禽呼肠孤病毒μNS非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)M3基因序列,设计并合成了一对跨越μNS非结构蛋白基因完整开放阅读框(ORF)的特异性引物,对ARV的10个毒株进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,10个毒株μNS蛋白基因ORF的核苷酸序列全长均为1908 bp,编码635个氨基酸。这10个毒株之间的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别都在98%以上。将它们与哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)、番鸭呼肠孤病毒(DRV)等进行核苷酸及推导的氨基酸序列比较,并进行遗传系统树分析,结果表明ARV与MRV有较大的差异,与DRV差异较小。     

水貂阿留申病毒结构蛋白与非结构蛋白的研究进展

水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease virus,ADV)是一种主要侵染水貂的自主复制型细小病毒,是一种在水貂中广泛存在的重要病原体。病毒粒子的蛋白分为结构蛋白(VP1、VP2)和非结构蛋白(NS1、NS2)两类。VP1蛋白对病毒粒子产生感染性有重要作用;VP2蛋白是主要免疫功能区,能刺激机体产生中和抗体;NS1和NS2主要参与病毒的复制和基因的表达调节。文中对近年来国内外学者关于水貂阿留申病毒结构蛋白和非结构蛋白的研究情况进行归纳和总结。     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

禽呼肠病毒P10、P17非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据GenBank上的禽呼肠病毒(ARV)S1基因序列,设计并合成了一对跨越P10和P17非结构蛋白基因的特异性引物,对13个ARV毒株进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果显示,13个ARV毒株的P10蛋白基因ORF全长均为297bp,编码98个氨基酸;P17蛋白基因ORF全长为441bp,编码146个氨基酸。这13个ARV毒株P10、P17蛋白基因核苷酸同源性分别在96.6%~100%和95.2%~99.3%之间,推导的氨基酸同源性分别在98.2%~100%和91.9%~99.0%之间。将这13个ARV毒株与GenBank上其他正呼肠病毒毒株,包括番鸭株(DRV)和飞狐上分离到的内尔森海湾病毒(NelsonBayvirus,NBV)及两个澳洲分离株(ARM-1和SOM-4)进行同源性比较和遗传进化树分析,结果表明,呼肠病毒有地域和种类的差别。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析术

摘 根据国外已发表的番鸭细小病毒（MDPV）FM株基因组核苷酸序列设计1对引物，应用PCK技术扩增MDPVFS株的VP2-VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2-VP3结构蛋白基因克隆到T载体上，MDPVFS株基因大小为1764bp，编码528个氨基酸，对插入片段进行序列测定。结果表明，我国分离的MDPVFS株基因序列与国外发表序列的同源性为98．6％，与已发表的YZ株同源性为99．5％，可见番鸭细小病毒结构蛋白基因较保守。     

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.     

牛源A型口蹄疫病毒结构蛋白VP1基因的克隆与序列分析

提取2株A型口蹄疫病毒FMDV-L1和FMDV-L2的RNA，用1对通用引物经RT-PCR扩增出2株病毒VP1基因的DNA片段，将扩增的VP1编码序列克隆到质粒载体pGEM-T Easy中，转入大肠埃希氏菌JM109，得到大量携带目的基因的质粒；经过重组质粒的鉴定、测序获得其核苷酸序列；利用序列分析软件及系统发生树绘制软件对FMDV—L1和FMDV-L2以及作为参考毒株的A22／India／17／77进行序列分析。结果表明，核酸序列中的变异多发区要多于氨基酸序列，氨基酸序列最明显的变异发生在构成FMDV抗原位点1的βG-βH环内，其中毒株FMDV-L1和FMDV-L2 RGD序列中的精氨酸(R)发生了变异，分别变成了亮氨酸(L)和谷氨酰胺(Q)。     

貂阿留申病病毒结构蛋白VP1基因分子特征分析

目的研究貂阿留申病病毒(ADV)结构蛋白VP1基因分子空间结构特征,探讨貂阿留申病病毒致病机制。方法根据Genbank公布的全基因序列设计三对引物,PCR扩增并克隆到pMD-18T载体,阳性重组质粒鉴定、测序验证,拼接后进行生物信息学分析。结果获得了全长2064bpVP1基因,编码688个氨基酸;与细小病毒属中PPV-Nanjing200801相似性最大(51.2%);遗传进化树显示该基因编码蛋白与细小病毒属VP1亲缘关系最近。该蛋白是一种保守不含信号肽的外膜蛋白,具有7个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点。二级结构分析显示无规则卷曲含量最高,达68.75%,α螺旋、β折叠分别为16.42%和14.83%;同源建模比对,构建了具有较高合理性和可靠性的三维空间结构。结论预测抗原表位主要位于肽链第254~265、96~112、317~348、514~523、629~645位区段,可为今后开展基因工程疫苗研究奠定基础。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析

