个位点中任意1个SNP进行检测，即分别选择AA、GG或CC基因型，可实现对黑毛色基因型的纯化，解决猪育种中后代毛色分离问题。     

余姚市特种獭兔黑素皮质素受体11(MC1R)基因与毛色表型的研究

目的:研究MC1R基因多态性与獭兔毛色的关系。方法:本试验根据NCBI数据库家兔MC1R基因的编码序列设计引物,利用PCR技术,对余姚兔场的16个獭兔MC1R基因外显子进行克隆测序,得到外显子基因编码序列,并测序;运用Clustal X2、Bioedit等软件对序列进行比对,对MC1R基因进行多态性分析和比较。结论:海狸色、黑色獭兔在MC1R基因扩增片段2上存在A→G碱基突变,这个位点具有成为獭兔毛色性状分子遗传标记的可能性。     

黑素皮质素受体1(MC1R)在不同毛色羊驼皮肤组织中的表达与定位研究

旨在通过研究黑素皮质素受体1(MC1R)在羊驼皮肤组织中的定位与表达,探讨其在羊驼毛色形成中的作用机制及与毛色的相关性。选用成年白色羊驼与棕色羊驼为研究对象,采用免疫组织化学方法及免疫印迹法(Western blotting),对MC1R在羊驼皮肤中的表达进行定位和定量分析。结果,(1)免疫组化结果显示,MC1R蛋白在白色和棕色羊驼皮肤表皮、毛囊周围外根鞘组织、毛乳头以及毛球周围都呈阳性着色。在棕色羊驼,阳性表达部位主要分布于毛球顶部及表皮,呈强阳性着色。在白色羊驼,阳性表达部位主要在外根鞘及表皮,毛球部表达呈弱阳性。MC1R在棕色羊驼皮肤组织中极显著表达(P<0.01)。(2)Western blotting结果显示,羊驼皮肤组织粗蛋白提取物中存在分子量约35ku与兔抗MC1R多克隆抗体发生免疫阳性反应的蛋白条带,且棕色羊驼平均蛋白表达量显著高于白色羊驼,差异极显著(P<0.01)。MC1R在羊驼皮肤组织中的定位与表达量的不同与羊驼毛色表型之间存在一定的相关性。     

家兔MC1R基因5'-侧翼序列的克隆及测序

毛色作为家兔的一种遗传标记,在品种特征、纯度鉴定及品种选育中均具有重要的作用。MC1R基因作为控制动物毛色的重要基因之一,其核苷酸序列多态性与多种动物的毛色表型相关。本试验根据GenBank中已知的兔MC1R基因核苷酸序列(登录号:AM180881)设计引物RMCR₁和RMCR₂,采用PCR-末端加尾法获得了兔MC1R基因5'端930 bp的未知序列,该序列与GenBank数据库中的已知序列同源性为99%。     

湘西黄牛毛色控制基因MC1R多态性研究

为了将毛色遗传标记作为湘西黄牛杂交组合选择、纯种鉴别、保种选育的科学理论依据,应用PCR-RFLP技术,研究了湘西黄牛黑素皮质素受体1(Melanocortin 1 Receptor,MC1R)基因对其黑毛色和红毛色表型的影响机制.结果表明:湘西黄牛中MC1R基因有三个等位基因 (ED 、E+、e );隐性的e基因在310处缺失一个碱基G 造成移码突变,在468处提前终止翻译,翻译出一个缩短了的失去功能的MC1R蛋白,表现或强或弱的红毛色;E+所对应的是野生型毛色,如黄色、灰色等;湘西黄牛中黄色个体优势等位基因为E,而红色个体优势等位基因为e,e相对E是隐性基因,只有在e等位基因纯合状态下,才表现为红色毛色; E+/e也表现为红色,可能湘西黄牛红色和黄色表型除了有MC1R基因控制外,还有其它基因参与作用.     

ASIP和MC1R基因的研究进展

黑色素,包括真黑素和褐黑素,是哺乳动物毛色形成的主要物质基础.黑色素细胞产生的真黑素和褐黑素的转化使得动物表现出不同的毛色类型.ASIP和MC1R是哺乳动物体内调控毛色的两个重要候选基因,ASIP的表达会引起褐黑素的产生,MC1R的表达会引起真黑素的产生,通过调节真黑素和褐黑素的比例来影响毛色.文章就ASIP和MC1R基因及其编码蛋白的结构、作用机制、多态性及其在不同组织中的差异性表达与毛色形成的关系作一简要概述,旨在更加全面地了解这两个基因在毛色形成中的作用机理.