根据国外已发表的番鸭细小病毒 (MPV) FM株基因组核苷酸序列 ,设计了 1对引物 ,分别对国内 2株番鸭细小病毒分离株 MPV扬州 (YZ)株和 MPV佛山 (FS)株主要结构蛋白 (VP2和 VP3)基因进行 PCR扩增 ,并克隆到p CR3.1T载体 ,经酶切鉴定筛选出阳性克隆质粒并进行核苷酸序列分析比较。结果表明 ,MPV YZ和 MPV FS的VP2 - VP3基因大小均为 176 4bp,编码 5 88个氨基酸。 MPV YZ、MPV FS与 MPV FM核苷酸序列同源性分别为98.5 %和 98.6 % ,氨基酸序列同源性为 97.1%和 97.8% ;MPV YZ与 MPV FS核苷酸序列的同源性为 99.5 % ,氨基酸序列同源性为 98.8%。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析

根据国外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株基因组核苷酸序列设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV FS株的VP2-VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2-VP3结构蛋白基因克隆到T载体上,MDPV FS株基因大小为1764bp,编码528个氨基酸,对插入片段进行序列测定。结果表明,我国分离的MDPV FS株基因序列与国外发表序列的同源性为98.6%,与已发表的YZ株同源性为99.5%,可见番鸭细小病毒结构蛋白基因较保守。     

犬瘟热病毒N基因和M基因的克隆与序列分析

以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白（N）、基质膜蛋白（M）基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onderstepoort疫苗株更近。     

6株猪流感病毒分离株HA部分基因的克隆和序列分析

从6株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA，用RT-PCR法扩增了其HA基因的部分cDNA片段，克隆后测定其核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。结果表明，扩增的6，株SIV HA部分基因长度均为1005个核苷酸，共编码335个氨基酸，氨基酸序列同源性在98．2％～100％之间。HA部分基因核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的经典H1亚型毒株相近，核苷酸和氨基酸序列同源性均在95％以上，同属H1亚型，系统发育分析表明6个SIV分离株均属于经典H1亚型，与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远，其HA1、HA2之间切割位点序列均为PSIQSR↓G，从分子水平推论，均属于非高致病力毒株；其HA2氨基端的14个氨基酸残基均为GLFGAIAG—FlEGGW，且高度保守。从分子流行病学角度证实经典H1亚型WIV毒株在广东多个猪场猪群存在。     

犬瘟热病毒N基因和M基因的克隆与序列分析

以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒（canine distemper virus,CDV）总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白（N）、基质膜蛋白（M）基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onder-stepoort疫苗株更近。     

6株猪流行性腹泻病毒N基因的克隆与分析

为了解安徽省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,采用胶体金试纸条检测安徽省境内发生疑似猪流行性腹泻病的病猪粪便（2013—2017年）;对PEDV抗原阳性猪样品,利用RT-PCR方法扩增其PEDV N基因,并进行测序和序列分析。结果发现,经胶体金试纸条检测确认了6个猪流行性腹泻发病猪场;对来自该6个猪场的病料样品或病毒传代培养物进行RT-PCR扩增和测序,共获得6株PEDV流行毒株的N基因序列,其序列全长均为1 326 bp,将其分别命名为N12、N22、N32、N42、N52和N62。核苷酸同源性分析显示,6株PEDV分离株N基因之间序列同源性为94.8%~99.8%。其中,5株PEDV分离株（N12、N22、N32、N52和N62）与PEDV疫苗株、经典毒株、2011年之前的我国分离株（LZC、CHS）的同源性较低（94.1%~96.3%）,亲缘关系较远;与2011年后国内外PEDV分离株存在较高同源性（96.9%~99.2%）,亲缘关系较近;而N42正好相反。该研究表明,近年来安徽各地猪场以PEDV新变异毒株的流行为主。     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。     

犬瘟热病毒贵州株(CDV-GZ1)F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株融合蛋白基因(F)序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的F基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株F基因的ORF全长1989 bp,氨基酸序列中具有5个潜在N-糖基化位点,氨基酸同源性与美国00-2601株和国内HL株较高,分别为91.6%和91.1%,表明该分离株与00-2601株和HL株具有较近的亲缘关系。     

Cloning and Sequence Analysis of Ankyrin Genes from Orf Virus GDZC Strain

To investigate the role of ankyrin proteins encoding by Orf virus (ORFV) in the immune modulation to host infection, five ankyrin (ANK) genes of ORFV GDZC strain were amplified using specific primers by PCR amplification and cloning from the viral genome DNA which extracted from virus infection cells,and their sequences and coding protein structure bioinformatics analysis were performed. The results showed that ORFV008, ORFV123, ORFV126, ORFV128 and ORFV129 consisted of 516, 525, 497, 501 and 516 amino acids, respectively, which shared a nucleotide identity of 98.3%, 98.7%, 97.9%, 97.3% and 98.0% with those of ORFV OV-SA00 strain, respectively. All of five ANK proteins contained ANK and F-box structural domain that showed they were structure conservative proteins. The analysis of protein transmembrane showed that ORFV123 and ORFV128 had no potential transmembrane domains, while the ORFV129, ORFV008 and ORFV126 had one, two and three potential transmembrane domains, respectively. And these ANK proteins had no signal peptide. These results provided the basic data for further study of the ANK proteins in the pathogenic and immune evasion mechanisms of ORFV.     

羊口疮病毒GDZC株锚蛋白基因的克隆及序列分析

为研究羊口疮病毒（Orf virus,ORFV）编码的锚蛋白（ankyrin,ANK）基因在感染宿主中的免疫调节作用,本试验从ORFV GDZC株感染的细胞病毒液中提取基因组DNA,用特异性引物进行PCR扩增、克隆出5个ANKs基因,并进行了基因序列及其编码蛋白的生物信息学分析。结果显示,获得的GDZC株ORFV008、ORFV123、ORFV126、ORFV128、ORFV129基因分别编码516、525、497、501和516个氨基酸,与OV-SA00毒株的核苷酸同源性最高,分别为98.3%、98.7%、97.9%、97.3%、98.0%。ORFV编码的5个ANKs都含有ANK结构域和F-box结构域,是结构保守蛋白。蛋白跨膜分析表明,ORFV123和ORFV128不含潜在跨膜区,ORFV129、ORFV008和ORFV126蛋白分别存在1、2和3个潜在跨膜区,且均不含信号肽。本研究结果为深入研究ANK在ORFV致病过程中作用和免疫逃逸机制提供了基础数据。     

Cloning and Sequence Analysis of A6L Gene of Goatpox Virus

To explore the molecular characteristics of protein A6 from goatpox virus (GTPV), genomic DNA was extracted from goatpox virus Gulang isolate.The specific primers were designed and used to amplify the A6L gene from the genomic DNA by PCR.A PCR product was ligated into pGEM-T Easy vector.After transformation into E.coli DH5α, the positive clones were sequenced and the sequences were analyzed with the bioinformatics softwares.The result showed that A6L gene sequence contained an open reading frame (ORF) of 1128 nucleotides and deduced protein consisted of 375 amino acids with the theoretical molecular weight of 43.68 ku and isoelectric point of 7.50.Analysis of secondary structure of protein A6 revealed that α-helix, β-strand and random coil were 53.30%, 10.24% and 39.46%, respectively.Analysis of multiple sequence alignment indicated A6L gene from different capripoxvirus isolates were highly conserved with identity of more than 97%.The present results laid the foundation for further studies of biological functions of protein A6 and interaction among the early proteins of capripoxvirus.     

山羊痘病毒A6L基因的克隆及序列分析

为了分析山羊痘病毒A6蛋白的分子特征,本试验提取了山羊痘病毒古浪分离株的基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,克隆A6L基因的DNA序列。将PCR产物连接到pGEM-T Easy载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对A6L基因序列进行预测分析。结果显示,A6L基因序列含有1个由1128个核苷酸组成的开放阅读框,编码375个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值为43.68 ku,理论等电点为7.50。该蛋白的二级结构中,α螺旋占53.30%,β折叠占10.24%,其余39.46%为无规则卷曲。多序列比对分析结果显示,不同羊痘病毒分离株A6L序列高度保守,同源性在97%以上。上述研究结果为进一步研究A6蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础。